烤烟种质资源SSR核心引物的筛选及验证

为筛选到适合烤烟品种利用的核心引物,准确评价烟草种质资源遗传多样性和亲缘关系,利用5份遗传差异明显的烤烟种质对分布于烟草24条连锁群上的2317对SSR引物进行初步筛选,筛选出70对引物。再利用20份不同地理来源的烤烟种质对初筛引物进行复筛,最终确定24对核心引物。利用核心引物对20份烤烟种质进行遗传多样性分析,共得到85个多态性位点,平均PIC值为0.52,平均等位位点数为3.54。同时对这20份烤烟种质进行聚类分析和主坐标分析,验证24对核心引物的有效性。结果显示,两种研究方法结论一致,与种质亲缘关系吻合度较高。表明该SSR核心引物体系准确有效,可以适用于烤烟种质资源鉴定和遗传多样性分析。     

基于SSR标记的黑龙江省绿豆品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

目的:为明确黑龙江地区绿豆品种遗传多样性水平并构建SSR指纹图谱,为绿豆育种研究及品种鉴定奠定基础。方法:基于SSR荧光标记技术,利用筛选得到的14对SSR引物对黑龙江地区35份绿豆品种进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。结果:14对SSR引物在35个绿豆品种中共检测到49个等位基因,每对引物检测到2~7个,平均3.5个;多态性信息含量PIC值介于0.106~0.761之间,平均为0.398。参试品种遗传相似系数变幅介于0.6966~1.0000之间,平均为0.894,其中在0.82~0.86之间的遗传相似系数占全部数据的51.2%。在遗传相似系数为0.83的阈值处可将参试材料分为三大类群。构建了35份具有品种特异性的绿豆SSR指纹图谱及分子身份证,具有唯一性,可用于绿豆品种鉴定。结论:黑龙江地区绿豆品种遗传多样性水平不够丰富,SSR指纹图谱具可应用于绿豆品种真伪鉴定。     

吉林省绿豆种质资源遗传多样性SSR分析及指纹图谱构建

为分析吉林地区绿豆种质资源遗传多样性并构建DNA指纹图谱,明确吉林省绿豆资源遗传背景及品种真伪鉴定提供依据,以吉林省74份绿豆品种为材料,利用9对多态性丰富的SSR引物对其进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。9对SSR引物共检测到40个等位基因,每对引物检测到2~9个,平均为4.44,PIC值变幅介于0.076 8~0.725 4之间,平均为0.45;品种间遗传相似系数变幅介于0.111 1~1.000 0之间,平均为0.499 0。遗传相似系数在0.6~1.0之间有1 159个,占全部数据的42.91%;UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.503 7的阈值处,可将74份绿豆材料分为三大类群,相同地理来源品种大多成簇分布;基于检测结果构建了0/1格式的DNA指纹图谱和分子身份证,为吉林省绿豆品种区分鉴别提供参考。吉林省绿豆品种间亲缘关系较近,遗传背景狭窄,遗传相似度较高,今后应加强种质资源引进与创新以丰富该地区绿豆资源遗传多样性;SSR指纹图谱及分子身份证的构建对绿豆品种真伪鉴定、溯源管理及原产地保护具有重要意义。     

油菜杂种及亲本指纹图谱构建和杂种纯度鉴定

利用SSR分子标记技术对43份贵杂系列甘蓝型杂交油菜品种(组合)及亲本材料进行研究,筛选出了一批在贵杂系列亲本和杂种上具有较高多态性的SSR引物,构建了贵杂系列油菜亲本及杂交组合的指纹图谱.通过对24份甘蓝型油菜的SSR分析,从100对SSR引物中筛选到21对多态性很强且极易识别的引物,从中筛选出4对核心引物(Na12C06、Na10B04b、0110A05、Na10D03),构建了贵杂系列常用油菜亲本的指纹图谱;对这些亲本组配的19个杂交组合进行SSR分析,从100对引物中筛选到22对适合油菜杂交种的多态性引物,从中选取4对核心引物(Na12C06、Na10D03、Na10E02c、0110A05),构建了贵杂系列常用油菜杂交组合的指纹图谱;利用核心引物组合扩增的方法,可以鉴定油菜杂交组合及其亲本的真实性和纯度.     

内蒙古地区绿豆品种遗传多样性SSR分析及DNA指纹图谱构建

目的:分析内蒙古地区绿豆品种的遗传多样性并构建其DNA指纹图谱,为探明绿豆种质资源遗传背景及真伪鉴定提供科学依据。方法:以内蒙古地区92份绿豆品种为模板,利用筛选得到的10对多态性丰富的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对其进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。结果:10对SSR引物共检测到58个等位基因,每对引物检测到3~10个不等;不同引物揭示的多态信息含量变幅介于0.371 4~0.773 7,平均为0.52。92份绿豆种质的遗传相似系数变幅介于0.033 4~1.000 0之间,平均为0.46。非加权组平均法聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.294 4时,可将92份绿豆种质分为两大类群。构建了92份绿豆品种的SSR指纹图谱及分子身份证,除个别品种外,大部分具有唯一性,可用于品种鉴定。结论:内蒙古地区绿豆种质资源的遗传多样性相对较丰富,但存在一定程度的近交现象,有待进一步加强引进基因资源,创新绿豆育种材料;构建绿豆SSR指纹图谱和分子身份证,对绿豆品种真伪鉴定、身份识别、溯源管理及原产地保护具有重要意义。     

不同含油量甘蓝型油菜品种（系）的遗传差异分析

用SSR、SRAP和EST标记对40份含油量在43%以上和6份含油量在40%以下的甘蓝型油菜品种（系）进行含油量的遗传多样性分析。81对引物共扩增出192条多态性带,引物扩增位点多态性信息（PIC）值的变化范围为0.122～0.943,平均值为0.512。供试材料的平均遗传距离为0.409,变化范围为0.016～0.662,国外材料比国内材料显示出更远的亲缘关系,其中Hektor与7份材料间的遗传距离超过0.6,Sollux与15份材料间的遗传距离超过0.5。聚类分析显示：在相似系数为0.66处,供试材料被划分为5类;在相似系数为0.70处,供试材料被划分为9类;在相似系数为0.73处,46份材料被划分为18类。研究结果表明,高含油量供试品种间存在着较大的遗传差异,暗示它们可能含有增加含油量的不同位点;通过聚合这些可能的非等位位点,有望获得高含油量的油菜品种。     

西藏野生油菜遗传多样性分析

利用10对AFLP引物及13对SSR引物,分析了43份来自西藏地区部分野生类型油菜种质的遗传多样性。10对AFLP引物共得到276条清晰的谱带,其中多态性带214条,多态性位点比率为77．5％,平均每对AFLP引物得到21．4条多态性带。13对SSR引物共扩增出57条带,其中多态性带51条,多态性位点比率为89．5％,说明西藏野生油菜遗传多样性丰富。通过对西藏野生类型油菜资源的遗传距离以及聚类分析,可将西藏野生类油菜分为两大类群,分别为白菜型和芥菜型野生油菜种质资源;两种分子标记适合揭示西藏野生油菜的遗传多样性。     

SSR荧光标记毛细管电泳法与国家冬油菜区试指纹鉴定平台的构建

为了油菜品种指纹检测的精确性及未来构建大规模油菜新品种指纹数据库,应用SSR荧光标记毛细管电泳检测法构建国家冬油菜区试指纹鉴定平台。以40对荧光引物对2012-2013年度163份国家冬油菜区试参试品种（系）进行分析。结果共检测到42个等位位点和131个等位变异。其中A基因组（n1～n10）检测位点25个,C基因组（n11～n19）检测位点17个。每个位点等位变异数从2到6不等,平均为3.02。42个检测位点的PIC值变化范围在0.10～0.69之间,平均值为0.36。其中引物BRGMS171的杂合度、PIC值分别高达0.67、0.70,可考虑作为以后区试杂交种纯度鉴定的核心标记。SSR位点的纯合度分析得出本年度18份常规种平均纯合度为81.9%,145份杂交种为57.9%。以131个等位变异计算品种（系）间DICE相似系数,163份品种（系）间平均遗传相似系数变幅为0.607～0.765,变幅最大的为品种（系）FC03（0.438～0.879）,变幅最小为品种（系）宜油21（0.611～0.806）。     

食用黄花菜SSR标记开发及指纹图谱库构建

利用转录组测序技术开发SSR标记,旨在为食用黄花菜种质资源鉴定、评价及遗传多样性分析提供技术支撑。测序共得到104 177个Unigene,总长度为79 106 833 bp,平均长度为759 bp,利用MISA软件对Unigene进行搜索,共检测到15 890个SSR,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复占比较高,分别为18.57%、27.23%和44.26%。设计合成SSR引物114对,通过聚丙烯酰氨凝胶电泳最终筛选出20对核心引物,20对引物在43份黄花菜种质中共检测到88个等位变异,每个位点的等位变异数为3～8个,平均为4.4个,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)值变幅为0.23～0.77,平均为0.499 5。依据扩增产物的片段大小确定了每个SSR位点的等位变异以及对应的参照品种,建立了基于SSR的DNA指纹鉴定技术体系,并构建了43份黄花菜种质的DNA指纹数据。该研究开发的SSR标记具有丰富的多态性。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

从212对SSR标记引物中筛选出48对引物,对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

基于SSR标记技术对3种国产绵羊肉的品种鉴别分析

提取纯种宁夏滩羊、纯种新疆细毛羊和纯种藏绵羊的肝脏DNA,并进行文库构建、扩增、纯化和质控.检测序列中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,设计合成并筛选50对引物进行聚合酶链式反应扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型后,挑选多态性引物对宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊样本进行遗传多态...     

不同地域和寄主来源的核盘菌遗传多样性分析

为了解核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum（Lib.）de Bary]遗传多样性和进化关系,利用SSR分子标记对采自不同地区和寄主来源的32个核盘菌分离物进行分析,17对SSR引物共检测到69个多态性位点,平均每对引物检测到4.06个位点。其中,引物AF377908-1/AF377908-2和AF377922-1/AF377922-2的等位变异数目最多,高达8个,而引物AF377903-1/AF377903-2和AF377925-1/AF377925-2的等位变异数目最少,为2个。17个SSR引物的多态性信息量（PIC）的平均值为0.56,引物AF377922-1/AF377922-2的PIC最高,为0.78。聚类分析显示,32个核盘菌分离物可划分为5个组群,来自同一地区的大部分核盘菌分离物聚在相同或相近的组内,表明核盘菌群体内的SSR遗传背景基本一致,而群体间的遗传变异较大。     

烟草种质资源遗传多样性与群体结构分析

发掘优良基因,为改良烟草品种提供理论依据。采用ABI-3500xl遗传分析仪对87份烟草种质材料进行多态性检测。在87份烟草种质中,41对SSR引物共检测出241条多态性位点,平均为5.88个位点。遗传相似系数为0.47~0.91,PIC值为0.23~0.91,平均为0.63。群体结构分析表明,当K=2时,△K值最大,即87份烟草材料可划分为2个类群P1和P2,P1类群又可划分为5个亚类,P2类群可划分为2个亚类。烟草种质资源遗传多样性丰富,群体结构划分与种质类型不完全相关。     

TP-M13-SSR技术在麦芽品种鉴定中的应用

利用TP-M13-SSR标记技术构建麦芽品种指纹图谱,从163?对简单序列重复（simple sequence repeat,SSR）引物中筛选到4?对多态性丰富的SSR引物,每对引物的等位基因为3～10?个不等,平均每个引物产生6.75?个等位基因。在大批量引物筛选的情况下,M13通用引物可大大降低SSR引物进行荧光标记的合成成本。利用4?对SSR引物进行麦芽品种DNA指纹图谱构建,得到23?个麦芽品种的指纹图谱及指纹数据库。该法检测成本低,方法准确可靠,可实现国内主要麦芽品种的鉴定,为啤酒企业在麦芽采购环节提供技术支持。     

辽宁地区绿豆品种SSR指纹图谱构建及品种鉴定

目的：构建辽宁地区绿豆品种的DNA指纹图谱,建立一种快速准确的品种鉴定方法。方法：利用15 对多态性丰富的简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）引物构建辽宁地区48?份绿豆品种的指纹数据库及SSR指纹图谱。结果：15?对引物共扩增出58?个等位基因,每对引物检测到2～7?个不等,平均为3.9,其中特异性条带13?个,占总数的22.4%。多态信息含量介于0.114?5～0.776?4之间,平均为0.378?4。选择鉴别能力较强的5?对引物组合,区分率为75%;15?对引物组合,区分率为89.68%。构建了0/1形式的指纹数据库和SSR指纹图谱,除个别品种外均具有唯一性,可用于品种鉴定。结论：SSR指纹图谱的构建为绿豆品种鉴定提供了新的途径,为绿豆资源评价、保护及新品选育提供技术支撑和科学参考。     

33份晒烟种质资源SSR标记的指纹图谱构建

为分析我国晒烟种质资源的遗传多样性,并构建晒烟种质资源的指纹图谱,本研究利用25对SSR标记对33份晒烟材料进行分析。结果表明,25对SSR引物共检测到112个等位基因,平均每个标记4.31个,观测杂合度（Ho）平均值为0.0028,预期杂合度（He）平均值为0.6039。Shannon's信息指数I为1.1389,Nei's多样性指数（H）为0.5693,33份晒烟种质资源的遗传多样性相对丰富。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数0.345处,可将供试烟草资源分为两个类群。同时,利用2 5对引物构建了33个晒烟品种的指纹图谱,为晒烟品种鉴定体系的研究奠定理论基础。本研究可为我国晒烟种质资源的鉴定与利用、优异基因的挖掘、育种亲本材料的选择等提供科学依据。      

麦芽品种DNA指纹图谱构建的研究

麦芽作为啤酒的主要原料,麦芽品种折鉴定对啤酒酿造至关重要。微卫星DNA(SSR)作为第二代分子标记技术,在植物物种多样性和品种鉴定上应用广泛,因此本研究利用SSR分子标记进行麦芽品种DNA指纹图谱构建。结果表明,从105对SSR引物中筛选到6对多态性丰富的SSR引物,每对引物的等位基因3~10个不等,平均每个引物产生5.83个等位基因。对实验样品的等位基因进一步分析发现,仅需4对核心引物就可以实现21个麦芽品种的区分。利用该技术,我们建立了相应麦芽品种DNA指纹图谱,为啤酒企业的麦芽采购提供技术支持。