嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究

为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3. 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16S rRNA基因进行了扩增,并测定了基因的核苷酸序列. 翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显著.基于BR蛋白和16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员. 菌株AB3的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.     

厌氧氨氧化细菌的分子生物学鉴定

采用分子生物学方法从厌氧氨氧化污泥中提取细菌总DNA,使用特异性引物进行PCR扩增。扩增产物经过克隆、测序后,得到厌氧氨氧化菌部分16S rDNA序列(长度为838 bp)。将得到的序列构建系统发育树进行分析。结果表明,厌氧氨氧化污泥中的厌氧氨氧化细菌与Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete(AJ131819)细菌在进化上关系最近,并将该类细菌暂命名为Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete ASBBR Gene。     

高效产氢新菌种的分离鉴定与16S rDNA全序列

为快速确定分离细菌的分类地位和获得高效产氢细菌,从生物制氢反应器活性污泥中,分离到一株高效产氢细菌.分离菌株能利用糖蜜废水生产氢气.分离菌株Rennanqilyfl的16S rDNA碱基为1517 bp,登记注册号为AY332397.为革兰氏阳性,杆菌,菌体端生2根鞭毛,鞭毛较长,无芽孢.菌株R1为中温嗜中性偏酸产氢菌,最佳生长代时为7.8 h.最佳生长温度为38℃;最佳生长pH为4.5;严格厌氧.单位体积产氢量(YH2)为1902.8 ml/L,每克干细胞最大产氢速率(QH2)为12.9 mmol/(g·h).该菌株的16S rDNA序列在GenBank中比较得出的最为接近的种分别来自Clostridium等5个菌属,其中与纤维素梭状菌亲缘关系最近,16S rDNA同源性为91%,其他则为89%-90%.新分离菌株Rennanqilyfl是一个与其最近的梭状菌属各成员都不相同的新种,暂命名为生物制氢菌属Biohydrogenbacterium Gen.Nov.Sp.Nov.     

一株中度嗜盐菌SL21合成Ectoine的研究

从大连市普兰店盐场盐池淤泥中筛选出一株中度嗜盐细菌SL 21,对其进行形态和分子生物学鉴定.运用16 S rDNA技术建立SL 21系统发育树.该菌株为革兰氏阴性细菌,短杆状,最适生长NaCl浓度是10%.以其16S rDNA序列相似性为基础构建了包括7种相关种属在内的系统发育树.结果表明,SL 21与Halomonas venusta的同源性达到99%以上,应归属于盐单胞菌属.研究了中度嗜盐菌SL21的渗透压补偿溶质(Ectoine)的生成及生成条件.用含2 mol.L-1NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下,培养48 h,诱导生成Ectoine为285.1 mg.L-1,其Ectoine生成的最适诱导温度是30℃,最适NaCl浓度是2 mol.L-1.     

阿尔金山盐湖极端嗜盐古生菌的分离及16S rDNA序列分析

为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种资源,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ2和AJ4,采用PCR方法扩增出其16S rRNA基因(16S rDNA),并测定了基因的核苷酸序列.基于16Sr DNA序列的同源性比较和系统发育学分析,发现菌株AJ2是Natrmema属中一个与其他成员不同的新种,命名为Natrinema ajinwuensis sp.nov.;菌株AJ4是Haloarcula属中成员argentinensis的一个亚种,取名为Haloar-cula argentinensis subsp.ajinwuensis.菌株AJ2和AJ4的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号分别为AY208972和AY208973.     

中国浓香型白酒窖池中原核微生物的特性及系统发育分析

利用PBS缓冲液富集窖池酒醅中的微生物菌体，研究窖池中微生物区系分布及相互关系。在分子分类水平上，运用PCR扩增技术和16S rDNA序列同源性分析等方法测定窖池中原核微生物的16S rRNA基因全序列，根据与基因数据库中相似菌群16S rDNA序列的同源性比较建立系统发育树图。结果发现：当浓香型窖池中酒醅发酵60d后，窖池中心部位仅有细菌分布且主要分为4个菌群，高G C(mol)％革兰氏阳性放线菌群、低G C(mol)％革兰氏阳性乳酸细菌群、梭杆菌群、革兰氏阴性紫细菌群，其中，β-紫细菌群约占窖池中原核微生物的80％。     

硫酸盐还原菌Anaerofilum Pentosovorans A9鉴定及其生长因子研究

应用Hungate厌氧技术,从大庆油田常规水驱采出液中分离到一株硫酸盐还原功能菌株A9,进行形态、生理生化、16S rDNA以及16S-23S rDNA间隔区序列鉴定以及生长因子研究.该菌株为G ,短杆状,能运动,具有硫酸盐还原功能,产H2S,兼性厌氧;能以水溶性聚丙烯酰胺为唯一碳源;A9菌株与Anaerofilum pentosovorans(AP716816S)的相似性水平达98%,初步鉴定可能为Anaerofilum属的新种,暂时命名为Anaerofilum pentosovoransA9.生长因子及其正交试验结果表明,pH、温度都达到极显著的水平,聚合物影响达到显著水平;菌株最适生长pH为8.0,喜中性偏碱环境;最适温度为40℃,属于嗜中温菌;聚合物质量浓度为600 mg/L生长较好,菌株对降低聚合物黏度效果明显;总矿化度最适生长范围为1.5×103-2.5×104mg/L.     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌。以其16S rDNA序列相似性为基础构建系统发育树。结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%。耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质(Ec-toine)生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L。     

聚丙烯酰胺降解菌株分离及其系统发育分析

应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采油五厂十三区聚合物配注站的母液罐中分离到一株聚丙烯酰胺降解菌株CMW,该菌株为G ,杆状,黑色圆形菌落,最适温度为38℃,最佳pH为7.8,具有硫酸盐还原功能,产H2S,严格厌氧.研究表明,该菌株能以聚丙烯酰胺为唯一碳源,降解侧链,部分官能团发生改变,质量浓度为500 mg/L时菌株具有较高的聚丙烯酰胺降解能力,其溶液黏度下降效果显著.通过形态、生理生化、16S rDNA以及16S~23S rDNA间隔区序列鉴定,可能为梭菌属的新种,暂时命名为Clostridium.sticklandiiCMW(GenBank登录号为DQ011249).16S rRNA基因序列较为保守更适合属间的鉴定,16S~23S rDNA间隔区序列包含tRNAIle和tRNAAla基因,更适合属内种间鉴定.     

快速筛检活性污泥中硫酸盐还原菌的新方法

由于硫酸盐还原菌(SRB)的生物学多样性以及在系统发育学上的分散性,采用传统方法筛选活性污泥中的SRB准确率不高,且耗时、耗力,而直接采用16S rRNA基因(rDNA)序列分析方法既耗资又不适合从大量细菌中检测SRB.本研究开发出一种新方法,采用SRB16S rDNA特异引物SRB385F为正向引物,真细菌通用引物EUB926R为反向引物,通过梯度PCR,选择适当的退火温度来扩增SRB通用培养基分离的细菌,通过扩增条带与阳性和阴性对照比较,判断待检测菌株是否为SRB,整个过程仅需6h即可完成.将测试菌株进行16S rDNA测序表明该技术获得的阳性菌株全部为SRB.     

Length polymorphisms for intergenic spacer regions of 16S-23S rDNA in members of the new hydrogen-producing bacteria

A method based on PCR amplification of the 16S rRNA gene (rDNA)-23S rDNA intergenic spacer regions (ISR) was developed for the identification of species within the novel group hydrogen-producing anaerobes. The sizes of the PCR products varied from 1264 to 398 bp. Strain of isolate Rennanqilyf 3 was characterized as having products of 1262,398,638,437 and 436 bp. The isolate Rennanqilyf 1 had product of 1264 bp. The isolate Rennanqilyf 13 had products of 1261,579 and 485 bp. Of the 3 species of the novel group hydrogen-producing anaerobes examined, no one was indistinguishable. Two environmental isolates were identified as hydrogen-producing bacteria, which were new species in present taxon. Rennanqilyf 3 could not be associated with any Clostridium sp. studied. Rennanqilyf 1 could be classified into Clostridium genus. The combination between 16S rDNA equencing and length polymorphisms of IRS in 16S-23S rDNA is a better method for determining species of the hydrogen-producing bacteria.     

附着型硫酸盐还原菌的分离及其定量检测

针对附着型硫酸盐还原菌(A-SRB)对管道和罐壁的腐蚀问题,应用Hungate厌氧技术对附着型硫酸盐还原菌进行分离、系统发育分析和定量检测研究.研究表明,在地面系统中的SRB菌里,附着型SRB菌占多数,该菌株主要分布在厚壁菌门梭菌纲(Clostridia)、变形菌门的γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria),其中梭菌属(Clostridium)为优势菌属,附着型的硫酸盐还原菌的种类比较新颖.通过安装在管壁上的检测装置和绝迹稀释法(MPN)联用实现附着型SRB菌的定量检测,该技术已在油田生产中实际应用.     

Isolation and identification of a bacteria strain Enterobacter cloacae I7 for degradation of hydrolyzed polyacrylamide

A bacteria strain for the degradation of hydrolyzed polyacrylamide (HPAM) was isolated from a curing pot in HPAM distribution station of Daqing Oilfield using Hungate anaerobic technique.The isolate was investigated from morphological,physiological,biochemical and molecular characterization.It is a Gram-negative,short-bacillus,non-spore-forming anaerobic bacteria with an optimum growth at 8.0 pH at 40℃.It can reduce sulfate to H2S.Alignment of 16S ribosomal DNA and 16S-23S ribosomal DNA intergenic spacer sequences suggests that this isolate is closely related to the Enterobacter cloacae.The isolate is identified as a new strain belonging to Enterobacter genus,temporarily named as Enterobacter cloacae I7.Analysis results of infrared spectroscopy (IR) show that the bacteria can use HPAM as the only carbon source,change the structure of HPAM polymer surface,and realize the hydrolysis of amide to carboxyl group by hydrolysis mechanism.It can degrade the side chain and change some functional groups,which obviously decreases the viscosity.GC-MS analysis indicates that the determined low-molecular weight degradation products of HPAM are polyacrylamide fragments with duplet bond,epoxy as well as carbonyl group,but most of them are acrylamide oligomer derivatives.     

分子生态技术在污染土壤微生物生态研究中的应用

分子生态学技术克服了传统微生物培养技术的限制,可以更精确地揭示环境中微生物种群结构及其遗传的多样性,使得污染微生物生态学的研究进入一个新的阶段.本文主要介绍了基于16S rDNA的分子分析技术,包括16S rD-NA序列分析、ARDRA((扩增rDNA限制性分析)、T-RFLP、RFLP(末端限制性片段长度多态性)技术、RISA(核糖体基因间隔序列分析)法、SSCP(单链构象多态性)分析、DGGE/TGGE(变性/温度梯度凝胶电泳)技术、RAPD(随机扩增多态性DNA分子标记)技术,及其在污染环境微生物多样性研究中的应用研究进展,为污染微生物生态学的进一步研究应用提供帮助.     

罗布泊盐湖Halomonas属内种的多样性及系统分类

采用4种培养基和常规的分离技术对来自罗布泊盐湖的9份土壤样品进行了分离,结合16S rRNA测序结果采用常规方法对分离菌株进行了鉴定,探索了罗布泊Halomonas属细菌的物种组成情况。实验结果表明:罗布泊盐湖中具有Halomonas属的细菌10个种,其中9个菌株同已知种(Halomonas ventosae Al12T,Halomonas elonga-ta ATCC 33173T,Halomonas caseinilytica JCM 14802T,Halomonas taeanensis KCTC 12284T,Halomonas pantelleriensisDSM 9661T,Halomonas sulfidaeris DSM 15722T,Halomonas salina F8-11T和Halomonas cupida DSM 4740T)的相似性在98.4%～100%之间;另外,获得1个菌株(编号为GT 123),同关系最近的模式种Halomonas anticariensis的相似性仅为95%,属于Halomonas属内一个新的分支。菌株GT 123的多相分类结果表明其分类地位为Halomonas属内的一个新种。由此可见,罗布泊盐湖存在丰富的Halomonas属细菌物种多样性,并且潜藏着一定的新物种资源。     

一株耐盐菌DL41诱导合成Ectoine及海藻糖的研究

从盐池淤泥中采集土样,用盐梯度法筛选分离得到一株耐盐微生物DL41,对其进行菌落及菌体形态、分子生物学鉴定和生长特性研究.通过PCR技术,进行16S rDNA鉴定,建立系统发育树.还研究了耐盐微生物DL41合成相容性物质Ectoine和海藻糖诱导条件.     

一株耐盐菌DL41诱导合成Ectoine及海藻糖的研究

从盐池淤泥中采集土样,用盐梯度法筛选分离得到一株耐盐微生物DL41,对其进行菌落及菌体形态、分子生物学鉴定和生长特性研究.通过PCR技术,进行16S rDNA鉴定,建立系统发育树.还研究了耐盐微生物DL41合成相容性物质Ectoine和海藻糖诱导条件.