2011~2018年红河州食品中沙门氏菌血清分型及脉冲场凝胶电泳分型研究

目的 了解红河州2011~2018年食品中沙门氏菌血清型分布及分子分型特征, 初步建立沙门氏菌脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)分型的数据库。方法 使用全自动微生物鉴定系统对收集的49株沙门氏菌进行鉴定, 依据沙门氏菌White-Kauffmann-LeMinor抗原表用沙门氏菌属诊断血清确定血清型, 参照国家食源性疾病分子溯源网络(TraNet)的沙门氏菌PFGE分子分型法进行基因分型, 用Bionumerics(7.6)软件聚类分析。结果 49株沙门氏菌属于B、C、D、E和G群5个群25个血清型; 伦敦沙门氏菌是主要血清型, 占24.5%(12/49); 49株沙门氏菌分成了42个PFGE带型(P001-P042), 其中P038型包含8株菌, 其余各型分别只包含1株菌。结论 红河州食品中沙门氏菌具有不同血清型及PFGE型别, 相同血清型菌株PFGE型别聚集成簇。     

进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和MLST分型比较研究

目的通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论 在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST则适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面更胜一筹。     

进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和 MLST分型比较研究

目的：通过PFGE和MLST两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法：采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果：两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论：在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面似乎更胜一筹。     

广东、广西、福建省和上海市零售鸡肉源沙门氏菌的血清型和基因型

目的:研究399株分离于广东(130株)、广西(105株)、福建省(82株)和上海市(82株)零售鸡肉中沙门氏菌的血清型和基因型,为确保食品安全提供数据支撑。方法:使用沙门氏菌诊断血清,WHO推荐的玻片凝集法鉴定沙门氏菌的血清型;使用美国疾病预防控制中心推荐的脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法检测沙门氏菌的 DNA 酶切图谱,BioNumerics 软件分析电泳结果,确定沙门氏菌的基因型。结果:从399株沙门氏菌中共检出47种血清型,以肠炎沙门氏菌(17.04%)、鼠伤寒沙门氏菌(16.04%)、印第安纳沙门氏菌(14.04%)、汤卜逊沙门氏菌(9.02%)、阿贡纳沙门氏菌(7.52%)和罗森沙门氏菌(3.76%)较常见,检出率较低的血清型有德尔卑沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、杜塞尔多夫沙门氏菌、爱丁堡沙门氏菌、贝尔维沙门氏菌、肯塔基沙门氏菌、波尔沙门氏菌等。分离于广东省的菌株以鼠伤寒沙门氏菌(20.00%)最为常见,广西省(18.10%)和福建省(29.27%)均以肠炎沙门氏菌最为常见,上海市以印第安纳沙门氏菌最为流行(26.83%)。使用XbaⅠ酶切、PFGE分型后,源自同一省市、不同样品、同一血清型的沙门氏菌显示出较高的同源性,源自不同省、市、不同样品、血清型相同的菌株分型后显示出基因型多样性。结论:广东、广西、福建省和上海市零售鸡肉中沙门氏菌的血清型具有多样性,PFGE基因型表现为地域间的多样性和同一地区的较高同源性。     

江西省食源性沙门菌血清分型及脉冲场凝胶电泳指纹图谱研究

研究江西省食源性沙门菌的血清型,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对优势血清型进行分子分型,建立江西省食源性沙门菌PFGE指纹图谱资料库,为食源性疾病溯源提供数据。方法 对136株食源性沙门菌进行血清分型,对其中优势血清型德尔卑沙门菌菌株进行PFGE分型,获得分子分型指纹图谱,运用Bionumerics v6.6软件进行聚类分析。结果 136株沙门菌分离株血清群以B群为主,优势血清型主要是德尔卑沙门菌(49.26%),67株德尔卑沙门菌可分为41个型别的PFGE指纹图谱(相似值100%的为同一PFGE型别),主要集中在3个型别中。结论 江西省食源性沙门菌血清型分布呈多样性,优势血清型是德尔卑沙门菌,生肉制品是其主要的来源,同种血清型别的PFGE指纹图谱无相关性。     

腹泻患儿粪便中沙门菌的血清型、药敏分析及脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的 研究2019年北京市朝阳区0-10岁腹泻患儿粪便中分离出的沙门菌的血清型、PFGE分子分型研究及耐药特点。方法 对分离自腹泻患儿病例的47株沙门菌进行血清分型,采用微量肉汤稀释法进行27种抗生素的药敏实验;采用PFGE脉冲场凝胶电泳进行指纹图谱分型研究。结果 47株沙门分为9种血清型,优势血清型两种,分别为肠炎沙门菌23株占48.94%,鼠伤寒沙门菌14株占29.79%。47株沙门菌对磺胺异恶唑耐药率(57.45%)最高,其次为氨苄西林(48.94%)和链霉素(48.94%)。23株肠炎沙门菌可分成8个PFGE指纹图谱,15株鼠伤寒沙门菌可分成14个PFGE指纹图谱。结论 北京市朝阳区0-10岁儿童食源性沙门菌血清主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌,各血清型的耐药性有所不同,PFGE指纹图谱呈多样性。     

温州市单核细胞增生李斯特菌的毒力基因及血清学分型和分子分型研究

目的了解温州市近十年单核细胞增生李斯特菌分离株的血清型、毒力基因及分子分型特征。方法用聚合酶链式反应(PCR)方法对单核细胞增生李斯特菌进行血清型及毒力基因检测;用多位点序列分型(MLST)方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型,并绘制MLST数据的最小生成树。结果 97株单核细胞增生李斯特菌分离株分为4种血清型,以血清型1/2b、1/2a为优势血清型,占比分别为48.45%(47/97)、35.05%(34/97);而毒力基因iap、prfA基因阳性率均为100.00%(97/97),hlyA、inlA基因阳性率均为97.94%(95/97),plcB基因阳性率为96.91%(94/97)。其中患者分离株5种毒力基因阳性率均为100.00%(6/6)。97株单核细胞增生李斯特菌分离株得到20个MLST型别,其中ST87型是优势型别,其次为ST121和ST9,ST1和ST779型是患者特有的,ST2、ST3、ST5型分布于食品和患者分离株。结论温州市不同来源的单核细胞增生李斯特菌分离株分子型别呈多态性,食品和患者分离株存在相同的ST型,且这些菌株大部分携带毒力基因,具有潜在的致病性,因此食品中单核细胞增生李斯特菌污染的潜在风险不容忽视。     

食品来源副溶血性弧菌毒力基因分布及分子分型研究

分析食品中分离获得的副溶血性弧菌主要毒力基因的分布特征、血清型及分子分型特点,为食源性副溶血性弧菌感染暴发的早期预警和疫情溯源提供实验室数据。提取40株副溶血性弧菌基因组,分别用PCR检测VcrD1、Vp1680、VopP和VcrD2基因,荧光PCR检测tdh、trh和tlh基因。对40株菌株进行血清型分型并采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对其进行分子分型。利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析,建立PFGE分子分型数据库。40株菌株均未检测到tdh、trh、Vop P和VcrD2基因,tlh、VcrD1和Vp1680基因阳性检测率为100%。40株菌株中含有16种血清型,其中9株未分型,主要血清型为O₂∶K₂₈和O₅∶K₁₇,血清型分布呈多样性。40株菌株共获得39个不同的PFGE带型,PFGE呈现遗传多样性,无优势带型。本实验食品环境中分离的副溶血性弧菌未发现毒力因子,副溶血性弧菌血清型呈分散趋势且菌株之间亲缘关系较远。      

2015—2020年宜宾市肉类食品沙门菌血清型及分子分型研究

目的 研究宜宾市肉类食品中沙门菌分离株的血清型和分子分型特征,分析沙门菌污染的危险因素。方法 收集2015—2020年宜宾市辖区(县)肉类食品沙门菌分离株29株,进行血清型鉴定和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型分析,并就地域、物种来源和售卖方式对沙门菌血清群检出构成比的影响进行多因素Logistic回归分析。结果 29株沙门菌分离株共检出14种血清型(分属4个群),主要优势血清型为鼠伤寒沙门菌、吉韦沙门菌和肠炎沙门菌。聚类分析显示PFGE分子分型为18种带型。肠炎沙门菌带型相似度100%,来自同一传染链;吉韦沙门菌有2种带型,鼠伤寒沙门菌有4种带型,相似度较差;多因素Logistic分析显示,影响D群沙门菌检出的主要危险因素为地域分布(OR=1.053,P<0.05);影响E群沙门菌检出的主要危险因素为物种来源(OR=3.887,P<0.05)和地域分布(OR=1.227,P<0.05)。结论 监管部门应从家禽养殖地地域来源和肉类物种来源两个方面加强宜宾市肉类食品安全监督。     

2017—2019年绍兴市沙门菌病人分离株的耐药性与分子分型分析

目的 了解绍兴市2017—2019年沙门菌病人分离株的分子分型特征及耐药情况。方法 收集245株分离自绍兴市食源性腹泻病例中的沙门菌,进行血清学分型,采用微量肉汤稀释法进行药敏检测,使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对分离株进行分子分型,利用BioNumerics V7.1软件进行聚类分析。结果 245株沙门菌可分为60种血清型,优势血清型为鼠伤寒沙门菌(32.24%)、肠炎沙门菌(10.20%)和伦敦沙门菌(6.94%)。225株分离株对25种抗生素存在不同程度的耐药,其中氨苄西林(77.14%)、四环素(73.88%)和链霉素(66.53%)的耐药率较高,且多重耐药率达76.33%。Xba Ⅰ酶切后的鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌和伦敦沙门菌分别含48种、11种和12种不同PFGE指纹图谱。结论 绍兴市沙门菌血清型种类繁多,PFGE指纹图谱呈多样性,抗生素耐药呈现较集中且主要为氨苄西林-四环素-链霉素(AMP-TET-STR)。     

Antimicrobial resistance and phage and molecular typing of Salmonella strains isolated from food for human consumption in Spain

The aims of this study were to ascertain the population structure and antimicrobial susceptibility of Salmonella enterica serovars isolated in 2002 from food in 16 Spanish regions. Serovars were characterized by serotyping, phage typing, antimicrobial susceptibility, and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) typing, and 264 nonrelated strains were selected for further analysis. The main sources were eggs and their derivatives (21.6% of strains), poultry and related products (16.6%), and seafood (16.3%). High serotype diversity was detected (51 serotypes); the most common were Enteritidis (n = 96, 36.3%) and Typhimurium (n = 53, 20.1%), followed by a miscellaneous group of 49 different serotypes (n = 115, 43.5%). A 15% increase in Salmonella Enteritidis isolation was observed. Common phage types for Salmonella Enteritidis were PT1 (41.6% of isolates), PT4 (9.4%), PT6 (9.4%), and PT6a (9.4%), and common types for Salmonella Typhimurium were DTU302 (18.8%), DT104 (15.1%), and DT104B (13.2%). Salmonella Enteritidis strains were categorized into eight PFGE types with a similarity of 81 to 96%, and 73.9% of the strains were grouped into just one cluster. Salmonella Typhimurium isolates were divided into 13 PFGE types with a similarity of 64 to 86%, and one predominant clone contained 41.5% of the strains. Resistance rates for Salmonella Enteritidis, Salmonella Typhimurium, and the miscellaneous group were, respectively, 8.3, 69.8, and 13.9% for ampicillin, 3.1, 52.8, and 59% for streptomycin, 40.6, 22.6, and 10.4% for nalidixic acid, 15.6, 71.7, and 31.1% for tetracycline, 7.3, 18.8, and 9.5% for trimethoprim-sulfamethoxazole, 0, 50.9, and 4.3% for chloramphenicol, and 6.2, 71.7, and 17.4% for multiple (at least four) antimicrobials. All the strains remained susceptible to other beta-lactams and fluoroquinolones. Surveillance of S. enterica isolated from food is strongly recommended to reduce community exposure to antimicrobial resistant strains.     

温州市食品中沙门菌污染状况及特征分析

目的了解温州市食品中沙门菌的污染状况,分析分离的沙门菌血清型分布、耐药性及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特征。方法依据GB 4789.4—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》进行菌株分离鉴定及血清学分型,采用微量肉汤稀释法进行药敏试验,PFGE法进行分子分型。结果 6类食品2 039份样品中,37份样品检出沙门菌,检出率为1.8%,其中生禽肉和生畜肉检出率较高,分别为6.9%(20/290)和3.4%(10/290)。37株沙门菌分属16种血清型,居前三位分别为鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌和肠炎沙门菌。81.1%(30/37)的菌株对17种抗生素产生不同程度的耐药,呈现24种耐药谱,多重耐药率为56.8%(21/37)。PFGE图谱分为31种PFGE带型,呈多态性。结论沙门菌在温州市食品中存在一定的污染率,耐药情况形式严峻,PFGE图谱的聚集性与沙门菌的血清型有一定的联系,与耐药谱之间的关联性并不明确。     

Phenotypic and genotypic characterization of salmonella Enteritidis isolated from two consecutive Food-Poisoning outbreaks in Sichuan,China

Salmonella enterica serotype Enteritidis (SE) is a primary pathogen that causes foodborne diseases in humans. Although whole-genome sequencing (WGS) -based typing analyses have been increasingly used to investigate food-poisoning outbreaks, they are rarely applied to the epidemiology of multiple Salmonella outbreaks in Sichuan, China. This study therefore isolated SE from patients and food of two consecutive food-poisoning outbreaks during 2020 in Sichuan, China. We tracked outbreak origin using epidemiological investigation, serotyping, antimicrobial susceptibility testing (AST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and WGS. We also determined phylogenetic relationships using PFGE, whole and core genome multilocus sequence typing (wg/cgMLST), and whole-genome single nucleotide polymorphism (wgSNP) analyses. Epidemiological investigations identified a correlation between cake consumption and food poisoning. Thirteen strains isolated from patients and one strain isolated from the cake were confirmed as SE. Among the 14 strains, only six shared the same AST pattern (AMP-AMS-Sul-STR). Isolates from patients and cakes were indistinguishable in PFGE results. All four methods, namely PFGE, wgMLST, cgMLST, and wgSNP were appropriate for bacterial typing in SE-related outbreak investigation. However, wgSNP can assign 12 SE strains from the first outbreak to one cluster and assign two SE strains from the second outbreak to another cluster, while PFGE, wgMLST, cgMLST did not successfully distinguish the SE strains from different outbreaks. Thus, we conclude that SNP-based phylogenetic analysis might be a viable method for differentiating SE strains at the outbreak level.     

DiversiLab系统沙门氏菌分子分型评价

目的：评价DiversiLab(DVL)系统对沙门氏菌(SA)的分型能力。方法：用rep-PCR技术为原理的DVL系统对进出口食品中分离的44株SA进行分子分型,并与脉冲场凝胶电泳(PFGE)结果比较,探讨DVL对SA的种群分类能力和分辨率。结果：44株SA经rep-PCR分型分成22个群,分离自不同国家、不同食品中的相同血清型SA分布在同一个群,而且菌株之间相似性非常高。在rep-PCR结果中分在同一个群中的SA,在PFGE结果中除SA2和SA15外,其他菌株之间相关性较低。结论：DVL在SA的种群的分类能力上优于PFGE,但分辨率低于PFGE。     

Occurrence and characterization of Salmonella from chicken nuggets, strips, and pelleted broiler feed

Raw, frozen chicken nuggets and strips have been identified as a significant risk factor in contracting foodborne salmonellosis. Cases of salmonellosis as a result of consuming partly cooked chicken nuggets may be due in part to Salmonella strains originating in broiler feed. This study was undertaken to determine the occurrence and characterize the strains of Salmonella contaminating chicken nuggets, strips, and pelleted feeds, in an attempt to demonstrate whether the same Salmonella strains present in broiler feed could be isolated from raw, frozen chicken nuggets and strips available for human consumption. Salmonellae were recovered using the Health Canada MFHPB-20 method for the isolation and identification of Salmonella from foods. Strains were characterized by serotyping, phage typing, antimicrobial resistance typing (R-typing), and by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Salmonellae were isolated from 25-g samples in 27% (n=92) of nugget and strip samples, 95% (n=20) of chicken nugget meat samples, and from 9% (n=111) of pelleted feed samples. Salmonella Heidelberg, Salmonella Enteritidis, and Salmonella Orion were the most commonly isolated serovars from chicken nuggets and strips, nugget and strip meat, and pelleted broiler feeds, respectively. Salmonella Enteritidis phage type (PT) 13a with PFGE pattern SENXAI.0006 and R-type sensitive as well as Salmonella Enteritidis PT13a with PFGE pattern SENXAI.0068 and R-type sensitive were isolated from pelleted feed, and chicken nugget and strip meat in two separate instances. Data showed that Salmonella strains isolated from broiler feed were indistinguishable from strains isolated from packaged raw, frozen chicken nuggets and strips. However, results did not rule out the possibility that breeding stock or contamination during processing may have contributed to chicken meat contamination by Salmonella.     

基于全基因组测序的阪崎克罗诺杆菌婴幼儿食品分离株分子特征研究

目的 研究婴幼儿食品中分离的阪崎克罗诺杆菌(C.sakazakii)分子生物学特征。方法 对婴幼儿食品中C.sakazakii进行分离鉴定、药物敏感性试验和全基因组测序,利用BioNumerics软件对全基因组数据进行拼接组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、毒力基因和耐药基因分析,并与PubMLST数据库中ST型进行比较分析。结果 本研究中分离的9株C.sakazakii共分为5个ST型,ST1和ST64型为主要型别,同时也是PubMLST数据库中C.sakazakii的主要型别。3株C.sakazakii携带mcr-9耐药基因,但药敏结果显示所有菌株对包括多粘菌素B和多粘菌素E在内的12种抗生素均敏感。除携带共同毒力基因谱外,ST1、ST64和ST458型携带脂多糖基因gtrB。cgMLST聚类分析显示,9株C.sakazakii呈高度多样性。结论 与临床分离株相关的ST1和ST64型是本研究食品分离株中的主要型别,提示C.sakazakii具有潜在的致病性,有必要对婴幼儿食品中C.sakazakii开展连续监测,为预防控制由其引起的食源性疾病提供依据。     

2007—2016年四川省德尔卑沙门菌耐药与分子分型分析

目的 研究2007—2016年四川省德尔卑沙门菌分子分型和耐药趋势,掌握四川省德尔卑沙门菌污染状况,为暴发预警、溯源调查及抗生素使用策略提供参考数据。方法 运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和微量肉汤稀释法对2007—2016年四川省自临床病例、食品从业人员、食物中毒样品、养殖动物及零售食品中分离的106株德尔卑沙门菌进行分子分型及14种抗生素的敏感性测试。结果 106株德尔卑沙门菌对8类14种抗生素均有不同程度耐药,人源性和动物源性菌株对四环素、萘啶酸、氯霉素、复方磺胺的耐药率均大于20%。其中人源性菌株对头孢噻肟、环丙沙星、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑啉的耐药率均明显高于动物源性菌株;动物源性菌株对四环素、萘啶酸、氯霉素耐药率均明显高于人源性菌株。经Xba I酶切后106株菌共分为67个PFGE带型,不同年份的临床病例、食品从业人员及零售食品生猪肉分离株具有相同PFGE带型。结论 四川省德尔卑沙门菌分离株耐药率较高,并有逐年上升趋势。PFGE型别呈多样性,部分临床病例、食品从业人员分离株与生猪肉分离株PFGE具有相同带型。     

生鲜食品中沙门氏菌多重耐药性检测与复合型Ⅰ类整合子的分析

该研究采用纸片扩散法对生鲜食品源沙门氏菌分离株进行耐药表型检测,玻片凝集法测定血清型,MLST方法分析其序列型。用PCR检测结合序列比对,对多重耐药沙门氏菌携带的Ⅰ类整合子及其基因盒、ISCR1及其基因盒进行分析。共筛选出32株多重耐药菌株,多重耐药率为48.48%。多重耐药株中分为11种血清型,优势血清型为S. Thompson(21.88%)和S. Agona(18.75%),MLST的序列分型将多重耐药株分为15种ST型,优势序列型为ST26(21.88%)和ST13(12.50%)。多重耐药菌株中,Ⅰ类整合子的检出率为43.75%(14/32),其中有5株扩出耐药基因盒,检出率为35.71%(5/14);11株检出ISCR1序列,检出率为34.38%(11/32),其中4株扩增出耐药基因盒,检出率为36.36%(4/11);同时含有这两种遗传元件(Ⅰ型复合整合子)的菌株共检测出9株,检出率为28.13%(9/32),检出的基因盒大多包含1~2种耐药基因,与耐药表型具有较好的相关性。通过blast比对,发现28号菌株中的Ⅰ型复合整合子耐药基因盒与沙门氏菌Nsa217质粒和肺炎克雷伯菌的KP15-2-53质粒具有同源性。生鲜制品中沙门氏菌耐药性相对严重,且沙门氏菌多重耐药性与携带的Ⅰ型复合整合子之间具有相关性。