青菜泡菜工业发酵过程中微生物群落结构变化分析

采用PCR-DGGE和qPCR技术检测四川工业青菜泡菜发酵过程中微生物群落组成。细菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜中含有2个门,分别是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);共有12个细菌属,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)和假单胞菌属(Pseudomonas)等,其中乳杆菌属的相对丰度最高,qPCR检测其含量为10~7～10~(11) copies/mL。真菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜的真菌属有5个,分别是德巴利氏酵母属(Debaryomyces)、假丝酵母属(Candida)、酵母属(Saccharomyces)、柯达酵母属(Kodamaea)、Cystofilobasidium,其中德巴利氏酵母属的相对丰度最高。     

普洱茶发酵过程中真菌群落结构的变化分析

该文通过变性剂法提取普洱茶样品中微生物的基因组DNA作为模板,以真菌的通用引物扩增18S rDNA的NS31/Glol区,再将PCR产物用变性梯度凝胶电泳进行分析,通过对DGGE图谱的统计分析和18S rDNA序列分析研究普洱茶发酵过程中真菌群落结构的组成和演变规律。研究结果表明:普洱茶不同发酵阶段的真菌多样性呈现出一定差异和变化趋势,黑曲霉(Aspergillus niger)在整个发酵过程中占有优势地位,此外还包括酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)和光孢青霉(Penicillium glabrum)。     

山西老陈醋发酵过程中真菌菌群结构及多样性

采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析山西省不同地区6个代表性醋厂(编号为A～F)山西老陈醋发酵过程中真菌菌群多样性。结果表明,在酒精、醋酸发酵阶段,6个厂真菌菌群丰度整体上均呈下降趋势。酒精发酵阶段,E、F厂真菌菌群多样性较高;醋酸发酵阶段,C、D厂真菌菌群多样性较高。酒精、醋酸发酵阶段中共检测出4个真菌门和56个真菌属。酒精发酵阶段各厂优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota)(96.25%),优势真菌属为假丝酵母属(Candida)(27.99%)、曲霉属(Aspergillus)(8.53%)、复膜孢酵母属(Saccharomycopsis)(7.40%)、酿酒酵母属(Saccharomyces)(7.12%)等。醋酸发酵阶段各厂优势真菌门为子囊菌门(89.60%),优势真菌属为链格孢霉属(Alternaria)(11.96%)、假丝酵母属(10.76%)、分枝孢子霉属(Cladosporium)(8.13%)、曲霉属(6.81%)、酿酒酵母属(6.18%)等。对不同醋厂山西老陈醋的真菌菌群结构进行研究,有助于揭示山西老陈醋的酿造机理。     

沙棘酵素自然发酵过程中真菌多样性及群落结构

为研究自然发酵过程中沙棘酵素真菌多样性及其群落结构的变化，采用高通量测序技术对沙棘酵素自然发酵过程中真菌rRNA基因ITS1区进行测序。结果显示:根据97%的相似度对序列进行可操作分类单元分析，得到4个门，16个纲，35个目，71个科，98个属，112个种；真菌群落结构的多样性和丰富度在发酵前期(F22_Q)最高，随着发酵的进行，真菌群落的物种丰富度和多样性均呈下降趋势；真菌组成在发酵前、中期的绝对优势菌门均为子囊菌门，相对丰度为76.97%~96.30%，毛霉菌门是发酵后期的绝对优势菌门，相对丰度为2.39%~77.50%；在属水平上，刺盘孢属为发酵前期绝对优势菌属，相对丰度为30.64%，发酵中期绝对优势菌属为未分类的酵母目，相对丰度为58.06%，毛霉属为发酵后期绝对优势菌属，相对丰度为77.50%；3个发酵阶段可聚为两类，F22_Q聚为一类，中期(F22_Z)和后期(F22_H)聚为一类，样本在毛霉属、未分类的酵母目、红酵母属3种菌属之间具有显著性差异(P<0.05)；在种水平上，发酵前期绝对优势种为未分类的刺盘孢菌，占比为31%，发酵中期未分类的酵母目和未分类的裸节菌的比例最高，分别为58%和22%，发酵后期真菌卷枝毛霉菌的比例最高(75%)，占主导地位。本研究结果为开发沙棘酵素发酵过程中的优势真菌菌群和挖掘益生真菌提供参考。     

自然发酵泡菜微生物群落变化的研究

结合自然发酵生产泡菜的原理,分析和总结微生物群落在自然发酵泡菜过程中的变化及其研究意义。     

酸菜发酵过程中细菌群落结构变化及驱动机制

酸菜质量的标准化依赖于其发酵过程中的微生物群落结构的动态演替。本研究利用高通量测序技术研究酸菜发酵过程细菌群落结构组成的动态变化,以及理化因子的动态变化规律,揭示发酵环境与微生物群落结构之间的相关性,并进行功能预测和代谢通路分析。结果表明:酸菜发酵初期、中期和末期三阶段中初期S1阶段的Simpson指数显著高于S2、S3阶段(P<0.05),Shannon指数显著低于S2、S3阶段(P<0.05),表明发酵初期细菌群落的多样性较低。从9个酸菜样品中检测到的细菌种类隶属于6门、9纲、29目、47科、59属、83种。酸菜发酵中主要的优势菌门是厚壁菌门和变形菌门,假单胞菌、乳杆菌、肠杆菌、乳球菌为优势属。细菌群落结构在不同阶段具有明显差异,在发酵初期、中期和末期,厚壁菌门的相对丰度分别是10.61%,64.83%,77.51%,而变形菌门由84.18%降至33.19%,最终降到17.91%。假单胞菌属相对丰度由发酵初期65.36%,发酵中期21.21%降到发酵后期的7.10%,乳杆菌属由相对丰度小于1%,到发酵中期迅速增至58.06%,再到发酵后期增至67.65%。曲度乳杆菌是发...     

不同地区发酵浆水中微生物群落结构比较及优势菌群的鉴定

浆水作为我国特色发酵食品,具有丰富的营养价值和独特的口感风味。本试验基于高通量测序技术,对甘肃天水、宁夏固原、陕西安康三个不同地区所采集的浆水中微生物群落结构展开研究,并对其中优势菌群进行鉴定,欲探究浆水中微生物群落结构是否具有地域性差异。结果表明,各地区浆水样品中细菌群落结构比较稳定,差异性较小,真菌群落结构稳定性低,各地区、样本之间差异较大。三个地区优势细菌属均为乳酸杆菌属（Lactobacillus）,在各地区样品中相对丰度在72.69%~99.95%之间,宁夏固原地区样品中醋酸杆菌属（Acetobacter,25.24%）、葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter,1.39%）也占有较高丰度。浆水中主要优势真菌属为双足囊菌属（Dipodascus）其相对丰度在40%以上,但不同样品中突出优势菌属差异较大。该研究揭示了陕西安康、甘肃天水、宁夏固原三个地区浆水中微生物群落结构及多样性的异同,表明三地浆水中微生物群落结构存在一定的地域性差异,为稳定浆水产品质量、口感风味及挖掘不同地区浆水中特色微生物资源提供了一定的理论依据。     

芫根泡菜发酵过程中风味物质变化研究

采用气相色谱-质谱联用对芫根泡菜发酵过程中挥发性风味物质的变化进行检测和分析。结果表明:新鲜芫根、腌制7,14,21,28d的发酵过程中分别检测到51,26,26,23,26种挥发性风味物质,共计92种化合物,其主要为酯类、烃类、醇类、醛类、酸类、腈类和其他类;5个阶段共有的挥发性风味物质有7种,分别为乙酸乙酯、3-丁烯基异硫氰酸酯、苯乙醇、α-松油醇、β-蒎烯、d-柠檬烯、苯丙腈;在芫根腌制至成熟过程中,酯类物质、醇类物质、腈类物质、酸类物质含量均有所增加,烃类物质、醛类物质、其他类物质含量则呈现下降趋势。     

加饭酒大罐发酵过程中真菌群落的动力学研究

采用分离培养法和基于核糖体RNA基因间隔序列的RISA图谱分析技术,研究了绍兴加饭黄酒大罐发酵过程中醪液内真菌群落的动力学变化及所含真菌群落情况。研究结果显示,发酵醪液中共涉及9属13种真菌。它们分别是犁头霉属(Absidiasp.),根毛霉属(Rhizomucor variabilis),曲霉属(Aspergillus oryzae,As-pergillus niger,Aspergillussydowii,Emericellanidulans),青霉属(Penicilliumcitrinum),伊萨酵母属(Issatch-enkia orientalis),毕赤氏酵母属(Pichia anomala,Pichia burtonii),酵母属(Saccharomyces cerevisia),红酵母属(Rhodotorula mucilaginosa),念珠菌属(Clavisporalusitaniae)。其中犁头霉、米曲霉属和异常毕赤氏酵母在整个发酵过程中均出现,既是发酵投料时的原始菌群,也是发酵醪液中的主要菌群。酿酒酵母和黏质红酵母在发酵前期含量较少,在中后期数量逐渐增多,并成为发酵醪液中的优势菌群。     

不同工厂豇豆泡菜发酵过程中理化特性及细菌群落多样性研究

基于高通量测序技术解析了两个不同工厂（J厂和W厂）豇豆泡菜发酵过程中细菌群落动态变化规律。结果表明,发酵第1天,弧菌属（Vibrio）和魏斯氏菌属（Weissella）主导了J厂,而乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）是W厂发酵第1天的主要菌属,在发酵15 d后,乳杆菌属（Lactobacillus）在J厂和W厂均占绝对主导地位。两家工厂发酵初期的细菌群落结构差异较大,但随着发酵进行,菌群结构逐渐相似。从豇豆泡菜的理化指标来看,两家工厂豇豆泡菜的pH和草酸含量逐渐降低而总酸、乳酸和乙酸含量显著增加,J厂总酸和乳酸含量高于W厂,而后者pH、盐度和乙酸含量更高。     

传统清香型白酒发酵过程中真菌群落结构及其动态演替

通过Illumina MiSeq高通量测序技术,对传统清香型白酒大楂和二楂发酵过程中的真菌群落结构、丰度及演替规律进行研究,测序获得有效序列数分别为488 956条和642 670条,分别包含14 230个和7 303个OTU,归类为26个亚门或纲,主要为子囊菌纲、担子菌亚门、接合菌亚门和其它未分类的单元。结果表明,传统清香型白酒大楂和二楂真菌群落组成丰富,在发酵过程中真菌的种类和数量随着发酵时间的延长和环境的改变而不断变化,其中子囊菌纲的腹膜孢酵母属、酵母属、假丝酵母属、有孢汉逊酵母属和有孢圆酵母属为传统清香型白酒大楂或二楂发酵主要优势菌群。本研究为清香型白酒发酵过程中功能性微生物菌群的进一步挖掘奠定了基础。     

萝卜泡菜自然发酵过程中挥发性香气成分变化分析

采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术（HS-SPME-GC-MS）测定萝卜泡菜在自然发酵过程中第0～9天的挥发性香气成分,并采用峰面积归一化法计算各成分的相对含量。结果表明,萝卜泡菜在发酵过程中共检测出挥发性香气成分36种,其中酯类11种,含硫化合物2种,醇类7种,酮类3种,酸类4种,烃类6种,醛类2种,醚类1种;随着发酵的进行,挥发性香气成分的种类数量随之增多,相对含量变化较大,酯类呈整体上升趋势,含硫化合物呈先下降后上升再下降趋势,醇类、酮类、酸类、烃类、醛类呈先上升后下降趋势,醚类呈整体下降趋势。     

雪茄烟叶工业发酵过程中霉变对真菌群落结构的影响研究

为探究雪茄烟叶工业发酵过程中真菌群落结构随霉变发生的变化情况,以德雪一号雪茄烟叶为实验材料,采用微生物学计数方法和Illumina MiSeq高通量测序技术对雪茄烟叶工业发酵过程中正常烟叶和霉变烟叶进行霉菌数量及真菌群落结构变化分析。结果表明：与正常烟叶相比,发酵第30 d霉变雪茄烟叶中,霉菌数量最高(8.3×10⁴ CFU/g),物种丰富度和多样性最低,OTU数量最少;在门水平上,子囊菌门(Ascomycota)在发酵第30 d霉变烟叶中为绝对优势菌门,平均相对丰度为99.82%;在属水平上,曲霉属(Aspergillus)为整个发酵过程中的主要优势菌属,在发酵第30 d霉变雪茄烟叶中平均相对丰度最大(92.32%);发酵第30 d霉变雪茄烟叶与正常烟叶相比在物种组成上具有明显差别,其中曲霉属既是优势菌属,又是组间差异菌属,且在各样品中平均相对丰度均最高,推断其为引起雪茄霉变发生的关键菌属。     

川式泡菜、韩式泡菜发酵过程中理化特性及微生物变化比较

以大白菜为主要原料,采用川式和韩式2种不同的发酵方式制作泡菜,对比研究了不同发酵温度及香辛料对泡菜理化特性和微生物变化的影响,并分析了它们与亚硝酸盐含量之间的关系。结果表明:韩式泡菜的微生物环境较川式泡菜更为复杂,其中乳酸菌、菌落总数、酵母霉菌数量更多,总酸含量高(1.0%),口感较差。发酵成熟的川式泡菜和韩式泡菜的亚硝酸盐含量都降低至国家限量标准内(20 mg/kg),可以放心食用。温度和香辛料的加入对泡菜中亚硝酸盐含量也有较大影响,25 ℃比10 ℃发酵速度快,亚硝峰出现更早,而生成的亚硝酸盐含量更低;香辛料的加入也使亚硝酸盐含量更低。故采用川式25 ℃发酵泡菜,同时添加一定香辛料,得到的泡菜品质佳、安全性高。该研究为低亚硝酸盐泡菜的加工提供了一定的指导。     

低盐泡菜乳酸菌群落演变及其优势菌群的探讨

以低盐泡菜为研究对象,动态跟踪发酵过程中的乳酸菌总量、群落结构和动态变化,结果显示:乳酸菌快速生长并启动泡菜发酵。采用可培养方法,从中分离得到乳酸菌共计245株。采用16S r RNA测序结合RAPD、种特异性PCR、RFLP、API50CHL等方法,鉴定出泡菜中的乳酸菌包括5个属,10个种。发酵前期(0 d和1 d)分离到最多的乳酸菌是乳酸乳球菌和食窦魏斯氏菌,而发酵中、后期(3 d后)分离到的主要乳酸菌是戊糖乳杆菌,发酵中、后期戊糖乳杆菌的丰度在90%以上,结合可培养与免培养(定量PCR)定量结果以及分离到的乳酸菌在模拟泡菜水中生长性能,低盐泡菜发酵前期的主要优势菌群是乳酸乳球菌和食窦魏斯氏菌,发酵中、后期的主要优势菌群是戊糖乳杆菌。由于发酵前期泡菜水适合所有乳酸菌生长,因此该阶段的优势菌群很大程度上取决于发酵起始原料中的微生物群落构成,发酵中、后期分离得到的乳酸菌具有更好的酸耐受性。     

数字化高温大曲发酵过程中微生物群落结构的变化

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对数字化高温大曲和传统高温大曲进行微生物群落多样性解析;同时根据微生物物种信息和理化特性进行相关性分析和生物信息学分析。结果表明,两种高温大曲在发酵过程中微生物群落结构均有显著变化。发酵结束时,两种高温大曲的细菌都以克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、芽孢杆菌属（Bacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）为主要优势菌属,真菌以嗜热子囊菌属（Thermoascus）、嗜热真菌属（Thermomyces）和曲霉菌属（Aspergillus）为主。非度量多维尺度分析和层级聚类分析结果表明,相同时间时两种大曲的微生物组成大体相似。     

发酵过程中韩式泡菜质构变化的研究

为加强对韩式泡菜产品质量的控制、新产品的开发,研究发酵过程中乳酸菌含量、p H、总酸度和质构物性的变化。检测发酵过程中,韩式泡菜的乳酸菌含量、p H和总酸度,用质构仪测定质构特性指标,比较不同原材料、不同发酵时间及不同部位,韩式泡菜的质构差异性。结果显示:韩式泡白菜第4 d时乳酸菌含量最大,p H为3.48,总酸度是0.51%;韩式泡胡萝卜第6 d时乳酸菌含量才达到最大值,p H为3.40,总酸度是1.26%,它们的p H比较一致,但是韩式泡胡萝卜的总酸度比韩式泡白菜的高。茎叶类和根茎类蔬菜制成的韩式泡菜,硬度、弹性、内聚性和咀嚼性等质构特性有很大差异;发酵过程中,韧性、剪切力和剪切做功等质构特性也有显著差异。在设定的实验条件下,发酵第6 d的韩式泡白菜与发酵第4 d的韩式泡胡萝卜,质构特性变化最明显。因此,茎叶类和根茎类的蔬菜原料、发酵时间的差异,都会显著影响韩式泡菜的乳酸菌含量、p H、总酸度和质构特性。      

泡菜自然发酵过程中品质及挥发性成分分析

为得到泡菜在自然发酵过程中的品质变化规律及对风味影响较大的挥发性成分种类,对泡菜的乳酸菌总数、基本理化指标和感官进行测定,同时采用顶空固相微萃取结合气相色谱-质谱联用技术对发酵过程的挥发性成分进行分析检测。结果表明,发酵第6d泡菜品质最优,为最佳食用期;不同发酵时间的泡菜挥发性成分种类和含量差异较大,发酵过程共检出化合物45种,酯类在发酵过程相对含量最高,是结球甘蓝泡菜的特征挥发性物质。对挥发性物质进行主成分分析,得到硫氰酸甲酯、（E）-丁酸-4-己烯酯、乙酸己酯、叶醇、正己醇、β-蒎烯、二甲基二硫和二甲基三硫对泡菜风味形成影响较大。      

香辛料对传统发酵泡菜中细菌群落结构及理化特性的影响研究

该研究基于高通量测序技术研究香辛料对传统发酵泡菜细菌群落结构的影响，并监测发酵过程中pH、总酸和亚硝酸盐含量的变化。结果表明，未添加香辛料的泡菜（P组）中主要优势菌属为肠杆菌（46.34%）、明串珠菌（18.25%）、乳球菌（9.76%）、假单胞菌（4.22%）等，添加香辛料的泡菜（PS组）中明串珠菌（70.26%）成为绝对优势菌；主坐标分析（PCoA）结果表明，两组泡菜的菌群结构差异极显著（P<0.01）,PS组中各样本聚集程度高；与P组相比，PS组泡菜有更快的产酸速率，且显著降低了亚硝酸盐的含量（P<0.05）;Spearman相关性分析结果表明，P组中Lactobacillus KR107058.1.1463、Vibrio KF799889.1.1509、Pseudomonas EU539857.1.1397、Pseudomonas AF534216.1.1462和Enterobacteriaceae KC555526.1.1442均与亚硝酸盐含量呈极显著正相关（P<0.01）,PS组中来自明串珠菌属的三个特征序列与亚硝酸盐含量呈极显著负相关（P<0.01...     

雪茄烟发酵过程微生物群落结构及物种均衡性变化特征

为明确雪茄烟叶发酵过程中微生物群落组成、结构及物种均衡性的变化特征,基于高通量测序技术,采用细菌、真菌多样性指数比值分析方法,对不同发酵阶段雪茄烟叶表面细菌、真菌进行分析。结果表明,随发酵进行,细菌α多样性先升高后降低,在PEF3（中期）达到最高值;真菌α多样性基本稳定,仅在发酵PEF4（后期）显著降低;物种均衡性在前中期小幅度升高,但在PEF4后显著降低。PCoA分析显示,未发酵与发酵前中期细菌群落结构相似,与发酵后期明显分离。在发酵过程中,细菌葡萄球菌属（Staphylococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和真菌明梭孢属（Monographella）、曲霉菌属（Aspergillus）、青霉菌属（Penicillium）为主要优势菌属。影响物种均衡性的关键微生物群落变化规律是:由发酵初期的泛生菌属（Pantoea）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）,变为发酵中期马赛菌属（Massilia）、壤霉菌属（Agromyces）、根瘤菌科（Rhizobiaceae）,最后稳定为Staphylococcus、Pseud...