高通量测序技术解析扳倒井浓香型白酒窖泥原核微生物群落结构

通过Illumina Miseq 2×300bp高通量测序技术对山东扳倒井股份有限公司浓香型白酒窖泥原核微生物群落结构进行了研究.发现:窖泥中细菌主要为梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)和芽孢杆菌纲(Bacilli);古菌主要为甲烷微菌纲(M...     

高通量测序分析赤水晒醋各生产阶段微生物群落结构变化

以赤水晒醋生产过程中药曲、乙醇发酵、醋酸发酵和醋醅曝晒样品为研究对象,采用高通量测序检测微生物群落结构及丰度。结果表明,本实验测序深度有效地覆盖其微生物种类,药曲的优势细菌菌属为芽孢杆菌属(Bacillus)、链霉菌属(Streptomyces)和高温放线菌属(Thermoactinomyces),真菌菌属为曲霉属(Aspergillus)、嗜热真菌属(Thermomyces);乙醇发酵的优势细菌菌属为乳杆菌属(Lactobacillus),真菌菌属为Aspergillus、Thermomyces;醋酸发酵的优势细菌菌属为Lactobacillus和醋酸菌(Acetobacter),真菌菌属为Aspergillus、丝孢酵母菌属(Trichosporon);醋醅曝晒阶段微生物种类最多,相对丰度均匀,无绝对优势菌属,相对丰度较高的细菌菌属有Bacillus、Thermoactinomyces、变形杆菌菌属(Proteus)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和红球菌属(Rhodococcus),真菌菌属为Aspergillus、枝孢属(Cladosporium)、梗孢酵母...     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析.结果表明,样品中共检测出35个门、378个属的细菌和4个门、38个属的真菌.优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉...     

高通量测序技术解析五粮液窖泥原核微生物群落结构

为清晰认识五粮液特殊窖泥微生态群落结构及功能,利用Illumina NextSeq 500高通量深度测序平台首次分析了五粮液不同窖泥原核微生物群落16S rDNA V4高变区序列;优化了QIIME程序并整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)的数量,分析了不同窖泥中原核微生物群落的丰度、多样性;利用系统发育分析确定了优势菌群的系统发育地位。该研究结果表明,从五粮液窖泥中共获得7 555 164条高质量目标片段。在相同的测序深度条件下(300 000条),五粮液窖泥原核微生物主要由细菌和古菌构成,共检出22个门,52个纲,89个目,168个科,330个属原核微生物,细菌占92.3%,古菌占7.6%。厚壁菌门(Fimicutes)是所有样品的绝对优势菌群(85.6%),共检出74个属,Clostridium、Lactobacillus,Coprococcus,Caldicoprobacter,Soehngenia是丰度最高的细菌属。结合系统发育分析确定窖泥中优势菌群为Lactobacillus,Caldicoprobacter,Caloramater,Clostridium,Caloribacterium,Garciella,Eubacterium,Syntrophomonas,Sedimentbacter,Sporanaerobacter,Tissierella,Methanosarcina,Methanobacterium,Methanobrevibacter,Methanoculleus。五粮液窖泥中蕴藏了显著区别于其他浓香型白酒窖泥的原核微生物群落,尤其是群系复杂的厚壁菌门细菌,较高丰度的产己酸菌群和促进己酸生成的甲烷菌群。     

基于高通量测序的陶融型大曲微生物群落结构分析

利用高通量测序技术研究成品陶融型大曲的微生物群落结构,并与大曲的理化性质进行相关性分析.结果 表明:大曲中共检测到83个细菌可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),主要细菌类群为厚壁菌门(Firmicutes)占79.15％、变形菌门(Proteobacteria)占15.30...     

榨菜发酵过程中原核微生物群落结构及其理化因子的动态演替

利用16S rRNA高通量测序技术探究榨菜发酵过程中原核微生物群落的演替,同时利用物理化学方法追踪发酵过程中理化因子的变化,并进行冗余分析。结果表明,随着榨菜发酵的不断进行,乳杆菌属的相对丰度从0. 92%增加至74. 77%,是发酵过程中的绝对优势属。明串珠菌属在发酵初始时的相对丰度可达3. 61%,在整个发酵过程中呈先增加后降低的变化趋势,可起到启动剂的作用。冗余分析表明:发酵初期的群落与p H及还原糖含量呈正相关;发酵中期的群落与亚硝酸盐、丙酮酸和琥珀酸含量呈正相关;而发酵后期的群落与总酸和其他有机酸含量呈正相关。该研究较系统地揭示了榨菜发酵过程中原核微生物群落的演替规律及其影响因素,可为进一步精确人工调控提供理论依据和筛选特性菌种提供数据参考。     

基于高通量测序的大黄鱼表面微生物群落组成及变化分析

为了探究茶黄素对低温贮藏大黄鱼表面附着的微生物组成的影响情况,本实验以空白处理和0.3 mol/L Vc溶液浸泡处理为对照,采用0.3 mol/L茶黄素对冷藏和冻藏大黄鱼分别进行浸泡处理,通过对大黄鱼表面附着微生物提取及高通量测序分析,获得不同处理样品中微生物组成及变化情况。结果表明,大黄鱼样本中有效序列范围为22879~55910条,Operational taxonomic unit（OTU）范围为28~49,其中以采用Vc浸泡处理后冻藏大黄鱼OTU数最低。实验组的Chao1值、Shannon指数和Simpson指数与空白处理组相比均有明显变化,其中Shannon指数分别下降17.80%和13.79%,Simpson指数分别上升50.80%和71.72%,表明茶黄素对大黄鱼表面菌落多样性和丰富度具有显著影响。经过茶黄素处理后,大黄鱼表面菌落分布发生了变化,冷藏条件下的大黄鱼表面的类香味菌属、嗜冷杆菌属、黄杆菌属的相对丰度占比从20.55%、11.02%、7.38%均下降到1%以下,冻藏条件下的不动杆菌属等菌属生长受到抑制。以上结果说明,茶黄素具有较好的抗氧化性,对脂肪含量较高的大黄鱼表面微生物菌落组成有一定的影响,可以抑制部分菌属生长,延长大黄鱼贮藏时间。研究结果可为大黄鱼品质保障、复合生物保鲜剂的开发等提供基础参考。     

高通量测序与传统纯培养方法在牡蛎微生物群落分析中的应用对比

为揭示牡蛎体附着的微生物群落结构特征,采用Illumina HiSeq高通量测序技术对牡蛎的细菌种类进行了分析,并与传统纯培养方法的分析结果进行对比。结果表明,牡蛎体附着的细菌以变形菌门（Proteobacteria,77.5%）、γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria,72.3%）为主;在目的分类水平上,弧菌目（Vibrionales,49.3%）、交替单胞菌目（Alteromonadales,12.2%）占优势;在科的分类水平上,主要是弧菌科（Vibrionaceae,36.8%）、希瓦氏菌科（Shewanellaceae,10.3%）和交替假单胞菌科（Pseudoalteromonadaceae,7.2%）;在属的分类水平上,弧菌属（Vibrio,28.3%）、希瓦氏菌属（Shewanella,10.3%）、交替假单胞菌属（Pseudoalteromonas,7.2%）比例相对较高。高通量测序分析结果中,丰度前3 位的菌属与纯培养鉴定的结果一致,但比例有所差异。     

基于高通量测序的紫贻贝中微生物群落分析

为探究不同状态下紫贻贝制品表面附着的微生物菌群组成情况。本实验以新鲜紫贻贝、冻藏紫贻贝、自制紫贻贝干,贮藏自制紫贻贝干和市售紫贻贝干为研究对象,通过对紫贻贝表面附着微生物提取及高通量测序分析,获得不同紫贻贝样品中微生物组成及变化情况。实验结果表明,各样本中有效序列范围为30066～40563条、Operational taxonomic unit(OTU)范围为28～128,其中市售紫贻贝干OTU数最低,而冻藏紫贻贝OTU数相对较高;新鲜紫贻贝和自制紫贻贝干中主要是嗜冷杆菌属和不动杆菌属,冻藏紫贻贝干中主要为嗜冷杆菌属,贮藏紫贻贝干中主要为假单胞菌属和嗜甲基菌属,而市售紫贻贝干中优势菌群为葡萄球菌属和肠球菌属。不同状态下的紫贻贝样品的菌群组成均存在着较大距离,表明紫贻贝状态、加工过程及贮藏销售环境等,均对贻贝产品菌群组成产生较大的影响。研究结果可为保障紫贻贝制品的质量与安全提供参考。     

基于高通量测序分析槟榔原籽贮藏过程中真菌群落结构

利用高通量测序技术研究槟榔原籽新籽及老籽的真菌群落结构,得到食用槟榔原籽在贮藏过程中真菌群落结构的变化情况。采用Illumunima Miseq测序平台对槟榔原籽总DNA的PCR扩增产物测序,结果显示:槟榔原籽在贮藏过程中真菌群落多样性有所降低,原籽新籽在"属"的分类水平上主要是散囊菌属(Eurotium)、根霉属(Rhizopus)、曲霉属(Aspergillus)、节担菌属(Wallemia),分别占96.03%,2.18%,0.82%,0.52%,未分类菌属为0.05%;贮藏超过1年的老籽中,曲霉属和散囊菌属分别占94.57%及4.89%,根霉属和节担菌属减少,而新籽中不存在的青霉属(Penicillium)亦有检出。贮藏过程中槟榔原籽真菌群落结构变化的解析为其防霉技术的研究提供了理论依据。     

基于高通量测序的郫县豆瓣不同发酵期细菌群落结构及其动态演替

采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对郫县豆瓣全发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行深入研究,测序获得有效序列数731188条,归类为11个门（Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria、Chlorobi、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Fusobacteria、Cyanobacteria、Bacteroidetes、Acidobacteria、Deferribacteres）和其他未分类的单元,包含37082个OTU。研究结果表明郫县豆瓣细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵的持续和环境的变化而不断变化,尤其是peijiao样品,其细菌组成的丰度与其他5个时期的样品（BZ1Y、BZ5Y、BZ10Y、HE1Y和HE5Y）差异显著。另外,还有一些未被分类的细菌新物种资源等待深入挖掘。结果揭示了郫县豆瓣中有185个细菌属,其中Staphylococcus、Weissella、Pediococcus、Lactobacillus、Corynebacterium和Bacillus属的细菌是豆瓣发酵的主要优势菌群,伴随于郫县豆瓣的整个发酵过程,对郫县豆瓣的质量与风味产生重要的影响。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析O3-BAC饮用水处理过程细菌多样性变化

采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对臭氧-生物活性炭水处理工艺过程各单元出水中细菌多样性及丰度进行研究,测序获得196 809 条16S rDNA基因序列,归类为38 个门,522 个属。各样品中细菌多样性分析结果表明：在各处理单元出水中细菌群落具有高度多样性,预臭氧和臭氧氧化处理对水体中细菌多样性及丰度的影响最大,可杀灭一部分属的细菌,可合理控制臭氧浓度杀灭部分耐氯菌;絮凝沉淀和沙滤单元处理对水体中细菌多样性具有恢复效果,使水体中细菌种属进一步增多;在生物活性炭滤池处理后,细菌多样性增加,丰度分布更为均匀,对后期消毒工艺提出了更高的要求。     

传统清香型白酒发酵过程中细菌群落结构及其动态演替

利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对传统清香型白酒大楂和二楂发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行研究,测序获得有效序列数分别为319 872条和269 087条,归类为15个门(厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、浮霉菌门、绿弯菌门、疣微菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门、衣原体门、硝化螺旋菌门、广古菌门、产金菌门、梭杆菌门、蓝细菌门,分别包含39 567,22 717个OTUs。研究表明:大楂和二楂细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵和环境的变化而变化,主要优势菌群包括葡萄球菌属、片球菌属、乳杆菌属。它们动态变化,此消彼长,影响大楂和二楂酒的质量与风味物质的产生。     

基于16S rRNA的徽派腊肉加工过程中微生物群落结构分析

为探究徽派腊肉加工过程中的微生物群落演替规律,采用高通量测序技术对不同加工阶段的徽派腊肉中微生物16S rRNA进行V3～V4区测序,比较不同加工阶段(鲜肉、腌制中期、腌制结束、成熟中期、成熟结束)腊肉中细菌群落结构组成及多样性差异.结果表明:5个加工阶段分别获得80155、80116、80174、80114、8017...     

Illumina Miseq高通量测序方法对袋装番茄酱微生物多样性分析

目的:研究袋装番茄酱的微生物多样性及差异。方法:采集番茄酱样品,采用Illumina Miseq-高通量测序方法对产自新疆地区的番茄酱进行测定,并结合计数方法对胀袋番茄酱中菌株进行计数和鉴定。结果:胀袋番茄酱中的腐败微生物为乳杆菌属微生物,正常番茄酱中鉴定出的微生物包括乳杆菌属、伯克氏菌属、劳尔氏菌属、草螺菌属、慢生根瘤菌等主要存在于植物和土壤中的细菌。结论:本研究为了解番茄酱制品的微生物多样性提供了一定的参考。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析四川麸醋发酵过程中微生物菌群结构

以四川麸醋为研究对象,采用高通量测序技术分析四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化和演替规律。结果表明:细菌菌群和真菌菌群丰度指数均在发酵第1天时最大,而细菌菌群和真菌菌群多样性指数最大值分别在发酵第1天和第23天。在门水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌门是厚壁菌门,而真菌的优势菌门是子囊菌门。在种水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌种是耐酸乳杆菌和巴氏醋杆菌,分别在发酵第7天和第25天时达到最大占比54.47%和84.54%,而真菌的优势菌种是酿酒酵母,在发酵第5天时达到最大占比97.94%。此外,还在醋醅中检测出曲霉属、链格孢属等。通过对四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化演替规律的研究,以期能锚定优势菌种,通过调控发酵环境的微生态结构来提高麸醋的质量。     

青菜腌制过程中腐败表层细菌的多样性分析与群落演替

通过构建16S rRNA基因文库揭示青菜腌制过程中腐败表层细菌群落构成,利用Shannon-Weaver（H）、Chao、ACE、Simpson、覆盖度和相关性指数分析群落的多样性及演替关系。系统发育分析显示,从样品中获得的16S rRNA基因序列分别被归为Vibrio、Halomonas、Pseudoalteromonas、Shewanella、Marinomonas、Geobacillus、Pseudomonas、Psychrobacter、Cobetia、Oceanobacillus、Pantoea和Lactobacillus属。其中能够产生亚硝酸盐的致病性Vibrio属细菌为腐败表层卤水中的优势菌,分别占腌制7、22、60 d细菌总数的45.8%、74.2%、44.9%,Pseudoalteromonas、Shewanella、Pseudomonas等属腐败性细菌主要分布在第7天的样品中,受高盐环境的影响,Cobetia、Halomonas等嗜盐菌和Lactobacillus属细菌的数量随时间的延长逐渐增多。7、22、60 d样品菌群相关性系数由0.5131降至0.4064,随之又升高至0.8168。结果表明：腐败表层卤水中细菌在青菜腌制过程中介导腐败并产生有害成分,其群落结构随腌制过程演替。