丹江镇辣椒红酸汤细菌菌群多样性分析及抗食源性致病菌乳酸菌筛选

以贵州丹江镇传统辣椒红酸汤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术进行细菌菌群多样性分析,结合微生物纯培养技术和双层平板法从中分离优势乳酸菌,通过分子生物学技术对其进行菌种鉴定,并筛选抗食源性致病菌乳酸菌。结果表明,辣椒红酸汤样品中的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。从辣椒红酸汤样品中共分离得到17株乳酸菌,经鉴定,11株为干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）、3株为副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）、1株为副干酪乳杆菌亚种（Lactobacillus paracasei subsp.）、1株为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、1株为乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）,其中4株乳酸菌具有较好的产酸和抑菌性能,且干酪乳杆菌ST7-14的抑菌能力最好,对蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）ST2-1和阴沟肠杆菌（Enterobacter cloacae）ST2-6的抑菌圈直径分别为37.0 mm和31.5 mm。     

武陵酱香型白酒七轮次高温堆积细菌群落多样性分析

本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品细菌群落多样性进行了分析。结果表明，武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中共检出39个门和756个属；门水平下，各轮次共有的优势菌门（相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes），属水平下细菌的相对丰度平均大于1%，且出现在1个样品以上的核心细菌属有5个，分别为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属(Bacillus)、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）和unclassified f＿＿Bacteria，各轮次共有的优势菌属（相对丰度≥1%）为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌（Acetobacter）。说明武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构具有多样性特点，同时菌群群落结构具有一致性和差异性。本研究结果揭示了武陵酱香型白酒7个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构与特征，为酱香型白酒高温堆积酿造过程中细菌群落结构变化规律解析提供了理论支持，为实现酱香型白酒高...     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、四联球菌属（Tetragenococcus）和棒状杆菌属（Corynebacterium）,其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,副干酪乳杆菌副干酪亚种（Lactobacillus paracasei subsp. paracasei）、食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和融合魏斯氏菌（Weissella confusa）。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。     

重庆东部地区鲊广椒乳酸菌分离鉴定及细菌菌群多样性分析

为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性，该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象，采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定，并进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进行了解析。结果表明，采用纯培技术共从鲊广椒样品中分离得到122株乳酸菌，鉴定为同一个门5个属下的22个种，其中戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）为鲊广椒中的优势细菌，分别占乳酸菌总分离株的26.23%、20.49%和18.85%。高通量测序结果表明重庆东部地区鲊广椒样品以厚壁菌门（Firmicute）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）为主，且在属水平上平均相对丰度大于1.0%的细菌属有7个，包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）、棒状杆菌属（...     

基于纯培养和高通量测序技术解析仙桃地区鲊菜细菌多样性

为解析湖北省仙桃地区鲊菜中细菌多样性,该研究在采用纯培养技术对乳酸菌菌株进行分离鉴定的基础上,进一步使用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。纯培养结果发现,分离到的44株乳酸菌隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳球菌属（Lactococcus）,其中植物乳杆菌（L. plantarum）和戊糖乳杆菌（L. pentosus）分别占总分离株含量的40.91%和34.09%。Illumina Mi Seq高通量测序结果显示,鲊菜中优势细菌属主要包括乳酸杆菌属、明串珠菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属（Pseudomonas）和肠杆菌属（Enterobacter）,其平均相对含量分别为85.03%、3.31%、1.68%、1.50%和1.05%。由此可见,仙桃地区鲊菜中乳酸菌具有较高的多样性,且以植物乳杆菌和戊糖乳杆菌为主。     

高粱单宁含量对清香型大曲白酒酒醅中细菌种群的影响

利用高通量测序技术对清香型大曲白酒含单宁高粱和不含单宁高粱酒醅中的细菌种群进行了分析,研究了高粱单宁含量对细菌种群的影响。分别采集发酵第1、3、7和21天的酒醅,提取细菌基因组DNA,并扩增了16S rDNA的V4区,扩增产物构建文库并进行高通量测序,测序结果进行生物信息学分析。结果表明,两种酒醅中的主要细菌种群有片球菌属（Pediococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、拟杆菌属（Bacteroides）、窄食单胞菌属（Stenotrophomonas）等。在发酵的第1天和第3天,不含单宁酒醅的细菌种群多样性高于含单宁酒醅的;但之后却完全相反。单宁含量对细菌种群差异的贡献率为22.39%,芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）与单宁含量呈显著负相关（P＜0.05）。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。     

酱香型郎酒高温大曲、酒醅和窖泥中细菌群落结构分析

该研究利用高通量测序技术对酱香型郎酒大曲、酒醅和窖泥的细菌菌群进行多样性解析和比较分析。结果表明,郎酒窖泥中细菌菌群的丰富度和多样性最高,大曲中细菌菌群的多样性远高于酒醅。窖泥中主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（26.1%）、埃希氏菌-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）（12%）、梭菌属（Clostridium）（7.9%）等,嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）作为主体菌,同时存在多种未培养菌种;大曲中的主要优势菌群包括泛菌属（Pantoea）（21.9%）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）（21.4%）、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）（19.4%）和乳球菌属（Lactococcus）（9.4%）等;酒醅中主要优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）（42.7%）、魏斯氏菌属（Weissella）（32.1%）、芽孢杆菌属（Bacillus）（14.2%）和乳杆菌属（Lactobacillus）（8.3%）,乳酸菌占据优势地位。     

恩施市3种泡辣椒样品中细菌多样性研究

以恩施市3种泡辣椒为研究对象,使用MiSeq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术相结合的手段对样品中细菌群落的结构进行解析,并采用传统微生物培养方法及分子生物学技术对其中的乳酸菌进行分离和鉴定。结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为泡辣椒中的优势细菌门,其平均相对含量分别为85.70%、12.59%;乳酸杆菌属(Lactobacillus)为优势细菌属,其平均相对含量达67.37%。通过传统微生物培养方法共分离鉴定出14株乳酸菌,其中7株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),2株为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),3株为屎肠球菌(Enterococcus faecium),2株为香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)。结果表明,泡辣椒中的优势乳酸菌为植物乳杆菌。     

石花清香型白酒大茬和二茬酒醅真菌类群的比较

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对襄阳地区清香型白酒大茬和二茬酒醅中的真菌群落结构及多样性进行对比分析。结果表明,大茬酒醅中真菌菌群的丰富度和多样性均高于二茬酒醅,且2种酒醅真菌类群存在明显的差异。2种酒醅共有134个核心OTU,在门水平上,2种酒醅的优势真菌门均为子囊菌门（Ascomycota）,平均相对含量分别为99.82%和99.97%。在属水平上,大茬酒醅中优势真菌属为热子囊菌属（Thermoascus）（33.77%）、腹膜孢酵母属（Saccharomycopsis）（22.60%）、酵母属（Saccharomyces）（13.51%）、Leiothecium（9.34%）、曲霉菌属（Aspergillus）（4.19%）和汉逊酵母属（Hanseniaspora）（1.62%）,二茬酒醅中优势真菌属为Saccharomyces（84.64%）、Saccharomycopsis（1.42%）和Thermoascus（1.30%）。由此可见,虽然共有部分真菌类群,但2种酒醅真菌群落结构存在明显的差异。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

清香酒醅中高产细菌素乳酸菌的筛选及其细菌素特性研究

目的:从清香酒醅中筛选高产细菌素乳酸菌,分析其在酿酒环境中应用的可能性。方法:本研究采用牛津杯法筛选清香酒醅中具有抑菌活性的乳酸菌,结合形态学、16S rDNA法鉴定高产细菌素乳酸菌,并对酒醅乳酸菌细菌素的稳定性及对酿酒微生物的作用进行研究。结果:从清香白酒酒醅中分离的146株乳酸菌中,筛选到对指示菌金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)具有明显抑制效果的4株菌,经鉴定YP36为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),MC15-1和MC49-1是短乳杆菌(Lactobacillus brevis),SL28为布氏乳杆菌(Lactobacillus buchneri)。细菌素稳定性方面,菌株YP36和SL28的细菌素在4~121℃范围内热稳定性无显著变化(P>0.05),菌株MC15-1和MC49-1抑菌能力在4~60℃范围内较稳定(P>0.05),121℃处理后的抑菌活性分别是4℃下的抑菌活性的68.4%和56.38%;4菌株细菌素的酸碱稳定性非常相似,在pH2.0~4.0范围内,抑菌活性无显著变化(P>0.05),pH为6.0时略有下降,当pH为8.0时抑菌活性消失。4株菌的细菌素对清香酒醅中酵母菌无抑制作用。结论:菌株YP36、MC15-1、SL28以及MC49-1理化性质良好,对乳酸菌在酒醅环境中应用具有重要的意义。     

基于MiSeq测序技术石花酒大曲中微生物多样性解析

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对襄阳市石花酒大曲中微生物多样性进行分析。结果表明,4个样品中优势细菌门（＞0.1%）为变形杆菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）,且均为核心菌门;优势细菌属（＞1%）为假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、链霉菌属（Streptomyces）、魏斯氏菌属（Weissella）、明串珠菌属（Leuconostoc）和Kroppenstedtia。优势真菌门（＞0.1%）为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和Mucoromycota,其中子囊菌门为核心菌门;优势真菌属（＞1%）为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、红曲菌属（Monascus）、热子囊菌属（Thermoascus）、青霉菌属（Penicillium）、曲霉属（Aspergillus）和Leiothecium。样品中假单胞菌属和曲霉属呈现显著正相关（P＜0.05）。综上,4个石花酒大曲样品中共有大量的核心菌群,且样品中细菌与真菌有一定的相关性。     

高通量测序在酱香白酒微生态多样性研究中的应用

通过提取酱香型白酒生产发酵过程3轮次、7轮次酒醅微生物基因组DNA,采用高通量测序技术对酒醅中的微生态多样性进行测序分析。结果表明,酱香型白酒发酵过程3轮次酒醅（L3）中乳杆菌属（Lactobacillus）和芽孢杆菌属（Bacillus）是原核微生物中绝对优势菌,而7轮次酒醅（L7）中盐单胞菌属（Halomonas）是原核微生物中最优势菌属;同时在L3样品中嗜热真菌属（Thermomyces）和嗜热子囊菌属（Thermoascus）是发酵过程真核微生物中的绝对优势菌,而在L7样品中隐球菌属（Cryptococcus）则是真核微生物中的最优势菌属。对比两轮次酒醅中微生物分析结果,二者的微生态多样性存在较大的差异。分析认为可能正是因为两轮次酒醅中微生物在发酵过程中处于动态变化的差异性,导致两个轮次生产出的酒在产量和质量风味上自然存在较大的差异。     

清香型大曲中产香细菌的分离筛选及鉴定

为提升麸曲清香型白酒风味品质，该研究采用稀释平板涂布培养法从清香型白酒大曲中分离纯化细菌，采用感官嗅闻法从中筛选出具有产香气功能的细菌菌株，将其应用于麸曲白酒酿造，并通过形态观察及分子生物学技术对其进行菌种鉴定。结果表明，分离筛选得到2株具有香气功能的细菌，编号分别为HXX7和HXX12，其发酵液中挥发性香气成分丰富，均含有酯类、醛酮类、酚类、杂环类化合物等，具有较强产香能力。将菌株HXX7和HXX12分别应用于麸曲清香型白酒生产，其中，菌株HXX7发酵酒样中丁酸乙酯（41.91 mg/L）、4-乙基愈创木酚（148.70 mg/L）、3-羟基-2-丁酮（312.68 mg/L）、苯乙醛（79.27 mg/L）、β-苯乙醇（128.38 mg/L）含量升高。结果表明，菌株HXX7可增加原酒香气，改善原酒风味，从而提升白酒品质。菌株HXX7被鉴定为地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）。     

酱香型白酒二轮次堆积酒醅微生物群落与理化指标相关性研究

采用高通量测序技术分析酱香型白酒二轮次堆积发酵过程中堆积酒醅微生物群落结构及演替规律。结果表明,酱香型白酒二轮次堆积发酵酒醅中共检测出171个属微生物,其中细菌125个属,真菌46个属。堆积酒醅中优势真菌包括曲霉属（Aspergillus）、假丝酵母属（Candida）、裸胞壳属（Emericella）、毕赤酵母属（Pichia）、红曲霉属（Monascus）、毛孢子菌属（Trichosporon）、节担菌属（Wallemia）、威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）;优势细菌包括芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、海洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）、枝芽孢菌属（Virgibacillus）、片球菌属（Pediococcus）、光冈菌属（Mitsuokella）等。相关性分析结果表明,淀粉、总酸含量与曲霉属、裸胞壳属等微生物的丰度呈极显著正相关（P＜0.01）,有利于微生物的生长繁殖;温度、粗蛋白和还原糖的含量与裸胞壳属的丰度呈极显著负相关（P＜0.01）,对裸胞壳属的生长有抑制作用;水分含量与微生物多样性之间的相关性不显著（P≥0.05）。     

信阳黑猪腊肉的微生物多样性分析及优势菌分离鉴定

为全面解析信阳光山自然发酵黑猪腊肉中的微生物菌落结构组成,采用Illumina MiSeq高通量测序和传统选择性培养基分离筛选相结合的方法,分析腊肉中的细菌多样性和真菌多样性并对分离优势细菌和真菌进行16SrDNA和26S rDNA鉴定。结果显示,信阳腊肉优势细菌中厚壁菌门( Firmicutes) 和变形菌门( Proteobacteria)相对丰度占比均值之和达到99.67%,为绝对优势细菌门;优势真菌为酵母,其菌落总数为4.65 lg(cfu/g)低于细菌2个数量级。在属水平上,相对丰度占比前5的优势细菌依次为乳球菌属(Lactococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳杆菌属(Lactobacillus)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)。并从腊肉中分离鉴定得到6株优势细菌和2株优势酵母分别为格式乳球菌,清酒乳杆菌,马胃葡萄球菌,广布肉毒杆菌,溶酪巨球菌,孤独四联球菌,胶红酵母和隐球酵母各1株,从而为后续进一步研究优势菌种在发酵过程中的具体作用和演替变化提供了可能,并为发酵肉行业的标准化生产提供理论依据和技术支撑。