盐渍青菜的细菌菌群结构DGGE分析及产酸细菌分离鉴定

采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同盐渍青菜样品的细菌菌群结构进行了分析。对优势条带测序分析表明,盐渍青菜中主要的优势细菌是乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)细菌。在腌渍初期,海源菌属(Idiomarina)与海洋杆菌属(Marinobacter)细菌较丰富,在腌渍后期明显减少。乳杆菌属细菌在腌渍14、26个月的青菜中含量丰富,在腌渍2个月的青菜中含量较少。通过分离培养技术从盐渍青菜中分离获得23株产酸细菌,通过16S rDNA序列分析初步确定戊糖乳杆菌(Pediococcus pentosaceus)8株,枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)各5株,解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)2株,溶血性葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、解淀粉芽孢杆菌植物亚种(Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)各1株。DGGE操作简便,能够较好地反映盐渍青菜的细菌菌群变化,在盐渍青菜的细菌菌群结构分析中具有独特的优势。分离获得的产酸细菌可为盐渍工艺改进提供菌种资源。     

盐渍萝卜的细菌菌群结构DGGE分析

萝卜盐渍是一种有效的萝卜加工技术,对萝卜产业化发展具有十分重要的意义。采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对腌渍178天与539天的盐渍萝卜及其盐渍水的细菌菌群结构分析表明,两种腌渍时间的盐渍萝卜的细菌菌群结构相似,优势菌群均为乳杆菌,基因水平上呈多样性。DGGE操作简便,能够较好地反映盐渍萝卜的细菌菌群变化,在盐渍萝卜的细菌菌群结构分析中具有独特的优势。     

盐渍青菜真菌菌群结构DGGE分析及酵母菌分离鉴定

盐渍青菜又称酸菜,是制作川菜及其调味品的一种非常重要的食品原料,对其菌群结构的研究与功能微生物的分离可以为工业化生产提供理论依据。采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同盐渍青菜样品的真菌菌群结构进行了分析,结果表明,随着盐渍时间的延长,优势条带数量逐渐增多,真菌以酵母菌为主。4个主要的优势条带分别与假丝酵母属(Candida)、德巴氏酵母属(Debaryomyces)、接合酵母属(Zygosaccharomyces)的菌株相似。从盐渍青菜样品中分离得到10株酵母菌,通过分子生物学鉴定为汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、鲁氏接合酵母(Zygosaccharomyces rouxii)。PCR-DGGE技术对盐渍青菜菌群结构的解析不依赖培养,方法简便快捷,能够直观准确地分析盐渍青菜的真菌菌群结构。     

传统分离培养结合PCR-DGGE技术分析传统乳制品中的乳酸菌

采用传统培养分离方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对传统乳制品中乳酸菌种群结构进行研究。结果表明:用传统分离与分子鉴定方法得到5种乳酸菌,其中,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为优势菌群,对通过PCR-DGGE方法得到的9条16S rDNA条带序列进行了比对,结果表明瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)的丰度最高,是酸奶样品中主要的优势菌群,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为次优势菌群。传统分离法与PCR-DGGE技术结合能够更有效、更全面地分析传统乳制品中微生物的群落结构及优势菌群。     

PCR-DGGE技术检测羊羔美酒大曲中细菌多样性

目的：使用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-denatured gradientgelelectrophoresis,PCR-DGGE）技术检测羊羔美酒大曲中的细菌,探寻酒曲中细菌菌群的多样性组成,研究羊羔美酒的风味特征。方法：对羊羔美酒大曲进行样品处理、提取总DNA、PCR扩增、DGGE条带的切胶与测序分析。结果：利用PCR-DGGE技术检测到羊羔美酒大曲中包含魏斯氏菌属（Weissella）、乳杆菌属（Lactobacillus）、片球菌（Pediococcus）、芽孢乳杆菌（Sporolactobacillus）、葡萄球菌（Staphylococcus）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）和4 个不可培养的细菌种类。结论：羊羔美酒大曲中细菌菌群多样性丰富,其中乳酸菌菌群是最大的细菌群系。     

PCR-DGGE技术对中华开菲尔微生物菌群的分析

为了解中华开菲尔微生物菌群的结构特征,本论文运用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对开菲尔菌株发酵过程中微生物菌群的结构变化进行了实验分析,结果表明:细菌菌群DGGE图谱上出现有三种不同迁移位置的斑带,而酵母菌群DGGE图谱上只有一条斑带;经过DNA序列的对比分析可知:细菌菌群分别为肠膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)、马乳样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)和开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir),它们的序列同源性都达到100%;酵母菌群为德尔布有孢圆酵母(Torulaspora delbrueckii),其序列同源性为99%。本论文首次报道了德尔布有孢圆酵母在开菲尔菌落中的存在。     

运用PCR-DGGE技术分析贵州侗族酸肉中细菌多样性

应用PCR-DGGE技术研究贵州侗族发酵肉中的细菌群落结构及其品种间的多样性差异。结果表明:酸肉中的优势菌群差异不明显,3个样品中共检测到21种菌,共4个属,分别是葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)和四联球菌属(Tetraggenococcus)。另还发现两种不可培养细菌uncultured 1和uncultured 2。     

应用PCR-DGGE技术分析发酵鸭肉中细菌多样性

对不同前处理的发酵鸭肉应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术进行细菌菌群分析。以细菌通用引物扩增16S rDNA基因可变区V3区,进行DGGE上样,从而获得可以表征细菌群落结构的图谱。研究结果表明,热炒后发酵和未热炒发酵的2个样品菌群差异比较大,但它们都有乳杆菌(Lactobacillus alimentarius),在发酵过程中乳酸菌是主要优势菌,而且未热炒发酵相对于热炒后发酵的样品各菌群数量比较明显。热炒后发酵的鸭肉中存在乳酸菌属(Lactobacillus sp),赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici),葡萄球菌属(Staphylococcus stepanovicii),丛毛单胞菌属(Comamonas sp)。未热炒发酵的鸭肉中有赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),普氏厌氧球菌(Anaerococcus prevotii),戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),吲哚嗜胨菌(Peptoniphilus indolicus),乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)。在发酵鸭肉中还检测到了3种不可培养菌Uncultured Lactobacillus sp、Uncultured bacterium、Uncultured Comamonas sp,这在鸭肉发酵过程中的作用还有待进一步研究和验证。PCR-DGGE能快速地反应发酵鸭肉中细菌群落结构。     

原料对盐渍泡菜细菌类群及基因功能的影响

为探究原料对盐渍泡菜中细菌类群产生的影响,采用MiSeq高通量测序技术对两类盐渍泡菜的细菌类群进行比较分析,并采用PICRUSt对其基因功能进行预测。结果显示,发酵沙葱的香农指数、超1指数、Firmicutes（硬壁菌门）、Lactobacillus（乳酸杆菌属）、Pantoea（泛菌属）、Lentibacillus（慢生芽胞杆菌属）和 Rahnella（拉恩氏菌属）的相对含量均显著偏高（P<0.05）,而菌群能量生产和转换、氨基酸转运与代谢、核苷转运与代谢和转录等功能基因的表达均显著偏低（P<0.05）。分别有68个和2个分类操作单元仅存在于所有发酵沙葱或青椒样品中,累计平均含量分别为8.40%和0.037%。经多元方差分析发现,两类盐渍泡菜细菌类群和基因功能的整体差异均显著（P<0.05）。由此可见,原料对盐渍泡菜的细菌类群与菌群基因功能的表达具有显著的影响。     

多菌协同发酵萝卜过程中不同盐浓度对菌相的影响

采用传统培养计数方法结合变性梯度凝胶电脉(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术,以自然发酵12%盐度的工业化盐渍萝卜为对照,对多菌协同发酵不同盐度(8%、10%、12%)工业化盐渍萝卜过程中(188 d)菌相变化进行了分析。结果表明:4种发酵方式盐渍水中菌落总数均维持在10~5~10~8CFU/m L左右,并呈现先上升后下降最后缓慢上升至平稳的变化趋势。乳酸菌受盐度影响较大,其数量随着盐度升高而降低,其中自然发酵盐渍萝卜比多菌协同发酵萝卜乳酸菌数低;酵母菌因其耐盐性较强受盐度影响较小,但受温度影响较大,随着温度的升高,其数量不断增加,且4种发酵方式之间酵母菌数无明显差异。4种方式盐渍萝卜中的细菌种类及真菌种类相似,优势细菌包括Weissella cibaria、Lactobacillus curvatus、Leuconostoc mesenteroides、Lactobacillus plantarum、Halomonas taeanensis等,其中乳酸菌占绝大多数;优势真菌包括Kodamaea ohmeri、Debaryomyces sp.、Candida sp.等,酵母菌为主要菌群。发酵至88 d后,自然发酵中的优势细菌种类略高于多菌协同发酵;盐度的增加明显抑制了部分细菌的生长,使细菌种类及数量明显降低。自然发酵与多菌协同发酵的真菌种类在发酵过程中无明显差异,但酵母菌数量前者多于后者;不同盐浓度的酵母菌并无明显差异,发酵28 d,二次加盐使得酵母菌的种类及数量产生了差异,盐度的增加抑制了部分酵母菌的生长。     

PCR-DGGE分析西藏雪莲菌细菌多样性

细菌是雪莲菌中的重要功能菌群,对于雪莲菌的形成及其功能作用的发挥有着重要作用,因而探明其细菌的种群特征具有重大意义。本文采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和16S r DNA测序技术对3个西藏雪莲菌颗粒(A、B和C)中细菌多样性进行了研究。DGGE电泳结果显示,样品的丰度值介于12~16之间,细菌多样性指数在1.79~2.11之间,相似性指数在0.62~0.77之间。通过对DGGE指纹图谱优势条带切胶测序结果显示:它们分别属于马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir)、气单胞菌属(Aeromonas)和醋酸菌属(Acetobacter)。旨在为雪莲菌微生物资源开发以及加快雪莲菌工业化生产奠定基础。     

酸菜水中细菌多样性研究

以恩施地区酸菜水为研究对象,使用Miseq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)相结合的手段对样品中的微生物多样性和群落结构进行解析,同时利用纯培养的方法进行乳酸菌的分离鉴定。结果表明:酸菜水中的细菌种类较为丰富,其中隶属于硬壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌属(Lactobacillus)为优势属,其相对含量达76.25%。通过PCR-DGGE技术与纯培养方法发现,酸菜水中的优势乳酸菌为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。     

新疆喀什地区传统发酵酸乳中乳酸菌多样性的初步分析

为了对采自喀什地区的22个传统发酵酸乳样品的多样性进行研究,采用免培技术聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,PCR-DGGE)结合传统培养分离方法对22个酸乳样品进行研究。结果表明:用传统方法分离得到7种乳酸菌,其中德氏乳杆菌(L.delbrueckii subsp)为优势菌群。对采用PCR-DGGE方法得到的4条条带进行序列比对,结果表明瑞士乳杆菌(Lactobacillus.helveticus)的丰度最高,是酸乳样品中的优势菌群,次优势菌分别为德氏乳杆菌(Lactobacillus.delbrueckii subsp)、德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus)和嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)。传统分离法与PCR-DGGE技术结合能够更有效、更全面地分析传统乳制品中微生物的多样性及优势菌。     

山西地方自然发酵蔬菜发酵过程中细菌多样性分析

为探究山西地方自然发酵蔬菜发酵过程中细菌菌群结构,采用Illumina HiSeq对不同发酵时期的发酵蔬菜样品中细菌进行测序,且对地方自然发酵蔬菜制作过程中细菌总数及乳酸菌数、基本理化指标进行检测与分析。结果表明,地方自然发酵蔬菜的发酵前期细菌多样性丰富,随着发酵时间的延长细菌种群结构趋于稳定,发酵中后期样品主要菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;pH值随发酵时间延长呈下降趋势,总酸反之,成品发酵蔬菜中细菌总数和乳酸菌数分别为1.2×107 CFU/g和2.5×106 CFU/g,亚硝酸盐含量为0.15 mg/kg,pH值为3.22,总酸含量为1.98 g/kg,乳酸菌数与亚硝酸盐呈彼消此长趋势。本研究揭示了山西地方发酵蔬菜中细菌群落结构及差异,为地方自然发酵蔬菜的商业化生产提供理论依据。     

应用PCR-DGGE技术分析酱香型白酒酒曲细菌多样性

利用PCR-DGGE技术研究酱香型白酒制曲过程中的细菌菌群结构及其消长规律,鉴定出不同样品的优势茵群。结果表明,酱香型大曲间的细茵组成存在明显差异,母曲与出仓曲的相似性系数仅为O．29。随着曲药的发酵,细菌多样性下降,优势茵群变化明显。其中,芽孢杆菌属（Bacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、片球菌属（Pedio-cocuss）、魏斯氏菌属（Weissella）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、高温放线茵属（Thermoactinomyces）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）是母曲和翻仓曲的优势菌群,而出仓曲的主要类群为芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）。另外,还发现了在白酒曲药中不曾报道的种群和不能培养的细茵：Uncultured Propionibacteriaceae bacterium、Uncultured Weissellasp、Uncultured cyanobacterium,该技术克服了传统分离培养的缺点。     

基于PCR-DGGE研究琚湾酸浆水中细菌多样性及乳酸菌的分离鉴定

基于聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术结合乳酸菌纯化分离技术研究了枣阳酸浆水中乳酸菌的多样性。PCR-DGGE结果显示,不同来源酸浆水中既存在着一定的共有细菌又各自存在着一些特定的细菌。对细菌DGGE胶中的典型条带测序发现均为乳酸菌,说明在酸浆水中的优势菌株为乳酸菌,其中Lactobacillus fermentum为最优势菌属。对枣阳酸浆水中的乳酸菌进行分离鉴定,共得到15株乳酸菌,其中Lactobacillus fermentum 10株,为酸浆水中的优势菌属,这与PCR-DGGE的结果是一致的。     

DGGE法在盛夏习酒酒醅的微生物菌群结构解析中的应用

利用PCR—DGGE技术分析了酒醅入窖前后的菌群变化。结果表明,发酵前微生物群落结构呈明显多样分布,发酵结束后优势菌明显改变,经同源性比较,Laetobacillus plantarum成为绝对优势菌,Weissella属细菌在酒醅中稳定存在。根据细菌菌群的变化及分布推测,在盛夏习酒（浓香型）酒醅发酵过程中,Lactobacillus和Weisselln细菌为重要菌群。     

中温大曲在发酵和贮存过程中微生物群落结构分析

通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术解析中温大曲在不同发酵期和贮存期的微生物群落结构,获得表征中温大曲细菌和真菌群落结构的DGGE指纹图谱。结果表明,中温大曲细菌有19种,其中芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）均属于优势菌群;真菌共13种,其中根霉属（Rhizopus）和酵母属（Saccharomyces）均属于优势菌。大曲微生物总体的变化趋势是发酵开始时微生物数量较少,发酵中期（4～8 d）微生物数量达到顶峰,大量细菌和真菌旺盛繁殖,发酵后期（12 d）微生物群落逐渐减少并趋于稳定;贮存期内,微生物的种类的趋于平稳,数量变化较大。     

新疆新源县酸马奶细菌菌群分析

通过对新疆那拉提高海拔草原自然发酵变酸后的传统酸马奶采用Illumina MiSeq平台高通量测序和生物信息学分析,检测酸马奶中可培养和不可培养的细菌菌群组成;同时利用MRS培养基分离纯化获得可培养乳酸菌,对菌株进行形态学、生理生化特征及分子生物学鉴定。结果表明,高通量测序后根据操作分类单元（OTU）划分水平,显示出酸马奶的细菌菌群结构丰富,但菌群多样性较低,其中厚壁菌门（Firmicutes）为酸马奶中的优势菌门,占所有菌群的85.78%;乳杆菌属（Lactobacillus）为酸马奶中的优势菌属,占所有菌群的84%。通过传统乳酸菌培养分离出菌株MN-Is,经鉴定为乳杆菌属（Lactobacillus）。     

PCR-DGGE法分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的多样性

目的：运用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction- denatured gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE）技术分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的生物多样性。方法：从西藏8个牧区采集19份样品,提取样品总DNA,用巢式和降落PCR扩增16S rRNA的V3区段,对扩增产物做变性梯度凝胶电泳,用NTsys 2.10e软件分析条带的相似性,切胶回收条带并测序,鉴定菌种并构建系统进化树、分析优势菌种。结果：19份样品中的乳酸菌菌群组成包括Lactobacillus paracasei、Lactobacillus helveticus、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus crispatus、Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus buchneri、Lactococcus raffinolactis、Leuconostocmesenteroide、Lactobacillus plantarum、Pediococcus pentosaceus、Lactococcus lactis、Streptococcus thermophilus。综合样品和牧区的乳酸菌分布情况,确定Lactobacillus delbrueckii为优势菌种。结论：PCR-DGGE技术能够有效分析西藏地区发酵乳制品中乳酸菌的多样性。