不同来源泡菜中乳酸菌的16S-23S rDNA间隔序列扩增及种群多样性分析

对不同来源的三种泡菜进行乳酸菌分离,并应用16S-23SrDNA间隔序列扩增指纹图谱结合16SrDNA测序对分离株进行种群多样性分析。结果显示在368株革兰氏阳性、接触酶阴性的产酸细菌中存在7个不同的分子指纹图谱（A～G型）,其中杆菌指纹图谱为A、B和D型,球菌的指纹图谱为C、E、F和G型,不同来源的泡菜样品中乳酸菌谱型构成具有明显差异,其中52.3%（193/368）菌株扩增指纹图谱属于E型,显示了E型菌株是泡菜中的优势菌。从不同指纹图谱的菌株中随机挑取25株分离株进行16SrDNA扩增和测序分析,比对结果表明A型指纹图谱菌株属于Lactobacillus acidophilus;B和D型指纹图谱菌株属于Lactobacillus casei;E和G型指纹图谱菌株属于Lactococcus lactis;C和F型指纹图谱菌株属于Enterococcus sp.。在三种泡菜样品（a、b、c）中存在不同的乳酸菌种群构成,其中样品a和b菌群构成较为接近,而样品c中的菌群与a和b在构成上具有显著差异。本研究结果为泡菜发酵剂研究提供了基础数据及分析方法。      

传统发酵泡菜中乳酸菌种群组成及优良菌株产酸耐酸特性分析

采用传统分离纯化方法从中国北方4 个不同地区的20 份传统自然发酵泡菜样品中,分离得到435 株疑似乳酸菌,通过16SrDNA序列分析对株菌进行种属鉴定,结果显示分离到的所有菌株均为乳酸菌,其中乳杆菌属6 个种共394 株,分别为莫氏乳杆菌(Lactobacillus modestisalitolerans)、清酒乳杆...     

四川泡菜中乳酸菌链霉素抗性与抗性基因的检测（英文）

目的探明四川泡菜中链霉素抗性乳酸菌及抗性基因的种类。方法利用含有8μg/ml链霉素的MRS初步分离泡菜液中的抗性乳酸菌,通过16S r RNA分析确定抗性乳酸菌的分类地位后,测定同种不同菌株对链霉素的MIC,并与欧洲食品安全官方机构(EFSA)建议的最低临界值比较确定抗性菌株;通过PCR扩增链霉素抗性基因str A、str B,aad A、aad E、ant(6)、aac(6')-aph(2')和aph(3')-Ⅲa,确定抗性菌株的抗性基因。结果分离到67株链霉素敏感性或抗性菌株,这些菌株分别属于Pediococcus ethanolidurans(36),Lactococcus garvieae(14),Lactobacillus buchneri(12),Lactobacillus acetotolerans(2),Lactococcus lactis(1)和Staphylococcus.spp(2)。其中Lactococcus garvieae、Lactobacillus acetotolerans、Lactococcus lactis和Staphylococcus.spp全部为抗性菌株,Pediococcus ethanolidurans中有抗性菌株20株、Lactobacillus buchneri中有7株。在抗性基因检测中,除Lactobacillus acetotolerans抗性菌株没有检测到被检基因外,其他5个种的抗性菌株中均检测到部分或全部抗性基因。str A和aph(3')-Ⅲa基因在除Lactobacillus acetotolerans外的被检菌株中均有检出,其检出率分别为50%-100%和21.4%-100%;str B基因在抗性菌株Pediococcus ethanolidurans,Lactobacillus buchneri,Lactococcus garvieae和Lactococcus lactis检测率分别为70%、42.9%、28.6%和100%;aac(6')-aph(2')基因仅在3株Pediococcus ethanolidurans、1株Lactobacillus buchneri、1株Lactococcus garvieae和Staphylococcus spp中检测到。aad A、aad E and ant(6)在所有抗性菌株中都没有检测到。总体而言,str A、str B和aph(3')-Ⅲa基因在链霉素抗性菌株中的检出率高于其他抗性基因。结论当前的研究结果表明:四川泡菜中存在链霉素乳酸菌抗性菌株,这些抗性菌株对四川泡菜存在潜在安全风险。     

冷水鱼肠道乳酸菌的遗传差异分析

为分析新疆额尔齐斯河流域及黑龙江流域冷水鱼肠道中乳酸菌遗传差异,为乳酸菌资源的开发奠定基础。本实验利用MRS、Elliker、M17培养基对冷水鱼肠道中低温乳酸菌进行分离鉴定,并测定其最适生长温度。根据16S rRNA基因序列初步确定低温乳酸菌的系统发育关系,并利用rep-PCR指纹图谱技术进一步区分高度同源性菌株。从冷水鱼的肠道中分离得到134株低温乳酸菌,其最适生长温度在15²4℃之间。16S rRNA测序结果表明,这些菌株分别隶属于Lactobacillus、Lactococcus、Enterococcus、Streptococcus、Leuconostoc、Weissella、Carnobacterium 7个属,19个种,其中Lactobacillus为优势菌。Rep-PCR指纹图谱分析表明同一属的乳酸菌在种水平及同一种的不同菌株之间存在不同程度的遗传差异。      

眉山泡菜中乳酸菌的分离鉴定

目的：分析眉山泡菜的基本数据和乳酸菌的菌种构成。方法：从眉山市采集泡菜12 份,测定pH值、总酸度、盐度、乳酸菌计数,用16S rRNA序列分析法鉴定菌种。结果：样品pH值的范围是3.37～3.89,总酸度的范围是0.65～0.92 g/100 g（以乳酸计）,盐度的范围是4.16%～5.28%（以NaCl计）,MRS和M17乳酸菌计数分别是1.71～6.33、1.33～5.78（lg（CFU/g））。总酸度对乳酸菌计数影响最大。共分离鉴定出16 株乳酸菌：Lactobacillus fermentum（2 株）、Lactobacillus plantarum（3 株）、Lactobacillus brevis（2 株）、Lactobacillusacidophilus（1 株）、Lactobacillus casei（1 株）、Lactobacillus pentosus（1 株）、Lactobacillus delbrueckii（1 株）、Lactococcus lactis（3 株）、Pediococcus pentosaceus（2 株）。结论：眉山泡菜中乳酸菌存在多样性,实验结果为工业发酵生产泡菜积累了菌株。     

传统泡菜中两株耐酸性乳酸菌的分离与鉴定

从东北、山东、贵州、四川等地6个泡菜样品中共分离出8株菌,通过形态学观察、生理生化试验、乳酸菌定性试验、胃酸模拟试验,得到了2株在pH 2.5条件下存活率较高的乳酸菌,经16 S rDNA测序鉴定,确定2株耐酸性乳酸菌分别为:从山东糖蒜泡菜中分离得到编号为山东SRB的短乳杆菌(Lactobacillus brevis)...     

江西酸芋荷中乳酸菌的分离鉴定及在泡菜发酵中的应用

以江西省赣州客家常见传统发酵食品酸芋荷为样品,采用MRS-碳酸钙培养基筛选出具有明显溶钙圈、产酸量较大的15株细菌。通过生理生化特征分析及16S rRNA基因序列比对、构建系统发育树,鉴定为8株植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）,5株短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,2株干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）。对15株乳酸菌进行耐酸、耐胆盐、耐盐能力测定,筛选得到性能优良的乳酸菌菌株A03c4、A03d1。人工接种乳酸菌A03c4、A03d1发酵泡菜,缩短了发酵时间,改善了传统发酵泡菜的品质。本研究为乳酸菌泡菜发酵剂开发的菌种选育提供了依据。     

四川泡菜中乳酸菌链霉素抗性与抗性基因的检测

目的 探明四川泡菜中链霉素抗性乳酸菌及抗性基因的种类。方法 利用含有8 μg/ml链霉素的MRS初步分离泡菜液中的抗性乳酸菌,通过16S rRNA分析确定抗性乳酸菌的分类地位后,测定同种不同菌株对链霉素的MIC,并与欧洲食品安全官方机构（EFSA）建议的最低临界值比较确定抗性菌株;通过PCR扩增链霉素抗性基因strA、strB, aadA、aadE、ant(6)、aac(6')-aph(2')和aph(3')-Ⅲa,确定抗性菌株的抗性基因。结果 分离到67株链霉素敏感性或抗性菌株,这些菌株分别属于Pediococcus ethanolidurans (36), Lactococcus garvieae (14), Lactobacillus buchneri (12), Lactobacillus acetotolerans (2), Lactococcus lactis (1)和Staphylococcus.spp (2)。其中Lactococcus garvieae、Lactobacillus acetotolerans、Lactococcus lactis和Staphylococcus.spp全部为抗性菌株,Pediococcus ethanolidurans中有抗性菌株20株、Lactobacillus buchneri 中有7株。在抗性基因检测中,除Lactobacillus acetotolerans抗性菌株没有检测到被检基因外,其他5个种的抗性菌株中均检测到部分或全部抗性基因。strA 和aph(3')-Ⅲa基因在除Lactobacillus acetotolerans外的被检菌株中均有检出,其检出率分别为50%-100%和21.4%-100%;strB基因在抗性菌株Pediococcus ethanolidurans, Lactobacillus buchneri, Lactococcus garvieae和Lactococcus lactis检测率分别为70%、42.9%、28.6%和100%;aac(6')-aph(2')基因仅在3株Pediococcus ethanolidurans、1株Lactobacillus buchneri、1株Lactococcus garvieae和Staphylococcus spp中检测到。aadA、aadE and ant (6)在所有抗性菌株中都没有检测到。总体而言,strA、strB和aph(3')-Ⅲa基因在链霉素抗性菌株中的检出率高于其他抗性基因。结论 当前的研究结果表明：四川泡菜中存在链霉素乳酸菌抗性菌株,这些抗性菌株对四川泡菜存在潜在安全风险。     

基于PCR-DGGE方法分析泡菜中乳酸菌群落结构

为了探究泡菜中微生物的种类及其功能,实验以市售的两种泡菜为研究对象,采用生物化学技术测定泡菜中食盐和亚硝酸盐含量;以泡菜汤中微生物的基因组DNA为摸板,扩增16SrDNA的V7-V8区,采用PCR-DGGE技术分析这两种泡菜中乳酸菌的多样性,Quantity One软件分析图谱。泡菜P1的食盐浓度是P2的2.11倍;泡菜P1的食盐浓度是P2的2.35倍。泡菜P1检测到3个条带A,B,C,即有3种乳酸菌;泡菜P2检测到7个条带D,E,F,G,H,I,J,即有7种乳酸菌。泡菜P2中乳酸菌多样性指数(H)和丰富度指数(R)显著高于泡菜P1,均匀度指数(E)无显著差异。     

传统分离培养结合DGGE技术研究新疆传统发酵酸驼乳中乳酸菌的多样性

目的:分析新疆传统发酵酸驼乳中乳酸菌多样性,为我国传统乳制品微生物资源的利用提供基础数据。方法:采用传统分离培养和基于16S r DNA的PCR-DGGE方法,对12份酸驼乳样品中分离出的87株可培养乳酸菌进行形态、生理生化结合16S r DNA分子法鉴定菌株;对DGGE图谱上的15条16S r DNA目标条带切胶回收测序。结果:传统培养法显示样品中乳酸菌总数在106~108CFU/m L之间,其中植物乳杆菌为优势菌群,次优势菌群为乳酸片球菌;通过DGGE目标条带序列分析与相似性比对,植物乳杆菌、瑞士乳杆菌丰度最高,是优势菌群。此外,鉴定出干酪乳杆菌、屎肠球菌、乳明串珠菌、芽孢杆菌。DGGE图谱显示:样品混合菌群中有5条条带无对应的纯菌株,而纯菌株在混合菌群的图谱上都有相应的条带。结论:传统分离培养与PCR-DGGE在分析优势细菌种群上结果一致,均为植物乳杆菌;用传统分离培养未鉴定到屎肠球菌和芽孢杆菌。DGGE图谱能更全面地反映样品中的弱势菌群,体现样品细菌多样性的真实水平。     

Lactobacillus casei, dominant species in naturally fermented Sicilian green olives

This study investigated the phenotypic and genotypic characteristics of lactic acid bacteria in naturally fermented green olives, collected from different areas of Sicily. Both classical biochemical tests and PCR/Restriction Fragments Length Polymorphism (RFLP) of 16S rDNA were used to characterize the isolates. The identity of the isolates was obtained by the partial sequencing analysis of the 16S rDNA. The BioMerieux software assigned the 13 heterofermentative strains to the Lactobacillus brevis species; 24 homofermentative strains were classified as Lactobacillus casei and the remaining 11 homofermentative lactobacilli were identified as Lactobacillus plantarum. The rapid ID 32 STREP test identified coccal-shaped strains as Enterococcus faecium species. The PCR/RFLP analysis showed a remarkable bacterial heterogeneity within the isolates. The 16S rDNA partial sequencing did not confirm biochemical identification, revealing a strong dominance of isolates belonging to the L. casei species. It is noteworthy that this species has never been reported as dominant species in fermented vegetables.A combination of molecular and biochemical analysis allowed the identification of species involved in natural food fermentations.     

Identification and characterization of Lactobacillus florum strains isolated from South African grape and wine samples

A total of 213 strains of lactic acid bacteria were examined in this study. Among these, 30 strains previously isolated from South African grape and wine samples remained unidentified. The identification of these isolates was performed by BLAST and phylogenetic analyses of 16S rDNA gene sequences, which indicated that the isolates belonged to Lactobacillus florum. In this work, we also designed a discriminative species-specific primer FLOR targeting the 16S rDNA gene of Lb. florum. The validity and specificity of this primer was confirmed. Of particular interest in this study was to further evaluate the identified strains for the presence of genes encoding enzymes of oenological relevance. Reference strains included three flower-associated Lb. florum (F9-1(T), F9-2 and F17) and two Lactobacillus lindneri (AWRI B530 and DSM 20691) strains. Lb. lindneri strains were incorporated as being the closest relatives of Lb. florum. PCR detection results revealed that all Lb. florum strains and Lb. lindneri AWRI B530 (grape isolate) possessed the majority of the tested genes relative to DSM 20691 (beer isolate); these enzyme-encoding genes included malolactic enzyme, peptidases (PepC, PepI, PepN), citrate lyase (α- and β-subunits), phenolic acid decarboxylase and arginine deiminase pathway enzymes (arginine deiminase and ornithine transcarbamylase). Sequence verification of PCR-generated fragments was performed by sequencing. The sequence data were used to construct the phylogenetic trees, which indicated that our Lb. florum isolates cluster with other Lb. florum strains of flower origin but rather distinct from other LAB species, with Lb. lindneri being the next closest species.     

产苯乳酸的乳酸菌分离筛选及菌种鉴定

通过对自然发酵泡菜中乳酸菌的分离,建立了一种准确、快速的苯乳酸产生菌的筛选方法。在112株筛选菌株中,获得1株苯乳酸高产菌株SK007。研究了苯丙氨酸对苯乳酸合成的影响,即增加苯丙氨酸的浓度可以提高苯乳酸产量,苯丙氨酸是苯乳酸合成的前体。高产菌株经16S rDNA序列初步鉴定为Lactobacillus sp.,Gen-Bank接受号为DQ534529。系统发育分析表明它与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)亲缘关系最近。     

摩洛哥发酵橄榄汁中乳酸菌的分离鉴定及其多样性研究

为了分离、保藏自然发酵食品中乳酸菌资源,丰富自然发酵食品中乳酸菌多样性信息,本文采用纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对采集自摩洛哥的2份自然发酵橄榄汁中的乳酸菌进行分离鉴定和多样性研究。结果表明:2份样品中共分离鉴定出52株乳酸菌,分属于3个属、4个种,其中乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）为摩洛哥卡萨布兰卡地区发酵橄榄汁中的优势菌种,占总分离株的42.31%,同时还分离到植物乳杆菌和肠球菌;利用PacBio SMRT16S rRNA测序技术,将橄榄汁中的细菌归为5个门、40个属和80个种,优势菌种同样为Lactococcus lactis,其次还检测到干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。     

大庆自然发酵酸菜中乳酸菌的分离鉴定及耐酸菌株初步筛选

从黑龙江大庆地区采集7份采用传统方法制作的自然发酵酸菜发酵液,从中分离和筛选出14株乳酸菌疑似菌株,提取其16S rDNA,并经测序、同源性分析和系统发育树构建等方法,对其属种进行鉴定。初步筛选出在pH值为2.5、3.0和3.5的酸性条件下均能够生长的耐酸菌株6株,并进一步利用活菌计数法得出菌株在pH3.0条件下的存活率。结果表明：14株菌株均为乳酸菌,其中4株为弯曲乳杆菌（HD12-1、HD13-5、HD14-1和HD15-1）,1株为短乳杆菌（HD18-2）,3株为清酒乳杆菌（HD12-2、HD13-1和HD16-5）,1株为肠膜明串珠菌（HD18-3）,5株为植物乳杆菌（HD14-3、HD15-2、HD16-2、HD17-3和HD17-4）,且筛选出pH 3.0条件下存活率在2%以上的6株菌株,分别为HD12-1、HD13-1、HD14-1、HD15-1、HD16-2和HD16-5。     

基于Miseq高通量测序技术的古襄阳酒窖泥细菌多样性评价

使用Miseq高通量测序技术对4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品的细菌多样性进行了评价,同时通过选择性培养分离出窖 泥中的优势乳酸菌,再利用16S rDNA序列分析方法,对其进行初步鉴定。 结果表明,乳酸杆菌是古襄阳酒窖池中的优势细菌,其相对 含量高达92.02%。在分类操作单元（OTU）水平上,发现8个核心OTU相对含量＞1.0%,其中7个隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）。4份 古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品中共分离到12株菌株,初步鉴定其全部为副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）。     

Identification and antagonistic activity of lactic acid bacteria occurring in porcine blood from industrial slaughterhouses--a preliminary study

Ninety-seven lactic acid bacteria (LAB) were isolated from slaughterhouse porcine blood in order to select autochthonous LAB strains for use as biopreservatives of this by-product. They were identified by 16S rDNA sequencing; and their inhibition capacity was determined against four bacterial species frequently found in contaminated blood, i.e. Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas fluorescens and Bacillus spp. The taxonomic study showed an unexpected low diversity of LAB in blood, i.e. only 8 different species were found, from which just 4, i.e. Enterococcus raffinosus, Lactobacillus murinus, Lactobacillus reuteri and Lactococcus garvieae, amounted to more than 90% of all isolates. Inhibition tests in solid culture media proved that S. aureus and Bacillus spp. were inhibited by most LAB strains obtained from porcine blood. E. coli was the indicator less affected by the isolated LAB species. Several isolates efficiently inhibited the growth of all tested indicators.     

福建省腌菜中乳酸菌的分离与鉴定

目的对福建省不同地区的腌菜样品中的乳酸菌进行分离鉴定。方法采集福建省部分地区农户自制的12种腌菜,并分离出26株乳酸菌,并通过乳酸菌的计数、分离纯化、革兰氏染色、过氧化氢酶实验、API 50CHL试剂鉴定、电镜检验和DNA测序方法记录乳酸菌的种类和多样性。结果腌菜中分离、鉴定出3株乳杆菌种,分别为FJAT-46739 Lactobacillus.brevis(短乳杆菌)、FJAT-46744 Lactobacillus.fermentum(发酵乳杆菌)、FJAT-7926 Lactobacillus.plantarum(植物乳杆菌)。结论此研究结果与文献报道基本相符,为研究福建省腌菜乳酸菌的机制与开发应用奠定基础。     

腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定

以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术（HTS）与变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术相结合的方法对其中所 含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门 为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、 Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸 菌 有 Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp. plantarum 和 Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L. plantarum 7株,L. alimentarius 2株,L. curvatus和L. brevis各1株以及L. sakei 4株。 由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。