基于高通量测序分析老面细菌多样性

老面中微生物组成多样,带来多种微生物的发酵产物及风味,分析老面中细菌群落多样性对于开发优良面食发酵剂提供有用信息。本研究采用基于16S r DNA的焦磷酸测序方法分析了采集自云南省香格里拉县的三个老面样品中细菌群落结构。结果表明,三个样品细菌多样性都比较高,17年和2年老面中,优势菌是Lactobacillus sanfranciscensis,2年老面中含有少数序列与L.rossiae和L.plantarum具有较高的相似性,而5年老面中优势菌是Staphylococcus equorum,其次是L.sanfranciscensis。结论:老面中细菌多样性较高,以乳酸菌为主,其中的乳酸杆菌为老面发酵面食带来丰富的营养和风味物质,但是较高丰度葡萄球菌属的检出,暗示了一定的食品安全隐患。     

藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

米酒老面添加量对面团及馒头品质的影响

本文研究了米酒老面添加量(40%、50%、60%、70%和80%)对面团的pH、湿面筋含量、面筋指数及馒头的比容、硬度、白度、感官评分的影响。结果表明:随着米酒老面添加量的增加,面团pH呈现下降的趋势。米酒老面添加量为60%的面团中湿面筋含量显著低于其他四种添加量(P<0.05),馒头的比容、硬度、白度和感官评分显著高于其他四种添加量(P<0.05)。相关性分析表明,面团pH与馒头的感官评分呈极显著负相关(P<0.01);面团湿面筋含量与馒头比容呈显著负相关(P<0.05),与馒头硬度呈显著正相关(P<0.05),与馒头白度呈极显著负相关(P<0.01)。面团面筋指数与馒头比容呈极显著正相关(P<0.01),与馒头硬度呈极显著负相关(P<0.01),与馒头白度呈显著正相关(P<0.05)。米酒老面的添加会改变面团和馒头的品质,其最适添加量为60%。     

鸡蛋壳表面细菌数量及种群多样性分析

采用GB 4789.2-2010菌落总数计数及Miseq测序分析物种多样性及群落结构的方法,对蛋鸡场鸡蛋壳表面细菌数量及种群结构进行研究。结果检测8组样品的菌落总数为3.79±0.67~5.06±0.75 Log CFU/eggshell±SD;获得的163214条优化序列分属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)及蓝菌门(Cyanobacteria)。8组样品普遍存在假单胞菌属(Pseudomonas)、埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、泛菌属(Pantoea)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)细菌;而各样品分别以假单胞菌属(Pseudomonas)、埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)以及肠球菌属(Enterococcus)的相对丰度最大,依次为67.89%、36.15%、68.08%、40.12%、21.59%和26.98%。试验结果表明鸡蛋壳表面细菌数量大、种群多,不同样品间存在相似性差异。鸡蛋腐败变质可能与鸡蛋壳表面细菌种群有关,有待进一步研究。     

添加小米对老面发酵小麦面团的微生物多样性及馒头品质的影响

为了研究微生物生长代谢对老面馒头质地和品质的影响,采用高通量测序技术比较老面发酵小麦(SW)/小麦-小米(SM)面团中的微生物组成及其代谢功能差异,并对小麦/小麦-小米馒头的物理特性及其与微生物的相关性进行分析。结果表明,2组样品的微生物多样性和丰富度虽存在一定差异,但差异不大。SM中细菌和真菌群落的多样性较低。真菌较细菌的丰富度高,而多样性较低。2组微生物菌群组成相似,细菌的优势菌属为乳酸杆菌属和片球菌属,优势菌种为面包乳杆菌和发酵乳杆菌,在SW和SM中均差异显著(P<0.05)。真菌的绝对优势菌属为酵母属,由酿酒酵母组成。KEGG分析显示,次生代谢产物生物合成和氨基酸代谢是SM中代谢旺盛的通路,而碳水化合物、脂质、维生素和核苷酸代谢在SW中显著上调(P<0.05)。老面发酵对不同种类馒头的品质和质地特性产生了影响,相比于小麦馒头,小麦-小米馒头硬度、比容、咀嚼性较高,而弹性、内聚性较低。乳酸菌可以改善馒头的质地特性,这取决于菌属种类,低丰度菌属与弹性呈显著正相关关系(P<0.05)。研究结果为探明微生物组成与老面馒头物理特性的形成机制提供了理论依据,并为筛选、改善品质的潜在微生物提供了参考。     

新鲜曲拉与干燥曲拉细菌群落结构的比较分析

比较研究西藏新鲜曲拉和干燥曲拉细菌多样性差异。通过Illumina MiSeq测序技术,分析西藏林芝产新鲜牦牛曲拉和干燥牦牛曲拉细菌16SrDNA V1-V3区基因序列,对不同状态牦牛曲拉细菌群落结构进行系统分析和比较。结果表明新鲜曲拉(XZL)获得(29 566.67±1 703.40)条高质量序列,聚成(594.33±36.26)个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs),干燥曲拉(GLZ)获得(33 604.67±2 042.39)条高质量序列,聚成(690.67±56.82)个OTUs。新鲜曲拉和干燥曲拉在门水平上主要细菌群落隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),在属水平上中新鲜曲拉检测出72个属,干燥曲拉检测出96个属,二者主要优势乳球菌属(Lactococcus)、沙雷氏菌属(Serratia)、不动杆菌属(Acinetobacter)。干燥曲拉的Alpha多样性指数相关指标辛普森指数(Simpson)指数的平均值为0.90±0.01、Chao1指数平均值为760.21±133.80、ACE指数平均值为775.91±116.98、香浓指数(Shannon)指数平均值为5.46±0.05,而新鲜曲拉的Simpson指数平均值为0.90±0.01、Chao1指数平均值为595.31±45.23、ACE指数平均值为602.15±49.33、Shannon指数平均值为5.39±0.17,由此可知与新鲜曲拉相比干燥曲拉细菌多样性更为丰富。     

响应面法优化老面冷冻面团馒头生产工艺研究

利用响应面分析法对老面冷冻面团馒头生产工艺进行了优化。在单因素试验的基础上,选取老面添加量、加水量和发酵时间进行了3因素3水平的Box–Behnken中心组合研究,分别以馒头比容、硬度和感官总分为响应值,通过响应面分析法确定了老面冷冻面团馒头的最佳生产工艺。结果表明,各因素对老面冷冻面团馒头品质的影响顺序为老面添加量>加水量>发酵时间,所得最佳工艺参数为老面添加量51.79 g、加水量40.10 m L和发酵时间62.42 min。     

新疆额尔齐斯河冷水性鲤鱼肠道细菌多样性分析

为了解新疆额尔齐斯河流域野生鲤鱼肠道细菌的多样性及其群落结构组成,采用高通量测序技术对鲤鱼肠道中细菌16S rRNA V4 区基因进行检测,并比较鲤鱼肠道不同区段中细菌群落结构组成及多样性,结果共获得35 289 条有效序列,158个OTUs。多样性分析表明,鲤鱼后肠的Shannon指数最低,细菌群落结构最为复杂;而前肠和中肠的Shannon和Simpson指数接近一致。在门水平上,鲤鱼肠道样品中主要以厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和放线菌门为主,前肠和中肠中变形菌门是最占优势的菌群门,而后肠中变形菌门比例减少,厚壁菌门显著增加。属水平后肠主要以肉食杆菌为主,所占比例达30.52%,而前肠和中肠硫杆菌占主导地位。额尔齐斯河冷水性鲤鱼肠道细菌群落组成多样,前肠和中肠的细菌群落结构组成较为相似,与后肠细菌群落结构及多样性差异显著。     

分子生物技术在果汁鉴伪中应用的研究现状

为探究传统发酵牦牛酸奶及奶酪中细菌群落结构的多样性,采用Illumina Miseq高通量测序对西藏林芝传统自然发酵牦牛酸奶（sn）和酪乳（nl）样品进行细菌群落结构分析。结果表明,酪乳和酸奶样品总计测得有效序列条数分别为（58 455±1 145）条和（57 068±1 263）条,共产生（63±2）个和（25±3）个操作分类单元（OTUs）。酪乳样品的α多样性指较高,具有较高的细菌群落多样性;酸奶和酪乳样品细菌的优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）,其相对丰度分别为（99.80±3.47）%和（50.76±2.13）%;酸奶样品的优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（相对丰度为（74.32±1.23）%）,酪乳样品的优势属为乳球菌属（Lactococcus）（相对丰度为（48.44±2.13）%）;酸奶和酪乳样品在属水平的热图分析表明两个样品的细菌群落结构具有差异性和相似性。     

不同季节新鲜鸭蛋表面污染细菌的多样性分析

为研究鸭蛋壳表面污染细菌的多样性以及季节性变化,在春、夏、秋和冬4 个季节采集新鲜鸭蛋,利用超声波洗涤蛋壳制备细菌样本,通过Illumina MiSeq高通量测序分析样品细菌菌群的多样性。结果表明,共获得697 244 条优化序列归属于650 个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,包括35 个门,298 个属,447 个种。其中相对丰度占比较大的优势菌有：厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌属（Bacillus）和肠球菌属（Enterococcus）,分别占比17.78%和17.16%;变形菌门（Proteobacteria）肠杆菌科（Enterobacteriaceae）埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）占比17.14%。4 个季节样品的优势菌群相同,皆为芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）和埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）,但种群结构和物种丰度各不相同,冬季样本Chao指数和ACE指数最大,平均分别为596.5±22.29和587.5±17.82;Shannon指数最大和Simpson指数最小,平均分别为3.52±1.02和0.1±0.07,种群复杂度表现最为突出;春夏秋冬四季样品共有的OTU为35 个,分别占各样品OTU数目的0.06%～70.00%,独有的OTU数目分别为9（春）、0（夏）、17 个（秋）和496 个（冬）,各个季节样品的菌群种类具有较大的差异性;不同季节分别有弧菌（Vibrio）、淤泥假单胞菌（Pseudomonas_caeni）、肠杆菌（Enterobacter）、溶菌杆菌（Lysinibacillus）、梭菌（Clostridium_sensu_stricto_1）等存在,部分致病菌受气温影响明显。该结果为进一步研究鸭蛋主要腐败菌及其控制提供了理论依据。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

基于高通量测序分析老面中菌群多样性及其对馒头品质的影响

以河北(HB)、山西(SX)、山东(SD)和云南(YN)的老面为研究对象,采用高通量测序技术分析4个不同地区老面的菌群组成,并探究菌群对馒头品质的影响。结果表明,4种老面样品中细菌多样性优于真菌多样性,真菌菌门中相对丰度较大的是担子菌门(Basidiomycota),细菌菌门中相对丰度较大的是厚壁菌门(Firmicutes)。在属水平上,HB、SX和SD样品中以片球菌属(Pediococcus)为主;而YN样品中以乳杆菌属(Lactobacillus)为主;老面中丰富的菌群可改善馒头的质构特性,使馒头内部结构更细腻柔软。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

对新捕获与流通过程中大黄鱼新鲜度与细菌种群的研究

对大黄鱼栖息水域海水的卫生状况和新捕获、批发及零售大黄鱼的新鲜度进行评价,同时对细菌种群进行定性和定量研究.结果表明,23份海水样品中,粪大肠菌群达标率为95.7%.新捕获、流通环节中的大黄鱼新鲜度总体呈下降趋势,TVBN、菌落总数和假单胞菌数呈上升趋势.细菌种群结果显示,新捕获、流通环节的样品中革兰氏阴性菌为优势菌群,分别占75.4%、72.8%和87.5%.新捕获鱼细菌种类繁多,共检出20种细菌,主要由肠细菌科、假单胞菌属、腐败希瓦氏菌和嗜麦芽窄食单胞、玫瑰小球菌等组成;流通环节样品细菌种群逐渐变得简单,分别检出17种和11种细菌,其中不动细菌属、假单胞菌属、腐败希瓦氏菌、嗜冷杆菌等所占比例较高.     

酸菜发酵过程中细菌群落结构变化及驱动机制

酸菜质量的标准化依赖于其发酵过程中的微生物群落结构的动态演替。本研究利用高通量测序技术研究酸菜发酵过程细菌群落结构组成的动态变化,以及理化因子的动态变化规律,揭示发酵环境与微生物群落结构之间的相关性,并进行功能预测和代谢通路分析。结果表明:酸菜发酵初期、中期和末期三阶段中初期S1阶段的Simpson指数显著高于S2、S3阶段(P<0.05),Shannon指数显著低于S2、S3阶段(P<0.05),表明发酵初期细菌群落的多样性较低。从9个酸菜样品中检测到的细菌种类隶属于6门、9纲、29目、47科、59属、83种。酸菜发酵中主要的优势菌门是厚壁菌门和变形菌门,假单胞菌、乳杆菌、肠杆菌、乳球菌为优势属。细菌群落结构在不同阶段具有明显差异,在发酵初期、中期和末期,厚壁菌门的相对丰度分别是10.61%,64.83%,77.51%,而变形菌门由84.18%降至33.19%,最终降到17.91%。假单胞菌属相对丰度由发酵初期65.36%,发酵中期21.21%降到发酵后期的7.10%,乳杆菌属由相对丰度小于1%,到发酵中期迅速增至58.06%,再到发酵后期增至67.65%。曲度乳杆菌是发...     

浓香型白酒窖池中细菌群落结构的研究

为探究浓香型白酒窖池中细菌群落结构和多样性变化，采用HiSeq高通量测序技术，对6个窖池样品中的细菌16S rRNA基因V3～V4区进行测序分析，比较了窖泥和酒醅中的细菌物种组成和丰度，解析了窖泥和酒醅中共有的细菌物种和关键差异物种，探究了浓香型白酒窖池中潜在的关键细菌菌种。研究结果表明，3个窖泥样品共注释到1 009个OTUs,主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidete),其中厚壁菌门菌株的丰度超过了60%;3个酒醅样品共注释518个OTUs,主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。窖泥样品中的细菌物种总数和多样性均高于酒醅样品，窖泥样品中关键的细菌菌种主要来自梭菌属(Clostridium IV)、岩石单胞菌属(Petrimonas)、沉积物棒菌属(Sedimentibacter)、嗜蛋白菌属(Proteiniphilum)和喜热菌属(Caloramator);酒醅样品中关键的细菌菌种主要来自乳杆菌属(Lactobacillus)、丙酸杆菌属(Propioni...     

普洱曼歇坝咖啡干法加工初期细菌与真菌群落变化特征

目的 揭示普洱曼歇坝咖啡果干法加工初期微生物群落结构变化规律。方法 以普洱市曼歇坝干法加工咖啡果为样本,采用高通量16S rDNA和ITS扩增子测序技术分析加工初期不同时间点咖啡果细菌与真菌多样性。结果 从全部样品共获得623个细菌操作分类单元(operational taxonomic units, OTUs)和898个真菌OTUs,经物种注释分别可归入细菌的18个门、209个属以及真菌的6个门、298个属,其中只有98个细菌OTUs以及103个真菌OTUs始终存在于所有日晒阶段的咖啡果中。随着日晒时间推移,葡糖酸杆菌属、泛菌属、韦斯氏菌属会成为优势明显的细菌属,库兹曼酵母属、拉钱斯酵母属、赤霉属则会成为优势明显的真菌属。结论 咖啡果中细菌与真菌群落会随日晒时间推移而不断发生变化,其中日晒72 h是少数高相对丰度优势细菌属与真菌属形成的关键时期,也是发酵相关细菌最繁盛的时期,还同时是病理营养真菌衰落腐生营养真菌开始繁盛的转折点。     

基于高通量测序的雪茄烟叶细菌多样性与功能预测

  背景和目的  环境条件与烟叶理化性质的改变直接影响烟叶的细菌群落结构和功能。为探究海南不同产区茄衣、茄套和茄芯细菌群落组成,研究雪茄烟叶细菌群落结构及代谢功能。  方法  以海南光村、昌江、白沙和五指山4个产区茄衣、茄套和茄芯为试验材料,基于16S rRNA测序技术分析细菌群落结构,PICRUSt预测分析细菌群落的代谢功能。  结果  12个样本中共聚类2317个OTU,属于10个科。五指山产区茄套的细菌群落丰富度及多样性最高,其Chao1指数、ACE指数和Shannon指数分别为344.00、344.00和6.54。光村和五指山产区细菌群落丰富度及多样性均表现为茄衣 < 茄套、茄芯。昌江产区则表现为茄衣 > 茄芯、茄套。茄衣的主要优势菌科为葡萄球菌科,相对丰度明显高于茄套、茄芯,不同产区之间无明显差异。茄套和茄芯的主要优势菌科为肠杆菌科,明显高于茄衣,且昌江、五指山 > 光村、白沙。KEGG代谢通路分析结果表明,不同产区茄衣、茄套和茄芯细菌预测功能种类差异较小,丰度差异较大。  结论  在科分类水平上,不同产区不同用途雪茄烟叶细菌群落多样性丰富,细菌群落结构组成相似,相对丰度有所差异,葡萄球菌科、肠杆菌科是造成烟叶细菌群落结构差异的关键菌科。细菌群落代谢途径丰富,主要富集在碳水化合物代谢、氨基酸代谢和能量代谢通路中,除此之外,也较多的富集在辅助因子以及维生素代谢等通路。      

藏东南产区葡萄和根际土壤细菌群落多样性

为了分析藏东南产区葡萄及根际土壤细菌群落结构及多样性,采用高通量测序技术对西藏2个种源地葡萄和根际土壤细菌群落结构和多样性进行了系统分析。结果表明,2个种源地葡萄和土壤样品共获得366 720条有效序列,2 655个可操作分类单元(operational taxonomic units, OTUs),隶属32门、713属,不同样品间细菌群落存在一定的共性和差异且土壤细菌种类最多,多样性最高。不同样品中的优势菌门均为变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),其相对丰度分别为21.31%～69.08%和21.41%～44.60%;林芝葡萄(LP)中的优势属是伯克氏菌属(Burkholderia)(27.60%)和脆弱拟杆菌(Muribaculaceae)(5.34%),而芒康葡萄(MP)中的细菌以葡萄糖杆菌属(Gluconobacter)(22.53%)、冰冻小杆菌属(Frigoribacterium)(14.14%)和泛菌属(Pantoea)(13.52%)为主;林芝根际土壤(LS)中的优势属是节杆菌属(Arthrobacter)(11.49%)...     

基于高通量测序对不同清洗处理荠菜细菌群落结构分析

为研究不同清洗处理对荠菜中细菌微生物多样性的影响，采用Illumina高通量测序技术研究荠菜样本中细菌群落结构，结合菌落总数分析不同清洗处理对荠菜的减菌效果。次氯酸钠、酸性电解水和臭氧水清洗能够显著降低荠菜菌落总数，减菌率分别为95.43%、98.00%、99.06%。对不同清洗处理荠菜样品的16S rDNA V3～V4区域进行测序，共获得13个门、176个属。在“属”水平上，Brassica在荠菜细菌群落结构中占据绝对核心优势，Boechera次之；次氯酸钠处理后Brassica丰度显著降低，从88.03%降至84.21%；酸性电解水清洗后Brassica丰度略微上升，为89.22%；而臭氧水对Brassica丰度无显著影响。在“门”水平上，Streptophyta是荠菜细菌群落结构核心菌门，次氯酸钠处理后Streptophyta丰度降低，从94.11%降至89.80%；酸性电解水、次氯酸钠、臭氧水处理均降低变形菌门丰度，从3.38%分别降低到2.78%、3.16%、2.39%。3种清洗处理对荠菜都具有较好的减菌效果，臭氧水清洗荠菜减菌率较高，而次氯酸钠处理能够降低核心菌属和菌门丰度...