基于SSR分子标记的普通菜豆种质遗传多样性分析

建立SSR-PCR反应体系对69份菜豆种质资源进行遗传多样性分析,并利用UPGMA法进行聚类分析及类群划分。17对SSR标记共检测获得等位变异位点55个,变幅2～5个,平均每对检测到标记3.24个;17对引物的多态性位点数17个,多态性百分含量100%。根据聚类分析结果：材料间遗传相似性系数（GS）变异范围0.392～0.963,平均值为0.659;在遗传相似系数0.67水平上将69份菜豆种子材料分为4个类群,说明普通菜豆种质遗传多样性丰富。     

中国花生小核心种质SSR遗传多样性

从206对SSR引物中筛选26对引物对我国花生全套小核心种质298份资源进行了遗传多样性分析,相似系数为0.51～0.99,其中种质zhh1497与zhh1398遗传差异最大。检测到3个在不同植物学类型中特异表达的标记带型,包括普通型1个（2A06/440）,龙生型1个（2A06/440）,珍珠豆型1个（PM443/270）,多粒型2个（PM443/270,9E08/500）。分析结果表明,多粒型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均最大,平均相似系数最小,其次是普通型花生,龙生型和中间型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均较小,平均相似系数较大。在我国花生小核心种质中,国外引入资源的多态性信息量和多样性指数均高于我国本土资源的对应值。在我国本土花生资源中,长江流域和南方地区资源的多态性信息量和遗传多样性指数均高于其他地区。     

黑龙江省种植大豆品种遗传多样性分析及与性状关联SSR标记筛选

为从分子水平鉴定黑龙江省种植大豆品种的遗传多样性,并筛选与蛋白质、脂肪、百粒重和水分等大豆主要性状显著关联的SSR分子标记,利用18对SSR引物,采用荧光毛细管电泳法分析黑龙江省75个种植大豆品种遗传多样性,并与性状进行关联分析.结果 表明:18个SSR标记中的10个标记可以实现单对引物准确鉴别42个大豆品种,18个S...     

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究

为准确评价部分烟草种质资源的遗传多样性,利用42对已发表多态性较好的烟草SSR标记引物对38份烤烟种质资源进行分析,筛选出22对引物在这些种质间存在多态性,平均等位位点数为3.68个,Nei's多样性指数平均为0.451,Shannon信息指数平均达0.789。UPGMA聚类分析表明,红花大金元有明显特异性。遗传结构分析显示,参试材料可分为2个类群,类群1和类群2分别包含16份和22份种质材料,且类群1变异范围大于类群2,类群2材料多表现为自然株高在210 cm以下,叶数20~25,茎围10~11 cm,田间赤星病较严重,青枯病发病相对较轻。研究结果为提升SSR分子标记筛选效率和部分烤烟种质创新应用提供理论依据。     

花生SSR分子标记的开发与利用

主要介绍了基因组SSR、EST—SSR分子标记的开发及其在花生遗传图谱的构建、花生性状及相关基因的定位、遗传多样性研究及种质资源的鉴定等方面的应用,同时对SSR标记在花生中的应用前景进行了展望,以期为花生分子育种提供参考。     

SSR荧光标记技术分析东四省典型绿豆品种的遗传多样性

东北是我国绿豆主产区之一,品种资源相对丰富。分析不同绿豆品种间遗传背景差异,明确其群体遗传结构,有助于提高品种资源在育种中的利用效率。本研究利用8对SSR引物对东四省40份绿豆品种进行荧光标记毛细管检测分析,共检测出43个等位变异,平均为5.4个,多态信息含量(PIC)变幅介于0.40~0.75之间,平均为0.55。比较分析发现,平均等位变异数目的分布为:黑龙江省(3.63)=辽宁省(3.63)>内蒙古自治区(3.50)>吉林省(2.88);多态信息含量(PIC)的分布为:黑龙江省(0.530)>辽宁省(0.527)>内蒙古自治区(0.469)>吉林省(0.382),即黑龙江省遗传变异水平最高,吉林省最低。聚类分析表明,黑龙江和辽宁的绿豆种质为组群Ⅰ,内蒙古和吉林为组群Ⅱ。本研究初步明确了东北各省(区)绿豆品种的遗传多样性水平,为资源的再收集及育种利用提供了参考,并为绿豆资源的深入利用奠定了基础。      

粤糖系列甘蔗品种遗传多样性的SSR分析

从56对SSR引物中筛选出18对多态性较好的引物,对18个粤糖系列甘蔗品种的遗传多样性进行分析,结果表明,每对引物的多态性位点平均为13.8个,多态性位点率为64.6%.18个甘蔗品种的遗传相似系数在0.5555～0.7597之间,平均为0.6762,遗传多样性属中等水平.遗传相似系数分析认为,粤糖83-271与粤糖93-159亲缘关系最近(GS=0.7597),其次是粤糖81-3254与粤糖92-1287(GS=0.7467).聚类分析在D=0.6300水平上把18个粤糖品种分为2大类,在系谱中亲缘关系密切的品种大多数都可以聚在一起.     

基于SSR标记的黑龙江省绿豆品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

目的:为明确黑龙江地区绿豆品种遗传多样性水平并构建SSR指纹图谱,为绿豆育种研究及品种鉴定奠定基础。方法:基于SSR荧光标记技术,利用筛选得到的14对SSR引物对黑龙江地区35份绿豆品种进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。结果:14对SSR引物在35个绿豆品种中共检测到49个等位基因,每对引物检测到2~7个,平均3.5个;多态性信息含量PIC值介于0.106~0.761之间,平均为0.398。参试品种遗传相似系数变幅介于0.6966~1.0000之间,平均为0.894,其中在0.82~0.86之间的遗传相似系数占全部数据的51.2%。在遗传相似系数为0.83的阈值处可将参试材料分为三大类群。构建了35份具有品种特异性的绿豆SSR指纹图谱及分子身份证,具有唯一性,可用于绿豆品种鉴定。结论:黑龙江地区绿豆品种遗传多样性水平不够丰富,SSR指纹图谱具可应用于绿豆品种真伪鉴定。      

基于SSR荧光标记分析我国主要审(认)定烤烟及白肋烟品种遗传多样性

将毛细管电泳荧光检测技术应用于烟草SSR标记研究,分析我国审(认)定通过的63份烤烟与8份白肋烟种质的遗传多样性。选取36对SSR引物,共扩增产生多态性带205条。运用NTSYS-pc2.10e软件计算Dice遗传相似系数,结果显示71份烟草种质的遗传相似系数介于0.223~0.924之间,平均为0.658。表明我国审(认)定通过的烟草栽培种间的遗传基础狭窄、遗传多样性不丰富。     

内蒙古地区绿豆品种遗传多样性SSR分析及DNA指纹图谱构建

目的:分析内蒙古地区绿豆品种的遗传多样性并构建其DNA指纹图谱,为探明绿豆种质资源遗传背景及真伪鉴定提供科学依据。方法:以内蒙古地区92份绿豆品种为模板,利用筛选得到的10对多态性丰富的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对其进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。结果:10对SSR引物共检测到58个等位基因,每对引物检测到3~10个不等;不同引物揭示的多态信息含量变幅介于0.371 4~0.773 7,平均为0.52。92份绿豆种质的遗传相似系数变幅介于0.033 4~1.000 0之间,平均为0.46。非加权组平均法聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.294 4时,可将92份绿豆种质分为两大类群。构建了92份绿豆品种的SSR指纹图谱及分子身份证,除个别品种外,大部分具有唯一性,可用于品种鉴定。结论:内蒙古地区绿豆种质资源的遗传多样性相对较丰富,但存在一定程度的近交现象,有待进一步加强引进基因资源,创新绿豆育种材料;构建绿豆SSR指纹图谱和分子身份证,对绿豆品种真伪鉴定、身份识别、溯源管理及原产地保护具有重要意义。     

春性与半冬性甘蓝型油菜的SSR标记多样性分析比较

通过42个单位点SSR标记分析59个甘蓝型油菜品种,比较春性和半冬性甘蓝型油菜品种间的遗传差异。结果表明,不同位点上存在2～6个等位基因,平均每位点检测到4.29个等位基因。不同位点的遗传多样性指数在0.40～0.70之间,所有供试位点平均遗传多样性指数为0.50,表明甘蓝型油菜品种资源中存在丰富的遗传变异。春性和半冬性油菜品种间的等位基因总数相差不大,主要等位基因的类型和频率存在明显的差异,而且春性和半冬性品种中分别存在相当数量的特异稀有等位基因。春性和半冬性油菜品种在27个位点上的遗传分化水平很小,仅在2个位点上存在明显的遗传分化,这些分化主要是由品种的春化特性差异造成。聚类分析表明春性和半冬性品种之间存在广泛的亲缘关系。     

不同地域和寄主来源的核盘菌遗传多样性分析

为了解核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum（Lib.）de Bary]遗传多样性和进化关系,利用SSR分子标记对采自不同地区和寄主来源的32个核盘菌分离物进行分析,17对SSR引物共检测到69个多态性位点,平均每对引物检测到4.06个位点。其中,引物AF377908-1/AF377908-2和AF377922-1/AF377922-2的等位变异数目最多,高达8个,而引物AF377903-1/AF377903-2和AF377925-1/AF377925-2的等位变异数目最少,为2个。17个SSR引物的多态性信息量（PIC）的平均值为0.56,引物AF377922-1/AF377922-2的PIC最高,为0.78。聚类分析显示,32个核盘菌分离物可划分为5个组群,来自同一地区的大部分核盘菌分离物聚在相同或相近的组内,表明核盘菌群体内的SSR遗传背景基本一致,而群体间的遗传变异较大。     

利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性

利用微卫星（SSR）标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高（2.111 6）,基因分化系数比较低（0.191 5）。     

甘蓝型油菜2009-2010年候选品种遗传多样性及群体结构

利用45对SSR（简单序列重复）和5对EST（表达序列标签）-STS（序列标签位点）标记对2009-2010年度165份新育成甘蓝型冬油菜品种进行遗传多样性及群体结构分析。50个标记检测到131个多态性片段,每个标记等位变异数由1至7不等,平均为2.62,多态性比率为95.83%,PIC均值0.519 8。165份品种在遗传相似系数0.519 0～0.938 0范围内聚类,平均为0.721 4。全部品种多样性指数Shannon（H）0.314 4,Simpson（I）0.470 3。杂交种整体多样性水平要高于常规种,细胞质不育杂交种略高于细胞核不育杂交种。4个生态区域中华东地区所育品种的两种指数最高,分别为0.314 0（H）和0.466 3（I）,西北地区最低,为0.271 1（H）和0.405 9（I）。主成分（PCA）以及群体结构分析均显示细胞核不育杂交种与细胞质不育杂交种两种类型间以及中南与西北区域细胞质不育杂交种间存在遗传差异。165份材料群体结构分为8个组。组Ⅰ中质不育杂交种占50%,核不育杂交种和常规种各占近25%;组Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ、Ⅶ基本为细胞质不育杂交种;Ⅲ、Ⅴ、Ⅷ三个组以细胞核不育杂交种为主。在细胞质不育杂交种为主的组中,西北区域与中南区域育成品种存在较明显的遗传差异。细胞核不育类型品种为主的3个组显示出更为复杂的遗传背景。     

同科植物SSR引物在烟草遗传差异分析中的应用研究

为丰富分子标记类型,加速烟草种质资源遗传多样性的研究利用,从番茄、辣椒的SSR引物中选择22对SSR引物,用遗传差异较大的14个烟草材料筛选引物,应用筛选出的引物对24份烤烟材料进行扩增,分析其遗传差异性。22对SSR引物中筛选出8对重复性好、多态性高的引物。8对引物在24份烤烟材料中共检测到98条遗传多态性带,引物多态信息量变化范围为0.451～1,平均0.646。品种间的遗传相异系数变异范围为0.3445～0.8626,平均0.6052。引物9扩增的谱带可把24个品种完全区分开。在遗传距离为0.62水平可将24份材料聚为四大类,其聚类结果与实际亲缘关系基本一致。因此,同科植物的SSR引物能较好地从分子水平上揭示烟草种质资源遗传背景和亲缘关系,可以应用于烟草品种资源的遗传差异分析。     

我国胡麻育成品种的遗传多样性分析

为分析国内不同时期（1950-2010年）选育的96份胡麻品种遗传多样性,利用形态学标记和SRAP分子标记两种方法聚类,在欧氏距离5.77和遗传相似系数为0.69时都能将96份品种分为4个类群,但两种聚类结果在亚群的划分上存在差异,说明形态标记的基因型与SRAP标记检测出的位点相关性小。将96份胡麻品种的SRAP标记数据按品种不同育成年代和地区进行遗传多样性信息指数的计算发现,随着年代递进和育成品种增多,基因多样性增加,但随着品种选育目标越来越趋于一致,其遗传距离趋于相近,Shannon信息指数的增幅趋于平缓,对不同地区胡麻品种分析发现,Shannon指数的变化与品种数量有关,与地域的联系并不紧密,这与栽培种本身的广泛相互引种有关系。