水质中大肠杆菌荧光定量PCR检测方法的建立及应用

[目的]建立迅速、特异的水质中大肠杆菌群荧光定量PCR检测方法。[方法]根据Genbank中大肠杆菌保守的uida基因序列,设计特异性引物,扩增并构建重组质粒作为标准品。同时设计荧光定量PCR引物,优化荧光定量PCR定量反应体系,建立水质中大肠杆菌的绝对定量方法。[结果]成功地构建了含uida基因的重组质粒,利用标准质粒为参照,分别对不同来源的水质进行检测,成功检出每微升水质中大肠杆菌的基因拷贝数,且方法具有特异性好、重复性高的特点。[结论]初步建立水质中大肠杆菌的荧光定量PCR检测方法,可为饮用水中大肠杆菌迅速检测,包括污染源头诊断的标准方法的确立提供依据。     

肉制品中沙门氏菌invA基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

针对沙门氏菌invA基因设计一对特异引物,建立SYBR Green实时荧光定量PCR检测方法,并进行特异性、敏感性、重复性检测。结果表明,所建立的沙门氏菌实时荧光定量PCR检测方法,特异性良好,组间组内重复性良好,沙门氏菌检测下线为101CFU/mL。本研究建立了沙门氏菌特异、敏感、快速的实时荧光定量PCR检测方法,为沙门氏菌的快速诊断奠定了基础。      

实时荧光定量PCR技术检测转基因大豆方法的建立

采用实时荧光定量PCR技术 ,通过使用特异的引物和探针 ,对大豆中的内源基因Lectin和转基因大豆中的外源基因EPSPS进行了定量检测 ,建立了Monsanto公司生产的商业化转基因大豆Roundup Ready○R的定量PCR检测方法。该方法的检测灵敏度 <0 0 1% ,是国际上设定的转基因最低限量的 10 0倍     

乳中志贺氏菌的荧光定量PCR检测方法的建立

为了快速、有效的检测乳中的志贺氏菌,建立一种特异性强、灵敏度高的荧光定量PCR方法。根据GenBank公布的志贺氏菌ipaH基因的保守序列设计特异性引物,对提取的志贺氏菌DNA模板进行PCR扩增,对目的基因进行克隆和测序,然后利用荧光定量PCR方法,对志贺氏菌进行检测,确定其扩增条件。建立的方法特异性强,检测的灵敏度可达到10-6 ng/μL。利用建立的方法可检测乳中2.84 cfu/mL的志贺氏菌。该方法为快速、准确检测乳中的志贺氏菌提供了参考。     

溶藻弧菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立溶藻弧菌（VA）的快速检测方法,本研究以VA Collagenase基因为靶基因设计合成引物及Taq Man探针,建立了实时荧光定量PCR快速检测VA的方法。结果显示,对15株实验菌株进行荧光定量PCR检测,只有VA菌株检测为阳性,表明该检测方法特异性强;该方法的灵敏度为18 cfu/m L;稳定性和重复性实验结果表明,同一样品重复检测4次Ct值的变异系数均小于2%;利用该检测方法对采集的165份样品进行检测,共计检出2份VA阳性样品,与SN/T2564-2010行标法检测结果一致,显示了良好的实用性。该检测方法灵敏度高、特异性强,具有良好的实用性。      

食源性肠球菌荧光定量PCR检测方法的建立与评价

利用基因组序列比对分析等生物信息学方法发掘肠球菌新的属特异性靶点,根据42个候选靶点序列设计50对引物,结合普通PCR初筛和荧光定量PCR复筛,挑选特异性和灵敏度等检测性能最佳的引物,建立相应的荧光定量PCR检测方法,并对该方法应用于食品中肠球菌检测时的效果作出评价。分析结果显示,特异性最强的引物为EF1902,利用该引物建立的荧光定量体系检测肠球菌时均产生特异性扩增信号,而检测非肠球菌菌株时均无特异性扩增信号形成。经优化PCR体系后,该方法的基因组DNA检测灵敏度为13.78拷贝/PCR,纯培养物灵敏度为38.4 cfu/PCR。以肠球菌人工污染牛奶,当初始接菌量为2.63 cfu/mL时,只需增菌6 h即可用该方法检出肠球菌。对52份食品样品进行检测准确率为94.23%,证实了该方法可应用于食源性肠球菌的快速检测。综上所述,作者建立的肠球菌荧光定量PCR方法,特异性强且灵敏度高,可应用于食品中肠球菌的快速检测。     

通用型酵母菌实时荧光PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测鉴定食品中酵母污染菌实时荧光PCR法,根据酵母基因序列设计出通用型探针和引物,建立了运用实时荧光PCR法检测酵母的反应体系和反应条件,进而对该方法进行特异性验证,灵敏度分析及稳定性评价,并应用于产品样本的检测。特异性试验表明,酵母菌检测结果均为阳性,而细菌、霉菌均为阴性,荧光PCR检测结果的特异性为100%。灵敏度试验表明,酵母菌检出限在760 cfu/m L。稳定性试验表明,酵母菌组内实验CV在0.62~0.81%之间波动,而组间实验在0.43~0.77%之间波动。通过样品增菌检测发现在培养12 h后能检出阳性。本研究所建立的实时荧光PCR法特异性好、灵敏度高、稳定性好,具有快速、简便的特点,为快速检测食品中酵母污染提供新的方法和途径,具有很好的研究价值和应用前景。     

荧光PCR方法定量检测食品中香菇成分

摘要：【目的】为辨别出口商品和国内市场中谎报香菇成分、以次从好的菌菇产品,准确核定菌菇产品的价格,打击出口骗税等不法行为,特应急研究开发本方法。【方法】选取香菇基因组单拷贝核基因Hydrophobin Protein基因,设计香菇种属特异性引物,扩增107 bp的片段,用于荧光PCR定量检测。分别以3种香菇作为阳性对照和14种非香菇菌种、植物产品作为阴性对照,测试实时荧光PCR引物和探针的特异性。以香菇标准DNA进行8个浓度梯度稀释,测试本定量方法绝对定量限。制备12个梯度含量的香菇DNA样品,测试香菇相对含量的标准曲线。【结果】结果表明本研究建立的香菇荧光PCR定量检测方法对香菇物种的特异性好,与其他食物物种无交叉结果,荧光PCR扩增效率为0.90,绝对定量限LOQ为0.01 ng和含量检测LOQ为0.05％。【结论】本方法重复性和实用性好,可以满足食品和调味料中香菇含量定性定量检测要求。     

TMV、CMV和PVY三重荧光定量PCR同步检测方法的建立

为建立同时检测烟草普通花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)和马铃薯Y病毒(PVY)的多重荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank中TMV、CMV及PVY的CP基因保守序列设计引物和探针,并对反应体系进行了优化,建立了可同时检测TMV、CMV和PVY的三重荧光定量PCR方法,并评价了该方法的敏感性、特异性、重复性及准确性。结果显示,建立的方法中TMV、CMV和PVY的检测下限分别为2.60×10¹、1.25×10¹、2.33×10¹ copies/μL,检测灵敏度比普通PCR法提高10倍;该方法可特异性检测出TMV、CMV和PVY,但烟草蚀纹病毒(TEV)、烟草脉带花叶病毒(TVBMV)和番茄斑萎病毒(TSWV)无法检出且无交叉反应,批内与批间重复性试验变异系数均小于1.5%,24份样本检测结果中TMV、CMV和PVY的阳性检出率分别为75%、100%和41.67%,且三重荧光定量PCR方法与普通单重PCR方法得出一致的检测结果。结果表明本研究建立的三重荧光定量PCR检测方法具有特异性强、稳定性好、准确性高等优点...     

荧光定量 PCR 检测原料乳中鲁氏不动杆菌方法的建立

为建立鲁氏不动杆菌（Acinetobacter lwoffii）的快速检测方法,本研究以A.lwoffii中的β-内酰胺酶基因(ALbla_OXA-134)为目的基因设计特异性引物,建立了SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测A.lwoffii的方法。结果显示,该方法可快速检测A.lwoffii的存在,检测灵敏度为2.4×10²cfu/m L,建立的标准曲线为y=-3.838x+40.93,相关系数为0.993。与其他原料乳中常见的微生物均未发现交叉反应。人工阳性样品乳中A.lwoffii的检测限为2.4×10³cfu/m L。最后,对2015年11月至2016年1月长江下游地区8个牧场的原料乳进行监测。结果表明该检测方法具有较好的敏感性、特异性和实用性,为快速检测原料乳中的A.lwoffii提供了有力的技术支撑,有利于保障原料乳的质量安全。      

烟草PVY Real-Time PCR定量检测体系的建立及应用

马铃薯Y病毒是近年来危害烟草生产的重要病毒之一,严重影响烟草的产量与品质。本研究利用DNAMAN软件对GenBank数据库中已登录的马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)全基因组序列进行序列比对,设计引物,以烟草肌动蛋白基因为内参,建立了烟草PVY的实时定量检测体系。获得的real-time PCR扩增基线平整,指数扩增明显,斜率大;稳定性和重现性好,变异系数小;循环阈值与PCR起始模板量对数之间存在良好的线性关系。与DAS-ELISA相比,该方法具有高效、灵敏、特异性强等优点,为从分子生物学水平上检测烟草中PVY提供了新的技术手段。     

常见食用菌中转基因成分定性PCR检测方法的建立

将食用菌转基因研究用的质粒载体(p301-bG1)DNA,添加到19种常见食用菌样品中,作为模拟阳性样品,从中提取出DNA用于PCR分析,建立了常见食用菌中3个大小分别为165、398、599bp的外源基因(NOS、BAR、GUS)的特异性DNA片段的定性PCR检测方法,还进行了二重与三重PCR分析,并通过不同的模板DNA浓度对PCR扩增结果的影响,分析了PCR检测的灵敏度。     

多重PCR同时检测食品中4 种细菌与常见霉菌

建立一种同时检测食品中金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7以及霉菌的多重聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法。根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因（nuc）、沙门氏菌的侵袭正调节蛋白基因（hilA）、大肠杆菌O157:H7鞭毛基因（flic）、单核细胞增生李斯特氏菌的毒力调控蛋白基因（prfA）及霉菌18S?rRNA基因V5区分别设计5?对特异性引物,并对PCR扩增反应体系和扩增条件进行优化,确定获得特异性良好的PCR扩增产物。而后在37?℃对人工污染致病菌的香肠、面包和豆腐进行增菌培养,5?种致病微生物在20?h内的检出限均可达到100?CFU/25?g。本实验建立的多重PCR检测方法适用于食品中4?种细菌与常见霉菌的同时检测,相较于传统检测方法,具有快速、简便、特异性高的优点。     

副溶血性弧菌微滴数字PCR定量方法的建立

目的:采用微滴式数字PCR技术(Droplet digital PCR,ddPCR),建立副溶血性弧菌快速定量检测。方法:以副溶血性弧菌TLH基因为靶基因,验证确定ddPCR方法的特异性及定量检测的线性范围,以常检出副溶血性弧菌的海产品鳕鱼为样品进行阳性添加,确定方法的可行性。结果:本试验中采用ddPCR检测得到副溶血性弧菌特异性好,有效基因组DNA浓度范围为2~19440拷贝/20μL,分析得菌悬液浓度为50~4.86×10⁵ CFU/mL,与3M测试片所得菌悬液浓度无显著性差异(p>0.05),与荧光PCR相比,可以进行更低浓度检测且能准确定量。结论:副溶血性弧菌ddPCR定量检测技术特异性良好、灵敏度高、结果准确,具有实际应用价值。     

PCR技术检测沙门氏菌反应条件的优化

沙门氏菌是引起细菌性食物中毒的重要病源之一,因此建立一种快速、简便、灵敏的检测方法十分重要。该研究以沙门氏菌的侵袭蛋白基因invA为靶细胞设计引物,进行PCR扩增并对PCR反应体系中引物量、模板量、dNTP、退火温度和PCR循环数等进行优化,以确定适宜的PCR反应体系和PCR扩增反应程序。     

单核细胞增生李斯特菌荧光定量PCR检测试剂盒的研制

目的:建立一种用于单核细胞增生李斯特菌快速检测的荧光定量PCR试剂盒.方法:根据本课题组前期工作基础,针对单核细胞增生李斯特菌hly基因序列设计TaqMan探针和引物,建立荧光定量PCR检测方法,将反应试剂组装成试剂盒,并对该试剂盒的各项参数进行评价.结果:特异性试验表明,组装的试剂盒对8林单核细胞增生李斯特菌标准菌株的检测均呈阳性反应,对6株其它种的李斯特菌及13株食品(环境)中常见的非李斯特污染菌(如沙门氏菌、金黄色葡萄球菌)呈阴性反应.该试剂盒的基因组DNA检测灵敏度为3.94fg/反应(约合1.34CFU/反应).该试剂盒批内平均变异系数为2.2%,批间变异系数为1.9%,具有良好的重复性;同时稳定性强,反复冻融处理对其无明显影响;可在-20℃下避光保存1年.结论:该试剂盒具有特异性强、灵敏度高、重复性好、稳定性强等优点,可应用于单核细胞增生李斯特菌的快速检测.     

双通道荧光PCR快速检测水产品中主要致病性弧菌的研究

目的:建立水产品中副溶血弧菌和霍乱弧菌快速、敏感、特异的双通道荧光PCR同步鉴别体系.方法:针对副溶血弧菌TDH基因和霍乱弧菌ctxA基因设计合成2对特异性引物和2条Taqman探针,优化体系,建立双通道荧光PCR体系.结果:建立的双通道荧光PCR体系特异性强,引物和探针之间无干扰.对副溶血孤菌和霍乱孤菌的检测灵敏度高,下限均能达到5× 104 CFU/mL.体系稳定,重复性好,可操作性强,两种不同浓度基因组DNA无相互抑制现象,适用于不同条件、多种样品的检测.采用该方法对140份采自舟山、象山和杭州的各类水产品进行检测,副溶血弧菌和霍乱孤菌检出率分别为25.7％和3.6％,未见霍乱弧菌和副溶血弧菌混合污染的样品,表明建立的双重荧光PCR是一种可用于水产品等样品中副溶血弧菌和霍乱弧菌的快速、灵敏、特异的鉴别方法.     

实时荧光PCR在食源性致病菌监测中的应用研究

目的 建立沙门菌、志贺菌、单核细胞增生李斯特菌、大肠埃希菌O157:H7、金黄色葡萄球菌5种致病菌的实时荧光PCR检测方法,并在食源性致病菌监测工作中推广应用.方法 将菌株及样品经培养基增菌后,用热裂解法提取DNA,使用荧光定量PCR反应试剂盒,时该检测方法进行特异性验证,并在2006-2007年间,同时应用实时荧光PCR和传统方法对890份各类实际工作监测标本进行比较分析.结果 实时荧光PCR方法对19株不同种类标准菌株符合率为100%;对用传统方法检测分离到的5种食源性致病菌的符合率分别为:沙门菌96.61%,单核细胞增生李斯特菌92.30%,大肠埃希菌O157:H7、志贺菌、金黄色葡萄球菌均为100%;对890份监测标本检测结果表明,实时荧光PCR法对食品及临床标本中食源性致病菌的检出率略高于传统培养法,差异无统计学意义,而实时荧光PCR法可在3～36 h内时目标样品作出结果判断.结论 实时荧光PCR方法成功应用于食源性致病菌的检测,具有快速、特异和灵敏的特点,可作为食物中毒等突发公共卫生事件处置和重大活动食品安全保障工作的有效技术支撑.     

烟草种子内生真菌群落结构和多样性分析

种子内生菌对种子的生长发育具有重要作用。为深入了解烟草种子内生真菌群落结构与多样性,以ITS区的rDNA为靶标序列,采用Illumina MiSeq测序技术对K326、云烟85和云烟87烟草种子内生真菌群落结构组成和多样性进行测定分析。结果表明,3个品种烟草种子共获得342 264条序列,聚类到110个分类操作单元（OTU）,分别属于5个门、13个纲、24个目、34个科、56个属。品种K326和云烟85种子内生真菌群落结构相似,多样性均高于云烟87。其中赤霉菌属Gibberella、小画线壳属Monographella、链格孢菌属Alternaria、镰刀菌属Fusarium、红酵母菌属Rhodotorula、炭疽菌属Colletotrichum、隐球菌属Cryptococcus和曲霉菌属Aspergillus等在烟草种子中丰度较高。FUNGuild功能预测结果显示,烟草种子内生真菌包括以下功能菌群：植物病原菌、动物病原菌、内生菌、木材腐生菌、地衣寄生菌、土壤腐生菌、木材腐生菌等。烟草种子有丰富的内生真菌定殖,其中潜在的有益功能菌群包括镰刀菌、炭疽菌、隐球酵母菌、赤霉菌、曲霉菌等。     

实时荧光P C R 法检测食品中芝麻过敏原成分

本实验探讨采用实时荧光定量PCR 方法检测食品中的芝麻成分,结果表明：采用芝麻的引物和探针进行扩增时;22 种样品经实时PCR 扩增,只有白芝麻和黑芝麻产生荧光信号,其余样品均不产生荧光信号。灵敏度实验结果表明能检测到10-5 稀释度的4.4 ×10-12g DNA的量,定量关系式为：y=－ 3.472018x+18.851009,R2=0.993088。这两对引物和探针具有极高的灵敏度和扩增效率,符合痕量检测要求。