基于COⅠ序列的不同地理种群岩虫遗传多样性研究

为揭示中国沿海岩虫Marphysa sanguinea自然群体的遗传多样性,采用线粒体COⅠ序列分子标记方法,对大连、兴城、乳山和北海4个海域共5个群体57个岩虫的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析研究。结果表明:57个个体中共检测到78个多态性位点,其中简约信息位点59个,单核苷酸突变位点19个,共出现了9种单倍型;5个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.830和0.097 73,整体的遗传多样性水平较高;5个群体中遗传多样性最高为乳山群体,最低为大连群体,岩虫5个群体聚为两大类。本研究结果为进一步开展岩虫的人工扩繁及资源保护奠定了理论基础。     

基于mtDNA COⅠ基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法(NJ)和最大似然法(UPGMA)构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明:①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG(ATG),终止密码子为UAA(TAA),共编码514个氨基酸.T、C、A和G 4种碱基的平均含量分别为29.5%(29.3%²9.8%)、25.5%(25.2%29.8%)、25.5%(25.2%²5.6%)、28.7%(28.6%25.6%)、28.7%(28.6%²8.9%)和16.3%(16.2%28.9%)和16.3%(16.2%¹6.5%);A+T的平均含量为58.2%,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在016.5%);A+T的平均含量为58.2%,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0⁰.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA COⅠ中亮氨酸平均含量最多(11.496%),半胱氨酸平均含量最少(0.1946%).碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171%、4.8627%;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39%、42.61%.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐(LWQ)牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因的克隆及序列分析

为研究直额裸腹溞Moina rectirostris线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因的特点,使用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒提取直额裸腹溞DNA,以其DNA为模板,用线粒体COⅠ基因通用引物进行PCR扩增、测序。结果表明:直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因部分cDNA序列长度为709 bp,其中碱基A、G、T、C含量分别为26.23%、19.89%、38.50%、15.37%,A+T含量(64.74%)明显高于G+C含量(35.26%);将该基因的cDNA序列与裸腹溞科5个种的同源序列进行比对,并用邻接法(NJ)构建系统进化树,结果显示,直额裸腹溞与短型裸腹溞的遗传距离最小,同属于一个分支,亲缘关系最近。研究表明,应用COⅠ基因序列可以有效地区别裸腹溞科各个种类,与传统形态学分类学的结果基本一致。     

基于mtDNA Cyt b基因全序列探讨岩扇贝与3种扇贝的遗传变异水平及其亲缘关系

为探讨新引进种岩扇贝Crassadoma gigantea与国内3种主要经济扇贝(虾夷扇贝Patinopecten yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians)的遗传变异水平及其之间的亲缘关系,通过PCR扩增及测序获得4种扇贝的mtDNA Cyt b基因全序列,并对其序列组成、遗传多样性、遗传距离和系统发育等进行了分析。结果表明:4种扇贝的单倍型数、多态性位点数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数,分别在3~4、2~15、0.545~0.800、0.001 00~0.005 72和0.788~6.545之间,表现出较低的遗传变异水平;4种扇贝的种间遗传距离为0.255~0.429,其中,岩扇贝与虾夷扇贝的遗传距离最近(0.255),与海湾扇贝的遗传距离最远(0.429);系统进化树分析显示,岩扇贝与虾夷扇贝独自聚为一支,表明二者之间的亲缘关系较近。本研究结果将为岩扇贝的引种与养殖以及今后的遗传育种研究工作提供基础信息。