结合自注意力的BiLSTM-CRF的电子病历命名实体识别

为弥补现有方法不能很好捕获电子病历实体之间的长距离依赖关系的缺陷,提出一种结合自注意力的BiLSTM-CRF的命名实体识别方法.将输入文本转成神经网络可识别的数值形式;经过BiLSTM网络并结合自注意力计算得到每个字的输出特征向量;通过C RF层找到句子最适合的输出标签序列,从而确定命名实体.采用CCKS2018数据集进行实验,结果表明,改进的命名实体识别方法对电子病历具有一定的适应性,且与现有的方法相比,测试集的准确率提高了6.50～9.25个百分点.     

电子病历命名实体识别研究进展

电子病历命名实体识别（named entity recognition,NER）旨在识别电子病历文本中的医疗实体,并将其归为预定义的医疗实体类别,为进一步的医疗关系抽取、医疗信息检索、医疗智能问答等自然语言处理任务提供支持。系统梳理了电子病历命名实体识别的定义、标注方法、评价指标及难点;从电子病历命名实体识别难点及技术发展历程两个角度,综述了每类电子病历命名实体识别方法的优势与不足;详细梳理了国内医疗领域命名实体识别的评测任务及数据集;详细讨论和总结电子病历命名实体识别每一类难点的解决方案;总结全文并展望了医疗领域命名实体识别的发展方向。     

结合注意力机制的BERT-BiGRU-CRF中文电子病历命名实体识别

为了改善中文电子病历命名实体识别模型的性能，本文提出了基于BERT、双向门控循环单元(Bidirectional Gate Recurrent Unit, BiGRU)与条件随机场CRF相结合的中文电子病历命名实体识别模型，并在此基础上引入了注意力机制.利用BERT(Bidirectional Encoder Representation from Transformers)预训练模型得到结合语境信息的动态字向量，通过双向门控循环单元(Bidirectional Gate Recurrent Unit, BiGRU)提取全局语义特征，利用注意力机制获得增强语义特征，最后通过CRF(Conditional Random Field)解码输出概率最大的全局最优标签序列.利用含有解剖部位、手术、疾病和诊断、药物、实验室检验、影像检查6类实体的CCKS19中文电子病历数据集训练模型.对比实验表明了本文提出的命名实体识别模型的有效性，本文模型在CCKS19数据集上获得了84.11%的F1值.     

基于多神经网络协作的电子病历命名实体识别方法

随着电子病历在医疗领域的推广应用,越来越多的研究者关注如何高效地从电子病历中抽取高价值科研信息.CHIP2018将中文电子病历临床医疗命名实体识别作为评测任务,即从中文电子病历中抽取三种恶性肿瘤相关的实体.结合三种实体的特点和实体间的依赖关系,提出基于多神经网络协作的复杂医疗命名实体识别方法,并实现了句子级别的模型迁移...     

融合文字与标签的电子病历命名实体识别

准确的命名实体识别是结构化电子病历的基础,对于电子病历规范化编写有着重要的作用,而现今的分词工具对于专业的医疗术语无法做到完全正确的区分,使得结构化电子病历难以实现.针对医疗实体识别中出现的问题,本文提出了一种在命名实体识别领域中改进的BiLSTM-CRF深度学习模型.模型将文字和标签结合作为输入,在多头注意力机制中使模型关注更多的有用信息, BiLSTM对输入进行特征提取,得到每个文字在所有标签上的概率, CRF在训练过程中学习到数据集中的约束,进行解码时可以提高结果的准确率.实验使用人工标注的1 000份电子病历作为数据集,使用BIO标注方式.从测试集的结果来看,相对于传统的BiLSTM-CRF模型,该模型在实体类别上的F1值提升了3%–11%,验证了该模型在医疗命名实体识别中的有效性.     

基于BERT的中文电子病历命名实体识别

针对中文电子病历命名实体识别过程中实体特征利用率低，语义表示不充分等问题，提出一种基于BERT语言模型的命名实体识别方法。运用Char-CNN学习字符的多种特征，将特征加入BERT预训练生成的词向量中，获得融合领域信息和汉字特征的词向量表示，将词向量输入迭代扩张卷积神经网络中进行特征抽取，引入注意力机制加强实体特征的关注度，通过CRF解码标注命名实体。实验结果表明，该方法在CCKS17中取得91.64%的F₁值，识别性能优于现有方法。     

基于知识增强的中文电子病历命名实体识别

针对中文电子病历中医疗嵌套实体难以处理的问题, 本文基于RoBERTa-wwm-ext-large预训练模型提出一种知识增强的中文电子病历命名实体识别模型ERBEGP. RoBERTa-wwm-ext-large采用的全词掩码策略能够获得词级别的语义表示, 更适用于中文文本. 首先结合知识图谱, 使模型学习到了大量的医疗实体名词, 进一步提高模型对电子病历实体识别的准确性. 然后通过BiLSTM对电子病历输入序列编码, 能够更好捕获病历的中上下语义信息. 最后利用全局指针网络模型EGP (efficient GlobalPointer)同时考虑实体的头部和尾部的特征信息来预测嵌套实体, 更加有效地解决中文电子病历命名实体识别任务中嵌套实体难以处理的问题. 在CBLUE中的4个数据集上本文方法均取得了更好的识别效果, 证明了ERBEGP模型的有效性.     

融入语言模型和注意力机制的临床电子病历命名实体识别

临床电子病历命名实体识别(Clinical Named Entity Recognition,CNER)的主要任务是对给定的一组电子病历文档进行识别并抽取出与医学临床相关的命名实体,然后将它们归类到预先定义好的类别中,如疾病、症状、检查等实体。命名实体识别任务通常被看作一个序列标注问题。目前,深度学习方法已经被广泛应用于该任务并取得了非常好的效果。但其中大部分方法未能有效利用大量的未标注数据;并且目前使用的特征相对简单,未能深入捕捉病历文本自身的特征。针对这两个问题,文中提出一种融入语言模型和注意力机制的深度学习方法。该方法首先从未标注的临床医疗数据中训练字符向量和语言模型,然后利用标注数据来训练标注模型。具体地,将句子的向量表示送入一个双向门控循环网络(Bidirectional Gated Recurrent Units,BiGRU)和预训练好的语言模型,并将两部分的输出进行拼接。之后,将前一层的拼接向量输入另一个BiGRU和多头注意力(Multi-head Attention)模块。最后,将BiGRU和多头注意力模块的输出进行拼接并输入条件随机场(Conditional Randoin Field,CRF),预测全局最优的标签序列。通过利用语言模型特征和多头注意力机制,该方法在CCKS-2017 Shared Task2标准数据集上取得了良好的结果(F1值为91.34%)。     

中文电子病历命名实体和实体关系语料库构建

电子病历是由医务人员撰写的面向患者个体描述医疗活动的记录,蕴含了大量的医疗知识和患者的健康信息.电子病历命名实体识别和实体关系抽取等信息抽取研究对于临床决策支持、循证医学实践和个性化医疗服务等具有重要意义,而电子病历命名实体和实体关系标注语料库的构建是首当其冲的.在调研了国内外电子病历命名实体和实体关系标注语料库构建的基础上,结合中文电子病历的特点,提出适合中文电子病历的命名实体和实体关系的标注体系,在医生的指导和参与下,制定了命名实体和实体关系的详细标注规范,构建了标注体系完整、规模较大且一致性较高的标注语料库.语料库包含病历文本992份,命名实体标注一致性达到0.922,实体关系一致性达到0.895.为中文电子病历信息抽取后续研究打下了坚实的基础.     

面向电网设备故障报告的半监督命名实体识别方法

针对电网领域命名实体识别(NER)对人工标注的依赖问题,提出了一种面向电网设备故障报告的半监督命名实体识别方法Semi-supervised PGTBC.首先使用基于多头自注意力机制的深度自注意力网络进行特征抽取,然后结合双向长短记忆神经网络(BiLSTM)和条件随机场模型(CRF)建立电网领域命名实体识别模型,最后基于半监督思想,引入基于深度自注意力网络的实体类别综合描述相似度计算,结合PGTBC的置信度作为半监督阈值筛选依据,减少对电网设备故障报告实体标注的依赖.数据集使用来源于1256篇的电网故障报告的10301条标注样本数和30829条无标注样本数.在有标注电网领域数据上的实验结果表明,基于PGTBC模型的预测F1为96.43％,相对于传统的BiLSTM-CRF模型提高了7.09个百分点.在无标注样本上,半监督方法Semi-supervised PGTBC取得了93.16％的F1,相对半监督CRF模型的F1提高了23.4个百分点,并对无标注样本进行了自动标注,识别出1661条新实体,有效减少电网设备故障报告命名实体任务对人工标注的依赖.