不同生态类型甘蓝型油菜在青海生态条件下的杂种优势表现

利用SSR分子标记研究35份不同生态类型甘蓝型油菜品种（系）的遗传多样性,并从中挑选有代表性的6个春性和6个半冬性材料按完全双列杂交方法（Griffing II）组配成66个组合,考查不同生态类型组合的杂种优势,并分析遗传距离与杂种优势的关系。结果表明不同生态类型的35份品种（系）在遗传相似系数0.698处分为5类,第I类主要为春性材料,半冬性材料分布于第II、III、V类,聚类分析结果与材料的生态类型基本一致;春性品种（系）与半冬性品种（系）组配的组合要比同种类型品种（系）间组配的组合具有更强的杂种优势;SSR的分子遗传距离与大多数性状F1表现及杂种优势相关不显著,利用SSR预测杂种优势效果还不明显。     

甘蓝型油菜SSR核心引物研究

为了确定一组适用于品种纯度鉴定和遗传多样性分析的SSR核心引物,以100份具有代表性的甘蓝型油菜品种（系）为研究材料对746对SSR引物进行筛选,综合考虑PIC（平均多态信息量）值大小、引物重复性、扩增带型清晰度、连锁群分布等因素,确定44对引物为甘蓝型油菜核心引物,其中20对引物为首选核心引物,24对引物为备选核心引物。20对首选核心引物每对可检测到3~9个多态性位点,PIC值介于0.56~0.80,共检测到102个位点,分布于11个连锁群上。随机抽取1对核心引物对一个杂交组合大田制种F1纯度进行鉴定,其鉴定结果与田间自然鉴定结果一致,并可同时鉴别出来源于父本及外来的混杂单株。将44对核心引物应用于品种的系谱分析和100份品种遗传多样性聚类分析,同样得到了很好的验证结果。该套SSR核心引物适用于甘蓝型油菜品种鉴定及遗传多样性研究。     

不同含油量甘蓝型油菜品种（系）的遗传差异分析

用SSR、SRAP和EST标记对40份含油量在43%以上和6份含油量在40%以下的甘蓝型油菜品种（系）进行含油量的遗传多样性分析。81对引物共扩增出192条多态性带,引物扩增位点多态性信息（PIC）值的变化范围为0.122～0.943,平均值为0.512。供试材料的平均遗传距离为0.409,变化范围为0.016～0.662,国外材料比国内材料显示出更远的亲缘关系,其中Hektor与7份材料间的遗传距离超过0.6,Sollux与15份材料间的遗传距离超过0.5。聚类分析显示：在相似系数为0.66处,供试材料被划分为5类;在相似系数为0.70处,供试材料被划分为9类;在相似系数为0.73处,46份材料被划分为18类。研究结果表明,高含油量供试品种间存在着较大的遗传差异,暗示它们可能含有增加含油量的不同位点;通过聚合这些可能的非等位位点,有望获得高含油量的油菜品种。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

从212对SSR标记引物中筛选出48对引物,对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

欧洲野生甘蓝的核质遗传多样性和群体遗传结构分析

为了解欧洲野生甘蓝遗传背景,以栽培甘蓝、甘蓝型油菜和白菜型油菜作对比,对引进的7个生态地理群体共80份野生甘蓝材料进行了核质遗传多样性和群体遗传结构分析。利用10对特异性SSR引物分析叶绿体基因组多样性,获得8个差异性标记,将参试94份材料划分为3类,即甘蓝（含栽培和野生甘蓝）、甘蓝型油菜和白菜型油菜;包括6种单倍型,其中野生甘蓝2个,甘蓝型油菜3个,白菜型油菜1个。利用6对SRAP引物对核基因组多样性进行分析,获得75个多态性标记;聚类及遗传结构分析表明7个野生甘蓝群体中,F、D、G三个群体聚为独立的亚类,E群体大部分单株归于G亚类。其它3个群体A、B、C则相互混杂在一起。野生甘蓝群体Nei＇s基因多样性指数（H）和Shannon’s指数（I）分别为0.301 3和0.461 1。分子方差分析（AMOVA）表明野生甘蓝以群体内变异为主,占80%;群体间变异仅占20%。结果显示引进的野生甘蓝群体核质遗传多样性丰富。     

利用微卫星标记分析酿酒酵母的遗传多样性

为研究本土酿酒酵母的种内多态性,以及本土野生酵母与商业酵母之间的差异性,本实验采用4个微卫星标记（ScAAT1、YOR267C、C11、YPL009C）分析18株商业酵母和28株陕西泾阳分离的野生酿酒酵母的遗传多样性,利用PopGen32进行遗传参数的分析。结果表明：4个位点共检测出66个等位基因,每个位点等位基因数为16～18个;平均多态信息含量0.862 3,均为高多态位点;46株菌表现出39种基因型,分辨率为98.94%;观测杂合度0.478 3～0.658 5。野生酵母和商业酵母均具有丰富的遗传多样性,两个群体各具有自己独特的等位基因,且两者在聚类图中有较清晰的界线。     

甘蓝型油菜2009-2010年候选品种遗传多样性及群体结构

利用45对SSR（简单序列重复）和5对EST（表达序列标签）-STS（序列标签位点）标记对2009-2010年度165份新育成甘蓝型冬油菜品种进行遗传多样性及群体结构分析。50个标记检测到131个多态性片段,每个标记等位变异数由1至7不等,平均为2.62,多态性比率为95.83%,PIC均值0.519 8。165份品种在遗传相似系数0.519 0～0.938 0范围内聚类,平均为0.721 4。全部品种多样性指数Shannon（H）0.314 4,Simpson（I）0.470 3。杂交种整体多样性水平要高于常规种,细胞质不育杂交种略高于细胞核不育杂交种。4个生态区域中华东地区所育品种的两种指数最高,分别为0.314 0（H）和0.466 3（I）,西北地区最低,为0.271 1（H）和0.405 9（I）。主成分（PCA）以及群体结构分析均显示细胞核不育杂交种与细胞质不育杂交种两种类型间以及中南与西北区域细胞质不育杂交种间存在遗传差异。165份材料群体结构分为8个组。组Ⅰ中质不育杂交种占50%,核不育杂交种和常规种各占近25%;组Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ、Ⅶ基本为细胞质不育杂交种;Ⅲ、Ⅴ、Ⅷ三个组以细胞核不育杂交种为主。在细胞质不育杂交种为主的组中,西北区域与中南区域育成品种存在较明显的遗传差异。细胞核不育类型品种为主的3个组显示出更为复杂的遗传背景。     

12个新引进油棕品种遗传多样性研究

为研究油棕新品种的遗传多样性,用ISSR分子标记方法对海南的12个油棕新品种进行了遗传多样性分析,结果表明:22个引物用于12个油棕新品种、48个单株材料的扩增,共扩增出185个位点,其多态位点百分率48.6%。不同品种的Gst值为0.5445,即54.45%的变异存在于品种间,45.55%的变异存在于品种内,说明遗传变异主要存在于品种间。据Nei-Li相似系数进行UPGMA分析,12个油棕品种分别聚为4个组:RY1号和RY9号品种各单独为一组,RY2、RY3、RY4、RY5、RY6、RY7、RY8号品种为一组,RY10、RY11、RY12品种为一组。     

吉林省绿豆种质资源遗传多样性SSR分析及指纹图谱构建

为分析吉林地区绿豆种质资源遗传多样性并构建DNA指纹图谱,明确吉林省绿豆资源遗传背景及品种真伪鉴定提供依据,以吉林省74份绿豆品种为材料,利用9对多态性丰富的SSR引物对其进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。9对SSR引物共检测到40个等位基因,每对引物检测到2~9个,平均为4.44,PIC值变幅介于0.076 8~0.725 4之间,平均为0.45;品种间遗传相似系数变幅介于0.111 1~1.000 0之间,平均为0.499 0。遗传相似系数在0.6~1.0之间有1 159个,占全部数据的42.91%;UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.503 7的阈值处,可将74份绿豆材料分为三大类群,相同地理来源品种大多成簇分布;基于检测结果构建了0/1格式的DNA指纹图谱和分子身份证,为吉林省绿豆品种区分鉴别提供参考。吉林省绿豆品种间亲缘关系较近,遗传背景狭窄,遗传相似度较高,今后应加强种质资源引进与创新以丰富该地区绿豆资源遗传多样性;SSR指纹图谱及分子身份证的构建对绿豆品种真伪鉴定、溯源管理及原产地保护具有重要意义。     

我国胡麻育成品种的遗传多样性分析

为分析国内不同时期（1950-2010年）选育的96份胡麻品种遗传多样性,利用形态学标记和SRAP分子标记两种方法聚类,在欧氏距离5.77和遗传相似系数为0.69时都能将96份品种分为4个类群,但两种聚类结果在亚群的划分上存在差异,说明形态标记的基因型与SRAP标记检测出的位点相关性小。将96份胡麻品种的SRAP标记数据按品种不同育成年代和地区进行遗传多样性信息指数的计算发现,随着年代递进和育成品种增多,基因多样性增加,但随着品种选育目标越来越趋于一致,其遗传距离趋于相近,Shannon信息指数的增幅趋于平缓,对不同地区胡麻品种分析发现,Shannon指数的变化与品种数量有关,与地域的联系并不紧密,这与栽培种本身的广泛相互引种有关系。     

利用GBS技术开发烟草SNP标记及遗传多样性分析

研究烟草种质资源的遗传背景,为烟草种质资源的高效利用提供依据。采用GBS （genotyping-by-sequencing）技术,挖掘92份烟草种质资源的SNP位点,并进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,测序共获得了147.165 Gb数据,平均每个样本1.599 Gb,筛选后共获得93 685个高质量的SNP位点;不同地理来源烟草群体等位基因数（Na）为1.27~1.93,观测杂合度（Ho）变化范围为0.22~0.76,期望杂合度（He）为0.32~0.59,多态性位点数（PLN）范围为15 877~44 249,多态性位点比率（PPL）为26.61%~74.17%,遗传多样性指数（H）为0.19~0.52,遗传距离（GD）为-0.0148~0.3849。基于遗传距离的NJ聚类将材料划分为两个类群;群体遗传结构分析表明,本研究所用材料基于模型可划分为4个亚群。通过GBS技术得到的测序数据量较大且质量较高,群体多态性较高,整体遗传多样性偏低,群体结构划分与种质来源不完全相关。     

烤烟种质资源SSR核心引物的筛选及验证

为筛选到适合烤烟品种利用的核心引物,准确评价烟草种质资源遗传多样性和亲缘关系,利用5份遗传差异明显的烤烟种质对分布于烟草24条连锁群上的2317对SSR引物进行初步筛选,筛选出70对引物。再利用20份不同地理来源的烤烟种质对初筛引物进行复筛,最终确定24对核心引物。利用核心引物对20份烤烟种质进行遗传多样性分析,共得到85个多态性位点,平均PIC值为0.52,平均等位位点数为3.54。同时对这20份烤烟种质进行聚类分析和主坐标分析,验证24对核心引物的有效性。结果显示,两种研究方法结论一致,与种质亲缘关系吻合度较高。表明该SSR核心引物体系准确有效,可以适用于烤烟种质资源鉴定和遗传多样性分析。     

甘蔗种质遗传多态性的ISSR分析

本研究以30个甘蔗栽培种或原种为材料,用ISSR标记方法进行了遗传多态性分析。结果表明：供试30份甘蔗种质材料的遗传相似性系数在0．375～1．000之间,其中,甘蔗栽培种与热带种的遗传相似性系数在0．850～0．950之间,说明这些甘蔗栽培种与热带种的血缘关系近;甘蔗栽培种与割手密之间遗传相似性系数在0．525～0．675之间,说明这些甘蔗栽培种与割手密有一定的血缘关系;甘蔗栽培种与斑茅的遗传相似性系数为在0．375—0．525之间,表明这些甘蔗栽培品种与斑茅的血缘关系较远（实质上参试的甘蔗品种都不是斑茅的后代）;参试的23份栽培种之间的遗传相似性系数关系在0．725～1．000之间,说明这些甘蔗栽培种之间的血缘关系较近,种质血缘窄,应加强含有多个野生种质的杂交后代的选育。同时,聚类分析结果表明,在遗传相似性系数为0．720水平上可将30份供试甘蔗种质材料分为3个类群,其中3个热带种和23个栽培种聚为一类,3个割手密聚为一类,斑茅单独聚为一类。     

92份雪茄烟原料种质资源遗传多样性研究

为准确评价雪茄烟种质资源的遗传多样性,利用SSR引物对92份可用作雪茄烟原料的种质进行分析,共检测到234个等位基因,平均为5.441 9,每个位点的多态性信息量变化范围为0.099 5~0.846 9,平均值为0.608 2;Nei’s多样性指数平均为0.654 6,Shannon信息指数平均达1.303 5。UPGMA聚类分析在遗传距离0.35处可将供试种质分为4个类群,PCA主成分分析将供试材料划分为4个类群,Structure群体遗传结构分析将供试材料划分为5个类群;不同分析方法划分的类群虽然有所差异,但分析结果均与地理来源有一定的相关性。从中筛选出15对核心引物构建了供试种质的指纹图谱,为建立雪茄烟种质资源鉴定体系奠定理论基础。本研究可为雪茄烟鉴定评价、遗传背景研究和种质创新应用等提供科学依据。     

33份晒烟种质资源SSR标记的指纹图谱构建

为分析我国晒烟种质资源的遗传多样性,并构建晒烟种质资源的指纹图谱,本研究利用25对SSR标记对33份晒烟材料进行分析。结果表明,25对SSR引物共检测到112个等位基因,平均每个标记4.31个,观测杂合度（Ho）平均值为0.0028,预期杂合度（He）平均值为0.6039。Shannon's信息指数I为1.1389,Nei's多样性指数（H）为0.5693,33份晒烟种质资源的遗传多样性相对丰富。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数0.345处,可将供试烟草资源分为两个类群。同时,利用2 5对引物构建了33个晒烟品种的指纹图谱,为晒烟品种鉴定体系的研究奠定理论基础。本研究可为我国晒烟种质资源的鉴定与利用、优异基因的挖掘、育种亲本材料的选择等提供科学依据。