网格计算技术在药物分子对接中的应用

药物分子筛选所涉及的搜索空间非常巨大,需要耗费大量的时间,并且对计算环境也有较高的要求。将网格技术应用于药物分子筛选中,能有效解决上述问题。通过引入网格结点计算性能评价参数,使性能较好的结点承担计算量较大的任务。按照结点间传输环境的不同进行区域划分,从而减少了由于传输环境变化而造成的筛选服务质量的波动;最后的实例测试表明了药物分子筛选服务与网格技术相结合的合理性及有效性。     

基于容错机制的精细药物分子对接网格

针对药物分子对接的搜索空间大、耗费时间长、对计算环境要求高等问题,给出一种将网格技术应用于药物分子对接的方案。基于遗传算法多种群竞争机制的对接演化模型GasDock,以信息熵控制空间的收缩,增强进化的目的性,提高对接效率。提出局部类树型结构及结点失效的容错机制,提高了精细药物分子对接任务的效率及容错性。测试结果证明了精细药物分子对接与网格技术相结合的合理性和有效性。     

蛋白质-配体分子对接中构象搜索方法

分子对接是研究蛋白质-配体分子间相互作用与识别的有效方法。分子间的相互作用过程中形成的近天然构象是结合自由能极低的构象,快速且准确搜索能量极低的构象对于蛋白质-配体分子对接至关重要。本文回顾了蛋白质-配体分子对接中主要的构象搜索算法,包括快速穷举搜索、启发式搜索和其他搜索方法,并列举了采用不同搜索算法的代表性分子对接软件。其次,介绍了蛋白质-配体分子对接的国际评估实验、常用的测试标准库和评价的重要指标。最后,分析并指出了当前蛋白质-配体对接构象搜索方法所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。     

用分子对接方法研究肝素与孕激素受体相互结合模式(英文)

用分子对接模拟软件研究了肝素与孕激素受体的相互作用。以肝素中的一糖单位作为探针对孕激素受体蛋白进行搜索,获得肝素组成单位与孕激素受体的特异性结合模式。结果发现,2-O-硫酸-α-L 艾杜糖醛酸(2-O-sulfated iduronic acid,IdoA(2S))作为肝素的核心组成单糖之一,与孕激素受体的结合能力最好。分子对接结果显示 IdoA(2S)深入到孕激素受体的 helix2 和 helix 11 所包围的结合口袋,与孕激素受体结合结构域关键残基 Asn 719 形成稳固的氢键;并与孕激素受体结合结构域的关键残基 Met 909 残基侧链近距离接触,揭示了 IdoA(2S)可能具有的孕激素受体拮抗效应的分子作用机制。本模拟实验所建立的模型能够部分解释肝素抑制孕激素依赖性乳腺癌的现象,同时推测了其相应机理。     

应用改进型遗传算法进行药物分子对接设计

文章建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩。该算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判椐,有效地控制了算法的收敛。利用基于小种群的多种群进化策略,在保证种群多样性的前提下,极大程度地减少了计算量,提高了计算效率。数值算例表明,熵的介入增强了随机搜索类进化算法的寻优目的性,使收敛过程平稳且迅速。算例表明此算法能有效的应用于药物分子对接设计。     

药物分子对接中的构象搜索策略

药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。     

云环境下药物分子对接动态任务迁移的应用

基于传统动态任务迁移方法,针对药物分子对接任务,提出了云环境下药物分子对接任务优化迁移策略。通过分析各结点自身中断事件发生次数的数学期望和方差,得出即时可靠性评价参数,从而选取最可靠的结点作为迁移目标。在源结点和可靠的目标结点之间实施增量数据预迁移,缩短了停机拷贝时间。最后的实例表明任务迁移策略能够在云环境下选择可靠目标结点,药物分子对接安全性得到了提高。     

姜黄素类似物与酪氨酸酶相互作用的分子对接研究及应用

运用Surflex-dock对姜黄素类似物与酪氨酸酶的相互作用进行了分子对接研究,分析了小分子和受体的结合模式,阐述了其构效关系.对接结果表明,活性良好的化合物结合到酪氨酸酶的双核铜离子活性中心,计算结果与活性测试结果基本一致.运用该分子对接模型进行新型抑制剂设计,筛选出活性更强的带邻二酚羟基的姜黄素类似物,并得到实验...     

药物SAHA的潜在靶标预测及分子对接研究

利用PharmMapper的反向药效团匹配方法对SAHA(伏立诺他)的潜在靶标进行筛选,虚拟筛选得到的HDLP,HDAC8等9个靶标已被实验研究证实。靶标所涉及的疾病与实验报道的SAHA的药理学活性一致,如抗癌、抗炎、抗肿瘤等作用。另外,预测出与老年痴呆、糖尿病、风湿性关节炎等疾病相关的SAHA的潜在靶标,进而利用分子对接技术对SAHA与潜在靶标的作用模式进行了研究。SAHA与潜在靶标的对接结果表明,它们在形状、电负性和疏水性方面匹配良好,能有效抑制靶标的活性。本实验研究表明,反药效团匹配和分子对接方法可作为预测药物潜在靶标的有效手段,为SAHA新的适用症的进一步研究提供理论指导。     

中草药有效成分化合物与黄嘌呤氧化酶的分子对接及药物特性研究

运用Surflex-Dock和.FAF-Drugs2对5种能治疗高尿酸血症的中草药的65个成分与黄嘌呤氧化酶(简称XO)进行柔性分子对接和ADMET预测研究,并分析它们在XO的活性位点的结合模式。结果显示当中的51个化合物有比常用西药别嘌呤醇更佳的打分函数和更稳定的结合模式。其中以花旗松素-3-O-α-L-鼠李糖苷、阿斯特酚苷和虎杖甙的打分函数最高,它们亦被预测为有良好的口服药物特性,可用于研发新型黄嘌呤氧化酶抑制剂。     

基于Internet的GIS网格研究

为改善Internet上空间资源共享的环境,对当前Web GIS的空间资源共享问题结合网格技术进行了研究,从网格的角度阐释了空间信息网格、空间知识网格、空间数据网格和空间服务网格在内的GIS网格体系。     

基于Internet的GIS网格研究

为改善Internet上空间资源共享的环境，对当前WebGIS的空间资源共享问题结合网格技术进行了研究，从网格的角度阐释了空间信息网格、空间知识网格、空间数据网格和空间服务网格在内的GIS网格体系。     

基于电力GIS的电网故障监控系统的研究与设计

电网故障监控系统利用故障采集器回传的电参数信息和地理标志信息,通过监控中心对这些信息读取处理后,导入GIS中,在显示器上通过GIS地图显示相关信息。从而帮助调度人员快速准确地发现和了解故障信息,及时制定抢修方案或启动抢修预案,并调度维修人员快速到达现场,可有效提高供电抢修效率,提升客户满意度,具有良好的应用价值。     

校园网格平台的研究

随着校园网络资源的快速增长,结合黄淮学院校园网资源现状及管理需求,阐述了校园网格的设计思路与方案,设计了面向服务的校园网格系统拓扑结构,构建了面向服务的层次系统架构及服务访问模型,为用户提供统一透明的网格服务。最大限度地避免了信息孤岛的局限性。     

基于播存网格的智能Agent研究与设计

简要地介绍了播存网格的组成,并设计了一种基于播存网格的智能Agent,同时详细地讨论了智能Agent的软件实现技术。     

基于信息网格的协作教学系统的研究与开发

针对网络教学中知识存在的特征，构建了基于信息网格的协作教学系统．详细讨论了该系统知识管理的实现，包括知识的转化、知识的表示和知识的查询．实现了知识的管理与共享．应用结构和应用实例表明，该系统能够满足协作教学对知识交流的需要．     

基于网格服务的图像检索研究与实现

文章介绍了网格、OGSA和Globus网格平台,研究基于Globus网格平台实现图像检索网格服务的技术,提出具有图像搜集服务、图像索引服务和图像查询服务的图像检索网格框架模型,并实现基于网格服务的图像检索系统原型,为图像检索提供了一种全新的、切实可行的解决方案。     

网格研究及其开发环境*

探讨了网格研究的基础理论、核心问题、具体研究内容和难点;仿真是研究网格资源管理和调度问题的重要方法,分析和评价了目前主要仿真工具的特点及应用;GT3已经成为网格项目开发的主流工具,给出了建立GT3 Core网格服务开发平台的方法;介绍了基于CGSP(China Grid Support Platform)的网格开发环境.以期有助于网格的创新研究和应用开发.