草莓中诺如病毒和甲肝病毒的多重实时荧光逆转录PCR检测方法的建立

目的建立草莓中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒等3种食源性病毒的多重实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品检测。方法对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA提取和纯化后,先采用单重实时荧光RT-PCR进行检测,随后进行多重实时荧光RT-PCR反应条件优化,建立多重实时荧光RT-PCR检测方法并分析其特异性和灵敏度。结果所采用的病毒富集和核酸提取方法可以实现病毒的有效富集和抑制剂的去除,建立的多重实时荧光RT-PCR方法特异性强(100%),对草莓样品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的检测灵敏度分别为56.2 RT-PCR50/20 g、31.6 RT-PCR50/20 g和31.4 CCID50/20 g。同时对50份样品进行检测,结果均为阴性。结论所建立的检测方法快速、灵敏、特异性强,适用于草莓产品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的同时检测。     

广西养殖牡蛎中诺如病毒的污染状况及风险评估

目的研究广西养殖场、农贸市场及餐饮场所牡蛎中诺如病毒的污染状况,对广西养殖牡蛎中诺如病毒可能引发的发病风险进行评估。方法采用荧光逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)法对广西养殖场、农贸市场、餐饮场所牡蛎样品中诺如病毒污染状况进行检测,采用Risk Ranger软件对牡蛎中诺如病毒进行半定量风险评估。结果 480份牡蛎样品中诺如病毒总检出率为11.04%(53/480),其中养殖场及农贸市场检出率分别为15.83%(38/240)、12.50%(15/120),餐饮场所牡蛎样品未检出诺如病毒;基因分型结果显示检出的诺如病毒均为GⅡ型。风险评估结果显示,加工后食用和生食的风险评分为44和67分,分别为中度和高度风险,预计食用者每人每天患病的可能性分别为3.29×10~(-6)和3.29×10~(-2),预计广西每年患病人数分别为3.10×10~3和3.10×10~7人。结论广西养殖场及农贸市场牡蛎中诺如病毒污染情况较为严重,污染的诺如病毒基因型均为GⅡ型,不生食牡蛎及食用前有效的加工处理是减少诺如病毒食源性疾病发生的有效方法。     

北京市市售扇贝中诺如病毒监测分析

目的监测北京市市售扇贝中诺如病毒和A组轮状病毒污染状况,分析其基因特征。方法 2014年11月至2015年10月,采集北京市3个水产品出售市场新鲜扇贝72份。取扇贝消化组织,用聚乙二醇(PEG)8000沉淀法进行病毒富集后提取核酸,用实时荧光逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测诺如病毒和A组轮状病毒核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ组衣壳蛋白区基因,对PCR产物进行测序,用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06软件构建进化树。结果 72份扇贝样品均未检出A组轮状病毒;诺如病毒检出率为27.8%(20/72),其中GⅡ组16份,GⅠ组2份,GⅠ和GⅡ组混合2份。冬季检出率最高,为61.1%(11/18);夏季未检出。8份诺如病毒核酸阳性样品测序结果为GⅡ.17型,属于GⅡ.17型ClusterⅢb分枝。有6株GⅡ.17型毒株与2015年中国人源诺如病毒、2016和2017年日本人源诺如病毒、2017和2018年韩国水中诺如病毒以及2015年日本牡蛎中诺如病毒序列相似性为100.0%。结论北京市市售扇贝中存在诺如病毒污染,食用扇贝有引起病毒性急性胃肠炎的风险。     

福建省养殖环节牡蛎中诺如病毒污染状况分析

目的 了解福建省养殖环节牡蛎中诺如病毒(Norovirus)污染状况及基因分型,进一步定量分析诺如病毒污染水平,为食品中诺如病毒污染监测及安全风险评估提供数据支持.方法 2017年8月—2018年9月,于福建省某养殖基地采集牡蛎样品共244份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法对样品中诺如病毒进行检测,确定其污...     

痕量及微量转基因大米成分半巢式PCR检测方法的建立

采用半巢式PCR技术建立了食品中痕量及微量转基因大米成分的检测方法。根据大米内源SPS基因以及转基因大米Bt63含有的外源Cry1A(b)/Cry1A(c)融合基因和Btc基因,分别设计了6对普通与半巢式PCR引物。扩增结果显示,针对理论DNA浓度的检测灵敏度,普通PCR扩增灵敏度为1ng/μl左右,半巢式PCR扩增灵敏度达到10-3～10-4ng/μl,半巢式PCR比普通PCR方法提高了103～104倍;在质量百分比的检测灵敏度方面,普通PCR方法扩增灵敏度在0.1%～1%之间,半巢式PCR方法的检测灵敏度能够达到0.001%～0.01%,半巢式PCR比普通PCR方法要提高10倍以上。在实际样品的检测中,速冻汤圆、婴儿米粉及芝士小圆饼等食品经普通PCR扩增,其内源SPS基因条带模糊或未扩增到,进一步采用半巢式PCR扩增后,能够得到清晰明亮的特异性条带。所有样品均未扩增到外源Cry1A(b)/Cry1A(c)和Btc基因。     

北京市市售牡蛎中诺如病毒污染对居民健康影响的初步定量风险评估

目的通过建立针对北京市居民从零售到餐桌的牡蛎-诺如病毒暴露模型,对北京市居民通过市售牡蛎暴露诺如病毒的风险开展初步定量评估。方法利用北京市市售牡蛎中诺如病毒的356条定量检测数据,模拟北京市居民牡蛎消费情景,建立暴露评估模型,结合文献发表的基于暴发数据推导的剂量-反应关系模型,对居民通过生食牡蛎后发生诺如病毒感染的健康风险及其影响因素进行评估。结果 GI型和GII型诺如病毒阳性样品的污染水平分别为2.62×104个病毒拷贝/g(95%CI:3.73×103~1.54×105)和5.02×104个病毒拷贝/g(95%CI:8.13×103~2.52×105)。对血清分泌受体阳性的人群,生食1个可能受GI型和GII型诺如病毒污染的牡蛎的发病风险分别为0.93(95%CI:0.73~0.98)和0.95(95%CI:0.80~0.99);对血清分泌受体阴性的人群,生食1个可能污染GI型和GII型诺如病毒牡蛎的发病风险分别为0.37(95%CI:0.04~0.64)和0.57(95%CI:0.07~0.99)。风险的估计值与诺如病毒阴性样品的赋值相关,相关系数为0.49。不确定性分析显示,现有检测方法的检出限高于半数感染及致病剂量,是评估结果不确定性的主要来源。结论北京市居民通过生食牡蛎发生食源性诺如病毒感染的风险很高;提高病毒拷贝定量检测技术的灵敏度,降低检测方法的检出限水平是降低评估结果不确定性的主要途径。     

RT-PCR检测食品中诺如病毒检测研究进展

诺如病毒是一种通过食品传染进入人体导致人体急性肠胃炎的杯状病毒。诺如病毒的发病范围越来越广,造成的危害也越来越大。但由于诺如病毒富集及其核酸提取的困难,而且目前缺乏标准有效的诺如病毒检测方法,很难准确地检测到诺如病毒在食品中的存在。目前,荧光定量PCR由于其高灵敏度和特异性被广泛应用于食品中诺如病毒的检测,能有效预防食品中诺如病毒对人体的危害。因此,对诺如病毒的富集、核酸提取方法、诺如病毒的RT-PCR检测方法进行了综述,为控制食品中诺如病毒对人体的危害奠定基础。     

Propidium monoazide for viable Salmonella enterica detection by PCR and LAMP assays in comparison to RNA-based RT-PCR,RT-LAMP,and culture-based assays

Rapid and sensitive detection of live/infectious foodborne pathogens is urgently needed in order to prevent outbreaks and food recalls. This study aimed to (1) evaluate the incorporation of propidium monoazide (PMA) into PCR or LAMP assays to selectively detect viable Salmonella Enteritidis following sublethal heat or UV treatment, and autoclave sterilization; and (2) compare the detection of PMA-PCR and PMA-LAMP to DNA-based PCR and LAMP (without PMA), RNA-based RT-PCR and RT-LAMP, and culture-based methods. Nucleic acids (DNA or RNA) from 1-mL S. Enteritidis samples were used for PCR, RT-PCR, LAMP, and RT-LAMP assays. Serially diluted samples were plated on Xylose Lysine Tergitol-4 agar for cultural enumeration. Comparable detection of overnight cultured S. Enteritidis was obtained by PMA-PCR, PCR, and RT-PCR, though 1 to 2 log less sensitive than cultural assays. PMA-LAMP and RT-LAMP showed similar detection of overnight cultures, being 1 to 2 log less sensitive than the LAMP assay, and ∼4 log less than culture-based detection. Autoclaved S. Enteritidis did not test positive by RNA-based methods or PMA-PCR, but PMA-LAMP showed detection of 1 log CFU/mL. PMA-PCR and RT-PCR showed comparable detection of sublethal heat-treated cells to cultural assays, while PMA-LAMP showed 1 to 2 log less detection. Our results suggest that PMA-PCR and PMA-LAMP assays are not suitable for selective viable cell detection after UV treatment. While PMA-LAMP assay needs optimization, PMA-PCR shows promise for live/viable S. Enteritidis detection. PMA-PCR shows potential for routine testing in the food industry with results within 1-day, albeit depending on the inactivation method employed.     

2020~2021年广州市售牡蛎中GII型诺如病毒污染情况调查

滤食性牡蛎是食源性诺如病毒传播的重要食品媒介。为了解广州市售牡蛎中的诺如病毒污染水平与遗传多样性特点,合理评估消费风险,本研究于2020年6月至2021年5月期间,每月从当地水产市场随机采集牡蛎样本,采用实验室前期建立的蛋白酶K处理偶联聚乙二醇沉淀小体系法,包括荧光定量RT-PCR和巢式RT-PCR技术检测贝类中病毒的污染量以及基因型分布特点。结果共检测牡蛎110只,GII型诺如病毒阳性检出率为52.7%（58/110）,病毒污染含量范围为1.56×103~1.09×106 copies/g（消化腺）。其中,春夏季节（3~8月）牡蛎中诺如病毒的阳性率为35.7%（20/56）,低于在秋冬季节（9~2月）的阳性率70.4%（38/54）;但不同季节中检出的病毒含量无显著差异,分别为春季（2.69±1.46）×105 copies/g（消化腺）,夏季（1.97±2.16）×105 copies/g（消化腺）,秋季（6.91±6.16）×104 copies/g（消化腺）,冬季为（4.83±2.99）×104 copies/g（消化腺）。部分阳性样本测序分析后显示,除1份为GII.17基因型外,其余均为GII.4基因型（n=13）,与当地的临床流行基因型呈现一致性。本研究显示广州市售牡蛎中仍存在较高的诺如病毒污染水平,需要进一步加强病毒防控工作,尤其提醒消费者在食用牡蛎时需加工充分。     

Visual and Rapid Detection of Two Genetically Modified Soybean Events Using Loop-mediated Isothermal Amplification Method

To develop effective alternatives for detecting genetically modified organisms (GMOs), we reported one optimized visual loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for the detection of exogenous DNA targets from two GM soybean events in this study. This isothermal amplification can be performed within 40 min without polymerase chain reaction (PCR) equipment and the derived LAMP products can be directly observed by naked eye employing SybrGreen I dye instead of conventional gel electrophoresis analysis. The limits of detection of these established visual LAMP assays were about 4 copies of haploid soybean genomic DNA, and which were much higher than those of reported conventional PCR assays. Furthermore, the high specificity of LAMP assays was determined. All the results demonstrated that the developed visual LAMP assays are convenient, cost-efficient, and rapid for on spot detection of GMOs.     

基于DNA染料EMA的RT-PCR技术定量检测海产品中病原性副溶血弧菌活细胞

将一种DNA染料叠氮溴化乙锭(ethidium bromide monoazide,EMA)与实时定量聚合酶链式反应(RT-PCR)技术相结合,建立一种能选择性定量检测牡蛎中trh阳性副溶血弧菌活细胞的新方法。结果表明：使EMA成功插入死细胞DNA并且光解溶液中游离EMA的最佳曝光时间为20min;不抑制副溶血弧菌活细胞DNA扩增的最大EMA质量浓度为2.0μg/mL;完全抑制热致死细胞DNA扩增的最小EMA质量浓度为1.0μg/mL;人工污染牡蛎样品,不经过富集,在2.0×103～2.0×107CFU范围内细胞数的常用对数值与Ct值之间呈严格的负相关性,并且纯培养与人工污染牡蛎样品的RT-PCR检测限均为2×103CFU,即人工污染牡蛎样品的RT-PCR检测灵敏度为每克牡蛎样品400个活细胞;冻融实验表明,在温度低于55℃的水浴中对冷冻海产品进行解冻时,冻融过程对副溶血弧菌活细胞几乎没有影响。该方法是一种快速、灵敏且能有效鉴别并定量检测病原活细胞的新方法。