脓毒症儿童白细胞介素1受体拮抗剂及白细胞介素1β基因多态性的研究

目的 探讨白细胞介素-1受体拮抗剂（IL-1Ra）及白细胞介素-1β（IL-1β）基因多态性与儿童罹患脓毒症易感性的关系.方法 应用聚合酶链反应（PCR）法和限制性片段长度多态性（RFLP）方法,观察30例脓毒症患儿（脓毒症组）和40例健康儿童（健康对照组）的IL-1Ra基因可变串联重复序列（variableinumber of tandem repeat s,VNTR）多态性及IL-1β基因外显子5多态位点TapⅠ的分布状况.结果 脓毒症组IL-1Ra A2等位基因频率和A1/A2基因型分布明显低于健康对照组（P＜0.05或P＜0.01）,而IL-1β基因外显子5多态位点TapⅠ等位基因频率及基因型分布与健康对照组差异无统计学意义（P＞0.05）.结论 IL-1Ra A2等位基因在儿童脓毒症易感性中具有保护作用.     

精液液化相关基因单核苷酸多态性研究

目的:旨在发现2~3个与精液液化异常相关的前列腺特异性抗原(PSA)基因单核苷酸多态性(SNP)标记,为临床上及早确诊先天性精液液化异常提供一种新的诊断方法,为进一步研究精液液化不良的分子机制和治疗精液液化异常提供理论基础。方法:选择2015年1月1日-5月30日本院生殖中心就诊的100例男性患者,按照精液液化时间分为对照组和研究组各50例,以两组患者外周血DNA为模板,PCR扩增PSA基因的5个外显子后进行测序,通过软件对比分析测序结果,寻找两组PSA基因SNP位点。结果:PSA基因的5个外显子中,外显子2、外显子3有突变,其他外显子无突变;两组外显子2和3检出率比较差异均无统计学意义(P>0.05);两组等位基因及其频率比较差异均无统计学意义(P>0.05);对照组的外显子2的基因型有CC、CT、TT,基因型频率分别为0、62.0%、36.0%,研究组的外显子2的基因型有CC、CT、TT,基因型频率分别为0、72.0%、28.0%,两组之间比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:对照组和研究组精液的液化与PSA基因的这些突变无相关性,可能是PSA基因的这些突变未引起PSA蛋白表达的改变,引起精液液化异常的原因还有待进一步的研究。     

乐至黑山羊GH和IGF-I基因多态性及其与产羔性状的关联性分析(英文)

生长激素(GH)胰岛素样生长因子I(IGF-I)在卵泡的生长和闭锁中发挥关键作用。研究采用PCR-SSCP技术对157只乐至黑山羊GH和IGF-I进行多态位点的检测。结果发现,GH基因5’侧翼区和第二外显子分别检测到2种基因型,第三外显子检测到4种基因型,第四和第五外显子分别检测到3种基因型;IGF-I基因的第二外显子检测到2种基因型。通过基因测序发现GH基因有14处单核苷酸突变位点(SNPs)—T48C,A55G)(P1引物),T781C(P2引物),G1122A,A1161G,A1171G,C1179T和C1180G(P3引物),T1481C,A1494G,G1549T和C1590T(P4引物),G1942A和G1957A(P5引物);IGF-I基因有1个SNP(G3270C)(P6引物)。关联性分析结果表明,只有GH基因第三外显子BB型乐至黑山羊产羔数比AA型多0.32(p<0.05),其余基因型间产羔数差异不显著。研究初步表明GH基因可能与乐至黑山羊产羔数之间存在一定关联性。     

齐兴肉兔和伊拉兔MC4R、GHR基因SNP的检测

为了探索兔黑素皮质素受体-4 (MC4R)、生长激素受体(GHR)基因的部分单核苷酸多态性(SNP)及其与不同兔品种生长速度之间的关联,试验采用Chelex 100从齐兴肉兔和伊拉兔(n=60)血中快速提取基因组DNA,用PCR扩增MC4R、GHR基因部分片段并直接测序.结果发现:两品种兔GHR基因检测出1个SNP位点g.63343609 T>G,为同义突变,该位点仅检测到G等位基因;MC4R基因检测出5个SNP且均为同义突变,各个位点的基因型频率在齐兴肉兔和伊拉兔之间存在不同程度的差异.推测MC4R基因的单核苷酸多态性可能与兔的生长速度有关联.     

胃癌组织中TGFBR1的基因突变研究

目的揭示胃癌组织的转化生长因子-β受体1(TGFBR1)的突变位点,探索其在胃癌发生发展过程中的作用。方法将20例胃癌组织标本进行DNA提取,PCR扩增,应用Sanger双脱氧测序法进行TGFBR1全部外显子的基因测序,再对序列进行分析,找到TGFBR1的基因突变位点。结果在6例标本中得到了TGFBR1外显子9的7个基因突变位点(c.1470 G>A;c.1491 G>A;c.1493 G>A;c.1543 G>A;c.1624 G>A;c.1675 G>A;c.1684 G>A),均是第一次发现和报道。TGFBR1的基因突变与胃癌患者的年龄、性别、分化程度、淋巴结转移及分期均无关(P>0.05)。结论本实验发现7个未报道的TGFBR1基因突变位点,其中3个错义突变(c.1470G>A;c.1491 G>A;c.1493 G>A)可能是胃癌患者的致病原因之一,对揭示TGFBR1与胃癌的确切关系有重要意义。     

IL-1B基因多态性及幽门螺旋杆菌感染与胃癌的关系研究

目的:探讨IL-1B基因多态性与胃癌易感性的关系。方法:以聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析法检测65例胃癌患者和130例非胃癌患者的IL-1B基因位点多态性。结果:IL-1B-31及IL-1B-511均有3种基因型,分别是C/C、C/T和T/T;病例组Hp阳性感染率(70.8%)高于对照组(55.4%),差异有统计学意义(字2=5.6,P<0.05)。Hp感染时,IL-1B-511和IL-1B-31的T/T均能增加胃癌发病的风险,OR分别为8.1(95%CI:2.4-10.1)和11.5(95%CI:1.9-13.1)。结论:IL-lB-31和-511 TT基因多态性与河南地区胃癌的发生有关。     

藏鸡THRSP基因的克隆及生物信息学分析

对藏鸡THRSP基因进行克隆、序列测定及生物信息学分析.结果表明:获得的藏鸡THRSP基因核苷酸序列为428 bp(Gen Bank登陆号:KT153607),在50-258 bp处存在1个Cp G岛,ORF长度为390 bp,编码129个氨基酸,其中Leu所占比例为10.9%.THRSP蛋白分子量为14.18 ku,等电点(p I)为4.61,属于不稳定酸性核蛋白,存在8个磷酸化位点和5个O糖基化位点.预测其二级结构中α螺旋占51.2%,β折叠占3.1%,无规则卷曲占45.7%.同源性分析结果表明:藏鸡与原鸡THRSP基因核苷酸及预测的氨基酸序列同源性为100%,两者亲缘关系最近.     

暗纹东方鲀leptin基因的克隆、SNP筛选及其与生长性状的关联分析

为明确暗纹东方鲀Takifugu obscurus瘦素(Leptin)基因的基本性质,并探究leptin基因的多态性及其与暗纹东方鲀生长的相关性,随机选择6尾健康的3月龄暗纹东方鲀幼鱼作为基因克隆的试验样本,采用RT-PCR方法克隆leptin基因的cDNA序列,随机选择同期繁殖、同塘养殖的178尾8月龄鱼,采用直接测序法筛选leptin基因中与生长相关的SNP位点。结果表明:克隆得到的leptin cDNA序列长为661 bp,包括459 bp的开放阅读框,共编码152个氨基酸,Leptin氨基酸序列含19个氨基酸的信号肽序列,推测该蛋白为亲水的稳定蛋白;暗纹东方鲀Leptin氨基酸序列与红鳍东方鲀Leptin氨基酸序列一致性最高,为96.7%,与不同种属的其他鱼类相似性较低,与草鱼氨基酸序列的一致性仅为25.25%,但不同物种的Leptin存在较高的三级结构相似性;在暗纹东方鲀leptin基因上筛选得到2个分型稳定的SNP位点(T24G、T193A),其中,T24G位点不同基因型个体间的体质量存在显著性差异(P<0.05), GG基因型个体体质量显著小于TG和TT基因型(P<0.05);将2个SNP位点的不同基因型进行组合,经关联分析获得优势双倍型D5,D5型个体的3个生长性状值最高,体质量显著高于D2、D4型个体(P<0.05),极显著高于D6型个体(P<0.01),体长和体全长显著高于D6型个体(P<0.05)。研究表明,T24G位点的TG和TT基因型及双倍型D5是暗纹东方鲀优势生长的基因型,可作为暗纹东方鲀辅助育种的候选分子标记。     

PLCE1及其单核苷酸多态性功能研究新进展

磷脂酶Cε1(PLCE1)是新近发现的磷脂酶C同工酶,其分子结构中特有的CDC25和RA结构域使其功能上与Ras家族小G蛋白关系密切。PLCE1激活后介导信号传导,从而调控某些基因的表达,调节细胞的生长、分化等过程。PLCE1基因单核苷酸多态性rs2274223(A>G)位点是目前研究最多的多态位点之一,最近发现,PLCE1及其基因多态性和肿瘤、肾病综合征、心脏疾病等多种疾病的发生相关。     

VEGFC基因rs17697515（C>T）位点多态性与妊娠期糖尿病的相关性研究

目的:研究血管内皮生长因子C(VEGFC)基因单核苷酸多态性位点rs17697515与妊娠期糖尿病(GDM)发病风险的相关性。方法:选择2015年5月-2018年4月于深圳市罗湖区人民医院妇产科就诊的224例孕妇为研究对象,其中GDM孕妇106例(GDM组),健康孕妇118例(对照组)。分别收集两组孕妇的相关临床资料及实验室检测结果。检查两组孕妇身体质量指数(BMI),检测相关生化指标、计算出胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)及胰岛β细胞功能指数(HOMA-β)。利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术,对两组孕妇VEGFC基因rs17697515位点进行基因分型,比较两组的基因型和等位基因频率,分析rs17697515多态位点与糖、脂代谢及相关临床指标之间的关系。结果:与对照组孕妇相比,GDM组孕妇的空腹血糖(FBG)、胰岛素抵抗水平(HOMA-IR)、空腹血清胰岛素(FIN)、甘油三酯(TG)及低密度脂蛋白(LDL-C)浓度均显著升高(P<0.05);而胰岛β细胞功能指数(HCMA-β)、高密度脂蛋白(HDL-C)的浓度均显著降低(P<0.05)。GDM组CC基因型频率为50.94%,显著高于对照组的34.75%(P<0.05)。利用Logistic多因素分析显示,VEGFC基因rs17697515位点CC基因型与GDM密切相关(RR=18.306,P=0.013)。CC基因型的BMI、FIN、FBG、HOMA-IR、TC、LDL-C及TG均高于CT和TT基因型(P<0.05);而CC基因型的HCMA-β和HDL-C均低于CT和TT基因型(P<0.05)。结论:VEGFC基因rs17697515位点CC基因型可能作为GDM的易感基因,在GDM发生发展过程中起作用,且与胰岛功能异常、脂肪代谢异常以及肥胖有关。VEGFC基因rs17697515位点多态性研究有助于揭示脂代谢异常、胰岛素抵抗与GDM发病的关系。     

鹅CYP2C45基因核心启动子的鉴定及其多态性与产肝性能的关系

鉴定鹅CYP2C45基因核心启动子序列,并筛选其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,比较等位基因的转录活性差异及其与肝重性状的相关性,进而为肝重性状的选育筛选新的分子标记。通过双荧光素酶报告基因载体系统鉴定鹅CYP2C45基因启动子转录活性区域;通过PCR-SSCP、测序和序列比对方法分析朗德鹅的CYP2C45基因SNP,并分析不同基因型的转录活性;使用SPSS软件分析不同基因型与产肝性能的关系。结果表明通过双荧光素酶报告基因载体系统分析,发现鹅CYP2C45基因启动子活性区域为-165~+38bp;对朗德鹅群体进行了该区域SNP筛查,在5′上游-93bp处发现1个T/C突变,造成了屠体重的显著差异,对该突变造成的不同突变型进行转录活性分析,发现转录活性存在差异但未达到显著水平,推断CYP2C45基因的转录水平与鹅产肝性能呈正相关。本研究发现鹅CYP2C45基因核心启动子区域为-165~+38bp,该区域存在1个SNP,且与屠体重显著相关。     

仿刺参3个地理群体ITS1序列变异及系统发生分析

利用核糖体DNA第一内转录间隔区(Internal transcribed spacer 1,ITS1)序列,对中国大连(CD)、朝鲜罗津(KN)和俄罗斯海参崴(RV)仿刺参Apostichopus japonicus 3个群体的遗传结构进行分析。结果表明:经PCR扩增、克隆测序,获得长度为517⁵19 bp、524 bp两种类型的ITS1核苷酸序列,平均G+C含量(64.5%)显著高于A+T含量(35.5%);在仿刺参30个个体61条序列中共检测到49个变异位点,多态位点比例为9.33%,其中有4个简约信息位点,共有40种基因型,群体共享基因型为2个;遗传多样性分析表明,3个群体的遗传多样性丰富;分子方差分析显示,88.65%的变异来自于群体内部,群体间遗传分化较弱或中度分化;根据群体间遗传距离进行的聚类分析发现,KN群体与RV群体的亲缘关系较近,CD群体与KN、RV群体的亲缘关系较远。     

藏鸡A-FABP基因和H-FABP基因的克隆及生物学信息分析

以藏鸡为研究对象,根据NCBI上登录的原鸡A-FABP和H-FABP基因序列设计引物,利用RT-PCR方法克隆藏鸡A-FABP和H-FABP基因的CDS区,并进行生物信息学分析.结果表明:藏鸡A-FABP和H-FABP基因的ORF分别为399 bp、402 bp,编码132、133个氨基酸;A-FABP和H-FABP分子量分别为14.91ku、14.84ku,等电点分别为6.34、5.92,均为亲水蛋白,无信号肽和跨膜结构.磷酸化位点分别有9、6个,O糖基化位点分别有10、5个;藏鸡A-FABP和H-FABP的氨基酸序列与原鸡的同源性最高,分别为99%、100%,在鸟类动物中序列比较保守.     

CDH1基因-160C/A基因多态性与鼻咽癌发病风险的研究

目的本研究探讨CDH1基因-160C/A多态性在湖南汉族鼻咽癌人群中的分布及其与汉族鼻咽癌发病风险的相关性。方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)对280例湖南籍汉族鼻咽癌患者和291例湖南籍汉族非肿瘤对照组进行CDH1基因-160C/A SNP检测。比较基因型分布和发病风险的关系。结果 CDH1基因-160C/A多态的CC、CA、AA基因型在病例组中的分布频率分别为156(55.7%),103(36.8%),21(7.5%);在对照组的分布频率分别为178(61.2%),102(35.0%),11(3.8%);(χ2=0.597,P=0.440),符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);两组间分布的差异无统计学意义(P>0.05)。AA基因型显著性地提高鼻咽癌的发病危险(OR=2.96;95%CI:1.12⁴.81);携带A等位基因与鼻咽癌患者发生淋巴结转移有关联性(OR=3.07;95%CI:1.884.81);携带A等位基因与鼻咽癌患者发生淋巴结转移有关联性(OR=3.07;95%CI:1.88⁵.02)。结论 CDH1基因-160C/A多态性可能与汉族鼻咽癌发病的遗传易感性及鼻咽癌患者发生淋巴结转移密切相关。     

草鱼载脂蛋白A-I-1基因3'非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-I-1基因(Apoprotein A-I-1,apoA-I-1)3'非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点。C792T位点的CC型占46.53%,CT型占50.69%,TT型占2.78%;G851A位点的GG型占77.08%,GA型占20.83%,AA型占2.08%。采用一般线性模型对2个SNPs位点与草鱼4个生长性状———体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明:C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平(P>0.05);G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异(P<0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3(TTC792T-GGG851A)个体的体质量均值最高,D6型(CCC792T-AAG851A)个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异(P<0.05)。推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型。本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础。     

LncRNA-PRNCR1多态性与肠癌易感性及预后的关系

目的:研究LncRNA-PRNCR1多态性与肠癌易感性及预后的关系。方法:分别比较对照组以及观察组LncRNA-PRNCR1多态性之间的差异,分析LncRNA-PRNCR1多态性与结直肠癌患者的易感性以及预后的相关性。结果:两组rs16901946中的基因型比较,差异有统计学意义(P<0.05),与rs16901946中的AG、GG、AG/GG基因型位点相比,AA位点的肠癌发病率较高(P<0.05)。在≥58岁患者中,rs16901946中的AA基因型与肠癌的易感性相关,其OR值为1.801,在<58岁患者中,其OR值为0.960。同时,在加性模型中显示,≥58岁患者中,每增加一个等位基因A,患者的结直肠癌风险增加33.3%;女性患者中,每增加一个等位基因A,患者直肠癌风险增加11.3%,差异均有统计学意义(P<0.05)。通过对不同基因型结肠癌患者的总体生存情况比较,患者的生存时间之间的差异有统计学意义(P<0.05)。结论:患者LncRNA-PRNCR1中的rs16901946基因突变与患者的结直肠癌的进展密切相关,未来可通过对患者的多基因量化分析,对肿瘤细胞的激活进行预测。     

光棘球海胆CYP17基因的SNPs标记筛选及遗传分析

采用聚合酶链式反应、单链构象多态性(PCR-SSCP)技术和基因测序方法筛选光棘球海胆Strongylocentrotus nudus细胞色素17α羟化酶/17,20裂解酶(17α-hydroxylase/17,20-lyase,CYP17)基因编码区单核苷酸多态性(SNPs),并进行了基于SNPs的遗传分析。结果表明:在CYP17基因的270、417、666 nt处均发生了碱基的点突变,即G270A、A417G和C666T,前两个突变位点位于引物对BF/BR的扩增产物中,后一个突变位点位于引物对CF/CR的扩增产物中;引物对BF/BR的扩增产物可形成3种基因型,即AA、BB和AB基因型,A和B等位基因频率分别为0.54和0.46,AA、AB和BB基因型频率分别为0.30、0.48和0.22,该座位的杂合度(He)、纯合度(Ho)、多态性信息含量(PIC)和有效等位基因数(Na)分别为0.496 8、0.503 2、0.373 4和1.987 3;引物对CF/CR的扩增产物形成了两种基因型,即CC和CD基因型,C和D等位基因频率分别为0.68和0.32,CC和CD基因型频率分别为0.84和0.16,该座位的He、Ho、PIC和Na分别为0.268 8、0.731 2、0.232 7和1.367 6。遗传变异分析结果表明:两个座位均属于低度多态性,而且群体遗传杂合度较低,这反映了该群体的遗传一致性较高。本研究筛选的3个SNPs为今后CYP17基因在光棘球海胆性腺生长发育研究上提供了前期科研基础。     

CETP基因-629C/A多态与辛伐他汀调血脂效果的相关性

目的:探讨辛伐他汀调血脂效果与胆固醇酯转运蛋白(CETP)基因启动子区-629C/A多态性的相关性。方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态方法检测265例经辛伐他汀调脂治疗的血脂异常患者CETP基因-629C/A多态性位点的基因型频率分布情况,并比较治疗效果与该多态位点基因型之间的关系。结果:本研究对象中的-629C等位基因的频率为55.1%,其中CC、CA、AA基因型患者分别为74例(27.9%)、144例(54.3%)、47例(17.7%);治疗后,各基因型LDL-C变化量比较,差异有统计学意义(P<0.01),其中AA和CA基因型LDL-C变化量下降幅度均多于CC型(P<0.05)。结论:辛伐他汀调血脂效果与CETP基因-629C/A多态性有关联。     

染色体显性遗传性多囊肾病PKD2基因突变的检测

目的:建立检测常染色体显性遗传性多囊肾病2型(polycystic kidney disease 2,PKD2)致病基因突变的方法,检测收集的10个ADPKD家系共15例患者的PKD2基因突变情况。方法:收集江西地区经临床确诊的常染色体显性遗传性多囊肾病患者15例,采集外周静脉血5 mL,用试剂盒提取基因组DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增PKD2基因全部外显子及相近内含子区域,PCR扩增产物经分离纯化后直接进行基因序列测序,根据测序图谱进行突变分析,明确基因突变位点和类型。结果:15例常染色体显性遗传性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)患者中,检测出3个正常基因多态性位点,分别为1号外显子第420位碱基G置换为A,未引起编码氨基酸改变;1号外显子第568位碱基G置换为A,致使190位编码氨基酸由丙氨酸改变为苏氨酸;内含子靠近cDNA第844位碱基5’端的第22个碱基A置换为G。结论:可通过直接基因序列测定对PKD2进行基因突变检测,本研究所检测到的3个正常基因多态性位点均已有报道,为开展ADPKD直接基因诊断、产前诊断及症状前诊断提供了实验基础。     

1例先天性脊柱骨骺发育不良患者COL2A1基因新突变

目的检测1例先天性脊柱骨骺发育不良(SEDC)患者基因的突变情况。方法根据临床表现和骨骼影像学诊断先证者为SEDC。收集患者血液标本,提取基因组DNA,采用PCR扩增COL2A1外显子,对所有外显子进行测序分析。结果患者短颈,椎体扁平,股骨颈结构不规则,髋臼顶扁平,脊柱侧弯。基因检测表明COL2A1基因42号外显子2735位核苷酸发生一个新的错义突变,由G变成A(c.2735G>A),使912号氨基酸由甘氨酸变成了天门冬氨酸(p.G912D)。结论在1例中国SEDC患者中发现了一个COL2A1基因新的错义突变p.G912D。