利用原卟啉原氧化酶抑制剂药效团模型进行数据库搜索

为了设计与合成新型原卟啉原氧化酶抑制剂，利用所建立的药效团模型为基础，建立提问结构，将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库中(NCI-3D和ACD-3D数据库)，借助分子三维结构搜索软件(3DFS和ISIS／3D软件)和多种搜索方法(POWELL方法和遗传算法)分别搜寻出一百多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物。     

原卟啉原氧化酶抑制剂的三维药效团研究

在靶酶三维结构未知的条件下，采用限制性系统搜索方法（Constrained Systematic Search），对5类典型的原卟啉原氧化酶（Protox）抑制剂的三维药效团进行了研究，发现这些抑制剂共同的活性部位可能是2个心水中心和一个氢键接受体，得到的药效团模型对在分子和原子水平探讨不同结构类型的原卟啉原氧化酶抑制剂与靶酶相互作用的共同机制，指导新型抑制剂的设计与合成等方面具有重要的理论指导意义和潜在的实际应用价值。     

距离比较法构建酪氨酸酶抑制剂的药效团模型

运用距离比较法程序建立了酪氨酸酶抑制剂的药效团模型，以此为提问结构对Maybridge和NCI，2个数据库进行搜索，得到了一系列新型的可能具有高活性的黑色素合成抑制剂。     

新型酪氨酸激酶水分子抑制剂的三维药效团研究

对受体酪氨酸激酶（ＲＴＫ）的药物抑制对控制恶性肿瘤具有重要意义。最近发现的苄叉丙二腈化合物家族对ＲＴＫ中的ＨＥＲ２受体具有的抑制作用。本文对这一系列化合物进行了柔性的三维药效团分析,得到了一个预测能力委好的药效团模型、线性回归系数Ｒ＝０．９９５８。这个模型对于研究此类化合物的结构与活性关系,以及评估此类未知化合性具有重要作用。     

真蛸胺类杀虫剂药效团模型的确定

用比较分子场分析方法（ＣｏＭＦＡ）研究了２１种真蛸胺类杀虫剂的三维定量构效关系，确定了药效团模型，得到了具有较好预测能力的ＣｏＭＦＡ模型。研究表明，苯环与支链Ｎ原子及它们间的距离对于这些化合物的活性有重要影响，而且立体与静电场对其药效均起作用。     

HMG-CoA还原酶的活性位点分析及其抑制剂药效团模型的构建

HMG-CoA还原酶(HMG-CoA Reductase,HMGR)是降血脂药物设计的重要靶标,抑制该酶的活性可以有效地降低血浆总胆固醇水平,从而降低心脑血管疾病的发病几率。虽然已经开发了数种他汀类药物作为HMGR抑制剂应用于临床,但是他汀类药物的安全性,特别是长期服用的安全性一直备受关注,所以设计新型安全的HMGR抑制剂仍然十分迫切。本论文利用蛋白质活性位点分析程序Grid,分析了HMGR底物结合腔的形状和表面特性,在细致地分析了各类药物与HMGR具体的氢键、疏水相互作用后,结合分子对接、3D-QSAR研究结果,总结了HMGR抑制剂的药效基团模型,并提出了可行的HMGR抑制剂的设计方案,为全新HMGR抑制剂的设计和先导化合物的优化提供了可靠的信息,并对HMGR抑制剂的进一步修饰提出了可行的思路。     

Medetomidine及其类似物的三维药效团模型研究

4－取代的咪唑类化合物是一类新发现的α2-受体肾上腺素能受体专一性激动剂，其代表物为medetomidine。Medetomidine在一些国家已经作为动物麻醉药使用。本文用Catalyst软件包对这一系列的化合物进行了三维药效团模型研究，建立了与α1和α2－肾上腺素能受体结合的不同的药效团模型，2个模型的线性回归系数分别是0.96和0.99。通过建立的药效团模型，研究其结构与活性关系，以指导新的专一性α2-肾上腺素能受体激动剂的设计与合成。     

基于量子计算机的数据库搜索

Grover提出的量子搜索算法,可以用O(N1/2)的时间复杂度完成对规模为N的非结构化数据集的搜索,这在经典计算机上需要O(N)的复杂度。其中量子黑盒(又称为Oracle)依赖于具体问题,根据数据库搜索的要求,设计了量子黑盒的内部结构和相应的量子线路,给出了适合于数据库搜索的量子算法。     

基于数据库的函数搜索设计

基于数据库的函数库搜索可实现对各种编程语言以及应用软件(如Matlab等数学软件)中功能函数定义的汇聚,建立数据库和实现交互式的可视界面,从而方便程序员或软件用户对各种函数的快速查找.本文给出了基于数据库的函数库搜索系统的设计过程.     

基于ALS模型协同过滤推荐算法的优化

推荐系统可以根据用户的基本信息与行为分析用户的兴趣,〖JP2〗向用户提供个性化推荐服务,因而成了近年来的研究热点。本文研究基于ALS模型协同过滤推荐算法。算法采用分布式平台实现,对比以往单节点实现,实验结果表明该算〖JP2〗法在计算速度上有了很大的提升。本文通过在损失函数上融合物品的相似性来减少隐形因子物品属性信息的丢失,同时在最优模型得出的预测评分中引入兴趣遗忘函数,通过实验对比结果表明,本文的优化算法有效提高了推荐系统的准确性。     

基于全文文档检索技术的化学教学模式

为了利用网络资源进行化学教学,提出了使用全文文档检索技术整合网络资源进行教学的模式。该技术由3部分组成：一是文档系统,各种格式的文档以文件的形式在服务器硬盘上使用文件系统进行组织。二是全文检索系统,使用Index Server对文档进行过滤和索引。三是检索系统,以IIS（Internet Information Server）为Web服务器,利用ADO访问Index Server数据库,使用ASP编程,实现检索和排序。实践证明该模式实现容易,操作简单,性能优秀,适合于大学化学教学。     

Dbtop: topomer similarity searching of conventional structure databases

A new topomer-based method for 3D searching of conventional structural databases is described, according to which 3D molecular structures are compared as sets of fragments or topomers, in single rule-generated conformations oriented by superposition of their fragmentation bonds. A topomer is characterized by its CoMFA-like steric shape and now also by its pharmacophoric features, in some novel ways that are detailed and discussed.

To illustrate the behavior of topomer similarity searching, a new dbtop program was used to generate a topomer distance matrix for a diverse set of 26 PDE4 inhibitors and 15 serotonin receptor modulators. With the best of three parameter settings tried, within the 210 shortest topomer distances (of 1460), 94.7% involved pairs of compounds having the same biological activity, and the nearest neighbor to every compound also shared its activity. The standard similarity metric, Tanimoto coefficients of “2D fingerprints”, could achieve a similar selectivity performance only for the 108 shortest distances, and three Tanimoto nearest neighbors had a different biological activity. Topomer similarity also allowed “lead-hopping” among 22 of the 26 PDE4 inhibitors, notably between rolipram and cipamfylline, while “2D fingerprints” Tanimotos recognized similarity only within generally recognized structural classes.

In 370 searches of authentic high-throughput screening (HTS) data sets, the typical topomer similarity search rate was about 200 structures per s.     

3D-QSAR analysis of TRPV1 inhibitors reveals a pharmacophore applicable to diverse scaffolds and clinical candidates

TRPV1 (Transient Receptor Potential Vanilloid Type 1) receptor, a member of Transient Receptor Potential Vanilloid subfamily of ion channels, occurs in the peripheral and central nervous system, and plays a key role in transmission of pain. Consequently, this has been the target for discovery of several pain relieving agents which have undergone clinical trials. Though several TRPV1 antagonists have progressed to become clinical candidates, many are known to cause temperature elevation in humans, halting their further advancement, and signifying the need for new chemotypes. Different chemical classes of TRPV1 antagonists share three important features: an amide or an isostere flanked by an aromatic (or fused aromatic) ring with polar substitutions on one side, and a hydrophobic group on the other. Recent work identified new series of compounds with these and additional features, leading to improvement of properties, and development of clinical candidates. Herein, we describe a 3D-QSAR model (n = 62; R² = 0.9 and Q² = 0.75) developed from the piperazinyl-aryl series of compounds and a novel 5-point pharmacophore model is shown to fit several diverse scaffolds, six clinical candidates, five pre-clinical candidates and three lead compounds. The pharmacophore model can aid in finding new chemotypes as starting points that can be developed further.     

基于聚类BNR扩展模型的信息检索研究

使用聚类技术对BNR进行扩展,得到一个新的4层模型,该模型同时使用了术语间和文档间的相近和相似关系,将此扩展模型和简单的RNR、扩展的BNRM模型比较,实验证实信息检索系统的检准率和检全率都有所提高。     

基于分形的三维树木形态模型

树木三维模型在农林业和娱乐、教育、商业等非农林业领域有着广泛的应用,但现有树木建模方法缺乏通用性：针对不同的对象需要建立不同的模型。运用递归调用分形自相似结构的方法构造了树木的三维模型。通过使用分枝结构随机抖动与双缓冲技术,兼顾了模型真实感与实现速度的问题。结果表明,该方法具有良好的通用性,简洁高效,能生成逼真的树木图形。     

一种改进的三维递归搜索视频去隔行算法

提出了一种改进的三维递归搜索（3DRS）视频去隔行算法，该算法使用双向参考运动估计，消除了原始算法中的误差传递现象，并采用多分辨率分析的思想，根据视频内容自适应的调节误差匹配块尺寸，提高了运动估计的准确度。实验结果表明，对于大多数测试序列，该算法在实验效果上取得了优于原始的3DRS算法的性能。     

基于聚类分析的三维模型检索综述

为提高三维模型的检索性能,将聚类分析用于特征描述符的提取以及模型间相似性关系划分等方面,能够对三维模型进行较为合理的分类,对较大规模三维模型数据库的索引和组织进行完善,提高三维模型检索效率。针对当前主流的基于聚类的三维模型检索算法进行分析,比较几种聚类算法的优势与不足,在其基础上进行改进,并继续应用于三维模型的检索中。     

基于MEGI模型的三维人脸识别方法

三维人脸识别是未来人脸识别的方向,有望解决二维人脸识别的瓶颈问题。基于MEGI模型,扩展了球面相关性系数,将其用于三维人脸识别。实验证明,基于MEGI模型的方法可以用于三维人脸识别。     

基于全文检索和流媒体技术的素材库设计建设

网络教学需要多媒体素材库的支持。多媒体素材库必须有着强大的多媒体信息存储、管理功能。采用全文检索系统来实现多媒体素材库强大的信息检索功能。采用流媒体技术实现多媒体素材库中流媒体的管理与发布。设计建设一种采用全文检索技术和流媒体技术核心的多媒体素材库,检索精度与效率高,功能十分强大。