镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

内蒙古传统发酵驼乳中乳酸菌和酵母菌的分离鉴定及其生物多样性分析

采用传统培养方法对4份内蒙古阿拉善盟传统发酵驼乳样品中的乳酸菌和酵母菌进行分离纯化,运用16S rRNA基因序列分析方法进行种属鉴定,同时采用Pac Bio SMRT三代测序技术对样品中的细菌和真菌多样性进行研究。发酵驼乳中共分离到8株乳酸菌和5株酵母菌,乳酸菌包括1株胚芽乳杆菌、2株瑞士乳杆菌、2株嗜热链球菌、2株假肠膜明串珠菌和1株开菲尔基质乳杆菌。酵母菌包括1株马克斯克鲁维酵母、2株酿酒酵母、1株诞沫假丝酵母和1株芽殖酵母。Pac Bio SMRT测序结果显示,硬壁菌门为4份发酵驼乳样品中的优势细菌门,乳杆菌属为优势细菌属,以及瑞士乳杆菌为优势细菌种;子囊菌门为发酵驼乳样品中的优势真菌门,克鲁维酵母菌属为优势真菌属以及马克斯克鲁维酵母为优势真菌种。     

渝黔地区传统酸肉发酵过程中微生物区系研究

目的:对渝黔地区传统酸肉微生物种群进行研究。方法:采用不同的选择培养基对微生物进行分离鉴定和计数。结果:从中分离出乳酸菌、酵母菌、葡萄球菌和微球菌,未发现霉菌。乳酸菌优势菌群主要是片球菌属和乳杆菌属,鉴定12株乳酸菌分别为乳酸链球菌、肠膜明串珠菌、类肠膜明串珠菌、植物乳杆菌、米酒乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、约氏乳杆菌、嗜盐片球菌和啤酒片球菌;优势菌株戊糖片球菌、植物乳杆菌贯穿整个发酵过程。葡萄球菌主要是表皮葡萄球菌、腐生葡萄球菌、木糖葡萄球菌和肉葡萄球菌,其中木糖葡萄球菌为主要发酵菌株。酵母菌主要为汉逊酵母属、接合酵母属、毕赤氏酵母和德巴利酵母属等,鲁氏接合酵母为优势发酵菌株。结论:优势微生物是酸肉风味品质形成的基础,本研究可为高效天然肉制品发酵剂的研究提供生物资源。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

基于高通量测序的浙江玫瑰醋发酵过程中细菌菌群结构及其动态演替

基于Illumina MiSeq高通量测序对浙江玫瑰醋"冲缸放水"后醋样中的细菌DNA序列的V4区进行测序。在门水平对细菌群落进行分析,表明浙江玫瑰醋在"冲缸放水"后的发酵过程中主要菌群为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),两者相对丰度一直处于98%以上,并且变形菌门相对丰度持续升高,厚壁菌门持续降低。在属水平对细菌进行分析表明,浙江玫瑰醋发酵过程中主要为醋酸杆菌属(Acetobacter)和乳杆菌属(Lactobacillus),并且醋酸杆菌属随着发酵的进行相对丰度呈现持续上升趋势,乳杆菌属呈现下降趋势。肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度较低,但存在于整个发酵过程。开始"冲缸放水"时的细菌组成与后期发酵有明显差异。对浙江玫瑰醋发酵过程中乳酸菌进行了分离、鉴定,得到了4株副干酪乳杆菌(L. paracasei),1株清酒乳杆菌(L. sakei),1株鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus),1株干酪乳杆菌(L. casei)。将浙江玫瑰醋发酵过程中细菌组成与其他醋发酵过程细菌组成进行比较,发现所有醋发酵过程高丰度细菌相同,都为醋酸杆菌属和乳杆菌属,但低丰度细菌差异明显。     

喀什帕米尔高原牦牛乳传统发酵生奶酪中微生物多样性及分子鉴定

目的:研究喀什帕米尔高原塔县地区传统牦牛乳发酵生奶酪中微生物的多样性和菌群结构。方法:从帕米尔高原区不同牧民家庭中采集6份生奶酪样品,采用高通量测序技术分析其微生物多样性。通过纯培养方法分离传统牦牛乳发酵生奶酪样品中的菌种,采用传统分类与16S rDNA序列测定和26S rDNA D1/D2间隔区序列测定方法对分离的细菌和酵母菌进行种属鉴定。结果:通过细菌的16S rDNA基因V3-V4区测序,共获优化序列945 432。通过真菌的ITS区域测序,共获优化序列1 302 962。在属水平上,优势细菌属为乳杆菌属和链球菌属,优势真菌属为克鲁维酵母属、有孢圆酵母属、伊萨酵母属和未分类的真菌类群。根据主坐标轴分析,6份样品的群落结构间既有相似性又有差异性。在MRS和MC培养基中共分离52株细菌,在YGC培养基上共分离46株酵母菌,通过细菌16S rDNA序列和真菌26S rDNA D1/D2隔间区序列分析,将52株细菌归为7个属11个种,分别是耐久肠球菌、粪肠球菌、热带芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌、类副粘杆菌、希腊假单胞菌、副干酪乳杆菌、鸡乳杆菌、霍氏肠杆菌、细黄链霉菌、表皮葡萄球菌。将46株酵母菌归为8个属9个种,分别是解脂耶氏酵母、诞沫假丝酵母、发酵毕赤酵母、库德毕赤酵母、普兰久浩酵母、异常威克汉逊酵母、马克思克鲁维酵母、东方伊萨酵母、酿酒酵母。本研究首次对帕米尔高原地区传统发酵乳制品中微生物资源进行分析,其结果可为该地区发酵乳制品的研究提供参考。需要进一步更系统的的深入研究挖掘。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

红茶菌菌相分析及优势菌的分离与鉴定

目的：了解红茶菌菌相结构及获取发酵菌株。方法：采用16S rDNA高通量测序技术和传统微生物培养法对红茶菌菌相组成和优势菌株进行分析。结果：高通量测序显示红茶菌的细菌群落丰富度与多样性大于真菌。结论：细菌中驹形氏杆菌(Kohmagataeibacter)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、乳杆菌属(Lactobacillus) 为优势菌株,真菌中德克酵母属(Dekkera)、接合酵母属(Zygosacchaormyces)为优势菌株。传统平板培养法分离得到7株醋酸菌、3株酵母菌和1株乳酸菌,其中食糖驹形氏杆菌(Komagataeibacter saccharivorans)1株、腐烂苹果醋酸杆菌(Acetobacter malorum)1株、木驹形氏菌(Komagataeibacter xylinus)4株、醋酸杆菌属(Acetobacter)1株、拜耳接合酵母 (Zygosaccharomyces bailii)2株、布鲁塞尔德克酒香酵母(Dekkera bruxellensis)1株、植物乳杆菌(Lactobacillus.plantarum)1株。     

四川泡菜可培养微生物菌群的研究

对四川泡菜可培养微生物进行分离鉴定,并做系统发育及菌群多样性分析。细菌共分离207株,采用16SrRNA序列分析进行鉴定,大部分可鉴定到种的水平,优势菌为乳杆菌属,包括植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、短小乳杆菌(Lactobacillus brevis)、棒状乳杆菌(Lactobacillus coryniformis)等共计11个种;还分离到片球菌属(Pediococcus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、链球菌属(Streptococcus sp.)、明串珠菌属(Leuconostoc sp.)、肠球菌属(Enterococcus sp.)。酵母共分离91株,采用26SrRNA D1/D2序列分析进行鉴定,均鉴定到种的水平,包括汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、异常毕赤酵母(Pichia anomala)、膜璞毕赤酵母(Pichia membranifaciens)、盔状毕赤酵母(Pichia galeiformis)、Saccharomyces bulderi、Saccharomyces servazzii。     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。     

自然发酵苹果渣中的微生物区系分析

以自然发酵的苹果渣为对象,采用选择平板分离技术,对其不同层次的微生物区系组成进行分析。通过形态学观察、生理生化测定,结合ITS区、26S rRNA和16S rRNA基因序列分析等多相分类法对分离获得的微生物进行鉴定,研究苹果渣不同温度层中的微生物区系组成。结果表明：自然发酵苹果渣中主要微生物组成为酵母菌和乳酸菌,从28、37、45、50 ℃这4 个温度层中分离得到10 株菌,4 个温度层的优势菌分别鉴定为黑曲霉、乳酸链球菌、马克斯克鲁维酵母和东方伊萨酵母。     

米发糕储藏过程中微生物分析

米发糕是中国传统发酵食品,在我国尤其是南方地区颇受消费者欢迎。本实验利用16S rDNA 基因序列的PCR 扩增技术对米发糕在室温储藏过程分离出的菌株进行鉴定。结果表明：细菌是致使米发糕迅速腐败的主要因素,分离出的3 株菌经鉴定分别为发酵乳杆菌、巴氏葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌。对米发糕腐败菌的菌相变化进行分析,确定乳杆菌和芽孢杆菌是米发糕储藏过程中的优势腐败菌,且都随着时间的延长呈明显上升趋势。     

鲊肉粉中乳酸菌和葡萄球菌的筛选及鉴定

从传统发酵鲊肉粉中分离、筛选发酵性能优良的乳酸菌和葡萄球菌,为鲊肉粉接种发酵提供理论依据。按照肉制品发酵菌株的筛选标准,利用形态学特征和16S rDNA序列分析鉴定菌株,筛选出2株乳酸菌A1、C7和2株葡萄球菌S6、S7。结果表明:乳酸菌菌株A1、C7均为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),能快速产酸,具有较好抑菌特性;葡萄球菌菌株S6为沃氏葡萄球菌(Staphylococcus warneri),S7为巴氏葡萄球菌(Staphylococcus pasteuri),能产蛋白酶和脂肪酶,具有良好的耐盐性和耐亚硝酸盐性,对不同抗生素有不同的敏感性。筛选得到的4株菌株具有良好的发酵特性,乳酸菌和葡萄球菌之间无拮抗作用,复配后用可于鲊肉粉接种发酵。     

摩洛哥发酵橄榄汁中乳酸菌的分离鉴定及其多样性研究

为了分离、保藏自然发酵食品中乳酸菌资源,丰富自然发酵食品中乳酸菌多样性信息,本文采用纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对采集自摩洛哥的2份自然发酵橄榄汁中的乳酸菌进行分离鉴定和多样性研究。结果表明:2份样品中共分离鉴定出52株乳酸菌,分属于3个属、4个种,其中乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）为摩洛哥卡萨布兰卡地区发酵橄榄汁中的优势菌种,占总分离株的42.31%,同时还分离到植物乳杆菌和肠球菌;利用PacBio SMRT16S rRNA测序技术,将橄榄汁中的细菌归为5个门、40个属和80个种,优势菌种同样为Lactococcus lactis,其次还检测到干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。     

阿尤恩地区自然发酵牛乳中乳酸菌分离鉴定及多样性研究

为了分离、保藏自然发酵乳中乳酸菌菌种,丰富自然发酵乳中乳酸菌多样性信息.本文采用传统的纯培养分离方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对阿尤恩地区自然发酵牛乳的乳酸菌多样性进行研究.纯培养结果表明:5份自然发酵牛乳中共分离出111株乳酸菌,鉴定为5个属10个种,其中Lactococcus lactis,占总分离株的...     

传统发酵食品浆水中厌氧微生物分离鉴定初探

通过对浆水中的厌氧微生物区系进行了分离与鉴定,初步分离得到7株菌株,经形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明:浆水中的优势菌群为乳酸菌和酵母菌,7株菌株初步鉴定A、B为酵母菌;C、E为乳杆菌;D为肠球菌;F为乳球菌。     

发酵肉制品中细菌群落结构及其表皮葡萄球菌生物胺相关基因分析

该研究首先利用高通量测序技术对发酵肉制品中细菌群落结构进行分析;然后利用传统培养分离法及双层显色培养基对产生物胺的细菌进行分离筛选,并基于16S rRNA基因序列进行鉴定;最后利用聚合酶链式反应（PCR）对产生物胺细菌的赖氨酸脱羧酶、组氨酸脱羧酶和酪氨酸脱羧酶编码基因ldc、hdc、tdc进行扩增。结果表明,发酵肉制品中细菌主要为厚壁菌门（Firmicutes）的葡萄球菌属（Staphylococcus）。从发酵肉制品中共分离得到52株细菌,其中43株具有产生物胺能力,主要为表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）;产生物胺能力较强的7株表皮葡萄球菌中均含有ldc和hdc基因,部分菌株检测到tdc基因,为评估发酵食品生物胺的潜在危害和快速检测奠定基础。     

利用16S rDNA序列及tuf-RFLP鉴定蒙古国发酵乳中的乳酸菌

运用16S rDNA序列分析和tuf-RFLP技术对采于蒙古国扎布汗省的25份发酵乳样中分离出的110株乳酸菌进行鉴定。首先将分离的110株乳酸菌的16S rRNA基因进行扩增,测序并构建系统发育树,初步鉴定为41株嗜热链球菌,40株瑞士乳杆菌,11株德氏乳杆菌保加利亚亚种,2株发酵乳杆菌,1株乳明串珠菌,2株肠膜明串肠膜亚种,1株乳酸乳球乳酸亚种和12株属于干酪族的菌株。由于干酪乳杆菌族的16S rDNA序列差异很小,故采用tuf-RFLP技术对这12株进行了进一步的验证,通过分离菌株与模式菌株tuf-RFLP图谱的比较分析,结果表明这12株菌均为干酪乳杆菌。     

浆水中细菌多样性分析及乳酸菌的分离鉴定

为研究自然发酵浆水中细菌的多样性并分离可以用于批量生产浆水的乳酸菌菌株,分析从3个不同地方采集的浆水中的细菌多样性,分离和鉴定浆水中对常见食源性致病菌抑菌效果好的优势菌乳酸菌。提取浆水总DNA,采用Mi Seq技术对细菌16S r RNA的V3~V4区进行测序分析,获得浆水中的细菌多样性。结果显示,乳杆菌在3种浆水中为优势菌,3种浆水中的细菌多样性存在差异,TS_taian和XA_changan 2种浆水中的细菌多样性组成比较相近,而XA_yanta则与前面2种浆水差异性比较大,在3种浆水中检测到致腐菌和可能的致病菌(或条件致病菌)。利用改良的MRS培养基从3种浆水中分离获得35株产生溶钙圈的菌株,挑选其中10株对4种常见食源性致病菌抑制效果好的菌株进行16S r RNA测序鉴定,其中8株为植物乳杆菌,2株为鼠李糖乳杆菌,说明该2种菌在浆水中为优势菌,为今后利用此两株菌进行单菌发酵或混合发酵生产浆水提供一定的理论和实践的依据。