血鹦鹉家系的体型性状判别分析及遗传差异分析

为揭示不同体型血鹦鹉家系(Vieja synspila Hubbs♀×Amphilophus citrinellus Gunther♂)的种质差异,对不同血鹦鹉家系开展体型性状判别分析及遗传差异分析。采用SPSS 21.0软件对血鹦鹉家系进行判别分析并建立判别函数,利用6对微卫星标记检测血鹦鹉家系的遗传多样性,通过广义线性模型(GLM)筛选与经济性状显著相关的标记,利用Duncan’s多重比较分析不同基因型之间的差异。结果表明:利用判别分析法建立的判别函数较为成功,判别准确率为95%;6个微卫星标记均能在2个血鹦鹉家系中扩增出清晰稳定的条带,扩增片段大小为174~416 bp;各个位点的有效等位基因数(N_e)为1.032~3.908,期望杂合度(H_e)为0.031~0.756,观测杂合度(H_o)为0.031~0.969,多态信息含量(PIC)为0.030~0.696,YT家系的遗传多样性水平高于JT家系;分子标记Vsac05与体长/体高和全长/体高显著相关(P<0.05);多重比较结果表明,该标记的AC、AD、BC基因型只在YT家系中出现,等位基因C(375 bp)是YT家系特有的基因。研究表明,分子标记Vsac05可用于血鹦鹉分子育种,以提高血鹦鹉鱼的优级率。     

微卫星标记在人工养殖小体鲟种群的数据分析方法比较和遗传多样性分析

为获得可用于小体鲟Acipenser ruthenus种群遗传多样性分析的微卫星分子标记,采用跨种PCR扩增的方法从已发表的近缘种微卫星DNA标记引物中筛选得到13个具有多态性的位点,同时为了探讨更适合多倍体样品的微卫星数据读取方法,分别采用比例法和补齐法对微卫星数据进行分析。结果表明:两种数据读取方法的分析结果无显著性差异(P>0.05);本研究中选用补齐法对小体鲟种群遗传多样性进行分析,结果显示,小体鲟种群等位基因数(Na)从5个到30个不等,表观杂合度(H_O)范围为0.089 6⁰.940 3,平均为0.648 0,期望杂合度(H_e)范围为0.085 20.940 3,平均为0.648 0,期望杂合度(H_e)范围为0.085 2⁰.912 6,平均为0.719 3,种群Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(d)平均为-0.098 0,种群多态信息含量(PIC)平均为0.702 8;筛选得到的13个微卫星位点是适用于小体鲟种群遗传研究的具有多态性的良好分子标记。研究表明,被检测的小体鲟养殖种群存在一定程度的近交现象,建议通过引进不同来源亲本加以改善,以增加种群遗传多样性的丰富度。     

大菱鲆微卫星标记的分离及其多态性位点检测

以生物素标记的(CA)12为探针进行杂交,借助磁珠筛选出含微卫星的Mbo I酶切片段,构建了大菱鲆Scophthalmus maximus微卫星富集文库,用同位素γ-32P标记的探针(CA)12进行二次筛选,获得1600个阳性克隆,占59.3%。测序347个序列,得到335个(96.54%)含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位378个。完美型的微卫星序列有236个(62.4%),非完美型的有121个(32.0%),复合型的有21个(5.6%),从所得序列中分离和鉴定了32对微卫星标记。利用31尾大菱鲆养殖个体评价微卫星位点,分析表明,10个位点具有多态性。不同位点等位基因数目为3¹1不等,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)变动范围分别为0.506111不等,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)变动范围分别为0.5061⁰.8995和0.41330.8995和0.4133⁰.8742。本研究中开发的微卫星多态性较高,将为大菱鲆养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。     

虾夷扇贝群体的遗传结构及微卫星标记与体尺、体重的相关性分析

选用39个虾夷扇贝Patinopecten yessoensis多态性微卫星分子标记对大连獐子岛海域虾夷扇贝一个家系群体(以獐子岛海域底播虾夷扇贝和日本产野生虾夷扇贝为父母本交配产生的F1代)的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)等进行了检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡。结果表明:在39个基因座位中共检测到105个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为2⁴个不等,等位基因片段大小为954个不等,等位基因片段大小为95⁴40 bp,平均等位基因数为2.70个,平均有效等位基因数为2.40个,观测杂合度平均值0.6280,期望杂合度平均值为0.5240,平均多态信息含量为0.4556,经卡方检验(P<0.01)值显示多于半数的位点都发生了偏离。采用SAS 8.2软件中的一般线性模型(GLM)对39个微卫星标记与虾夷扇贝群体的生长性状进行连锁显著性检验。结果表明:在39个微卫星座位中,HLJX202位点与体重、壳长、壳高、壳宽都显著相关,HLJX109、HLJX196位点与体重、壳长、壳高显著相关,HLJX183位点与壳长、壳高显著相关,而HLJX128和HLJX236位点分别只与壳宽和体重显著连锁。     

利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配

为制定红鳍东方鲀家系配组方案提供可行性指导,利用微卫星标记辅助红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系的建立,选择34个微卫星标记对红鳍东方鲀两个群体进行遗传评估。结果表明:A群体的平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(He)分别为6.647 0和0.711 5,B群体的相应值分别为4.647 1和0.646 1,且两个群体之间的遗传差异达到显著性水平(P<0.05);群体间的遗传分化系数(GST)为0.050 7,基因流(Nm)为4.679 6,表明红鳍东方鲀群体间存在低程度的遗传分化和一定程度的基因交流;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要存在于群体内,所占比例为78.49%,而群体之间仅占21.51%;根据群体间Nei氏遗传距离构建UPGMA系统树,群体内个体之间的遗传距离为0.11⁰.82,依据遗传距离的远近将全部个体分成多个分支,不同分支内含有数个个体;各项遗传参数表明,试验群体具备一定程度的遗传变异,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体之间遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。研究表明,利用微卫星标记信息构建红鳍东方鲀家系的方法是切实可行的。     

6个建鲤家系的遗传结构及不同亲缘关系个体间的遗传差异分析

选用12个微卫星位点对6个建鲤Cyprinus carpio var.jian家系的遗传结构和不同亲缘关系个体间的遗传差异进行分析。结果表明:12个位点在6个建鲤家系中共检测出80个等位基因和172种基因型,平均每个位点检测到等位基因6.7个和基因型14.3种;各家系平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.725～0.883和0.533～0.656;平均多态信息含量(PIC)为0.440～0.584;固定系数(FIS)计算结果表明,6个建鲤家系都表现为杂合子过剩(FIS<0);6个建鲤家系遗传分化系数(Fst)值为0.209 4,家系间平均遗传距离为0.458 7;6个家系中的父子间、母子间和同胞子代间的平均遗传距离分别为0.333 1、0.347 7和0.318 0,没有血缘关系个体间的平均遗传距离为0.635 3,且极显著大于亲子之间和同胞子代之间的遗传距离(P<0.01)。本研究表明,6个建鲤家系的多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。     

利用164个微卫星标记分析镜鲤家系的遗传多样性和经济性状

利用来源于细菌人工染色体文库(Bacterial artificial chromosome,BAC)的164个微卫星标记分析了镜鲤Cyprinus carpio L.家系遗传多样性及标记与体质量、体长、体高、体厚4个性状间的相关性。结果表明:镜鲤家系68个个体在164个微卫星位点上共扩增出402条条带,观察杂合度(Ho)为0.220 6～1.000 0,平均为0.62,多态性信息含量(PIC)为0.243 9～0.702 8,平均为0.42,总体表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),遗传多样性水平较高;利用SPSS 17.0的GLM模块分析标记与性状间的相关性,有25个标记与相应性状相关(P<0.05),其中6个标记与性状的相关性达到极显著水平(P<0.01),使用独立样本T检验和Duncan's多重比较找到了每个位点的优势基因型;利用NCBI的Blast模块将各位点序列与斑马鱼的序列进行比对,有11个位点与斑马鱼基因相关,一致度均在80%以上,其中6个基因功能已知。     

中华鳖微卫星座位的分离与鉴定

将生物素杂交法与放射性同位素杂交法相结合,从中华鳖Trionyx sinensis基因组中分离出含有GA/CT和CA/GT重复类型的微卫星分子标记。共获得931个阳性克隆,从中选取286个进行测序,得到273个(95.45%)含有微卫星的序列,其中70.34%的重复数在10以上,55.51%为完美型。除探针中使用的CA和GA重复单元外,还观察到GC、TGTGT的重复序列。设计获得242对微卫星引物,合成40对,并对中华鳖群体遗传背景进行分析,结果表明:8对引物表现为单态,6对引物扩增带不是目的带,4对引物无扩增条带,其余22对引物扩增出多态性条带;平均等位基因数为3.48个,观测杂合度为0.1667⁰.9620,期望杂合度为0.15280.9620,期望杂合度为0.1528⁰.7222,多态信息含量为0.14110.7222,多态信息含量为0.1411⁰.6800,平均多态信息含量为0.4382,大部分标记适用于中华鳖群体的遗传研究。     

应用动物模型对牙鲆不同日龄生长性状的遗传分析

以中国水产科学研究院北戴河中心实验站2006至2009年间建立的38个牙鲆Paralichthys olivaceus选育家系为实验材料,根据对180、240、360日龄生长性状共3 742个个体的测定记录,应用REML方法和动物模型BLUP方法估计不同日龄牙鲆体重、体长、体高的遗传力和个体育种值,对不同家系和个体进行遗传评定。结果表明,180、240、360日龄牙鲆生长性状的遗传力分别为0.30⁰.35、0.300.35、0.30⁰.39、0.130.39、0.13⁰.37,属于中等遗传力。对不同日龄生长性状育种值选择和表型值选择效率进行比较,结果表明,不同日龄生长性状依据育种值选择与依据表型值选择的结果存在较大差异。在360日龄,两种选择方法之间的差异达到最小,依据育种值选留的家系和个体比依据表型值选留的家系和个体分别提高:体重为93.92%和28.97%,体长为465.22%和124.49%,体高为176.00%和157.80%,育种值选择效率明显高于表型值选择效率。     

花鱼骨与唇鱼骨及其正反杂交子代的微卫星标记分析

利用12对微卫星引物对花鱼骨和唇鱼骨及其正反杂交子代(花鱼骨♀×唇鱼骨♂F1和唇鱼骨♀×花鱼骨♂F1)共4个群体进行微卫星分析,计算等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、遗传分化系数(Fst)、Nei氏遗传距离(DS)。结果表明:在4个群体中,反交F1的平均Ne最大(3.453 7),花鱼骨的平均Ne最小(3.049 7);花鱼骨和唇鱼骨及其正反杂交子代4个群体的平均PIC分别为0.599 4、0.602 6、0.628 0、0.637 4;反交F1的平均Ho最高(0.411 1),花鱼骨的平均Ho最低(0.208 3)。聚类分析结果表明,正交F1和母本花鱼骨先聚为一支,再和父本唇鱼骨聚为一支,最后同反交F1聚在一起。遗传距离和遗传相似系数结果显示:正交F1与母本花鱼骨的遗传相似系数最大,与反交F1的遗传相似系数最小;反交F1同父本花鱼骨的遗传相似系数最大,同母本唇鱼骨的遗传相似系数最小。杂交子代群体的等位基因基本来自父母本双方,可以推断杂交子代的遗传物质来自父母双方,属两性融合生殖,且杂交子代的遗传变异水平明显高于父母本,是真正意义上的杂交种。