两种双酶切组合在细鳞鱼AFLP体系中的比较分析

采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ和TaqⅠ/PstⅠ两种限制性内切酶酶切组合对细鳞鱼Brachymystax lenok pallas的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。每种双酶切组合体系分别选用20对选择性扩增引物进行扩增。结果表明:采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ组合共扩增出了739个位点,其中多态性位点为336个,每对引物组合扩增的位点为21⁴5,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为2945,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为29⁵3,位点多态性百分比为53.36%,平均Shannon氏指数为0.3144。表明,对细鳞鱼进行AFLP分析时,TaqⅠ/PstⅠ的酶切体系呈现出更大的多态性,能提供更多的可供分析研究的数据,更适用于细鳞鱼基因组分析。     

泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化

为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性(MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明:最佳双酶切反应体系为800 ng的泥鳅基因组DNA,用EcoR I、Hpa II和Msp I各10 U,在37℃下反应8 h后即可酶切;最佳预扩增反应体系为模板4μL、预扩增引物0.8μL、0.2 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释20倍的模板2μL、引物1.5μL、0.375 mmol/L d NTPs、1.5 mmol/L Mg2+和Taq 1 U;二倍体泥鳅全甲基化率分别为24.1%、20.8%、22.3%,半甲基化率分别41.4%、20.8%、33.3%,总甲基化率分别为65.5%、41.6%、55.6%。研究表明,该反应体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在多倍体泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。     

粉尘螨第十六类变应原的克隆表达、纯化及免疫原性鉴定

目的 获得大量具有良好IgE结合活性的粉尘螨第十六类变应原（Der f16）的重组变应原,以促进粉尘螨变态反应性疾病的特异性诊断及治疗的研究.方法 挑取经纯培养的粉尘螨,提取总RNA,根据已知Der f16基因序列设计引物,经RT-PCR扩增Der f16基因片段,产物连入pMD32-T载体中.扩增后,利用限制性内切酶EcoR Ⅰ和XhoⅠ双酶切将目的 基因片段连接到pET32a表达载体上,转化到大肠杆菌（E.coli BL21）中经IPTG诱导表达.表达载体经亲和层析纯化,SDS-PAGE检测蛋白纯度,Western bolt检测变应原免疫学活性.结果 以粉尘螨总RNA为模板成功克隆出Der f16基因,与数据库中Der f16基因同源性为100%;经IPTG诱导后,大肠杆菌大量表达Der f16蛋白,所获得的重组蛋白分子质量为73 ku,上清及沉淀物均有蛋白表达,且上清表达量高于沉淀物.重组Der f16能够与螨过敏患者血清中的IgE 反应,而不与健康者血清中的IgE反应.结论成功构建了Der f16的原核表达载体,并高效表达和纯化出具有免疫原性的Der f16重组蛋白.     

人PPARγ基因过表达重组腺病毒载体的构建及鉴定

目的 构建人的过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARγ)基因的重组腺病毒载体。方法 从人脐静脉内皮细胞(HUVECs)中提取并扩增人PPARγcDNA目的片段,将该目的片段经AgeⅠ/NheⅠ酶切后插入经相同内切酶酶切后表达质粒(CMV-MCS-SV40-EGFP)得到重组穿梭质粒;再将该重组穿梭质粒与AdMax腺病毒包装系统的骨架质粒(pBHG loxΔE1,3Cre)经Cre/loxP酶切重组,构建重组腺病毒(Ad-PPARγ);最后,将Ad-PPARγ感染HEK293T细胞,进行病毒的包装、扩增、纯化及滴度检测。结果 通过PCR鉴定及基因测序分析,PPARγ过表达重组腺病毒载体构建成功;Western blot结果显示经包装及纯化的Ad-PPARγ感染HUVECs后,可显著上调HUVECs中PPARγ基因的表达。结论PPARγ过表达重组腺病毒载体构建成功,且能有效上调HUVECs中PPARγ基因的表达。     

三个牦牛品种(类群)尿苷一磷酸合成酶缺乏症的检测

检测牦牛中是否存在尿苷一磷酸合成酶缺乏症(DUMPS).实验选取分布于四川省的昌台牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛三个品种(类群)共100头,从血液中提取基因组DNA,采用常规PCR-RFLP技术进行DUMPS的遗传缺陷检测.首先扩增牦牛尿苷一磷酸合成酶基因部分片段,再用限制性内切酶AvaⅠ酶切扩增产物,通过酶切条带数确定牦牛群体中是否存在DUMPS携带者.结果显示,所检测的100头牦牛PCR产物的酶切条带均为3条,为正常纯合子,未发现DUMPS携带者.     

利用CpG DNA甲基化酶M.SssⅠ共表达载体制备限制性内切酶NotⅠ

限制性核酸内切酶是DNA重组的重要分子生物学工具。由于其本身对DNA有切割作用导致其重组表达在技术上十分困难,产率低、提纯程序复杂。而商业化生产所采用的利用专一型甲基化酶保护宿主DNA的限制酶表达技术流程繁琐、实用性有限。为表达NotⅠ限制酶,采用来源于Spiroplasma sp.MQ1的DNA甲基化酶M.SssⅠ特异性甲基化CpG序列,甲基化后的DNA会免受识别位点中包含CpG序列的限制酶NotⅠ的切割。将甲基化酶M.SssⅠ导入大肠杆菌表达宿主ER2566后,M.SssⅠ基因在宿主中持续表达并甲基化宿主DNA成CpG甲基化样式;利用此表达体系制备限制性内切酶NotⅠ获得成功。并借助引入纯化标签经过简便的Ni亲和层析和阴离子交换层析2步层析洗脱纯化,制备了高活力高纯度的重组限制酶NotⅠ。此表达体系可应用于一系列识别位点中包含CpG序列的限制酶的表达。     

3个群体团头鲂mtDNA D-loop区段的限制性片断长度多态性分析

对采自于天津市蓟县、宁河县以及山西省太原市的3个人工繁殖群体共136尾团头鲂Megalobrama amblycephala的mtDNA D-loop区段进行PCR扩增,用14种核酸内切限制酶酶切后,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果表明:在14种内切酶中,9种有酶切位点;蓟县和太原两个群体(90尾鱼)中,个体间没有变异,只有一种单倍型,两群体内的单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数均为0;宁河县群体46尾鱼中存在2种单倍型,有2个个体与蓟县和太原群体的XspⅠ和MboⅠ酶切图谱不同,其单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.0850、0.001312;宁河县群体与蓟县(或太原)群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0.000015和0.0435;χ2检验结果显示,3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。可以认为团头鲂mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低。     

C11orf17蛋白的原核表达及功能预测

目的利用基因工程技术获取原核表达的C11orf17蛋白,结合生物信息学初步预测其功能。方法以K562细胞的cDNA为模板,PCR扩增C11orf17的基因序列;双酶切后将目的基因亚克隆至原核表达载体pET-32a上,将测序正确的重组表达质粒pET-32a-C11orf17转化到E.coli BL21,经诱导后SDS-PAGE及Western blot检测融合蛋白表达,并分析其可溶性。采用UGET软件预测C11orf17共表达基因,蛋白质互作数据库挖掘C11orf17基因已知互作蛋白,在线软件Gather富集共表达基因生物功能。结果成功构建重组表达质粒pET-32aC11orf17,此重组体经诱导后能在E.coli BL21高效表达C11orf17的融合蛋白,UGET分析C11orf17前300共表达探针中,包含267个已知基因,共表达基因主要富集细胞交流、信号传导、细胞周期基因功能本体。蛋白互作数据库表明,C11orf17与PRKACA蛋白互作,后者为细胞周期调控重要分子。结论在原核细胞中成功表达出C11orf17蛋白,生物信息预测其可能是细胞周期调控重要新分子,为后续研究提供了方向和线索。     

GST-CTCF融合蛋白原核表达载体的构建及表达

目的构建人CCCTC结合因子(CCCTC-binding factor,CTCF)与谷胱甘肽转移酶(glutathione S-transferase,GST)重组蛋白的原核表达载体,并进行诱导表达。方法以pEASY-T1-SIMPLE-CTCF为模板,设计引入限制性酶切位点的CTCF引物,PCR方法扩增目的片段,产物经限制性内切酶酶切后与原核表达载体pGEX-4T-1连接,构建成pGEX-4T-1-CTCF原核表达载体,转化至大肠埃希菌BL21中,经异丙基硫代-β-D半乳糖苷(IPTG)进行诱导,Western blot检测GST-CTCF融合蛋白的表达情况。结果经菌液PCR、质粒双酶切分析、基因测序分析证实重组表达质粒pGEX-4T-1-CTCF构建成功,GST-CTCF融合蛋白产物经Western blot鉴定为特异性表达。结论成功构建了pGEX-4T-1-CTCF原核表达质粒,获得特异性的GST-CTCF融合蛋白,为进一步研究转录因子CTCF的功能奠定了基础。     

铜绿假单胞菌mexA基因原核表达载体的构建

目的构建mexA基因的原核载体,为进一步表达MexA蛋白奠定基础。方法从临床分离多重耐药的铜绿假单胞菌抽提DNA,经PCR扩增出mexA1基因与PUC18克隆载体连接,PCR、酶切及测序鉴定,再以PUC/mexA1质粒为模板PCR扩增mexA目的基因,克隆至质粒pQE30中,构建表达质粒pQE30/mexA,构建的表达质粒pQE30/mexA转化大肠杆菌M15,培养后提取纯化重组质粒pQE30/mexA酶切鉴定。结果获得长约1.5 kbPCR mexA1产物,酶切结果显示所构建的重组质粒PUC/mexA1已成功地克隆了mexA1（1.5 kb）基因,序列分析结果与PAO1/mexA1序列相同,构建的表达质粒pQE30/mexA酶切鉴定,与插入pQE30的目的基因mexA（1.2 kb）片段相符。结论含mexA（1.2 kb）基因的原核表达载体构建成功,为进一步表达MexA蛋白奠定了基础。