电子病历命名实体识别研究进展

电子病历命名实体识别（named entity recognition,NER）旨在识别电子病历文本中的医疗实体,并将其归为预定义的医疗实体类别,为进一步的医疗关系抽取、医疗信息检索、医疗智能问答等自然语言处理任务提供支持。系统梳理了电子病历命名实体识别的定义、标注方法、评价指标及难点;从电子病历命名实体识别难点及技术发展历程两个角度,综述了每类电子病历命名实体识别方法的优势与不足;详细梳理了国内医疗领域命名实体识别的评测任务及数据集;详细讨论和总结电子病历命名实体识别每一类难点的解决方案;总结全文并展望了医疗领域命名实体识别的发展方向。     

电子病历命名实体识别和实体关系抽取研究综述

电子病历（Electronic medical records,EMR）产生于临床治疗过程,其中命名实体和实体关系反映了患者健康状况,包含了大量与患者健康状况密切相关的医疗知识,因而对它们的识别和抽取是信息抽取研究在医疗领域的重要扩展. 本文首先讨论了电子病历文本的语言特点和结构特点,然后在梳理了命名实体识别和实体关系抽取研究一般思路的基础上,分析了电子病历命名实体识别、实体修饰识别和实体关系抽取研究的具体任务和对应任务的主要研究方法. 本文还介绍了相关的共享评测任务和标注语料库以及医疗领域几个重要的词典和知识库等资源. 最后对这一研究领域仍需解决的问题和未来的发展方向作了展望.     

基于知识增强的中文电子病历命名实体识别

针对中文电子病历中医疗嵌套实体难以处理的问题, 本文基于RoBERTa-wwm-ext-large预训练模型提出一种知识增强的中文电子病历命名实体识别模型ERBEGP. RoBERTa-wwm-ext-large采用的全词掩码策略能够获得词级别的语义表示, 更适用于中文文本. 首先结合知识图谱, 使模型学习到了大量的医疗实体名词, 进一步提高模型对电子病历实体识别的准确性. 然后通过BiLSTM对电子病历输入序列编码, 能够更好捕获病历的中上下语义信息. 最后利用全局指针网络模型EGP (efficient GlobalPointer)同时考虑实体的头部和尾部的特征信息来预测嵌套实体, 更加有效地解决中文电子病历命名实体识别任务中嵌套实体难以处理的问题. 在CBLUE中的4个数据集上本文方法均取得了更好的识别效果, 证明了ERBEGP模型的有效性.     

电子病历命名实体识别技术研究综述

电子病历（EMR）是医疗信息快速发展的产物,目前以非结构化文本形式存储。通过使用自然语言处理（NLP）技术,在非结构化文本中提取出大量医学实体,将有助于提升医务人员查阅病历效率,同时识别的成果也将辅助于接下来的关系提取和知识图谱构建等研究。介绍常用的若干个数据集、语料标注标准和评价指标。从早期传统方法、深度学习方法、预训练模型、小样本问题处理四个方面详细阐述电子病历命名实体识别方法,对比分析各模型自身的优势及局限性。探讨了目前研究的不足,并对未来发展方向提出展望。     

基于BERT的中文电子病历命名实体识别

针对中文电子病历命名实体识别过程中实体特征利用率低,语义表示不充分等问题,提出一种基于BERT语言模型的命名实体识别方法。运用Char-CNN学习字符的多种特征,将特征加入BERT预训练生成的词向量中,获得融合领域信息和汉字特征的词向量表示,将词向量输入迭代扩张卷积神经网络中进行特征抽取,引入注意力机制加强实体特征的关注度,通过CRF解码标注命名实体。实验结果表明,该方法在CCKS17中取得91.64%的F₁值,识别性能优于现有方法。     

采用Transformer-CRF的中文电子病历命名实体识别

命名实体识别是自然语言处理的基本任务之一。针对中文电子病历命名实体识别传统模型识别效果不佳的问题,提出一种完全基于注意力机制的神经网络模型。实验采用自建真实中文电子病历数据集并对数据集进行人工标注、分词等预处理;对Transformer模型进行训练优化,以提取文本特征;利用条件随机场对提取到的文本特征进行分类识别。为验证所提方法的有效性,将构建的Transformer-CRF神经网络模型与其他7种传统模型进行比较研究,实验采用精确率、召回率和[F1]值三个指标评估模型的识别性能。实验结果显示,在同一语料集下,Transformer-CRF模型对身体部位类的命名实体识别效果较好,[F1]值高达95.02%;且与其他7种传统模型相比,Transformer-CRF模型的精确率、召回率和[F1]值均较高,在一定程度上验证了所构建模型具有较好的识别性能。     

结合自注意力的BiLSTM-CRF的电子病历命名实体识别

为弥补现有方法不能很好捕获电子病历实体之间的长距离依赖关系的缺陷,提出一种结合自注意力的BiLSTM-CRF的命名实体识别方法.将输入文本转成神经网络可识别的数值形式;经过BiLSTM网络并结合自注意力计算得到每个字的输出特征向量;通过C RF层找到句子最适合的输出标签序列,从而确定命名实体.采用CCKS2018数据集进行实验,结果表明,改进的命名实体识别方法对电子病历具有一定的适应性,且与现有的方法相比,测试集的准确率提高了6.50～9.25个百分点.     

结合自注意力的BiLSTM-CRF的电子病历命名实体识别

为弥补现有方法不能很好捕获电子病历实体之间的长距离依赖关系的缺陷,提出一种结合自注意力的BiLSTM-CRF的命名实体识别方法.将输入文本转成神经网络可识别的数值形式;经过BiLSTM网络并结合自注意力计算得到每个字的输出特征向量;通过C RF层找到句子最适合的输出标签序列,从而确定命名实体.采用CCKS2018数据集进行实验,结果表明,改进的命名实体识别方法对电子病历具有一定的适应性,且与现有的方法相比,测试集的准确率提高了6.50～9.25个百分点.     

融合文字与标签的电子病历命名实体识别

准确的命名实体识别是结构化电子病历的基础,对于电子病历规范化编写有着重要的作用,而现今的分词工具对于专业的医疗术语无法做到完全正确的区分,使得结构化电子病历难以实现.针对医疗实体识别中出现的问题,本文提出了一种在命名实体识别领域中改进的BiLSTM-CRF深度学习模型.模型将文字和标签结合作为输入,在多头注意力机制中使模型关注更多的有用信息, BiLSTM对输入进行特征提取,得到每个文字在所有标签上的概率, CRF在训练过程中学习到数据集中的约束,进行解码时可以提高结果的准确率.实验使用人工标注的1 000份电子病历作为数据集,使用BIO标注方式.从测试集的结果来看,相对于传统的BiLSTM-CRF模型,该模型在实体类别上的F1值提升了3%–11%,验证了该模型在医疗命名实体识别中的有效性.     

使用GATE进行中文命名实体识别的研究

中文命名实体识别的研究有着重大的现实意义。本文先对信息抽取技术和其中的命名实体识别进行概述,然后简介了GATE这样一种信息抽取工具,以及使用GATE进行中文命名实体识别的规则（以货币识别为例）,最后对全文进行了总结。     

面向中文电子病历的多粒度医疗实体识别

在现有的面向中文临床电子病历的命名实体识别任务中,实体标注粒度通常过细或过粗,过细的标注结果难以找到实际应用场景,而过粗的标注结果通常需要在进行复杂的处理后,才能明确实体的规范形式和语义类型,以便于后续的数据挖掘应用.为简化处理步骤,根据常见的7类粗粒度临床实体的特点,定义了用以解释粗粒度实体的9类细粒度解析实体.同时...     

部首感知的中文医疗命名实体识别

人工智能技术的发展推动了医疗领域的智能化,为提升医疗效率、改善医疗水平提供了新的助力。同时,这一新的趋势也催生了海量的电子病历文本,其所蕴含的丰富信息具有巨大的潜在挖掘与应用价值。然而,当前中文电子病历的命名实体识别研究工作并没有全面考虑中文及中文医疗领域的特殊性,而是将面向通用数据集的模型迁移到医疗领域的实体类型中,分析效果较为有限。针对这一问题,该文设计了长短期记忆网络与条件随机场的联合模型并引入BERT模型;在此基础之上,考虑到医疗领域命名实体鲜明的部首特征,通过将部首信息编码到字向量中,并且结合部首信息修改条件随机场层得分函数的计算方式,有效地提升了医疗领域命名实体的抽取能力。通过两项电子病历数据集的实验结果表明,该文提出的模型整体效果略高于通用的实体识别模型,并对疾病诊断等特定类型的实体词的识别效果具有较为明显的提升。     

中文电子病历命名实体和实体关系语料库构建

电子病历是由医务人员撰写的面向患者个体描述医疗活动的记录,蕴含了大量的医疗知识和患者的健康信息.电子病历命名实体识别和实体关系抽取等信息抽取研究对于临床决策支持、循证医学实践和个性化医疗服务等具有重要意义,而电子病历命名实体和实体关系标注语料库的构建是首当其冲的.在调研了国内外电子病历命名实体和实体关系标注语料库构建的基础上,结合中文电子病历的特点,提出适合中文电子病历的命名实体和实体关系的标注体系,在医生的指导和参与下,制定了命名实体和实体关系的详细标注规范,构建了标注体系完整、规模较大且一致性较高的标注语料库.语料库包含病历文本992份,命名实体标注一致性达到0.922,实体关系一致性达到0.895.为中文电子病历信息抽取后续研究打下了坚实的基础.     

基于多步聚类的汉语命名实体识别和歧义消解

命名实体识别和歧义消解是自然语言理解的重要研究内容。针对提供实体知识库情况下的命名实体识别和歧义消解任务,该文提出了一种基于多步聚类的方法。首先通过两轮聚类将命名实体与知识库实体定义链接,然后通过层次聚合式聚类对知识库中未出现的实体进行聚类,最后进行普通词的识别和基于K-Means聚类的结果调整。在CLP-2012的汉语命名实体识别和歧义消解评测数据上的实验表明,该文的方法表现出良好的性能,在测试集上的F值高出评测参赛队伍最好水平6.46%,达到86.68%。     

中文嵌套命名实体识别语料库的构建

嵌套命名实体含有丰富的实体和实体间语义关系,有助于提高信息抽取的效率。由于缺少统一的标准中文嵌套命名实体语料库,目前中文嵌套命名实体的研究工作难于比较。该文在已有命名实体语料的基础上采用半自动化方法构建了两个中文嵌套命名实体语料库。首先利用已有中文命名实体语料库中的标注信息自动地构造出尽可能多的嵌套命名实体,然后再进行手工调整以满足对中文嵌套实体的标注要求,从而构建高质量的中文嵌套命名实体识别语料库。语料内和跨语料嵌套实体识别的初步实验表明,中文嵌套命名实体识别仍是一个比较困难的问题,需要进一步研究。