基于COI条形码的根口水母科Rhizostomatidae水母分子系统进化研究

为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065⁰.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为00.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0⁰.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。     

基于COI条形码的根口水母科Rhizostomatidae水母分子系统进化研究

为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065~0.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0~0.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。     

基于ISSR标记的稻属AA基因组遗传多样性分析(英文)

为了确定稻属AA基因组物种间的遗传差异和系统进化关系,62份来自广泛地理分布的水稻品系被用于ISSR标记分析。这些品系包含有6个野生稻种(O.nivara,O.rufipogon、O.barthi,O.longistaminata,O.glumaepatula,和O.meridionalis)和2个栽培稻种(O.sativa和O.glaberrima)。21条能产生良好重复性条带模式的ISSR引物被筛选出,并在62个水稻品系中揭示出非常好的多态性。全部样品的基因多样性为0.527,同时显示出ISSR标记在稻属物种遗传多样性研究中具有强大的作用。根据ISSR条带模式,利用Jaccard配对相似系数构建的一致性树状图,显示出具有良好自展支持率的稻属AA基因组遗传多样性关系。结果表明,来自不同大陆的稻属物种具有较近的亲缘关系,尤其是亚洲野生稻物种与Vaughan1989年建立的稻属分类系统具有良好的一致性。研究结果将对稻属AA基因组野生稻在水稻育种实践中的有效利用具有非常重要的意义。     

6个巨魾群体线粒体ND4基因碱基序列多样性分析

为研究云南省境内特有的巨魾Bagarius yarrelli 6个野生群体的遗传多样性,在红河曼耗(Baya-M)、怒江坝(Baya-B)、怒江下游(Baya-N)、澜沧江上游(Baya-L)、景洪(Baya-J)、红河河口(Baya-H)6个点共采集72尾巨魾,每个点采集12尾,分析6个群体的ND4基因序列。结果表明:应用PCR技术扩增了巨魾线粒体DNA的ND4基因序列并测序,获得72条mtDNA DN4基因序列,巨魾ND4基因序列全长为1381 bp,共检测到501个核苷酸变异位点,核苷酸多样性为0.001 9～0.072 2;共有67种单倍型,单倍型间的平均相对遗传距离为0.098;将巨魾与三线纹胸鮡Glyptothorax trilineatus和长丝黑鮡Gagata dolichonema两种鱼类的ND4基因利用UPGMA中的Kimura 2-parameter法构建系统进化树,发现巨魾单聚为一支。研究表明,红河河口与曼耗群体之间的分化程度较小,亲缘关系较近,而澜沧江与景洪群体之间的遗传距离最大(0.156),说明澜沧江群体与景洪群体之间的分化程度较大,亲缘关系较远。     

乌头属植物ITS条形码的序列及结构特征研究

毛茛科乌头属(Aconitum L.)植物是一类药用植物,主要分布在青藏高原等地区,其分子系统的分类对该药材道地性研究十分必要,然而目前分子学的分类鉴定依然有限.通过对9种乌头属植物进行ITS序列分析及二级结构预测,并结合公共数据库的数据,建立了一种对乌头属植物种间鉴定的分子学方法,为后续青藏高原地区道地药材研究奠定基础.形态学鉴定显示,其中6种为高乌头,1种为赣皖乌头,1种为空茎乌头,1种为"遵义"乌头(后用ZY代替).ITS序列分析与聚类揭示这几种乌头属植物之间的亲缘关系:ZY与其他几种差异较大,ITS1遗传距离均大于0.1,ITS2遗传距离小于ITS1的遗传距离,GC含量高达60.9%.ITS一级结构聚类显示ZY为乌头亚属植物,其余8种皆为牛扁亚属,二级结构上XJ与QCHS的具有较大的主环,与其他种表现出明显的差异.ITS2上具有54.5%的CBCs位点,表明在这几种乌头属植物间存在着种间杂交.     

基于两个核基因序列研究龟鳖类的系统进化特征

为从核基因的角度探讨龟鳖类的系统发育特征,采用PCR扩增和测序的方法,获得两种龟的R35内含子部分序列以及6种龟的RAG2基因部分序列,结合NCBI其它龟鳖的同源序列一并进行分析。结果表明:将R35序列比对后得到941 bp的一致序列,将RAG2比对后得到620 bp的一致序列,二者合并后,比对排序后得到1561 bp的一致序列,其中共有505个可变核苷酸位点,总变异率为32.35%;简约信息位点为239个,插入/缺失为139个,转换/颠换比率为1.64。碱基A、T、G、C的平均含量分别为29.5%、28.5%、22.8%、19.2%。海龟科和鳄龟科之间Kimura双参数(K-2-P)遗传距离最小(0.025),鳖科和南美侧颈龟科之间的遗传距离最大(0.182)。分子系统树结果显示:1)陆龟科与潮龟科先聚在一起,再与龟科聚在一起,陆龟科与潮龟科构成一个单系类群;2)支持陆龟总科与鳄龟科+海龟总科构成姐妹群;3)鳄龟科和海龟总科是姐妹群的关系。     

基于28S rDNA部分序列的金沙江德泽段鲶寄生撒氏虫属(Thaparocleidus)单殖吸虫的系统发育

基于28S rDNA部分序列,对采自金沙江水系牛栏江支流德泽段鲶(Silurus asotus)鳃上寄生的9种撒氏虫属单殖吸虫:牛栏江撒氏虫(Thaparocleidus niulanjiangensis sp.nov.)、撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate G1-6)、撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate I3-1)、凶恶撒氏虫(T.asoti)、奇异撒氏虫(T.varicus)、大茎撒氏虫(T.magnicirrus)、变形撒氏虫(T.obscura)、多形撒氏虫(T.mutabilis)、撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate MG-2018)进行分子系统发育关系重建.研究结果表明:28S rDNA可作为撒氏虫属及属内种分类阶元的分子鉴定靶基因.撒氏虫属为非单系群;奇异撒氏虫(T.varicus)与撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate G1-6)组成的进化支位于系统树的基部,推测奇异撒氏虫为研究中引入的撒氏虫最原始的物种.     

基于颌骨长度和线粒体Cytb序列变异探讨短颌鲚的分类地位

鲚属Coilia鱼类外形十分相似,该属刀鲚C.nasus、短颌鲚C.brachygnathus的分类问题一直存在较大争议。通过分析比较长江流域刀鲚、短颌鲚的纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数以及颌骨长度的变异情况,结合线粒体DNA Cyt b序列分析,研究了短颌鲚的分类地位。结果表明:虽然纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数等特征在刀鲚与短颌鲚的区分上有一定的倾向,但重叠较大,难以截然分开。对110尾刀鲚、40尾短颌鲚以及36尾定居型刀鲚——湖鲚C.nasus taihuensis的上颌骨长度进行测量,与刀鲚的上颌骨长度/头长(1.125±0.091)相比,湖鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长(1.022±0.045、0.981±0.095)均有所降低,其中刀鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长变异系数较大(8.01%和9.77%),而湖鲚的最小(4.55%)。三者的上颌骨长度/头长变异范围存在一定的交叉,表明鲚属鱼类上颌骨长度不是一种稳定的特征,推测其受生态环境、生活习性影响较大,不能作为判定物种有效性的主要依据。用PCR产物直接测序法测定了刀鲚、短颌鲚、湖鲚、凤鲚的mtDNACyt b基因序列,刀鲚与短颌鲚间的平均遗传距离为0.002,刀鲚与湖鲚间的遗传距离为0.003,而湖鲚与短颌鲚之间的遗传距离仅为0.001。以鳀科鳀属的Engraulis encrasicolus和E.japonicus为外群,用NJ法、ML法以及MP法进行系统发生分析,结果表明:凤鲚C.mystus分化较早,推测其在进化上处于比较原始的地位,而刀鲚、短颌鲚与湖鲚之间构成多岐分枝,三者之间不能明确区分。综合颌骨长度变异以及mtDNA Cyt b序列分析,认为短颌鲚和湖鲚一样,属于刀鲚在长江的一个淡水生态型种群,而非一个独立的物种。     

6种鱼mtDNA D-loop及其邻近区段的序列比较分析

采用PCR技术对乌克兰鳞鲤Cyprinus carpio、鲫Carassis auratus、鲢Hypophthalmichthys molitrix、鳙Aristichthys nobilis、草鱼Ctenopharyngodon idellus和乌苏里拟鲿Pseudobagrus ussuriensis共28个个体(分属于天津市动植物抗性重点实验室应用PCR-RFLP方法已检测出的不同单倍型)的mtDNA D-loop及其邻近区段进行扩增并测序,获得了大小为1 500～1 800 bp的扩增产物。用Clustal 1.83软件与GenBank中的鲤、金鱼、鲢、草鱼、长吻鮠5种鱼的mtDNA全序列进行排序比较,确定扩增产物包含完整的tRNAPro、D-loop、tRNAPhe序列以及12S rRNA长度约为400 bp的部分序列。将6种鱼共28个样本的序列提交GenBank后获得序列号为KC292921～KC292948。运用Mega 4.0软件计算出6种鱼的碱基组成和碱基差异,基于Kimura双参数模型计算种间的遗传距离,并与GenBank中5种鱼的mtDNA序列一起构建NJ系统树。序列结构分析表明,在6种鱼序列的4个区段中,D-loop区段在种内、种间的差异性均高于另外3个区段。6种鱼NJ系统树的结果与传统分类方法一致,可为鱼类分类以及种类鉴定提供科学依据。另外,6种鱼各种单倍型均在所测得序列中找到相应的酶切位点,印证了RFLP实验结果,在酶切位点以外也发现了同种鱼的不同单倍型间存在碱基差异。     

园林植物科学名称的规范化使用探讨——以沿阶草属和山麦冬属为例

科学名称的规范化是园林植物正确应用的基本前提。本研究以沿阶草属和山麦冬属为例,系统探讨了该二属部分重要宿根花卉在科学名称使用上的严重错误。其中,麦冬与沿阶草是不同的物种,在江浙沪等江南区域频繁使用者均为麦冬,而沿阶草则是分布在我国西南、西北等地区的野生草本花卉。因麦冬中文别名与沿阶草“正名”相重叠,两者不宜混用。山麦冬与麦冬不同属,不宜将山麦冬简称为麦冬。“兰花三七”的应用非常频繁,其分类定性有4种推测,暂无广泛接受的定论。植物分类系统(APG)已经被广泛地应用在林学、植物学等相关学科的科研与教学中,其是否应当在园林专业的植物教学和应用中获得推广,是值得园林行业内展开讨论的问题。