基于分子对接和网络药理学探讨金银花防治新型冠状病毒肺炎潜在作用机制

目的基于分子对接和网络药理学探讨金银花防治新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的潜在作用机制。方法利用AutoDock Vina将金银花中14种化学成分与新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus2,SARS-CoV-2)S蛋白受体结合结构域与血管紧张素转化酶II(angiotensin Iconvertin genzyme2,ACE2)蛋白酶结构域复合物(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 spike receptor-binding domain bound to the angiotensin I converting enzyme 2 receptor,SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2)进行分子对接。利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)获取上述14种化学成分的作用靶点,使用GeneCards及美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)数据库获取COVID-19靶点,将药物与疾病交集靶点导入Cytoscape 3.7.0软件建立药物-化学成分-靶点-疾病网络,导入STRING数据库获取靶点蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络,导入Bioconductor进行基因本体(geneontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果分子对接结果显示金银花中14种化学成分与SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2均有较好的结合活性,其中12种成分结合活性优于诊疗方案中4种COVID-19治疗药物;网络药理学结果显示金银花8种成分可通过干预46个靶点、149条通路发挥防治COVID-19的作用。结论金银花中多种化学成分可能通过与SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2结合,影响复合物的稳定性,从而发挥治疗COVID-19的作用。金银花治疗COVID-19具有多成分、多靶点、多途径的特点,对COVID-19引起的免疫系统紊乱、炎症等具有潜在的治疗作用,研究结果可为金银花防治COVID-19作用机制提供一定的理论基础与科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨毛建茶干预高脂血症的作用机制

本研究旨在运用网络药理学方法和分子对接技术综合解释毛建茶干预高脂血症的核心成分和作用机制。利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选得到毛建茶中8 个活性成分和160 个干预高脂血症作用的靶点，构建“毛建茶-活性成分-交集靶点-高脂血症”网络。基因本体通路分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析结果显示，毛建茶干预高脂血症主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、胰岛素抵抗和过氧化物酶体增殖物激活受体等信号通路；分子对接及可视化分析结果表明，毛建茶核心成分与关键靶点间均能稳定结合。综上，毛建茶通过多成分-多靶点-多通路协同作用干预高脂血症，研究结果可为代用茶植物资源的开发与利用提供理论依据。     

基于网络药理学探讨预知子抗抑郁的作用机制

目的:运用网络药理学的方法揭示预知子抗抑郁的作用机制。方法:采用TCMSP、PharmMapper、Swiss TargetPrediction和GeneCards数据库挖掘预知子的活性成分及其抗抑郁的作用靶点,采用String数据库获取蛋白-蛋白相互作用关系,运用Cytoscape软件构建预知子的成分-作用靶点和PPI网络,利用DAVID数据库对关键靶点的GO和KEGG信号通路进行富集分析。最后,采用AutoDockTools-1.5.6 软件进行分子对接验证。结果:筛选得到预知子的木通苯乙醇B、豆甾醇葡萄糖苷、齐墩果酸等6个核心活性成分,EGFR、MAPK1/8、SRC、HSP90AA1、AR等8个重要抗抑郁靶点。参与调控的16条抑郁相关的信号通路包括催乳素信号通路（Prolactin signaling pathway）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、GnRH信号通路（GnRH signaling pathway）、黏着斑（Focal adhesion）等。分子对接结果显示预知子核心活性成分与靶点具有较好的结合活性。结论:预知子抗抑郁的作用机制可通过多成分-多靶点-多通路的综合作用而实现。     

核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

中医药对比化疗维持治疗中晚期非小细胞肺癌的系统综述

目的：本文旨在通过网络药理学及体外实验验证,探讨人参-甘草治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的潜在机制及初步药效作用。方法：首先利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出人参-甘草的活性成分和潜在靶点。通过数据库TTD（Therapeutic Target Database）、CTD（Comparative Toxicogenomics Database）和Gene Cards（The Human Gene Database）获得NSCLC的靶点,进而获取疾病-药物的交集靶点。利用数据库STRING和Cytoscape 3.7.1软件建立蛋白相互作用网络（PPI）。通过基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析确定人参-甘草治疗NSCLC的主要通路与关键靶点。最后利用MTT比色法及流式细胞术验证人参-甘草抗肿瘤作用。结果：通过TTD、CTD和Gene Cards筛选,得到人参-甘草作用于NSCLC的交集靶点122个。从STRING数据库构建的PPI网络中可以得出,其中的苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、细胞性肿瘤抗体P53（TP53）、半胱天冬酶3（CASP3）、血管内皮生长因子A（VEGFA）可能成为治疗NSCLC的关键靶点。通过PPI、GO和KEGG综合分析,确定人参-甘草作用NSCLC的关键靶点为AKT1、TP53、IL、AMPK、TNF。体外实验结果显示人参-甘草能显著抑制人非小细胞肺癌细胞增殖,并能诱导肿瘤细胞凋亡,从而发挥抗肿瘤作用。结论：本研究初步探讨了人参-甘草活性成分对NSCLC的潜在机制及初步药效作用,为临床上应用人参-甘草治疗非小细胞肺癌提供新的理论依据。     

驼乳乳铁蛋白DPP-IV抑制肽的筛选验证及其防治糖尿病潜在作用机制探究

目的:结合生物信息学,从驼乳乳铁蛋白（Lactoferrin,LF）中筛选DPP-IV（Dipeptidyl peptidase IV,DPP-IV）抑制肽,并利用网络药理学探讨筛选肽段对糖尿病的潜在作用机制。方法:利用BIOPEP网站模拟酶切LF序列产生多条肽段,结合多肽数据库及分子对接筛选潜在的DPP-IV抑制肽,选择其中四条进行人工合成,验证其DPP-IV抑制活性,通过分子对接分析肽段与DPP-IV分子间相互作用方式,Lineweaver-Burk方法分析肽段抑制模式。选择抑制作用较强的GPQY进行网络药理学分析,预测其对糖尿病的潜在作用机制。采用Swiss Target Prediction和GeneCards数据库挖掘GPQY及糖尿病的作用靶点,String数据库获取蛋白与蛋白互作关系,Cytoscape 3.9.0软件构建PPI网络,DAVID数据库对靶点进行GO与KEGG通路富集分析。结果:筛选验证获得2条DPP-IV抑制GPQY和EACAF,其半抑制浓度（IC₅₀）值分别为348.27±16.11和1024.89±19.67 μmol/L,抑制模式分析表明GPQY为竞争性抑制,EACAF为混合型抑制。分子对接结果显示两条肽段通过氢键、疏水作用和静电作用与DPP-IV结合。由PPI网络筛选到GPQY有STAT3、MMP9、SRC、MAPK1等25个核心作用靶点,KEGG通路富集显示GPQY防治糖尿病通路涉及IL-17信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、肾素-血管紧张素系统、细胞凋亡等。 结论:驼乳LF是DPP-IV抑制肽的良好来源,由其获得的四肽GPQY可通过多靶点、多通路参与炎症反应,影响细胞增殖分化等多方面防治糖尿病及其并发症。     

基于Meta分析桥接网络药理学小青龙汤治疗AECOPD疗效及作用机制

基于Meta分析和网络药理学,综合评价小青龙汤联合常规西医治疗慢阻肺急性加重期（AECOPD）的疗效,初步探讨其潜在作用机制。通过检索中国知网（CNKI）、万方（Wangfang）、维普（VIP）、PubMed、Cochrane Library、Web of Science等数据库,收集小青龙汤联合常规西医治疗AECOPD的随机对照试验,根据纳入和排除标准对所有文献进行筛选,采用RevMan 5.4 软件进行Meta分析;随后通过TCMSP数据库检索筛选小青龙汤活性成分及其对应靶点,绘制小青龙汤–化合物–靶基因网络,筛选关键化合物,在TTD数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库检索与COPD有关的靶点基因,然后利用Excel筛选化学成分靶点与疾病靶点的交集靶点,绘制韦恩图,将交集靶点导入String数据库构建PPI网络,将小青龙汤活性成分靶点与COPD共同靶点导入David 6.8数据库进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,取前20条KEGG通路绘制潜在靶点–通路网络图。利用生物信息学技术进行分析,初步探讨其作用机制。Meta分析共纳入文献 34 篇,2 948例患者,结果显示小青龙汤联合常规西医治疗在总有效率、肺功能、动脉血气分析、中医症候总积分与中医症状体征评分、主要症状缓解时间、炎症因子水平等指标上均优于单用常规西医治疗。网络药理学共得到157种成分、150个共有靶点与130条相关通路,主要涉及HIF-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等,涉及到氧化反应、炎症反应等主要生物过程。得出小青龙汤联合常规西医治疗在临床疗效上优于单用常规西医治疗方案,其潜在作用机制可能是通过抗炎、抗氧化应激过程来达到治疗AECOPD的目的。     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖症的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病的作用机制。方法首先利用(中药系统药理学数据库与分析平台)TCMSP数据库,对黄芪、黄连的活性成分进行挖掘。利用UniProt数据库对靶点进行校正。再以儿童肥胖病(childhood obesity)为查找条件,通过Gene Cards、OMIO数据库筛选儿童肥胖病的相关靶点,并与“黄芪-黄连”药对的作用靶点进行选取交集处理,得到该药对治疗儿童肥胖病的有效靶点。利用String数据库对上述靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测,之后利用Bioconductor数据库进行GO和KEGG富集分析,最后利用AutoDock软件对度值较高的药物成分和核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出“黄芪-黄连”药对67个药物活性成分及95个治疗儿童肥胖病的靶点。通过PPI网络分析,“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病可能与MAPK8、EGFR、IL6、ESR1、VEGFA、CCND1、AR、MYC、CASP3、PPARG等蛋白靶点有关。GO功能富集分析显示“黄芪-黄连”药对的主要功能为蛋白质异源二聚化、近端启动子序列特异性DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、染色质结合、泛素样蛋白连接酶结合等;KEGG通路分析涉及的主要通路为PI3K/Akt、MAPK信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒、人巨细胞病毒感染等。分子对接表明“黄芪-黄连”药对的主要活性成分与疾病的核心靶点有较稳定的结合活性。结论“黄芪-黄连”药对可直接或间接作用于PI3K/Akt通路,主要通过调节细胞分裂、抑制炎症等治疗儿童肥胖症。     

基于网络药理学分析红芪免疫调节的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨红芪药理作用的物质基础和作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索红芪的化学成分和相关作用靶点。进而采用Cytoscape3.6.1、STRING11.0软件构建化合物-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络、运用DAVID6.7在线数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究红芪的作用机制。结果:通过筛选得出20 个化合物和225 个相关靶点。PPI网络包含36 个靶点,关键靶点有NOS3、ESR1、HSP90AA1等。基因本体条目27 个,其中生物过程相关条目22 个,分子功能相关条目3 个,细胞组成相关条目2 个。京都基因与基因组百科全书通路8 条,涉及钙离子信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路、癌症信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、前列腺癌信号通路、卵母细胞减数分裂信号通路、血管平滑肌收缩信号通路和细胞周期信号通路。结论:本研究初步阐明了红芪药理作用的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供参考。     

基于网络药理学分析金钗石斛治疗神经系统疾病的药效物质基础及作用机制

目的:基于网络药理学分析金钗石斛治疗神经系统疾病的药效物质基础及作用机制。方法:检索Si-noMed、中国知网、万方等数据库获取金钗石斛中的化学成分,将成分录入TargetNet数据库以获取潜在靶点,再将靶点导入CTD数据库检索相关疾病,导入DAVID数据库获取靶点的基因功能及作用通路。用Cytoscape软件构建“成分-靶点”及“靶点-疾病”网络等进一步可视化整合分析。并采用AutoDock Vina软件对关键成分与靶点进行分子对接验证。结果:本研究共收集到金钗石斛中47个成分,可作用于88个靶点,进一步分析可知Nobilin D、Nobliomethylene、decumbic acid B、（+）-dendrolactone、（?）-denobilone A和Nobilin等成分是金钗石斛治疗神经系统疾病的主要药效物质基础,可作用于MIF、ERS2、CYP19A1、ABCG2、TLR9和DRD5等关键靶点,通过调节Sphingolipid signaling pathway、Cocaine addiction及Serotonergic synapse等信号通路来发挥治疗神经系统疾病的作用。结论:本研究揭示了金钗石斛多成分、多靶点、多途径的作用规律,为深入开展金钗石斛治疗神经系统疾病的作用机制研究提供新的依据。     

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS和网络药理学分析五味子治疗非酒精性脂肪肝的物质基础及作用机制

目的:基于超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)、网络药理学方法及分子对接技术探索五味子治疗非酒精脂肪肝的物质基础与作用机制.方法:利用UPLC-Q-Orbitrap HRMS技术鉴定五味子中的化学成分.利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和SwissT...     

基于网络药理学和分子对接探究黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病的作用机制

本文利用网络药理学和分子对接技术探索黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病(IDD)的作用机制.综合利用TCMSP、Swiss Tagert Prediction和Genecards等在线数据库搜集黄芪-女贞子化学成分及治疗IDD靶点,构建黄芪-女贞子治疗IDD的"化合物-靶点-疾病"和蛋白互作网络;基于DAVID数据库及Clue...     

基于网络药理学和分子对接研究鸡血藤抗骨质疏松的药效物质及作用机制

目的:探讨中草药鸡血藤抗骨质疏松的药效物质及作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选化合物,应用PharmMapper数据库获得靶标,通过Cytoscape 3.7.2软件对化合物-靶点网络进行ClueGo注释和KEGG富集分析,确定鸡血藤抗骨质疏松作用的关键通路,并通过CytoNCA插件计算节点的介数、接近中心性和子...     

桑椹防治肝肾阴虚型冠心病成分与作用机制分析（网络首发、推荐阅读）

基于网络药理学和分子对接研究桑椹防治肝肾阴虚型冠心病成分与潜在作用机制。运用TCMSP、TCMID、Swiss TargetPrediction、GeneCards等数据库并结合文献报道获得桑椹防治肝肾阴虚型冠心病有效活性成分和共同作用靶点,运用Cytoscape软件生成成分-靶点-疾病相互作用网络图,通过STRING数据库进行PPI网络的构建与分析,然后借助DAVID数据库进行GO功能分析及KEGG通路富集分析,最后利用薛定谔软件对重要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。获得桑椹有效活性成分14个,134个靶基因与肝肾阴虚型冠心病相关。预测靶基因主要作用于TNF、PI3K/Akt等信号通路通过调控炎症、凋亡反应以及血液循环来防治肝肾阴虚型冠心病。分子对接结果表明重要活性成分与候选靶蛋白存在较好的结合性。初步揭示桑椹能够多成分、多靶点、多通路地防治肝肾阴虚型冠心病,研究结果可为桑椹及防治肝肾阴虚型冠心病功能食品的开发提供理论参考和新的研究方向。     

药食资源山楂果防治2型糖尿病成分与作用靶点分析研究

目的 探究山楂果降血糖作用靶点及潜在的分子机制。方法 利用中药综合数据库(traditional Chinese medicines integrated database, TCMID)及中医药百科全书数据库(the encyclopedia of traditional Chinese medicine, ETCM)并结合文献报道获得山楂果活性成分, 通过Swiss Target Prediction数据库预测其作用靶点。使用GeneCards及在线孟德尔人类遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)获取2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)相关靶点, 与山楂果预测靶点取交集即为山楂果防治T2DM的治疗靶点。将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2进行蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)、药物-靶点-疾病网络可视化, 并通过DAVID数据库平台进行基因本体(gene ontology, GO)功能分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。结果 山楂果有效活性成分为12种, 其中槲皮素、熊果酸等作用较为重要, 对应157个靶基因与T2DM相关。PPI及文献检索结果显示磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1 (phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, PIK3R1)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase, AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3、8、14 (mitogen-activated protein kinase 3、8、14, MAPK3、MAPK8、MAPK14)等可能是山楂果防治T2DM的重要作用靶点。KEGG通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B (PI3K/Akt)信号通路、叉头状转录因子O亚家族蛋白(FoxO)信号通路、催乳素(prolactin)信号通路等。结论 山楂果能多成分、多靶点、多途径的防治T2DM, 对其引起的胰岛素水平失调、炎症反应、免疫功能及糖脂代谢紊乱发挥关键的调节作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉治疗帕金森病的作用机制

基于网络药理学及分子对接对肉苁蓉治疗帕金森疾病的作用机制进行研究.利用TCMSP筛选肉苁蓉中的活性成分作为候选化合物,再利用PubChem和sea数据库获取肉苁蓉的靶点信息.在GeneCard数据库中获取帕金森病靶点信息,通过比对中药和疾病靶点,得到共有靶点基因信息.运用STRING进行靶点蛋白互作(protein-p...     

基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

肠道微生态与非酒精性脂肪性肝病研究进展

目的：运用网络药理学的方法,研究荔枝核提取物（Lychee kernel extract,LKE）干预非酒精性脂肪性肝病（Nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD）的作用及分析潜在机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）获取荔枝核的成分和作用靶点,通过疾病靶点数据Genecard获取NAFLD的疾病靶点,然后取交集,通过Cytoscape获取通路-靶点互作网络图,利用微生信网站进行 GO生物过程分析和 KEGG 通路富集分析。建立饮食诱导的肥胖（diet-induced obsisity,DIO）小鼠NAFLD动物模型并用LKE灌胃给药。HE染色观察肝脏脂质变化;试剂盒检测TG、TC、ALT、AST含量。结果：获得荔枝核潜在活性成分18个,与NAFLD疾病交集靶点52个,关键靶点为INS、TNF、HSP90AA1,通过KEGG通路富集筛选得到信号通路20条,主要为癌症通路（pathways in cancer）、动脉粥样硬化通路（Fluid shear stress and atherosclerosis）、糖尿病并发症的信号通路（AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications）;模型组小鼠肝脏病变严重,给药组小鼠肝脏病变相对于模型组明显减轻,给药组小鼠血清转氨酶也明显降低,接近正常组,给药组血脂代谢也趋于正常组,且差异均具有显著性（P<0.05）。结论：荔枝核可能通过作用于INS、TNF、HSP90AA1等靶点,调节脂质和动脉粥样硬化通路等起到治疗NAFLD的作用。