利用SRAP标记分析油莎豆遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对14份不同地理来源的油莎豆资源进行分析,研究其遗传基础和遗传多样性。结果表明,38对具有多态性的SRAP引物组合共扩增出375条带,其中多态性带共306条,多态性条带比率为81.6%,平均每对引物组合的多态性条带为8.1条。UPGMA聚类分析表明,14个参试材料间的遗传距离在0.09至0.72之间,平均为0.37;材料8与材料9的遗传距离最大,为0.72,二者具有较高的遗传差异。研究结果表明我国油莎豆种质资源遗传基础较为丰富;有利于在不同地理区域间进行引种、利用以及品种培育等。     

云南省烟草镰刀菌根腐病菌遗传多样性分析

【背景和目的】尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）引起的根腐病是烟草主要的土传病害,在云南烟区普遍发生。为分析云南省不同地理来源尖孢镰刀菌的遗传差异性和亲缘关系。【方法】采用ISSR(inter-simple sequence repeat)和SRAP(sequencerelated amplified polymorphism)分子标记技术分析40株菌株遗传多样性。【结果】（1）采用ISSR技术,供试的7条引物共扩增出53条条带,其中多态性条带44条,平均多态性条带83.02%。菌株间的遗传相似系数为0.49～0.96,存在遗传背景差异。遗传相似系数为0.68时,40株菌株可分为3个类群。（2）采用SRAP技术,供试的7对引物共扩增出44条条带,其中多态性条带32条,平均多态性条带72.73%,菌株间的遗传相似系数为0.55～0.96。遗传相似系数为0.70时,40株菌株可分为3个类群,结果与ISSR一致。【结论】云南省烟草尖孢镰刀菌菌株间遗传差异大,ISSR和SRAP分子标记技术可用于烟草尖孢镰刀菌的遗传多样性分析。     

同科植物SSR引物在烟草遗传差异分析中的应用研究

为丰富分子标记类型,加速烟草种质资源遗传多样性的研究利用,从番茄、辣椒的SSR引物中选择22对SSR引物,用遗传差异较大的14个烟草材料筛选引物,应用筛选出的引物对24份烤烟材料进行扩增,分析其遗传差异性。22对SSR引物中筛选出8对重复性好、多态性高的引物。8对引物在24份烤烟材料中共检测到98条遗传多态性带,引物多态信息量变化范围为0.451～1,平均0.646。品种间的遗传相异系数变异范围为0.3445～0.8626,平均0.6052。引物9扩增的谱带可把24个品种完全区分开。在遗传距离为0.62水平可将24份材料聚为四大类,其聚类结果与实际亲缘关系基本一致。因此,同科植物的SSR引物能较好地从分子水平上揭示烟草种质资源遗传背景和亲缘关系,可以应用于烟草品种资源的遗传差异分析。     

利用MFLP标记分析栽培种花生遗传多样性

利用5对多态性良好的锚定微卫星片段长度多态性（MFLP）引物,对包含两大亚种四大类型的18份花生栽培种质的遗传多样性进行分析。5对引物共扩增出291条带,其中多态性条带236条,多态率为81.1%。供试材料间的遗传相似系数值在0.3143～0.8286之间,平均为0.5862。UPGMA聚类分析将18份供试材料按照亚种聚为两类（I,II）;在两大类群下,大多数品种基本按照类型聚类,少数存在交叉。本研究结果表明,MFLP分子标记技术能有效检测栽培种花生的遗传变异,且在遗传关系分析及分子分类上有较高的效率。     

苦荞遗传多样性分析与核心种质筛选--测试文章

利用SSR分子标记技术,对来自西藏、陕西、四川、贵州等4省区的210份苦荞品种进行遗传多样性研究。结果表明,所选用的50对SSR引物中,有16对引物多态性良好,共扩增出178个条带,其中多态性条带达118个,占总数的66.3%;210份苦荞种质的遗传变幅为0.62～0.98,平均值为0.80,在遗传相似系数为0.88处可划分为5大类。聚类结果显示,来自同一地区的苦荞品种显示出聚为一类的趋势,表明苦荞的遗传信息受地理分布的影响较大;第V类所聚的41份分别来自西藏（27份）、陕西（8份）和贵州（6份）的品种表现出较为丰富的遗传多样性,与其他种质相比,这41份材料不仅遗传差异较大,而且遗传来源广泛,可作为苦荞核心种质筛选的基础。     

基于烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记的烟属植物遗传多样性分析

利用本实验室前期开发的烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记,对属于3个烟草亚属、9个组共35份野生烟草种质资源进行了遗传多样性分析。利用20对SSR引物在35份野生烟草材料中共扩增获得176个多态性条带,每对SSR引物可检测的多态性条带数为2~19个,平均为8.8个。35份材料间遗传相似性系数(GS)在0.20~1.00之间,平均为0.57,表明烟属种间的遗传多样性丰富,遗传差异较大,亲缘关系较远。虽然3个亚属间的界限不明显,但在适当的遗传相似性系数条件下,除香甜烟草组外,35份野生烟草按其组可清晰地聚为7类,表明2种细胞器基因组SSR标记适合用于烟草种间进化、分类、遗传分析等方面研究。     

利用ISSR分析贵州部分烟草品种(系)的遗传关系

利用ISSR标记,对12个贵州地方品种(系)和5个贵州主要种植品种分析亲缘关系。结果显示,有23条ISSR引物在烟草上能扩出清晰条带,其中9条引物能扩增出明显多态,能把17个品种(系)区分开。利用NTSYS 2.0软件对多态条带进行统计;用SimQual计算遗传相似系数,遗传相似系数在0.2127~0.7872之间变动。根据UPGMA进行聚类分析结果表明,17个品种(系)可以分为3个组群。     

基于SRAP分子标记的栽培种花生遗传连锁图谱构建

采用新型分子标记SRAP（sequence-related amplified polymorphism）技术,以杂交组合（豫花4号×郑8903）的F2群体为材料构建花生栽培种的分子遗传连锁图谱。采用238对SRAP引物对豫花4号和郑8903进行多态性筛选,结果表明用SRAP引物能充分反映两亲本之间的多态性,每个引物组合可产生10~30个左右清晰可辨的条带。筛选多态性较好的78对引物对其F2群体进行分析,共得到287条多态性条带,每对引物组合产生的多态性条带从1~9条不等,平均产生3.68个多态性条带。采用Mapmaker/EXP3.0软件对产生的287个标记位点构建连锁群（LOD≥3.0）,共223个标记位点进入到22个连锁群中,总长2 129.4cM,标记间平均间距为9.55cM。标记在整个连锁群中分布相对比较均匀,这是目前首张基于SRAP分子标记建立的花生栽培种遗传连锁图谱。     

豫南烟区烟草青枯病菌的致病力及遗传多样性分析

为有效防控豫南烟区烟草青枯病,对来自信阳市罗山县、驻马店市确山县和遂平县的烟草青枯病菌的致病力和遗传多样性进行了测定分析。人工接种试验表明,豫南烟区烟草青枯病菌的致病力分为强、中和弱3种,不同寄主来源的烟草青枯病菌具有显著的致病力差异。从100个随机引物中筛选出8个扩增条带清晰且具有丰富多态性的引物用于不同地区烟草青枯病菌菌株DNA的RAPD分析,共扩增出720条带,其中多态性带占88.9%。聚类结果和遗传相似系数分析显示,供试菌株可分为A、B两大类,遗传相似系数范围为0.49~1.00,且供试菌株间的遗传相似性与其地理来源有一定的相关性。综上所述,豫南烟区烟草青枯病菌的致病力存在明显差异且其DNA具有丰富的遗传多样性。     

23株酵母菌株遗传亲缘关系的SRAP分析

探讨酵母菌株间的遗传亲缘关系以及遗传多样性,为酵母菌株的分类和鉴定提供科学依据.利用44个SRAP(sequence-related amplified polymorphism)引物组合对23株酿酒酵母菌株进行聚类分析、主成分分析及遗传多样性的评价.结果表明,从160个SRAP引物组合中筛选得到44个多态性引物组合,共检测到529条DNA带,其中多态性条带有465个,多态性条带百分率为86.20％,平均每个引物组合产生多态性条带10.1个.各菌株遗传相似系数在0.531～0.813之间,平均遗传相似系数为0.671;根据UPGMA聚类分析,23株酵母菌种在遗传相似系数0.610处被分为两大类群,在遗传相似系数0.705处被进一步划分为6个亚类群.第Ⅰ大类又分为Ⅰ a(包括1、2、4、7、10、11、12、14和13号酵母菌株)、Ⅰ b(包括15、16、19、20和21号酵母菌株)、Ⅰ c(包括17和23号酵母菌株)及Ⅰ d(18号酵母菌株);第Ⅱ大类分为Ⅱa(包括3、8、9和6号酵母菌株)和Ⅱb(包括5和22号酵母菌株).主成分(PCA)分析结果与此一致.这也与形态及生理特性的分类基本相似.SRAP标记技术能很好地用于酿酒酵母遗传亲缘关系、菌种鉴定和分类的研究,是一种经济、有效和可靠的分子标记技术.     

云南品牌卷烟主体烟叶原料的ISSR多态性分析及标记

为考察云南品牌卷烟主体烟叶原料的遗传多样性,从27个ISSR引物中筛选出7个引物,分别在17份烟草材料中进行PCR扩增。结果显示,能够产生40条稳定的条带,其中多态性带28条。通过UPGMA聚类分析,将17个烤烟品种分为2类。品种间遗传相似指数范围为0.50~1.00。同时,利用1个多态性强的ISSR引物、通过聚丙烯酰胺凝胶可以将这17份烤烟材料区分开,每个品种均有各自独特的指纹图谱,表明ISSR标记适于烟草品种鉴定和遗传多样性分析。     

中国莲子种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD标记对收集自全国不同地区的22个莲子(NympheaceaeNelumboAdans)栽培品种及野生品种的遗传多样性进行了分析。结果表明:筛选出的14个随机引物扩增出109条DNA指纹谱带,其中83条为多态性片断,为总数的76.1%。应用PhylTools统计数据软件进行差异条带的遗传距离系数分析,构建遗传距离系数矩阵,然后用PHYLIP软件包(版本3.573c)非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析并绘制聚类树状图,供试品种可以划分为五大类,其中江苏水选1号、建宁莲3号、建瓯莲分别单独为一类,其它19种聚为二类。从中可看出品种间的遗传距离与收集地区没有直接的关联,该研究为莲子育种提供重要的信息。     

随机扩增多态性法分析西藏牦牛奶酪中乳酸菌的遗传多样性

目的：利用随机扩增多态性（randomly amplified polymorphic DNA,RAPD）法对西藏地区牦牛奶酪中27 株乳酸菌基因型进行同源性分析。方法：利用5 个随机引物对Mg2+浓度、dNTP用量、退火温度、模版用量/引物用量（ng/pmol）4 个条件做单因素梯度试验,建立最佳反应条件,筛选最佳引物,然后对27 株乳酸菌和4 株乳酸菌标准菌株进行随机扩增,用NTsys 2.10e软件对扩增条带进行聚类和遗传相似性系数分析,分析结果与16S rRNA测序得到的菌种鉴定结果进行对比。结果：31 株菌遗传相似系数在0.72～1.00之间,当相似性系数在0.82时,菌株被分成了8 组,菌株按照不同种属聚类,聚类结果同16S rRNA测序结果基本一致,同时成功将Lactobacillus casei和Lactobacillus paracasei两个亚种区分开。结论：RAPD技术可以较好地应用于西藏地区牦牛奶酪中乳酸菌亲缘性关系分析。     

广西地方葛根种质资源遗传多样性的SCoT分析

为了解广西地方葛根种质资源之间的亲缘关系,本研究以SCoT分子标记对44份广西葛根种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,并进行遗传多样性分析。结果表明,25条SCoT引物共扩增出223个条带,其中具有多态性的条带有194条,平均每条引物获得776个多态性条带,多态性比例为86.99%。聚类分析表明,44份葛根种质资源的遗传相似系数在0.587～0.982之间。在系数0.65处,44份葛根分为两大类,37号材料单独成为一类;在系数为0.74处,可聚为六类。综上所述,SCoT分子标记适用于葛根种质资源遗传多样性分析,本研究结果为广西葛根种质资源鉴定评价和新品种选育奠定了一定的理论基础。     

中国猴头菇栽培菌株的系统进化研究

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记对7 个猴头菇之间的亲缘关系进行研究,获得了猴头菇不同菌株的DNA 指纹图谱。结果显示：14 个随机引物中有3 个随机引物的扩增产物的DNA 条带表现出明显的多态性。这3个引物共扩增出44 条带,其中36 条为多态性条带,多态性位点比率为81.81%。同时利用NTSYSpc 2.1 生物软件分析7 个供试菌株之间的遗传相似性,并绘制系统进化树。     

白平菇不同菌株菌丝体的RAPD分析及系统进化关系的研究

本研究采用RAPD技术分析白平菇四个不同株系的DNA序列多态性,用15个随机引物对菌株基因组DNA进行PCR扩增,其中3个引物可以扩增出较好的多态性条带图谱,共产生66条清晰稳定的带。通过对供试菌株遗传相似系数的计算和系统聚类分析,构建了树状聚类图谱,在分子水平上分析了白平菇的种质遗传学差异,为白平菇菌株鉴定提供快速有效的技术和方法。     

双孢蘑菇SRAP、ISSR、RAPD标记遗传多样性和菌群分类研究

通过PCR试验,筛选能扩增清晰稳定的DNA条带的53对SRAP引物、10条ISSR引物和56条RAPD引物。SRAP、ISSR和RAPD 3种DNA分子标记扩增位点的平均多态率分别为70.21%、78.33%、61.94%。SRAP、ISSR和RAPD扩增结果用0与1表示,共获得1 046个位点的42 840个数据。采用组间距离法和Jaccard相似性系数,应用SPSS 11.0 for Windows软件进行聚类分析,构建40个双孢蘑菇样品的遗传关系树状图。当组间距离值取16时,40个双孢蘑菇品种可分为6个类群;当组间距离值取13时,40个双孢蘑菇品种被分为9个类群。     

烤烟种质资源遗传多样性和群体结构及亚群特异性研究

筛选多态性丰富的16对SRAP引物,对不同地理来源的276份烤烟资源的遗传变异进行分析,结果表明:16对SRAP引物共检测出611个等位位点,平均每对引物对38.19个,多态性较高;国外烤烟品种遗传多样性高于国内品种,贵州烤烟品种遗传多样性水平较低;NJ法聚类、PCA分析和STRUCTURE群体结构分析结果相互吻合,证明烤烟是与地理来源和亲缘关系密切相关的资源群,贵州烤烟资源形成了独立的组群,其遗传背景独特;各烤烟群体拥有独立的特有和特缺等位位点,群体间互补等位位点丰富,利用国外品种来拓宽国内烤烟品种的遗传基础最具潜力。     

用SRAP标记研究烟草种质资源的遗传多样性

用15对SRAP引物组合对46个普通栽培烟草品种,包括30个普通烟草栽培种和16个黄花烟草进行了多态性分析,共获得3036条带,其中多态性条带为636条,每对引物平均提供42个多态性标记信息。基于UPMGA方法得到的聚类分析结果表明46个烟草品种间的遗传相似系数为0.67～0.98,聚类分析可将这46个品种划分为2个大类群,同种类型的烟草基本聚合在同一种类群中,表明SRAP标记是适合烟草种质资源遗传多样性研究的。     

江苏中烟核心原料产区烤烟品种遗传分析及分子身份证构建

烟叶原料的稳定性、一致性是保障烟草工业公司产品高质量发展的关键，有效区分和鉴别烟叶原料是当前工业公司亟需解决的难点。本研究以江苏中烟核心原料产区主栽的23个烤烟品种为材料，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，从212对SSR引物中最终筛选出12对多态性高且条带清晰的引物，等位基因数介于2～5，多态性信息含量介于0.333 8～0.571 1。聚类分析发现，各品种按照遗传背景聚为4类；群体遗传结构和主成分分析均将供试材料划分为2个亚群，且类群内各品种的分布结果高度一致，与种质亲缘关系吻合度较高。该组引物高效可靠，可用于烤烟品种的DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。本研究可为江苏中烟核心产区主栽烤烟品种的育种利用和烟叶原料鉴定提供理论依据。