海南H382雪茄烟叶不同发酵周期细菌群落多样性表征及演替分析

[目的]探索海南H382雪茄烟叶发酵中细菌群落组成和演替规律,为揭示发酵机制提供依据,为筛选功能细菌提供参考.[方法]通过16SrRNA测序技术对海南H382雪茄烟叶不同发酵时期的细菌群落多样性及群落演替规律进行表征,并利用PICRUSt预测了不同发酵时期细菌群落的功能.[结果](1)雪茄烟叶发酵中细菌群落多样性较丰富...     

基于高通量测序的郫县豆瓣后发酵期细菌多样性研究

为研究郫县豆瓣后发酵过程中细菌变化规律,揭示其特有"日晒夜露"工艺的发酵本质,采用MiSeq测序分析其从后发酵1周至后发酵6 a期间一共8个时间点的细菌群落演替变化情况。结果表明,郫县豆瓣后发酵过程中共有57个门类群、174个纲类群、321个目类群、535个科类群、921个属类群的细菌参与演替变化。后发酵时间对郫县豆瓣的细菌群落组成具有重要影响,随着后发酵的进行肠杆菌科和链形菌科持续减少,而鞘脂单胞菌科、芽孢杆菌科、梭菌科和消化链球菌科的细菌则出现先增加后减少,其峰值大多出现在1~3 a,但后发酵6 a的郫县豆瓣细菌群落较其他样品呈明显偏低。该方法发现了大量的非培养细菌和未报道细菌,所得细菌多样信息更接近于样品微生态,更能够全面解析自然发酵调味品—郫县豆瓣的细菌多样性,为传统产业的现代化改造和食品质量安全控制提供了科学支撑。     

基于高通量测序技术分析青藏高原风干牦牛肉中细菌多样性

为探究青藏高原风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性,采用高通量测序技术,分析西藏不同地区风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性之间的差异。本研究获得西藏那曲、昌都、日喀则、拉萨、山南的有序序列分别为:56869、110798、71633、86532、60861条,OTU数为:1887、1567、2234、6021、2190。在门分类上的优势菌那曲、日喀则、拉萨以及山南组为厚壁菌门和放线菌门,昌都组为变形菌门和厚壁菌门。在科分类上,那曲组优势菌为乳酸杆菌科,昌都组为肠杆菌科,日喀则组为间孢囊菌科,拉萨组为微球菌科,山南组为棒状杆菌科。在属分类上,那曲组为乳酸杆菌属,昌都组为假单胞菌属,日喀则和山南组均为棒状杆菌属,拉萨组为节杆菌属,表明西藏不同地区风干牦牛肉在菌落组成和丰度上有所不同。结果发现风干牦牛肉中既存在对品质与风味形成的有益菌,也存在优势腐败菌以及致病菌。这或与藏区农户对原料肉的前处理以及制作环境有一定关联。该结果可为后续改进风干牦牛肉的制作提供参考,也可为防范食品致病菌及腐败菌危害,提高藏区农户的生产加工卫生安全意识提供借鉴。     

雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化

为揭示雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化的规律,采集雪茄茄芯烟叶混配堆积发酵过程中的样品,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性和结构。结果表明：(1)在雪茄烟叶发酵过程中,与混配发酵前相比,混配发酵完成后样品细菌群落的OTU数量和物种丰富度降低,物种多样性提高;(2)优势菌门由厚壁菌门（Firmicutes）转变为变形菌门（Proteobacteria）;优势菌属由海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、芽胞杆菌属（Bacillus）转变为丛毛单胞菌属（Comamonas）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）;(3)10个菌属的平均相对丰度显著增加,分别为鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）、细粒类极小单胞菌属（Parapusillimonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、DSSF69、溶杆菌属（Lysobacter）、假黄色单胞菌属（Ps...     

洛阳传统绿豆酸浆细菌群落组成分析和功能预测

为探究洛阳传统特色食品浆面条核心元素绿豆酸浆的细菌群落组成,利用Illumina MiSeq高通量测序技术对洛阳6家浆坊的绿豆酸浆进行细菌16S rDNA测序。结果表明:从6个绿豆酸浆样本中共鉴定出8个细菌门,涉及75个属和106个种;其中厚壁菌门为优势菌门(占比78.57~97.17%),乳杆菌属(占比20.95%~90.36%)和乳球菌属(占比3.26%~62.68%)为优势菌属,寡发酵乳杆菌、未分类乳球菌属是对应的优势菌种,而植物乳杆菌、弯曲乳杆菌、食木薯乳杆菌等是常见的次优势菌种;这些优势细菌均为乳酸菌,具有广泛益生作用。对绿豆酸浆中细菌群落进行功能预测,发现细菌群落的碳水化合物代谢和氨基酸代谢丰度高,特别是呈味氨基酸代谢通路和L-乳酸脱氢酶丰度均较高,推断绿豆酸浆独特的酸香味与细菌的氨基酸代谢以及乳酸合成有关。本研究结果为进一步研究绿豆酸浆发酵机理及开发相应发酵剂奠定了理论基础。     

基于高通量测序对中国不同区域传统发酵香肠细菌多样性的研究

为了提高发酵香肠微生物资源利用率和对发酵香肠的安全性进行评估。应用高通量测序技术,对收集自四川成都(SC)、广东深圳(GD)、湖南长沙(HN)、黑龙江哈尔滨(HB)地区的传统发酵香肠进行测序,采用生物信息学方法进行细菌多样性分析。四川和哈尔滨地区的细菌多样性>其他地区;厚壁菌门,蓝藻菌门和变形菌门是4个地区的优势菌门;乳杆菌属和葡萄球菌属是四川地区的优势菌属;乳球菌属,不动杆菌属和巨型球菌属是广东地区的优势菌属;乳球菌属,四联叠球菌属,乳杆菌属是湖南地区的优势菌属;未成功测定的细菌菌属是哈尔滨地区的优势菌属。巨型球菌属是广泛存在于除哈尔滨地区之外的特殊菌属,该菌对脂肪和蛋白质分解有促进作用。乳酸菌是除哈尔滨地区之外的优势菌群,Macrococcus caseolyticus可以作为香肠发酵剂的候选优良菌株,但其安全性还需进一步研究。     

基于高通量测序的雪茄烟微生物群落结构和多样性分析

为探究雪茄烟产品细菌和真菌群落的结构和多样性,采用高通量测序技术对10个雪茄烟样品中细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因进行测序检测,根据测序数据进行微生物物种丰度分析、α多样性分析、菌群结构分析和聚类分析.结果表明:①所分析的雪茄烟样品中细菌和真菌的多样性丰富,共检出360个细菌属和49个真菌属,其中细菌和真菌群...     

基于高通量测序分析老面细菌多样性

老面中微生物组成多样,带来多种微生物的发酵产物及风味,分析老面中细菌群落多样性对于开发优良面食发酵剂提供有用信息。本研究采用基于16S r DNA的焦磷酸测序方法分析了采集自云南省香格里拉县的三个老面样品中细菌群落结构。结果表明,三个样品细菌多样性都比较高,17年和2年老面中,优势菌是Lactobacillus sanfranciscensis,2年老面中含有少数序列与L.rossiae和L.plantarum具有较高的相似性,而5年老面中优势菌是Staphylococcus equorum,其次是L.sanfranciscensis。结论:老面中细菌多样性较高,以乳酸菌为主,其中的乳酸杆菌为老面发酵面食带来丰富的营养和风味物质,但是较高丰度葡萄球菌属的检出,暗示了一定的食品安全隐患。      

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

萝卜泡菜细菌多样性的高通量测序分析

本文基于Illumina平台的高通量测序,解析萝卜泡菜发酵液中亚硝酸盐浓度峰值期(第3 d)和回落期(第7 d)时细菌群落结构多样性。亚硝酸盐浓度峰值期和回落期样品中分别得到373和349个可操纵分类单元(OTU),分属于135和127个细菌属,且峰值期细菌群落丰富度、多样性以及均匀度指数均高于回落期。峰值期发酵液样品中以变形菌门细菌(相对丰度72.1%)最为优势,以Erwinia(45.0%)、Aeromonas(7.4%)、Pseudomonas(6.6%)、Shigella(6.0%)和Delftia(5.1%)为主要优势菌属。厚壁菌门(18.9%)为第二优势菌门,Lactococcus(10.5%)为其中的主要优势属。回落期发酵液样品中以厚壁菌门(84.0%)最为优势,优势属包括明Leuconostoc(27.5%)、Lactococcus(19.9%)、Weissella(19.2%)和Pediococcus(16.3%)等。而变形菌门相对丰度降为10.5%。结果表明伴随着亚硝酸盐浓度变化,萝卜泡菜发酵过程中细菌群落结构多样性也发生演替,与发酵液中亚硝酸盐的形成和降解密切相关。     

基于高通量测序技术的蓝莓果实中细菌和真菌菌群多样性分析研究

目的 分析蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,探究不同蓝莓样品中微生物的暴露水平。方法 构建了蓝莓中微生物菌群的基因组文库,利用高通量测序技术分析了5种蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,借助微生物属水平和种水平分析比较了蓝莓中细菌和真菌菌群组成和丰度信息。结果 5种蓝莓中微生物菌群的多样性较高,但其细菌和真菌菌群组成仍存在共有特征,细菌和真菌中共有的操作分类单元数量分别为76和42。蓝莓中优势细菌主要归属于放线菌门、拟杆菌门、蓝藻菌门、厚壁菌门和变形菌门,优势真菌主要归属于子囊菌门、担子菌门和被孢霉门。结论 不同蓝莓样品中微生物菌群的组成变化较大,真菌菌群的多样性比细菌更丰富,这对蓝莓的腐烂变质、贮藏保鲜和生物防控研究具有重要意义。     

高通量测序技术初步解析浓香型白酒窖泥细菌群落结构

通过高通量测序技术初步解析了不同窖池窖泥的细菌群落结构。结果表明,窖泥细菌分为9个门类,其中厚壁菌门（Firmicutes）占据主导地位;放线菌门（Actinobacteria）在不同窖泥中的占比差异比较大。而拟杆菌门（Bacteroidetes）、绿弯菌门（Chlorflexi）、互养菌门（Synergistetes）、变形菌门（Proteobacteria）、无壁菌门（Tenericutes）、螺旋体门（Spirochaetes）、球孢菌门（Lebtisphaeria）在不同窖池窖泥中所占比例也有所差别。对窖泥细菌属分类发现,9个窖泥样品中一共分成39个属。通过主成分分析发现其中13个细菌属对窖泥来源划分的贡献度较高。相同车间窖泥中八叠球菌属（Sporobacter）、红蝽杆菌属（Coriobacterium）、梭菌属（Clostridium）、纤维素单胞菌属（Cellulomonas）、Sediminibacter、氨基杆菌属（Aminobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、Sporosarcina所占比例基本相同。而脱卤素杆菌属（Dehalobacter）、醋杆菌属（Acetobacter）、互营菌属（Syntrophus）、冷单胞菌属（Psychromonas）只在7、8、9号窖泥中发现有一定比例的分布,而在其他窖泥中均未检测出。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序技术的浓香型和芝麻香型白酒酒曲细菌群落结构分析

基于Illumina Miseq测序方法研究了浓香型白酒中高温酒曲和芝麻香型白酒高温酒曲的微生物菌群结构,并对酒曲中的细菌种类和丰度进行分析。结果表明,浓香型白酒中高温酒曲的优势类群主要有9个属,包括乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）和片球菌属（Pediococcus）等。芝麻香型白酒高温酒曲的优势类群主要有芽孢杆菌属（Bacillus）和别样芽胞杆菌属（Allobacillus）,其中别样芽胞杆菌属（Allobacillus）是首次在酒曲中发现且丰度较高的属,其特性和功能尚不清晰,有待更加深入地研究。     

基于高通量测序技术的食源性病原体检测应用进展

高通量测序是DNA测序技术发展中里程碑式的突破。面对突然爆发的食源性病原体疫情, 食源性病原体检测正从传统的物理化学方法以及核酸扩增杂交技术向无需富集分离的高通量测序技术发展。高通量测序技术把食源性病原体看成一个整体, 直接对食品样本中的所有病原体进行全基因组测序, 得到病原体基因组数据, 并进一步通过生物信息学分析, 得到病原体的基因型、毒力和耐药性报告。高通量测序技术广泛应用于食源性病原体检测的难点在于对测序数据的准确分析, 但其在食源性病原体的快速检测、预防食源疫情传播和日常的食源疫情监测, 尤其是发现未知食源性病原体方面拥有巨大的潜力。本文主要对基于高通量测序技术的食源性病原体检测技术的原理、应用进行综述, 并介绍了现阶段面临的挑战和机遇。     

基于高通量测序分析紫贻贝冻藏过程中菌群组成变化

以蒸汽开壳后获得的新鲜紫贻贝肉(FS)、-18℃冻藏1周紫贻贝肉(FS-1)、冻藏3周紫贻贝肉(FS-3)和冻藏9周紫贻贝肉(FS-9)为研究对象,采用DNA抽提试剂盒提取贝肉表面微生物基因进行高通量测序分析。各样本的有效序列区间为31 896~42 812条、操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU)范围为289~681,其中OTU最少的是冻藏9周样品,最多的是新鲜紫贻贝肉。分析多样性指数可知,菌群丰富度最低的是冻藏3周紫贻贝肉。在属水平上,各样本优势菌群中均包含弧菌属(Vibrio)。随冻藏时间的延长,葡萄球菌属(Staphylococcus)的占比逐渐降低。冻藏9周时新增希瓦菌属(Shewanella)且相对丰度很大,另外仅新鲜紫贻贝和冻藏9周样本的优势菌群中含有不动杆菌属(Acinetobacter)。     

基于Illumina Hiseq高通量测序红曲霉转录组学分析

分别以铵态氮、亚硝态氮为氮源培养安卡红曲霉（Monascus anka）GZUM-25,采用Illumina二代测序平台（Illumina Hiseq）对红曲霉GZUM-25进行转录组测序分析,分析不同氮源条件下调控红曲霉菌丝生长和产色素的差异表达基因,并对基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析。结果表明,从铵态氮和亚硝态氮培养下的安卡红曲霉GZUM-25基因组中共获得95个差异表达基因,其中,上调基因有37个,下调基因有58个。差异表达基因主要富集的功能为生物学过程、细胞组分和分子功能,富集的通路为磷酸肌醇代谢、淀粉和蔗糖代谢、苯乙烯降解、氨基苯基酸酯降解。     

基于高通量测序技术分析牛栏山大曲微生物多样性

为了探究牛栏山大曲的微生物菌群结构,为制曲工艺及成品曲质量评估提供理论依据,该研究采用高通量测序方法对牛栏山低温大曲原核16S rDNA V3/V4区和真核ITS1区进行微生物多样性分析。研究结果表明,从牛栏山大曲中共获得358种原核操作分类单元（OTU）,乳酸菌类群是大曲中主体原核生物,维斯氏菌（Weissella confuse）、耐酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）和戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）分别占大曲总OTU的22.68%、16.54%和9.84%,同时大曲中高温放线菌（Kroppenstedtia eburnea）可占14.78%;而真核多样性较低,仅获得69种OTU,扣囊覆膜酵母（Saccharomycopsis fibuligera）和库氏毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）是主体真核微生物,其余真核微生物含量较低;综上得出,牛栏山大曲中原核微生物多样性要远高于真核微生物,且大曲主体微生物较为明显。     

基于高通量测序技术分析浓香型白酒大曲真菌菌群多样性

采用高通量测序技术对15份浓香型白酒大曲真菌多样性进行分析。结果表明,不同样品真菌群落丰度和多样性存在显著差异。主坐标分析（PCoA）结果表明,样品NX-1、NX-3、NX-4、NX-10、NX-11真菌组成相似、样品NX-2、NX-8真菌组成相似、其余样品真菌组成存在差异。15份大曲样品中共检测到393个操作分类单元（OTUs）,隶属于6个门19个纲和117个属,其中子囊菌门（Ascomycota）、酵母纲（Saccharomycetes）和散囊菌纲（Eurotiomycetes）在15份大曲样品中的相对丰度均较高。在属分类水平上,15份大曲样品出现明显差异,样品NX-1、NX-4、NX-11中的热子囊菌属（Thermoascus）、嗜热真菌属（Thermomyces）,样品NX-3、NX-10、NX-13、NX-6和NX-14中的覆膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、毕赤酵母属（Pichia）,样品NX-5、NX-12、NX-15、NX-7中的曲霉属（Aspergillus）,样品NX-9中的曲霉属和根毛霉属（Rhizomucor）、样品NX-2中的威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）、酵母属（Saccharomyces）,及样品NX-8中的耐碱酵母属（Galactomyces）和双足酵母属（Dipodascus）相对丰度较高。     

基于纯培养和高通量测序技术解析仙桃地区鲊菜细菌多样性

为解析湖北省仙桃地区鲊菜中细菌多样性,该研究在采用纯培养技术对乳酸菌菌株进行分离鉴定的基础上,进一步使用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。纯培养结果发现,分离到的44株乳酸菌隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳球菌属（Lactococcus）,其中植物乳杆菌（L. plantarum）和戊糖乳杆菌（L. pentosus）分别占总分离株含量的40.91%和34.09%。Illumina Mi Seq高通量测序结果显示,鲊菜中优势细菌属主要包括乳酸杆菌属、明串珠菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属（Pseudomonas）和肠杆菌属（Enterobacter）,其平均相对含量分别为85.03%、3.31%、1.68%、1.50%和1.05%。由此可见,仙桃地区鲊菜中乳酸菌具有较高的多样性,且以植物乳杆菌和戊糖乳杆菌为主。