养殖大口黑鲈的遗传多样性分析

用RAPD技术分析了广东养殖大口黑鲈Micropterus salmoides3个群体基因组DNA的多态性。结果表明:用12条随机引物对3个群体共88尾大口黑鲈的基因组DNA进行扩增,共获得了106个位点,平均每条随机引物扩增出8.8个位点;广州群体、顺德大良群体和顺德南水群体的多态位点比例分别为32.08%、33.02%和40.57%;Nei遗传多样性指数分别为0.1151、0.1176和0.1627;Shannon s遗传多样性指数分别为0.1708、0.1742和0.2378。这表明目前广东地区养殖大口黑鲈种质资源还具有一定的遗传多样性,但养殖群体的遗传多样性在降低,且具有不同程度的种质退化。     

松江鲈群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对辽宁鸭绿江水域丹东段和河北秦皇岛渤海海域两个松江鲈Trachidermus fasciatus群体的遗传多样性进行分析研究。结果表明:用6对选择性引物,从两个群体的63个个体共扩增出360个位点,多态位点214个;松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率为50.28%、50.00%,平均杂合度和Shannon s指数分别为0.1690、0.1733和0.2534、0.2592,说明两个群体遗传多样性在同一水平上;Shannon s指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化;松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,未出现明显分支,无明显遗传差异;群体的显性基因型频率分布显示两个群体的遗传结构相似。     

两种双酶切组合在细鳞鱼AFLP体系中的比较分析

采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ和TaqⅠ/PstⅠ两种限制性内切酶酶切组合对细鳞鱼Brachymystax lenok pallas的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。每种双酶切组合体系分别选用20对选择性扩增引物进行扩增。结果表明:采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ组合共扩增出了739个位点,其中多态性位点为336个,每对引物组合扩增的位点为21⁴5,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为2945,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为29⁵3,位点多态性百分比为53.36%,平均Shannon氏指数为0.3144。表明,对细鳞鱼进行AFLP分析时,TaqⅠ/PstⅠ的酶切体系呈现出更大的多态性,能提供更多的可供分析研究的数据,更适用于细鳞鱼基因组分析。     

叉尾斗鱼遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD标记技术对叉尾斗鱼Macropodus opercularis 5个地理群体(南宁群体、桂林群体、龙岩群体、福州群体和广州群体)的遗传多样性进行了检测。结果表明:从40个随机引物中筛选出11个有效引物,对每条叉尾斗鱼的基因组DNA进行扩增,共扩增出139条片段;各群体的多态位点比例为26.44%～40.95%,Nei基因多样性指数为0.1042～0.1457,Shannon指数为0.1543～0.2176;而总体的多态位点比例、Nei基因多样性指数和Shannon指数分别高达84.89%、0.3110和0.4606。研究表明,叉尾斗鱼的遗传变异主要来自群体间,而群体内部的遗传多样性水平较低。     

金乌贼微卫星标记开发及两个野生群体遗传多样性比较

为进一步了解金乌贼Sepia esculenta野生群体遗传多样性水平,采用磁珠富集法从金乌贼基因组中开发了微卫星标记,并应用青岛(QD)金乌贼野生群体对其多态性进行评价,进而比较了青岛和长江口(CJK)两个野生群体的遗传差异。结果表明:开发标记的种群遗传学评价显示,在269个克隆子中,有192个含有微卫星序列(71.38%),基于该序列设计85对引物,其中20对通过筛选,完美型占60%,非完美型占10%,复合型占30%;经群体验证,表观等位基因数(A)为2～17不等,平均为8.15,观测杂合度(H_O)分布范围为0.146～0.936,平均为0.630,期望杂合度(H_E)分布范围为0.172～0.930,平均为0.702;其中5个位点不符合哈迪—温伯格(Hardy-Weinberg)平衡预期,存在零等位基因可能是其偏离平衡的原因;应用本研究开发的引物对2个近源种扩增,开发的20个标记位点中有6个在针乌贼Sepia andreana中表现为多态,4个位点在曼氏无针乌贼Sepiella maindroni中表现为多态;应用开发的11个位点对青岛和长江口两个野生群体进行遗传差异分析显示,所有位点中,青岛群体共检测到163个等位基因,长江口群体共检测到152个等位基因,每个位点的等位基因数为5～28和6～26不等,平均等位基因数分别为14.818和13.818;青岛群体独有等位基因19个,观测杂合度分布范围为0.250～0.936,平均为0.731,期望杂合度分布范围为0.265～0.930,平均为0.771,多态信息含量为0.223～0.946,平均为0.746;长江口群体独有等位基因8个,观测杂合度分布范围为0.500～0.896,平均为0.731,期望杂合度分布范围为0.623～0.960,平均为0.857,多态信息含量为0.614～0.948,平均为0.845;群体间遗传分化较弱(F_(st)值为0.032 5),群体分配分析结果表明,两个种群中所有个体正确分配到各自种群的概率分别为86.4%和84.0%。研究表明,本试验中开发的微卫星标记位点多样性水平略低于前人的研究,但有一定的跨种扩增通用性,长江口群体多样性水平略高于青岛群体,尽管两个群体间遗传分化程度不高,但存在明显差异。     

金乌贼微卫星标记开发及两个野生群体遗传多样性比较

为进一步了解金乌贼Sepia esculenta野生群体遗传多样性水平,采用磁珠富集法从金乌贼基因组中开发了微卫星标记,并应用青岛(QD)金乌贼野生群体对其多态性进行评价,进而比较了青岛和长江口(CJK)两个野生群体的遗传差异。结果表明:开发标记的种群遗传学评价显示,在269个克隆子中,有192个含有微卫星序列(71.38%),基于该序列设计85对引物,其中20对通过筛选,完美型占60%,非完美型占10%,复合型占30%;经群体验证,表观等位基因数(A)为2～17不等,平均为8.15,观测杂合度(H_O)分布范围为0.146～0.936,平均为0.630,期望杂合度(H_E)分布范围为0.172～0.930,平均为0.702;其中5个位点不符合哈迪—温伯格(Hardy-Weinberg)平衡预期,存在零等位基因可能是其偏离平衡的原因;应用本研究开发的引物对2个近源种扩增,开发的20个标记位点中有6个在针乌贼Sepia andreana中表现为多态,4个位点在曼氏无针乌贼Sepiella maindroni中表现为多态;应用开发的11个位点对青岛和长江口两个野生群体进行遗传差异分析显示,所有位点中,青岛群体共检测到163个等位基因,长江口群体共检测到152个等位基因,每个位点的等位基因数为5～28和6～26不等,平均等位基因数分别为14.818和13.818;青岛群体独有等位基因19个,观测杂合度分布范围为0.250～0.936,平均为0.731,期望杂合度分布范围为0.265～0.930,平均为0.771,多态信息含量为0.223～0.946,平均为0.746;长江口群体独有等位基因8个,观测杂合度分布范围为0.500～0.896,平均为0.731,期望杂合度分布范围为0.623～0.960,平均为0.857,多态信息含量为0.614～0.948,平均为0.845;群体间遗传分化较弱(F_(st)值为0.032 5),群体分配分析结果表明,两个种群中所有个体正确分配到各自种群的概率分别为86.4%和84.0%。研究表明,本试验中开发的微卫星标记位点多样性水平略低于前人的研究,但有一定的跨种扩增通用性,长江口群体多样性水平略高于青岛群体,尽管两个群体间遗传分化程度不高,但存在明显差异。     

大连海域口虾蛄资源遗传多样性的分析

采用RAPD方法对大连沿海野生口虾蛄Oratosqilla oratoria资源的遗传多样性进行分析。结果表明:20条引物平均每条扩增出12.1条带,共检测到位点242个,其中多态位点占67.8%,个体间遗传距离为0.2367⁰.5402,平均遗传距离为0.3583;根据扩增结果构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,24个个体可划分为两大类。     

广西和广东地区施氏獭蛤3个自然群体的形态差异和遗传多样性分析

采用形态特征分析和RAPD技术对采自广西北海、防城和广东湛江的施氏獭蛤Lutraria siebaldii 3个自然群体和越南大獭蛤Lutraria maxima 1个群体的遗传多样性进行分析。结果表明:用20条引物从施氏獭蛤3个群体和越南大獭蛤1个群体的145个样品中共扩增出428条带,大小为125～5 000 bp,每条引物扩增出6～17条带;多态位点比例为76.1%～91.9%,平均多态位点比例为84.5%,遗传距离为0.1321～0.2441;对施氏獭蛤3个群体和大獭蛤1个群体进行UPGMA聚类分析,施氏獭蛤北海群体和防城群体先聚为一体,再与湛江群体聚类,最后与越南的大獭蛤群体聚为一个整体;用8条引物可以区分施氏獭蛤3个自然群体和大獭蛤群体,可作为群体特征标记;形态差异分析结果显示,湛江、北海和防城施氏獭蛤3个群体的形态较接近,而越南大獭蛤群体的外部形态和遗传距离均与施氏獭蛤3个群体差异较大,已分化成为同属不同种;主成分分析表明,主成分1、主成分2和主成分3的贡献率分别为49.13%、17.18%和14.02%,累计贡献率为80.33%;施氏獭蛤3个群体判别函数的判别准确率P1为88.9%～100.0%,P2为86.7%～100.0%,综合判别率为95.9%。这说明施氏獭蛤3个群体的遗传多样性均处于较高水平,种质状况良好,且具有很好的养殖前景。     

西藏拟溞遗传多样性的初步研究

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对西藏拟溞Daphniopsis tibetana4个群体(新疆赛里木湖、西藏色林错、纳木卡错和班戈湖)的遗传多样性进行了初步研究,用21个随机引物对4个群体80个样本进行了随机扩增,从中筛选出5个扩增效果比较稳定的引物,共得到多态位点为25个。利用POPGENE32分析表明,西藏拟溞各群体遗传变异由高向低依次为色林错(SLC)>赛里木湖(SLM)>纳木卡错(NMKC)>班戈湖(BGH)。根据遗传距离结果,采用UPGMA和NJ方法分别进行聚类分析,结果表明,赛里木湖(SLM)和色林错湖(SLC)两群体亲缘关系较近,纳木卡错(NMKC)与班戈湖(BGH)两群体之间的亲缘关系比较近。     

仿刺参3个地理群体ITS1序列变异及系统发生分析

利用核糖体DNA第一内转录间隔区(Internal transcribed spacer 1,ITS1)序列,对中国大连(CD)、朝鲜罗津(KN)和俄罗斯海参崴(RV)仿刺参Apostichopus japonicus 3个群体的遗传结构进行分析。结果表明:经PCR扩增、克隆测序,获得长度为517⁵19 bp、524 bp两种类型的ITS1核苷酸序列,平均G+C含量(64.5%)显著高于A+T含量(35.5%);在仿刺参30个个体61条序列中共检测到49个变异位点,多态位点比例为9.33%,其中有4个简约信息位点,共有40种基因型,群体共享基因型为2个;遗传多样性分析表明,3个群体的遗传多样性丰富;分子方差分析显示,88.65%的变异来自于群体内部,群体间遗传分化较弱或中度分化;根据群体间遗传距离进行的聚类分析发现,KN群体与RV群体的亲缘关系较近,CD群体与KN、RV群体的亲缘关系较远。