自然发酵腐乳中细菌多样性评价

以腐乳为研究对象,利用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术与Miseq高通量测序技术相结合的手段解析及评价细菌多样性,同时利用传统纯培养的方法对乳酸菌进行分离、纯化与鉴定。结果显示:腐乳中主要微生物为变形菌门(Proteobacteria,80.45%),其中绿脓杆菌属、不动杆菌属、鞘氨醇杆菌属、布丘氏菌属和草螺菌属细菌为优势细菌属。同时通过PCR-DGGE和纯培养发现腐乳中鉴定出7株乳酸菌,其中2株为戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),1株为乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici),4株为屎肠球菌(Enterococcus faecium)。由此可知腐乳中蕴含着丰富的微生物资源,同时屎肠球菌(Enterococcus faecium)为优势乳酸菌。     

基于高通量测序分析2种夹江腐乳中的微生物

通过高通量测序结合传统培养的方法对2种类型夹江腐乳——香辣腐乳和白菜腐乳中的微生物(细菌和真菌)对比分析。结果表明:2种夹江腐乳中细菌数目和多样性(10~7CFU/g,共65 OTUs)均高于真菌(10～10~4CFU/g,共27 OTUs)。其中细菌组成具有一定的相似性,芽孢杆菌属(香辣腐乳63.41%,白菜腐乳40.06%)和乳酸菌相关属(香辣腐乳25.53%,白菜腐乳33.63%)占优势,而乳酸菌组成有一定的差别,香辣腐乳中以链球菌属(11.81%)含量较高,而白菜腐乳中肠球菌属(20.07%)含量较高。2腐乳中真菌组成差异较大,香辣腐乳中曲霉菌属(38.82%)占优势,而白菜腐乳中酵母菌相关属(86.15%)占绝对优势。总之,夹江腐乳中的微生物具有很高的多样性和复杂性。     

基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性

研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响.选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序.结果 表明,在细菌门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bactero...     

红腐乳后酵期风味物质与细菌菌群分析

为探究目前市场中红腐乳后酵阶段风味物质与菌落演替之间的关系,采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术、反相高效液相色谱和邻苯二甲醛柱前衍生化检测相结合的方法,检测腐乳中挥发性风味物质及氨基酸含量.共检测出挥发性风味物质50种,主要为酯类20种、醇类9种,通过气味活性值分析得到主要风味物质为苯乙醇、1-辛烯-3-醇、乙...     

基于高通量测序技术的不同产地腐乳微生物多样性分析

为了解我国不同产地及风味腐乳中微生物的多样性。本研究基于高通量测序（high throughput sequencing,HTS）技术,对16种不同产地的腐乳样品中的微生物群落的多样性和差异性展开分析研究。细菌多样性结果显示,在属水平上,腐乳中含量最丰富的是芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）,这两个属也分别代表了腐乳发酵后期的优势菌群;真菌多样性结果显示,腐乳中含有大量曲霉属（Aspergillus）和放射毛霉属（Actinmucor sp.）等水解酶产生菌;化学成分测定结果显示,不同产地对于腐乳中的化学成分具有一定的影响,腐乳中可溶性蛋白含量以及氨基氮含量与样品中的芽孢杆菌分布呈现正相关;主坐标分析结果显示,16种产地的腐乳样品中的真菌菌群结构与地区存在一定的聚类关系,具体表现为中国东部地区的真菌（ZJ2、ZJ4、ZJ5、ZJ6、SH9、AH11和JX12）可以归为一组,说明腐乳的真菌群落可能受地理因素的影响。本研究加深了对腐乳中微生物群落多样性的了解,为提高传统发酵调味品的品质提供理论支持。     

白腐乳发酵过程中细菌群落演替规律研究

为解析白腐乳发酵过程中细菌的多样性,应用高通量测序和培养组学相结合的方法分析了前酵和后熟过程中细菌的变化规律,通过高通量测序分析白腐乳发酵过程中细菌16S rDNA V3-V4区基因序列。结果表明,白腐乳从前酵到后熟过程中细菌群落有较大变化,豆腐坯中的优势菌为乳杆菌（Lactobacillus）,毛坯中的优势菌为不动杆菌（Acinetobacter）,后熟45 d腐乳中的优势菌为明串珠菌（Leuconostoc）,后熟180 d腐乳中的优势菌为四联球菌（Tetragenococcus）;利用培养分离方法从腐乳发酵过程中部分样品分离鉴定出75株可培养细菌,包括融合魏斯氏菌（Weissella confuse）、蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）、肉葡萄球菌（Staphylococcus carnosus）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）、嗜盐四联球菌（Tetragenococcus halophilus）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）和耐久肠球菌（Enterococcus durans）等。     

云南泡藠头和泡辣椒中细菌与真菌群落结构和多样性分析

采用高通量测序技术对云南省昆明市、红河州和文山州地区泡藠头和泡椒的细菌真菌多样性进行解析。基于Shannon指数的α-多样性分析结果表明,3个地区泡菜的微生物多样性、优势度和均匀度存在差异,文山地区泡藠头中细菌群落的多样性最高,且均匀度较好;红河地区泡藠头和泡辣椒真菌菌群结构最丰富。其中,泡藠头和泡椒中优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形杆菌门(Proteobacteria),相对丰度分别为99.21%和58.19%;优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella),相对丰度分别为98.07%、19.46%和17.70%;文山和红河泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为接合酵母菌属(Zygosaccharomyces),昆明泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为毕赤酵母属(Pichia)。研究表明不同地区、不同种类的泡藠头与泡椒中微生物多样性存在差异。该研究初步揭示了云南附近地州的泡藠头与泡椒中微生物的多样性,为提高云南特色发酵蔬菜的品质提供理论指导。     

市售茨河花色腐乳和红方腐乳微生物菌群及风味物质的比较分析

基于MiSeq高通量测序技术对湖北省谷城市茨河花色腐乳和全国不同地区的红方腐乳的微生物菌群进行了分析,同时使用GC-IMS对腐乳的气味基础—挥发性有机物进行了分析。结果表明,花色腐乳与红方腐乳的细菌与真菌菌群结构存在显著差异(P<0.05),前者的生物标志菌属为假单胞菌属(Pseudomonas),而红方腐乳的生物标志菌属为红酵母属(Rhodotorula),曲霉属(Aspergillus)和明串珠菌属(Leuconostoc)。GC-IMS结果显示,两种腐乳的小分子酯类风味物质种类最丰富,醛类物质在红方腐乳中富集,而酮类物质在花色腐乳中富集。另外,红方腐乳的特征风味物质为乙醇、2-甲基丁醛,2-甲基异丙醛等,而花色腐乳的特征风味物质为乙醛,丙烯酸乙酯,柠檬烯等。另外,威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)和毛霉(Mucor)与多种风味物质呈正相关,因此在花色腐乳的生产中具有开发与应用的潜力。     

永春老醋不同生产阶段细菌和真菌多样性动态变化特征分析

以16S rRNA和18S rRNA基因为分子标记,应用高通量测序技术分析了福建永春老醋发酵中(Y1)、1个月成品(Y2)、1年陈酿(Y3)和10年陈酿(Y4)共4个不同生产阶段中的细菌与真菌群落多样性.结果表明,对于细菌组成,Y1、Y2和Y3三个阶段优势菌纲皆为 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)...     

不同陈化时间广陈皮表面细菌和真菌多样性变化分析

传统理论认为陈皮陈久者良,陈化过程中微生物会引起药效物质基础的改变.通过高通量测序技术系统地研究了不同陈化时间广陈皮表面细菌、真菌菌群结构及特征,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序.结果表明不同陈化时间广陈皮样本表面细菌、真菌组成结构基本一致,但相对丰度差异明显,优势菌属不同.细菌属水平上,主要...     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

【目的】为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。【方法】以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。【结果】发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%～98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）...     

基于高通量测序分析进口大麦真菌多样性

文章介绍了高通量测序技术在食品安全及植物病害真菌检疫中的应用。利用Illumina-Hiseq测序技术,对进口和国产大麦的真菌多样性进行了研究。从澳大利亚、法国、加拿大和国产大麦样品中共获得331054个ITS序列,系统分类学分析将其归类为6门、25纲、50目、80科、115属、158种,表明样品的真菌多样性较高。进口大麦和国产大麦的优势真菌均以子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota为主,两者之和占到全部真菌的97.46%～99.97%;优势菌属为李维菌属Lewia、隐球菌属Cryptococcus、Udeniomyces菌属、埃里格孢属Embellisia、锁掷酵母属Sporidiobolus、赤霉属Gibberella、蜡蚧菌属Lecanicillium、链格孢属Alternaria、红酵母属Rhodotorula、曲霉属Aspergillus、格孢腔菌属Pleospora等。韦恩图分析结果显示法国、加拿大、澳大利亚和中国的大麦真菌群落种类差异较大,每个产地的大麦真菌群落有各自的特性真菌。文章利用高通量测序建立了进口和国产大麦真菌多样性生物信息学数据库,不...     

基于MiSeq高通测序技术的米酒真菌多样性分析

为探究米酒中真菌多样性,本研究采用MiSeq高通测序技术与多元统计学手段相结合的方法对采集自恩施地区的10个农家自酿米酒样品中真菌微生物进行了研究,结果表明该地米酒样品中的真菌门主要为子囊菌门(Ascomycota)、毛霉亚门(Mucoromycotina)、担子菌门(Basidiomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和芽枝霉门(Blastocladiomycota),核心优势真菌属及其平均相对含量分别为复膜孢酵母属(Saccharomycopsis,62.44%)、根霉属(Rhizopus,20.28%)和淀粉菌(Amylomyces,4.42%);在对97%的相似度下划分的10627个操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU)进行研究时发现OTU2793、OTU8553、OTU2342、OTU4367、OTU9019、OTU4274和OTU5981的累积平均相对含量高达80.64%且在各样品中均有分布,各样品中除含有大量的共有真菌菌群外亦含有独特的真菌类群;同时,在对样品差异进行分析时发现,采集的10个米酒样品大致可以分为两个聚类,且聚类Ⅰ样品真菌群落结构组内差异要显著高于聚类Ⅱ(p<0.05),而优势真菌属Saccharomycopsis、Rhizopus、Amylomyces和Poitrasia是造成米酒样品两个聚类微生物群落结构差异显著的关键真菌类群。     

陕西关中地区羊乳中细菌多样性的分析

为全面了解羊乳中细菌多样性,对陕西关中地区杨凌、宝鸡和渭南3个牧场羊乳样品中微生物宏基因组DNA的16S r RNA基因V3-V4区进行扩增、高通量测序。研究共获得225 424条高质量序列,平均每个样品聚成673个OTUs。对不同地区羊乳中细菌群落构成分析显示,所有羊乳样品中细菌门有27种,Proteobacteria为陕西关中地区羊乳中的优势菌群门,在渭南地区所占比例最高,为91.15%,在杨凌和宝鸡地区分别占62.44%和60.33%;细菌属有354种,Enterobacter是关中地区羊乳中的优势细菌属,3个地区所占比例分别为37.41%、33.82%和2.87%;细菌种有826种,P.aeruginosa为陕西关中地区的优势菌株,在3个地区分别占1.17%、0.81%和21.8%,且渭南地区的P.aeruginosa含量显著高于其他两个地区。不同地区羊乳样品细菌群体间的多样性分析表明,杨凌和宝鸡这两个地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较高,渭南地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较低。3个地区间羊乳中细菌分布有一定的差别,但样品之间微生物群落结构差距不大,有一定的相似性。     

湖南地区酱香型白酒酒醅细菌多样性及其与基酒风味物质相关性分析

采用高通量测序技术分析湖南地区酱香型白酒酒醅细菌群落结构及变化规律,利用顶空固相微萃取-气相色谱质谱联用(HS-SPME-GC-MS)分析轮次酒的风味物质构成,并阐释酒醅细菌菌群与风味物质的相关性。结果表明,酒醅样品中共检出25个门,308个属。优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、醋杆菌属(Acetobacter)、劳尔氏菌属(Ralstonia)和芽孢杆菌属(Bacillus)等,其中乳杆菌属(Lactobacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)为各轮次共有的优势菌属。各轮次基酒中共检出83种风味物质,相关性分析结果表明,克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、小球菌属(Pediococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)等与风味物质相关性较强。相较于其他产区,湖南地区酱香型白酒酒醅样品细菌群落结构、优势菌门种类数量、群属丰度及轮次基酒风味物...     

不同种类腐乳产品中优势菌种的分离与鉴定

目的分离和鉴定不同腐乳种类(红腐乳、白腐乳、青腐乳、糟方腐乳和牛肉腐乳)中的优势细菌。方法通过传统纯培养的方法和16S rDNA第一代高通量测序法相结合,研究不同种类腐乳中的优势细菌组成。结果本试验发现白腐乳中的优势菌多样性最大,而糟方腐乳和牛肉腐乳中的菌种多样性最小,每种腐乳中的菌群结构各不相同。检测发现腐乳成品中存在优势的食源性致病菌如:蜡状芽孢杆菌、粪肠球菌和恶臭假单胞菌。结论不同种类腐乳产品中可能会存在一定的致病菌,从而有引起食品安全问题的风险,因此,应进一步对腐乳的微生物的安全性进行深入检测分析以及改进腐乳的生产工艺。     

清徐低温大曲真菌菌群多样性及其功能性关联分析

为明确清徐低温大曲真菌菌群的多样性与功能,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其真菌菌群多样性进行解析,使用电子鼻和电子舌智能传感技术对香气和滋味进行分析,并通过多元统计学分析方法进行解析。结果表明,清徐低温大曲平均相对含量>1.00%的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,平均相对含量为（99.99±0.02）%。平均相对含量>1.00%的真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、热子囊菌属（Thermoascus）、红曲菌属（Monascus）和曲霉属（Aspergillus）,平均相对含量分别为（80.71±8.83）%、（8.96±5.03）%、（6.10±4.56）%和（1.54±1.18）%。通过肠型分析将清徐低温大曲分为两组,并结合大曲的菌群多样性分析结果与香气、滋味指标进行关联分析,发现清徐低温大曲中复膜孢酵母属相对含量的差异是造成清徐大曲功能不同的主要原因。     

传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质分析

为探讨传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质的关系,采用Ion S5 XL测序平台,对4 种传统自然发酵酸肉中细菌16S rDNA V3～V4区进行高通量测序,并结合电子鼻和固相微萃取-气相色谱-质谱（solid phase microextraction-gas chromatography-mass spectrometry,SPME-GC-MS）分析等手段揭示酸肉细菌群落结构及其风味品质的相关性。结果表明,样品获得序列数平均为110?395?条。4?种酸肉样品中总体细菌群落包含11?个门,其中厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌群落的83.73%～98.92%,其次是变形菌门和放线菌门。主要优势菌属为乳杆菌属、魏斯氏菌属和乳球菌属。利用SPME-GC-MS从酸肉样品中检测到的挥发性物质包括酸类、醇类、醛类、酯类、酮类、萜烯类等化合物共126?种。各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,而菌群种类和数量影响产品风味。与传统方法相比,高通量测序得到的细菌多样性信息更接近于样品微生态,能够全面解析自然发酵肉制品酸肉的细菌多样性,为传统食品的现代化改造和质量安全控制提供科学支撑。     

基于高通量测序技术分析霉变核桃仁真菌多样性

目的:研究核桃仁在适宜霉变条件(温度25 ℃、相对湿度85%)下的真菌侵染过程,揭示其霉变过程中真菌群落的结构与真菌群落样性变化。方法:采用Illumina Miseq高通量测序方法分析核桃仁霉变过程中的真菌群落组成和多样性。结果:子囊菌门是核桃样品霉变的主要真菌门类,相对丰度在27.41%~99.98%范围,其次是担子菌门,相对丰度在0.01%~32.56%范围。在真菌属水平上,霉变过程中的主要优势种群为镰孢菌属、链格孢属、赤霉属与曲霉属。1周内核桃仁的霉变过程可大致分为Ⅰ期(0~2 d)、Ⅱ期(3~4 d)、Ⅲ期(5~7 d)3个时期,Ⅱ期与Ⅰ期相比镰孢菌属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅱ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅰ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集。结论:核桃仁霉变过程中真菌微生物群落的变化分为3个时期,真菌多样性呈下降趋势,镰孢菌属、链格孢属与曲霉菌属是其霉变的优势真菌种群。     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。