厌氧氨氧化细菌的分子生物学鉴定

采用分子生物学方法从厌氧氨氧化污泥中提取细菌总DNA,使用特异性引物进行PCR扩增。扩增产物经过克隆、测序后,得到厌氧氨氧化菌部分16S rDNA序列(长度为838 bp)。将得到的序列构建系统发育树进行分析。结果表明,厌氧氨氧化污泥中的厌氧氨氧化细菌与Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete(AJ131819)细菌在进化上关系最近,并将该类细菌暂命名为Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete ASBBR Gene。     

嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究

为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3. 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16S rRNA基因进行了扩增,并测定了基因的核苷酸序列. 翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显著.基于BR蛋白和16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员. 菌株AB3的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.     

利用线粒体DNA上的cytB鉴定林蛙及林蛙油

目的：以线粒体DNA上cytB为研究对象,采用聚合酶链式反应(PCR)手段,建立林蛙及林蛙油鉴定方法。方法：采用市售成年雌蛙的新鲜组织和林蛙油为实验材料,通过试剂盒提取总DNA;以已报道的东北林蛙、中国林蛙、黑斑蛙和蟾蜍的cytB为模板,设计四对引物;PCR扩增产物回收测序。结果：仅东北林蛙引物的PCR体系获得1100 bp左右大小的产物,产物序列与东北林蛙cytB序列一致性为99%,说明实验对象林蛙为东北林蛙,林蛙油来源为东北林蛙。讨论：利用mtDNA独特的优势,应用PCR扩增cytB,并测序确定了林蛙品种,建立了林蛙种属以及林蛙油基源的鉴定方法,为林蛙油类药材的鉴定提供科学理论依据。     

DNA条形码技术在动物角制品鉴别中的应用

利用动物线粒体12 S rRNA和16 S rRNA基因序列片段对动物角制品进行种属鉴别,为DNA条形码技术在角制品分子鉴定提供有效方法.收集犀牛角、水牛角、黄牛角和山羊角作为研究材料,采用优化提取步骤的商业化提取试剂盒进行基因组DNA的提取,以提高基因组DNA的浓度及质量.采用PCR扩增及测序技术获得所有样本12 S...     

黑曲霉β-葡萄糖苷酶的基因克隆

利用依据黑曲霉β葡萄糖苷酶(bgl1)基因序列设计合成的一对特异性引物,以黑曲霉As3.350总DNA为模板,PCR扩增得到了预期大小的目的DNA片段,将该目的DNA片段转入大肠杆菌中并进行了序列测定。测序结果表明该DNA片段大小为2 948 bp,其核苷酸与β葡萄糖苷酶基因序列同源性达91%,该基因由7个外显子和6个内含子组成.     

大蒜在葱科的分子分类地位研究

通过扩增获得18S rRNA和叶绿体16S rRNA基因序列,测序并提交GenBank ,登录号分别是JF719285和JF719286．利用大蒜和GenBank相关序列构建系统发育树,进行分子演化分析．结果表明：大蒜18S rRNA 基因与球序韭、韭菜、茖葱等葱科植物序列相似度高;叶绿体16S rRNA基因与龙舌兰科和薯蓣科的物种序列相似度高．大蒜与葱科植物在18S rRNA序列上具有较高的同源性．18S rRNA序列在植物演化方面的区分度比16S rRNA高．     

人α-防御素HNP-1基因克隆及其结构分析

为了获得一种具有生物学活性的小分子多肽基因人α 防御素HNP 1,提取人外周静脉血液总RNA,反转录为cDNA作为模板,采用PCR的方法扩增得到长度约为380bp的防御素(De fensin)基因片段,并将该扩增产物连接入pMD18 T载体,转化大肠杆菌JM109感受态细胞,对PCR鉴定含有目的片段的克隆进行核苷酸序列测定,获得α 防御素HNP 1基因克隆。用序列处理在线工具包分析HNP 1基因结构。     

嗜酸乳杆菌AS1.1854亚油酸异构酶基因的克隆与序列分析

将GenBank中已报道的罗伊氏乳杆菌亚油酸异构酶基因对已公布的嗜酸乳杆菌NCFM基因组全序列做tblast,找到一个同源编码框.参照此编码框的核苷酸序列及pQE30质粒图谱特性设计上、下游引物,利用PCR法扩增嗜酸乳杆菌AS1.1854亚油酸异构酶基因,并克隆到pQE30质粒载体上进行测序.分析测序结果表明,扩增得到的目的DNA全长1 776 bp,G C含量为37.5%,共编码591个氨基酸,理论相对分子质量67.5kDa.用Signal P3.0对其N端前70个氨基酸序列进行分析,结果表明,第20~40位氨基酸有较强的疏水性.不过,N端前70个氨基酸的C值、S值和Y值并不高,最有可能的酶切位点位于第45位与第46位氨基酸之间,但预测其被切割的可能性概率低于1%.可以推断,在嗜酸乳杆菌AS1.1854亚油酸异构酶的N端氨基酸序列中不存在信号肽序列.     

超声波破碎法提取活性污泥DNA及其DGGE分析

为快速提取活性污泥中的微生物DNA,进一步应用于变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析其群落结构,采用细胞超声波破碎法直接提取反应器活性污泥DNA,以16S rRNA V3区域通用引物进行PCR扩增,随后利用DGGE技术对扩增产物的多样性进行评估.结果表明,超声波破碎法可以快速地提取活性污泥DNA,用超声波破碎法提取到的活性污泥克服了PCR扩增困难的问题.在一定的超声波功率下,超声时间对DNA产率、PCR扩增效率和DGGE分析均有很大影响,实验的最佳超声时间为27 s.DGGE分析表明,用该法提取到的DNA种类较为丰富,多样性较好,种群强度最高能达到0.7 OD,能够进一步应用于群落结构分析.     

生活污水污泥驯化过程中细菌多样性及演替规律

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析了实验室生活污水处理系统(Anoxic/Oxic工艺)好氧池内细菌多样性及演替规律,推究污泥中优势细菌与水质变化之间的关系.提取不同驯化时期污泥的细菌总DNA,以细菌的通用引物PCR扩增16S rRNA基因V3区,DGGE分析扩增产物,并对优势细菌的DNA片段进行回收、序列分析;构建驯化稳定后污泥的16SrDNA克隆文库.结果表明:系统内细菌群落结构随污泥驯化过程的进行发生了明显的演替变化,克隆文库的序列分析表明污泥中细菌种群具有丰富的多样性,主要包括Proteobacteria类群,Bacteroidetes类群,Firmicutes类群,Zoogloea sp.,Pseudomonas sp.,Rhodobacter sp.,Planctomyces sp.,Clostridium sp.等.DGGE优势条带的测序结果结合水质处理效果分析表明:Proteobacteria类群,Pedobacter sp.,Sphingobacterium sp.对CODcr的去除起到了关键的作用.     

西施舌肠蛋白质双向电泳图谱的建立

以西施舌的肠组织为研究对象,经破碎、裂解、离心等抽提方法提取肠组织蛋白样品,利用Bradford蛋白定量试剂盒作蛋白定量后,进行一向等电聚焦电泳和SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳。电泳后的凝胶用考马斯亮蓝染色,利用ImageScannerⅢ扫描仪扫描凝胶,获得凝胶图像。首次得到西施舌肠蛋白质双向电泳图谱,构建了西施舌肠蛋白质组的双向电泳技术体系。图谱分析显示,所获得的肠蛋白质等电点介于pH4～7,大部分蛋白为酸性蛋白,高分子质量及高等电点蛋白含量相对较少。     

基于16SrRNA基因的戈登氏菌演化分析

探讨19种戈登氏菌共31株间16SrRNA基因演化关系。利用16SrRNA基因序列进行相似性分析和同源性比对,并运用Neighbor．Joining法构建进化树,进行演化分析。其中13条16SrRNA基因序列来自临床分离株,其他16SrRNA基因序列来自Genbank。结果表明：13株临床分离菌株包含4株Gordoniaparaffinivorans,6株Gordoniabronchialis和3株Gordoniasputi,临床分离株的相似性百分比为93．5％-99．7％;16SrRNA基因序列在戈登氏菌不同种间存在较为明显的差异性（2％-6．2％）,可将临床分离株鉴定到种。进化分析结果显示：戈登氏菌分为两大类群,三种临床分离株在演化上按出现的先后依次为Gordoniabronchialis、Gor-doniasputi、Gordoniaparaffinivorans。所做研究可为戈登氏菌相关疾病的流行、预防、治疗和控制提供一定的参考。     

阿尔金山盐湖极端嗜盐古生菌的分离及16S rDNA序列分析

为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种资源,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ2和AJ4,采用PCR方法扩增出其16S rRNA基因(16S rDNA),并测定了基因的核苷酸序列.基于16Sr DNA序列的同源性比较和系统发育学分析,发现菌株AJ2是Natrmema属中一个与其他成员不同的新种,命名为Natrinema ajinwuensis sp.nov.;菌株AJ4是Haloarcula属中成员argentinensis的一个亚种,取名为Haloar-cula argentinensis subsp.ajinwuensis.菌株AJ2和AJ4的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号分别为AY208972和AY208973.     

一种促进蓝藻生长的海洋细菌的分离与鉴定

从青岛海域的海水中分离出了一株促进蓝藻增殖的海洋细菌QD-3。该菌革兰氏染色呈阳性,周生鞭毛,其形态随着培养时间的不同而改变,培养10 h时,细胞呈短杆状,继续培养至48 h细胞呈球状。16S rDNA序列分析表明,该菌与乙酰微小杆菌DSM20416(ExiguobacteriumacetylicumDSM20416)的同源性最高,16S rDNA的同源性高达99.6%,结合菌株的菌落形态、个体特征及生理生化反应,将QD-3菌株鉴定为乙酰微小杆菌QD-3(E.acetylicumQD-3)。该研究对经济蓝藻养殖和有害蓝藻控制研究有一定的参考价值。     

家蚕微孢子虫16S Rrna基因序列及分子进化

通过PCR克隆了家蚕微孢子虫（Nosema bombycis)苏州株的完整16S rRNA基因序列。序列分析表明，16S rRNA基因大小为1235bp，缺乏多个被认为是真核生物序列的区域，序列结构特征更多地类似于原核生物的，在进化上，推测微孢子虫在很早以前与原始真核生物产生分歧；分子进化分析发现，同属的微孢子虫可以处于系统进化树不同的分枝。     

罗布泊盐湖Halomonas属内种的多样性及系统分类

采用4种培养基和常规的分离技术对来自罗布泊盐湖的9份土壤样品进行了分离,结合16S rRNA测序结果采用常规方法对分离菌株进行了鉴定,探索了罗布泊Halomonas属细菌的物种组成情况。实验结果表明:罗布泊盐湖中具有Halomonas属的细菌10个种,其中9个菌株同已知种(Halomonas ventosae Al12T,Halomonas elonga-ta ATCC 33173T,Halomonas caseinilytica JCM 14802T,Halomonas taeanensis KCTC 12284T,Halomonas pantelleriensisDSM 9661T,Halomonas sulfidaeris DSM 15722T,Halomonas salina F8-11T和Halomonas cupida DSM 4740T)的相似性在98.4%～100%之间;另外,获得1个菌株(编号为GT 123),同关系最近的模式种Halomonas anticariensis的相似性仅为95%,属于Halomonas属内一个新的分支。菌株GT 123的多相分类结果表明其分类地位为Halomonas属内的一个新种。由此可见,罗布泊盐湖存在丰富的Halomonas属细菌物种多样性,并且潜藏着一定的新物种资源。