枯草芽孢杆菌BJ3-2精氨酸脱羧酶基因speA的克隆与序列分析

根据GenBank中枯草芽孢杆菌168菌株的精氨酸脱羧酶基因speA序列设计特异性引物,提取Bacillus subtilis BJ3-2基因组DNA进行PCR扩增,并克隆至pGEM-T载体后测序。序列分析结果表明,Bacillus subtilis BJ3-2 speA基因ORF长为1 473 bp,可编码490个氨基酸,分子质量为53.53ku,基因登录号为KJ561348,与已报道枯草芽孢杆菌的speA基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性均达93%以上,精氨酸脱羧酶氨基酸序列系统进化树分析,发现Bacillus subtilis BJ3-2的ADC与Bacillus subtilis 168亲缘关系最近,属于典型的III型PLP依赖型鸟氨酸/赖氨酸/精氨酸脱羧酶家族成员。speA基因序列分析及其蛋白保守结构域的分析,为有效控制水豆豉产品中生物胺含量的研究提供了理论依据。     

枯草芽孢杆菌BJ3-2赖氨酸脱羧酶基因yaaO的克隆与序列分析

根据GenBank中的枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis） 168菌株假定的赖氨酸脱羧酶基因（LDC）序列设计同源引物,提取枯草芽孢杆菌BJ3-2基因组DNA进行PCR扩增,并克隆至pGEM-T载体后测序.序列分析结果表明：Bacillus subtilis BJ3-2 yaaO基因开放阅读框（ORE）长为1 443bp,获得基因登录号为KJ561349,BLAST比对与已报道枯草芽孢杆菌的yaaO基因核苷酸序列及氨基酸序列同源性均高达90％以上,对赖氨酸脱羧酶氨基酸序列构建系统进化树分析,发现Bacillus subtilis BJ3-2的LDC与B.subtilis JS亲缘关系最近,SWISS-MODEL预测该蛋白的3D结构与鸟氨酸/赖氨酸/精氨酸脱羧酶蛋白相似性为39.22％,属于典型的Ⅲ型磷酸吡哆醛（PLP）依赖型鸟氨酸/赖氨酸/精氨酸脱羧酶家族成员.yaaO基因序列分析及氨基酸保守结构域的分析,为有效控制水豆豉产品中尸胺含量过高的研究提供了理论基础.     

枯草杆菌蛋白酶QK的活性与氨基酸突变位点的相关性

目的:鉴定不同来源的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)产生的枯草杆菌蛋白酶QK(subtilisin QK)的活性与编码其序列的氨基酸位点突变的相关性。方法:以筛选得到的15株菌株的总DNA为模板,细菌16S rRNA为通用引物,进行PCR扩增,将产物测序后输入NCBI比对,确定其均为枯草芽孢杆菌属。再扩增这15株菌株的QK基因,测序后与GenBank上已提交的QK基因所对应的蛋白序列进行比对,找出氨基酸差异位点。使用纤维蛋白平板法测定菌株所产枯草杆菌蛋白酶的活性,用BCA蛋白测定试剂盒测定发酵液的总蛋白含量,并计算得到单位酶活。结果:根据突变位点的不同把15株菌株分为A、B、C、D四组。A组的突变位点为S184T,单位酶活显著最高(p<0.05);B组的突变位点为Q90K,N193S,S236T,N365S,C组的突变位点为N193S,S236T,A289V,B、C两组之间单位酶活并无显著性差异(p>0.05),但B、C 两组单位酶活显著小于A组(p<0.05);D组的突变位点为Q90K,N193S,S236T,A289V,单位酶活显著低于其他三组(p<0.05)。结论:枯草杆菌蛋白酶QK的单位酶活与氨基酸突变位点之间有相关性:S184T和N365S位点变化对单位酶活性有促进作用,A289V位点变化对单位酶活性有抑制作用。据此推测,这些位点位于枯草杆菌蛋白酶QK的活性中心。     

醋醅中分离菌株W321种属鉴定的研究

试验以从醋醅中分离纯化到的菌株W321为研究对象,为进一步开发利用这一菌株,根据菌株W321的形态特征、生理生化特征和16S rDNA序列,对其进行种属鉴定的研究.经形态与生理生化鉴定菌株W321属于芽孢杆菌属,16S rDNA序列与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的同源性达到了99％,表明与枯草芽孢杆菌极为相似,因而将菌株W.鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).     

新鲜哈密瓜汁中可培养细菌的分离鉴定及系统发育分析

采用稀释平板法从新鲜哈密瓜汁中分离出48株可培养细菌,通过传统的形态特征鉴定,将其归为10个类群。利用细菌通用引物PCR扩增10个类群代表菌株的16S rRNA基因,并进行序列测定。将获得的序列通过Blast在GenBank数据库中搜索相关菌株的同源性序列,采用Clustal1.81软件比对,用Mega4.1软件构建系统发育树。系统发育分析结合表型特征研究表明,新鲜哈密瓜汁中可培养细菌以芽孢杆菌属为优势微生物类群,主要为枯草芽孢杆菌Bacillus sub-tilis,其次为地衣芽孢杆菌Bacillus licheniformis、苏云金芽孢杆菌Bacillus mojavensis。此外还有铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa、洋葱伯克霍尔德氏菌Burkholderia cepaciastrain、鲍曼不动杆菌Acinetobacter baumannii,以及肠球菌属Enterococcussp、克雷伯氏菌属Klebsiellasp的菌株。     

枯草芽孢杆菌BJ3-2 S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因speD的克隆与序列分析

S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶（SAMDC）是多胺合成过程中的限速酶。根据GenBank中枯草芽孢杆菌168菌株的S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因（speD）序列设计同源引物,PCR扩增Bacillus subtilis BJ3-2gDNA,并克隆至pGEM-T载体后测序。序列分析结果表明：B. subtilis BJ3-2 speD基因ORF为381 bp,可编码126个氨基酸,分子质量为13.87 ku,基因登录号为KJ561347,Blast比对,SAMDC基因和蛋白序列的同源性都达到90%以上。B. subtilis BJ3-2的SAMDC具有丙酮酸依赖型脱羧酶的酶原剪切结构域[GVSGVVIISESHLTIH]和保守结构域[TCG],属于典型的I类B型SAMDC家族。SAMDC在多胺生物合成过程中扮演重要的角色,是多胺合成途径中的关键酶。研究为控制发酵豆豉中生物胺含量奠定了基础。     

高活性谷氨酰胺酶基因glsA_2在枯草芽孢杆菌BJ3-2染色体上的定点整合

以枯草芽孢杆菌BJ3-2的glsA1基因为同源序列,通过构建单交换整合载体,将高活性谷氨酰胺酶基因glsA2定点整合入BJ3-2菌株染色体中,获得能够稳定遗传的重组菌株BJ3-2A2。经检测重组菌株谷氨酰胺酶活力为BJ3-2菌株的3.36倍。利用重组菌株BJ3-2A2发酵豆豉,全氨基酸检测显示,重组菌株发酵的豆豉谷氨酸含量比出发菌株高12.8%。说明枯草芽孢杆菌BJ3-2可以转化且为RecE+菌株,glsA2基因在BJ3-2菌株染色体上可实现较高活性表达,并提高发酵豆豉的鲜味。     

高活性谷氨酰胺酶基因glsA2 在枯草芽孢杆菌BJ3-2染色体上的定点整合

以枯草芽孢杆菌BJ3-2 的glsA1 基因为同源序列,通过构建单交换整合载体,将高活性谷氨酰胺酶基因glsA2 定点整合入BJ3-2 菌株染色体中,获得能够稳定遗传的重组菌株BJ3-2A2。经检测重组菌株谷氨酰胺酶活力为BJ3-2 菌株的3.36 倍。利用重组菌株BJ3-2A2 发酵豆豉,全氨基酸检测显示,重组菌株发酵的豆豉谷氨酸含量比出发菌株高12.8%。说明枯草芽孢杆菌BJ3-2 可以转化且为RecE+ 菌株,glsA2 基因在BJ3-2 菌株染色体上可实现较高活性表达,并提高发酵豆豉的鲜味。     

一株蛋白酶产生菌的分离鉴定

从郑州奶牛场土壤样品中分离到一株芽孢杆菌,命名为A—19菌株。该菌株有较高的蛋白酶活性,37℃、pH7．0培养48h后,其蛋白酶活力可达63．5U/mL。菌体生长专性需氧,有运动性,粗糙型菌落,氧化酶试验阳性,DNA（G＋C）的摩尔分数为47％。该菌株的16SrDNA序列与芽孢杆菌属有很高的同源性,Bacillus vallismortis（99．61％）,B．subtilis（98．81％）,B．amyloliquefaciens（98．95％）,B．licheniformis（97．93％）。通过其生理生化特征和16S rDNA序列相似性的系统发育分析,确定A—19菌株属于芽孢杆菌属。该菌的16S rDNA序列已被GenBank收录,序列登陆号为EU561347。     

枯草芽孢杆菌普鲁兰酶基因的分泌表达及其在粉丝制作中的应用

作者旨在研究枯草芽孢杆菌普鲁兰酶的分泌表达及表达产物的应用性能.枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)168菌株的普鲁兰酶编码基因BsP分别在大肠杆菌(Escherichia coli和枯草芽孢杆菌中进行表达,重组酶在两种宿主中均能利用自身结构分泌到细胞外.重组酶分泌到枯草芽孢杆菌细胞外的产物的酶学性质与积...     

‘Marker Swap’ Plasmids: Convenient Tools for Budding Yeast Molecular Genetics

One-step gene disruption constructs for disruption of HIS3, LEU2, TRP1 or URA3 with each of the other three markers have been constructed. All of these constructs have been tested and found to effectively convert markers either in gene disruptions or on plasmids. The ‘swapped’ strains allow the unambiguous genetic analysis of synthetic phenotypes with multiple genes, even if the original gene disruptions were made with the same marker. They also allow introduction of multiple plasmids in a single transformant, even if the original plasmids had the same marker, and allow transformation of plasmids into strains containing gene disruptions made with the same marker that is on the plasmids. These ‘marker-swap’ plasmids therefore eliminate the need for much subcloning to change markers. Marker-swapped alleles are acceptably stable mitotically and meiotically for most applications.© 1997 John Wiley & Sons, Ltd.     

基于16S rRNA基因与相关基因序列分析格氏乳球菌亲缘关系

通过PCR扩增7株分离自传统发酵乳制品中的格氏乳球菌的dnaA、rpoB、recA基因,将扩增产物测序,测得的序列构建系统发育树,进行分类鉴定.同时,比较了这三个基因位点与16S rRNA基因揭示的格氏乳球菌种内菌株间以及其与乳酸乳球菌种间的亲缘关系的远近.结果表明,dnaA、rpoB、recA基因能够有效的鉴定出格氏乳球菌,且比16S rRNA基因更清晰地揭示了格氏乳球菌菌株间以及其与乳酸乳球菌种间的亲缘关系,特别是将3个管家基因联合起来,亲缘关系更明确,验证了多个管家基因是研究细菌亲缘关系的有力工具.     

广州市售豆制品转基因成分的检测与分析

为了解广州市市售豆制品的转基因情况,对广州市售散装豆制品和预包装豆制品分别进行抽样检验.采用改良十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法提取大豆DNA,利用核酸定性PCR、实时荧光PCR及环介导等温扩增技术（LAMP）对外源基因CaMV5S,NOS和EPSPS进行检测.调查共抽检豆制品207份,研究结果表明,在检测的159份散装豆制品中,87份检出转基因成分;在48份预包装豆制品中,18份检出转基因成分.散装豆制品无任何食品标签,而预包装豆制品均无转基因食品标识.     

应用基因芯片技术检测食品中金黄色葡萄球菌

采用基因芯片技术对食品中金黄色葡萄球菌进行检测,在检测靶基因扩增后用制备的基因芯片进行杂交反应。应用基因芯片对从食品中分离的金黄色葡萄球菌进行检测,得到金黄色葡萄球菌特异性的杂交图谱,从而达到对食品中金黄色葡萄球菌进行检测的目的。实验证明,制备的基因芯片能够准确、快速检测食品中金黄色葡萄球菌。     

枯草杆菌中性蛋白酶基因的表达

本文研究了中性蛋白酶基因在不同宿主菌及各种培养条件下的蛋白酶表达水平。用含有中性蛋白酶基因的重组质粒ＰＭＰＲ４，ＰＭＰＲ８和ＰＭＰＲ１６转化ＢａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓＢＧ２０３６，ＢａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓＡＳ１．３９８和ＢａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓＭＬ，对转化菌产生的蛋白酶活性分析表明：三个重组质粒的导入，均使主菌的酶活性有大幅度的提高。其规律是：宿主菌的蛋白酶活性越低，提高的幅     

枯草芽孢杆菌B.subtilisML中性蛋白酶基因的克隆及鉴定

以蛋白酶高产菌株Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ ＭＬ为供体菌，提取其染色体ＤＮＡ，经限制性内切酶ＢａｍＨＩ完全酶切后，插入枯草杆菌载体ｐＮＱ１２２的相同酶切位点，连接后转化中性碱性蛋白酶基因双缺陷型菌株Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓＤＢ１０４。从含有氯霉素的酪蛋白平板上获得了２０个具有蛋白酶活性的克隆。     

杆菌属蛋白酶基因的结构及其应用

本文介绍了杆菌属中蛋白酶基因的结构及其在工业、科学研究中的广泛应用。杆菌属中的蛋白酶基因具有典型的“ｐｒｅ┐ｐｒｏ┐成熟酶前体”编码特征。其中ｐｒｅ┐序列编码信号肽，ｐｒｏ┐序列编码一段为蛋白酶形成具有生物活性的合适构象所需的肽链。ｐｒｅ┐与ｐｒｏ┐序列都在蛋白酶前体从细胞中分泌出来后被切去。具有相同性质的蛋白酶即使来源于不同菌种，在基因结构上仍具有很高的同源性；而性质不同的蛋白酶，即使来自同一菌种，它们在氨基酸组成，在ｐｒｅ┐、ｐｒｏ┐序列上都存在着很大差异。克隆的蛋白酶基因可用以构建具有蛋白酶高表达活性的基因工程菌，也可被用来研究蛋白酶的结构与性能的相互关系，还可被用于构建具有特殊功能的克隆载体。     

Evolutionary journey and characterisation of a novel pan-gene associated with beer strains of Saccharomyces cerevisiae

The sequencing of over a thousand Saccharomyces cerevisiae genomes revealed a complex pangenome. Over one third of the discovered genes are not present in the S. cerevisiae core genome but instead are often restricted to a subset of yeast isolates and thus may be important for adaptation to specific environmental niches. We refer to these genes as “pan-genes,” being part of the pangenome but not the core genome. Here, we describe the evolutionary journey and characterisation of a novel pan-gene, originally named hypothetical (HYPO) open-reading frame. Phylogenetic analysis reveals that HYPO has been predominantly retained in S. cerevisiae strains associated with brewing but has been repeatedly lost in most other fungal species during evolution. There is also evidence that HYPO was horizontally transferred at least once, from S. cerevisiae to Saccharomyces paradoxus. The phylogenetic analysis of HYPO exemplifies the complexity and intricacy of evolutionary trajectories of genes within the S. cerevisiae pangenome. To examine possible functions for Hypo, we overexpressed a HYPO-GFP fusion protein in both S. cerevisiae and Saccharomyces pastorianus. The protein localised to the plasma membrane where it accumulated initially in distinct foci. Time-lapse fluorescent imaging revealed that when cells are grown in wort, Hypo-gfp fluorescence spreads throughout the membrane during cell growth. The overexpression of Hypo-gfp in S. cerevisiae or S. pastorianus strains did not significantly alter cell growth in medium-containing glucose, maltose, maltotriose, or wort at different concentrations.     

金黄色葡萄球菌生物被膜基因型的分子鉴定

本文选用常见的典型食源性微生物金黄色葡萄球菌,从食品微生物安全角度出发,采用生物被膜菌落结晶紫染色法定量检测58株金黄色葡萄球菌菌株生物被膜的形成能力。并对金黄色葡萄球菌生物被膜相关基因型进行分型研究,包括ica调控子分型(ica A、ica D、ica BC)与粘附特性分型(agr、atl E和aap)研究。结果显示,所有检测菌株均能生成生物被膜,其中3株能生成强粘附性生物被膜,占5.2%;生成中等生物被膜能力菌株有23株,占39.7%;32株金黄色葡萄球菌生成弱粘附生物被膜,占55.2%。实验所用的58株菌株中有48株能扩增出ica A基因,56株扩增出ica D基因,57株扩增出ica BC基因,56株扩增出agr,分别有53株和57株染色体中存在aap和atl E基因。本实验的结论:ica操纵子为金黄色葡萄球菌生物被膜形成所必须,aap基因可能作为促进金黄色葡萄球菌生物被膜形成的一个独立因素。而atl E,agr基因是金黄色葡萄球菌生物被膜粘附过程中形成所必须的调节因子。