基于高通量测序分析进口大麦真菌多样性

文章介绍了高通量测序技术在食品安全及植物病害真菌检疫中的应用。利用Illumina-Hiseq测序技术,对进口和国产大麦的真菌多样性进行了研究。从澳大利亚、法国、加拿大和国产大麦样品中共获得331054个ITS序列,系统分类学分析将其归类为6门、25纲、50目、80科、115属、158种,表明样品的真菌多样性较高。进口大麦和国产大麦的优势真菌均以子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota为主,两者之和占到全部真菌的97.46%～99.97%;优势菌属为李维菌属Lewia、隐球菌属Cryptococcus、Udeniomyces菌属、埃里格孢属Embellisia、锁掷酵母属Sporidiobolus、赤霉属Gibberella、蜡蚧菌属Lecanicillium、链格孢属Alternaria、红酵母属Rhodotorula、曲霉属Aspergillus、格孢腔菌属Pleospora等。韦恩图分析结果显示法国、加拿大、澳大利亚和中国的大麦真菌群落种类差异较大,每个产地的大麦真菌群落有各自的特性真菌。文章利用高通量测序建立了进口和国产大麦真菌多样性生物信息学数据库,不...     

基于高通量测序技术分析霉变核桃仁真菌多样性

目的:研究核桃仁在适宜霉变条件(温度25 ℃、相对湿度85%)下的真菌侵染过程,揭示其霉变过程中真菌群落的结构与真菌群落样性变化。方法:采用Illumina Miseq高通量测序方法分析核桃仁霉变过程中的真菌群落组成和多样性。结果:子囊菌门是核桃样品霉变的主要真菌门类,相对丰度在27.41%~99.98%范围,其次是担子菌门,相对丰度在0.01%~32.56%范围。在真菌属水平上,霉变过程中的主要优势种群为镰孢菌属、链格孢属、赤霉属与曲霉属。1周内核桃仁的霉变过程可大致分为Ⅰ期(0~2 d)、Ⅱ期(3~4 d)、Ⅲ期(5~7 d)3个时期,Ⅱ期与Ⅰ期相比镰孢菌属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅱ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅰ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集。结论:核桃仁霉变过程中真菌微生物群落的变化分为3个时期,真菌多样性呈下降趋势,镰孢菌属、链格孢属与曲霉菌属是其霉变的优势真菌种群。     

基于高通量测序分析湘派卤牛肉冷藏过程中真菌多样性

目的 探究湘派卤牛肉冷藏过程中真菌菌群变化规律及其多样性。方法将湘派卤牛肉于4℃下贮藏16 d,每间隔4 d采样,利用高通量测序技术对样品中的真菌进行检测。结果 湘派卤牛肉在冷藏过程中真菌多样性呈先下降后上升的趋势。在门水平上,被孢霉门(Mortierellomycota)为优势菌门,相对丰度为22.3%～51.9%。其次为子囊菌门(Ascomycota),相对丰度为22.6%～42.0%。最后为担子菌门(Basidiomycota),相对丰度为6%～40.3%。在属水平上,优势菌属主要为:f＿Mortierellaceae;g＿unidentified、散尾鬼笔属(Lysurus)和伊萨酵母属(Issatchenkia)。主坐标分析显示4与12 d之间微生物结构差异较小,0、8、16 d之间微生物结构差异较大,两个主坐标叠加解释度达79.35%;经UPGMA聚类算法构建的真菌聚类堆叠树状图显示,5种样品可分为4个大类,其中LNR4 d、LNR12 d菌群差异不大为一类,LNR0 d、LNR8 d、LNR16 d菌群差异较大各聚为一类。结论 本研究通过对比不同冷藏时间下湘派卤牛肉的真菌...     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序技术分析浓香型白酒大曲真菌菌群多样性

采用高通量测序技术对15份浓香型白酒大曲真菌多样性进行分析。结果表明,不同样品真菌群落丰度和多样性存在显著差异。主坐标分析（PCoA）结果表明,样品NX-1、NX-3、NX-4、NX-10、NX-11真菌组成相似、样品NX-2、NX-8真菌组成相似、其余样品真菌组成存在差异。15份大曲样品中共检测到393个操作分类单元（OTUs）,隶属于6个门19个纲和117个属,其中子囊菌门（Ascomycota）、酵母纲（Saccharomycetes）和散囊菌纲（Eurotiomycetes）在15份大曲样品中的相对丰度均较高。在属分类水平上,15份大曲样品出现明显差异,样品NX-1、NX-4、NX-11中的热子囊菌属（Thermoascus）、嗜热真菌属（Thermomyces）,样品NX-3、NX-10、NX-13、NX-6和NX-14中的覆膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、毕赤酵母属（Pichia）,样品NX-5、NX-12、NX-15、NX-7中的曲霉属（Aspergillus）,样品NX-9中的曲霉属和根毛霉属（Rhizomucor）、样品NX-2中的威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）、酵母属（Saccharomyces）,及样品NX-8中的耐碱酵母属（Galactomyces）和双足酵母属（Dipodascus）相对丰度较高。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度>1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）(37.32%)、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）(20.34%)、酵母属（Saccharomyces）(11.03%)、耐碱酵母属（Galactomyces）(9.41%)、假丝酵母属（Candida）(5.88%)、曲霉属（Aspergillus）(4.44%)、伊萨酵母属（Issatchenkia）(2.69%)和德巴利酵母属（Debaryomyces）(1.51%)。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU）,其中有15个为优势OTU,分别被注释到8个优势菌属中,累计相对含量达92.49%,具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系,该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主,且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

利用高通量测序技术分析民间面引子中的真菌多样性

面引子是传统面食加工中发酵剂,以前对其微生物的研究大多集中于分离培养法,本实验旨在采用新一代高通量测序技术揭示传统面引子中的真菌群落结构特征。从我国不同地区收集18?个民间面引子样品,基于宏基因组采用聚合酶链式反应扩增ITS1区,Illumina?Miseq测序,云平台分析样品中真菌群落。结果表明：18?个样品中发现101?个操作分类单元,属于真菌界4?个门、9?个纲、15?个目、25?个科、38?个属、56?个种;酿酒酵母是大多数样品中的优势菌;酿酒酵母、Fungi?sp.、unclassified_k__Fungi这3?个种在所有样品中都存在,而且数量较大;Kazachstania bulder、戴尔凯氏有孢圆酵母、矮小假丝酵母、光滑假丝酵母菌、清酒假丝酵母这5?个种数量较大,但只在单个样品中出现;异常威克汉姆酵母、Alternaria?sp.和帚状曲霉数量相对多一些,出现频率较高,在绝大多数样品中都有分布。各样品真菌群落结构相差不大,而且类型和地理分布差异也不明显。     

基于高通量测序技术分析比较南宁和孝感地区米酒曲中真菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自南宁市和孝感市的米酒曲真菌多样性进行解析。α多样性分析结果表明,2个地区米酒曲真菌类群的香农指数、辛普森指数、超1指数和发现物种数差异均不显著（P＞0.05）。米酒曲样品中共有9个核心操作分类单元（OTUs）,所含序列数占总序列数的69.75%,经鉴定均隶属于根霉属（Rhizopus）。β多样性分析结果表明,2个地区米酒曲的优势真菌门均为毛霉菌门（Mucoromycota）和子囊菌门（Ascomycota）,优势真菌属均以Rhizopus为主,真菌类群的差异可能主要体现在一些低丰度的OTU上。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析利川酱豆真菌多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门（Ascomycota）（96.79%）和担子菌门（Basidiomycota）（2.63%）;核心真菌属为毕赤酵母属（Pichia）（37.46%）、曲霉属（Aspergillus）（29.48%）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）（3.92%）、假丝酵母属（Candida）（2.86%）、Starmerella（2.62%）、节担菌属（Wallemia）（2.19%）和镰刀菌属（Fusarium）（1.03%）,且核心真菌之间的相关性均不显著（P＞0.05）。     

基于高通量测序分析槟榔原籽贮藏过程中真菌群落结构

利用高通量测序技术研究槟榔原籽新籽及老籽的真菌群落结构,得到食用槟榔原籽在贮藏过程中真菌群落结构的变化情况。采用Illumunima Miseq测序平台对槟榔原籽总DNA的PCR扩增产物测序,结果显示:槟榔原籽在贮藏过程中真菌群落多样性有所降低,原籽新籽在"属"的分类水平上主要是散囊菌属(Eurotium)、根霉属(Rhizopus)、曲霉属(Aspergillus)、节担菌属(Wallemia),分别占96.03%,2.18%,0.82%,0.52%,未分类菌属为0.05%;贮藏超过1年的老籽中,曲霉属和散囊菌属分别占94.57%及4.89%,根霉属和节担菌属减少,而新籽中不存在的青霉属(Penicillium)亦有检出。贮藏过程中槟榔原籽真菌群落结构变化的解析为其防霉技术的研究提供了理论依据。     

豆干加工的微生物污染途径研究

微生物污染是豆干加工过程中的一种潜在危害,是影响豆干产品质量的主要因素之一.试验通过对豆干各加工环节及主要接触面上的微生物菌落总数的动态监测和分析,确立了豆干生产过程中的微生物污染途径及主要来源,主要是原辅材料(包括原料大豆、生产用水、凝固剂、调味料)、加工用的机械及器具、车间操作人员、车间空气环境等,这将为下一步对豆干加工过程中的微生物污染控制起到重要作用.     

龙山地区干豆豉真菌多样性研究

采用MiSeq高通量测序技术对龙山县农家自制干豆豉中真菌菌群群落结构进行研究,结果表明该地干豆豉中有核心分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)113个,其所包含的序列占总序列数的64.68%;含量最高的核心优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota),其次为担子菌门(Basidiomycota)和毛微门(Mucoromycota),三者累积平均相对含量高达96.32%;曲霉(Aspergillus)、假丝酵母(Candida)、毛孢子菌属(Trichosporon)、毕赤酵母(Pichia)、克鲁维酵母菌属(Kluyveromyces)、接合糖酵母属(Yamadazyma)、耐碱酵母属(Galactomyces)和米根霉属(Rhizopus)作为核心优势真菌存在于所有样品中,不同菌群相互作用共同形龙山干豆豉独特的风味。说明龙山干豆豉中真菌丰富,有待进一步发掘与保护。     

功能性腐乳酱产品研究

用菌种扩繁摇床无菌培养技术,正交设计研究影响生产豆腐乳酱的主要因素和交互作用,得出豆腐乳酱最佳生产工艺参数:豆浆100ml加毛霉7g和根霉3g,28℃发酵2d,再加红曲5.33g,32℃发酵3d;之后加入面曲0.67g和米曲4.00g,28℃发酵2d。发酵液加食盐、CMC-Na、羟丙基淀粉、黄原胶、甜味绞股蓝总皂甙等调味剂。产品半固体,红色,气味香甜醇厚,回味长久;其酶活力316.972U/ml,总糖81.858.99mg/100ml,氨基氮58.99mg/100ml,黄曲霉素为0,卫生指标达标。     

基于高通量测序的郫县豆瓣后发酵期真菌演替变化分析

为研究郫县豆瓣后发酵过程中真菌群落变化规律,揭示其特有"日晒夜露"工艺的发酵本质,采用Mi Seq测序分析其从后发酵1周至后发酵6 a期间一共7个时间点的真菌群落演替变化情况。结果表明,郫县豆瓣后发酵过程中共有3个门类群、20个纲类群、47个目类群、77个科类群、106个属类群的真菌参与演替变化;后发酵时间对郫县豆瓣的真菌群落组成具有重要影响,随着后发酵的进行格孢菌科和黑霉科真菌持续减少,而酵母科、类酵母科和毕赤酵母科的真菌则呈现先增加后减少的趋势,其峰值大多出现在3~6个月之间,但后发酵6 a的郫县豆瓣真菌群落较其他样品呈明显偏低。该方法发现了大量的非培养真菌和未报道真菌,所得真菌多样性更接近于样品微生态,更能够全面解析自然发酵调味品郫县豆瓣的真菌多样性,为传统产业的现代化改造和食品质量安全控制提供科学支撑。     

内蒙古鄂尔多斯地区酸粥真菌多样性研究

以内蒙古鄂尔多斯地区的3种酸粥为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术与传统微生物学手段相结合的方法对其真菌多样性进行研究。结果表明,3种酸粥样品中存在着大量共有真菌菌群,其优势真菌主要由隶属于子囊菌门（Ascomycota）的假丝酵母属（Candida）和耐碱酵母属（Galactomyces）以及隶属于担子菌门（Basidiomycota）的毛孢子菌属（Trichosporon）构成,三者平均相对含量分别为84.30%、11.86%和3.45%;同时从3种酸粥样品中共分离出9株酵母菌,经分子生物学鉴定为茶叶籽酵母（Meyerozyma caribbica）、索拉尼假丝酵母（Candida solani）、库德毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）、白地霉（Galactomyces candidum）、解脂耶氏酵母（Yarrowia lipolytica）和隐球酵母（Cryptococcus albidus）各1株以及近平滑假丝酵母（Candida parapsilosis）2株。     

茼蒿花生酸浆豆腐的制作工艺研究

试验以大豆、花生、茼蒿为原材料,以发酵型白醋为凝固剂,研究了凝固剂添加量、花生添加量、凝固温度等因素对苘蒿花生酸浆豆腐品质的影响.通过正交试验,优化了茼蒿花生豆腐的制作工艺.结果 表明,各因素对茼蒿花生豆腐的影响程度由大到小依次是凝固剂添加量＞花生添加量＞凝固温度＞茼蒿汁添加量.茼蒿花生豆腐的最佳工艺参数为:花生添加量...     

房式仓储藏对进口大豆真菌群落多样性的影响

为探究房式仓储藏对进口高油大豆真菌群落多样性的影响,以当年收获的高油大豆为实验材料在房式仓中过夏储藏3个月后,定期取样测定水分,并利用IlluminaMiseq高通量测序技术分析原始状态和其他储藏阶段大豆中真菌群落状态。结果表明,不同储藏时期的大豆样品中的真菌群落共计属于4个门,9个纲,14个目,15个科,21个属,19个种。大豆在不同储藏时期的4个优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、羊肚菌门(Mortierellomyco)、毛霉菌门(Mucoromycota)。在种的水平上进行分类统计分析发现,相对丰度较高的10个菌种在数量上均呈现随着储藏时间的延长而有不同程度增加的趋势(C47>B47>A47),并发现了1种有害真菌赤霉菌。通过Ven图分析和Beta多样性分析发现,在房式仓中储藏的前两个储藏期的大豆样品中真菌群落结构具有较高的相似度,而到了第三储藏期与前两者真菌群落结构差异较大,说明到了第三储藏期大豆中的真菌群落不仅多样性显著增加,结构也发生了明显演替。