核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制

目的:通过网络药理学方法和分子对接技术,探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中医药综合数据库（Traditional Chinese Medicines Integrated Database,TCMID）、中药分子机制生物信息学分析工具(A Bioinformatics Analysis Tool for Molecular MechANism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM）、SwissTargetPrediction和TargetNet等数据库,检索益肝草凉茶中9味中药的活性成分及相关靶点;通过比较毒理基因组学数据库（The Comparative Toxicogenomics Database,CTD）、功能关联蛋白网络数据库（Functional Protein Association Networks,STRING）以及蛋白数据库（Universal Protein,Uniprot）数据库获取肝病相关的靶点;通过药物作用靶点及肝病靶点互作筛选益肝草凉茶解酒保肝的靶点,进一步构建解酒保肝靶点的蛋白相互作用网络;通过生物学信息注释数据库（Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis,DAVID）数据库进行靶点蛋白的基因功能与通路分析;采用Cytoscape软件进行网络构建与分析;借助AutoDock软件,将关键成分与重要靶点进行分子对接验证。结果:本研究共收集到益肝草凉茶的活性成分186个,可作用于298个靶点,其中涉及到肝脏疾病的靶点有78个。预测靶点主要作用于癌症的途径、钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路等通路发挥保肝护肝作用。结论:本研究揭示了益肝草凉茶可通过多成分、多靶点、多通路的作用特点调控网络发挥解酒保肝的功效,为其治疗酒精性肝病的研究和临床应用提供科学依据。     

基于网络药理学探讨鱼油抗抑郁作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨鱼油抗抑郁的作用机制。方法:通过PharmMapper、SwissTargetPrediction、DrugBank、GeneCards以及Disgenet等数据库获得鱼油治疗抑郁症的作用靶点；利用String网站与Cytoscape软件获得蛋白互作网络分析；通过DAVID 6.8数据库对潜在作用靶点进行富集分析；使用Cytoscape软件绘制成分靶点通路可视化网络图。结果:鱼油主要通过EPA与DHA发挥抗抑郁作用，其治疗抑郁症的相关靶点共115个，主要为MAPK3、MAPK1、CASP3、PPARG、PPARA、PTGS2、DRD2等。这些核心靶点作用于5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、花生四烯酸代谢通路等信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路，调节对药物的反应、类固醇激素介导的信号通路、氧化-还原过程等生物过程，发挥抗抑郁作用。结论:鱼油有助于治疗抑郁症具有多靶点、多通路的特点，可能通过5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、花生四烯酸代谢通路等发挥抗抑郁作用。     

基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

基于网络药理学分析金钗石斛治疗神经系统疾病的药效物质基础及作用机制

目的:基于网络药理学分析金钗石斛治疗神经系统疾病的药效物质基础及作用机制。方法:检索Si-noMed、中国知网、万方等数据库获取金钗石斛中的化学成分,将成分录入TargetNet数据库以获取潜在靶点,再将靶点导入CTD数据库检索相关疾病,导入DAVID数据库获取靶点的基因功能及作用通路。用Cytoscape软件构建“成分-靶点”及“靶点-疾病”网络等进一步可视化整合分析。并采用AutoDock Vina软件对关键成分与靶点进行分子对接验证。结果:本研究共收集到金钗石斛中47个成分,可作用于88个靶点,进一步分析可知Nobilin D、Nobliomethylene、decumbic acid B、（+）-dendrolactone、（?）-denobilone A和Nobilin等成分是金钗石斛治疗神经系统疾病的主要药效物质基础,可作用于MIF、ERS2、CYP19A1、ABCG2、TLR9和DRD5等关键靶点,通过调节Sphingolipid signaling pathway、Cocaine addiction及Serotonergic synapse等信号通路来发挥治疗神经系统疾病的作用。结论:本研究揭示了金钗石斛多成分、多靶点、多途径的作用规律,为深入开展金钗石斛治疗神经系统疾病的作用机制研究提供新的依据。     

基于网络药理学和分子对接技术预测山楂治疗冠心病潜在分子机制

通过网络药理学和分子对接技术探究山楂治疗冠心病的活性成分及作用机制,借助TCMSP、Gene Cards、OMIM等数据库搜集靶点信息,通过STRING数据库构建PPI网络图,对共同靶点进行GO、KEGG通路富集分析,最后将活性成分与核心靶点进行分子对接,初步验证网络药理学结果。共筛选出6个山楂活性成分（谷甾醇、山萘酚、豆甾醇、槲皮素、表儿茶素、异鼠李素）,10个山楂治疗冠心病核心靶点（JUN、AKT1、TNF、MAPK1、TP53、RELA、IL6、MAPK8、MAPK14、EGFR）。KEGG通路富集结果显示,山楂防治冠心病通路涉及癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙肝、MAPK信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、异鼠李素和山萘酚均与核心靶点的结合性较好,推测这些成分可能为治疗冠心病的主要活性成分。山楂可能通过多成分（异鼠李素、山萘酚、槲皮素）作用于MAPK8、MAPK1、RELA等关键靶点,调节MAPK等多条信号通路来治疗冠心病,初步揭示山楂治疗冠心病的潜在作用机制。     

基于网络药理学与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用的分子机制

目的:本文基于网络药理学技术与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用机制。方法:利用TCMSP、HERB等数据库,以口服生物利用度≥30%为筛选条件,得到费菜药效成分及其潜在靶点。利用GeneCards、OMIM等数据库查找炎症相关靶点,通过STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件绘制PPI蛋白互作图,分析费菜中抗炎的关键药效成分和潜在作用靶点。利用David数据库对潜在作用靶点进行GO富集和KEGG信号通路富集,并进行可视化分析。应用AutoDock软件将药效成分与核心靶点进行分子对接,并进行可视化分析。利用高效液相色谱法分析药效成分。采用LPS诱导的RAW264.7细胞炎症模型,验证药效成分的抗炎作用。结果:筛选得到5个药效成分及相关靶点130个,抗炎靶点421个,两者取交集后获得费菜潜在抗炎靶点22个,其中关键靶点有PPARG、EGFR、TP53等,发挥关键作用的主要成分为β-谷甾醇和没食子酸。GO及KEGG富集分析结果表明,β-谷甾醇和没食子酸主要通过调控聚合酶II启动子的转录正调控、神经元凋亡过程的正调控和脂多糖反应等生物过程,通过癌症通路、乙型肝炎、TNF信号通路、MAPK信号通路等信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示抗炎药效成分均与靶点蛋白分子对接结果良好。高效液相色谱法证明费菜中含有药效成分β-谷甾醇和没食子酸。实验验证结果表明,β-谷甾醇和没食子酸可显著降低促炎因子NO含量,提高抗炎因子IL-10含量（P<0.05）,发挥抗炎作用。结论:本研究揭示了费菜通过调控多靶点、多途径发挥抗炎作用,为费菜的研究和应用奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨毛建茶干预高脂血症的作用机制

本研究旨在运用网络药理学方法和分子对接技术综合解释毛建茶干预高脂血症的核心成分和作用机制。利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选得到毛建茶中8 个活性成分和160 个干预高脂血症作用的靶点，构建“毛建茶-活性成分-交集靶点-高脂血症”网络。基因本体通路分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析结果显示，毛建茶干预高脂血症主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、胰岛素抵抗和过氧化物酶体增殖物激活受体等信号通路；分子对接及可视化分析结果表明，毛建茶核心成分与关键靶点间均能稳定结合。综上，毛建茶通过多成分-多靶点-多通路协同作用干预高脂血症，研究结果可为代用茶植物资源的开发与利用提供理论依据。     

桑椹防治肝肾阴虚型冠心病成分与作用机制分析（网络首发、推荐阅读）

基于网络药理学和分子对接研究桑椹防治肝肾阴虚型冠心病成分与潜在作用机制。运用TCMSP、TCMID、Swiss TargetPrediction、GeneCards等数据库并结合文献报道获得桑椹防治肝肾阴虚型冠心病有效活性成分和共同作用靶点,运用Cytoscape软件生成成分-靶点-疾病相互作用网络图,通过STRING数据库进行PPI网络的构建与分析,然后借助DAVID数据库进行GO功能分析及KEGG通路富集分析,最后利用薛定谔软件对重要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。获得桑椹有效活性成分14个,134个靶基因与肝肾阴虚型冠心病相关。预测靶基因主要作用于TNF、PI3K/Akt等信号通路通过调控炎症、凋亡反应以及血液循环来防治肝肾阴虚型冠心病。分子对接结果表明重要活性成分与候选靶蛋白存在较好的结合性。初步揭示桑椹能够多成分、多靶点、多通路地防治肝肾阴虚型冠心病,研究结果可为桑椹及防治肝肾阴虚型冠心病功能食品的开发提供理论参考和新的研究方向。     

基于代谢组学及网络药理学分析天麻熟制过程中生物学活性变化

目的:通过代谢组学、网络药理学及分子对接技术阐述天麻在熟制过程中成分及其药理活性变化。方法:使用LC-QTOF-MS及R语言对天麻成分进行检测和分析;通过PubChem数据库及文献查找筛选出具有生物活性的成分;使用Swiss target prediction数据库及SEA数据库对成分靶点进行预测,GeneCards数据库和OMIM数据库获取疾病靶点;通过STRING 11.5数据库及Cytoscape3.8.2软件绘制药物-化合物-靶点网络及靶点蛋白互作网络,筛选关键成分及靶点;通过DAVID数据库和OmicShare Tools对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析。结果:在熟制天麻和新鲜天麻中找出89种在含量方面具有差异的成分;分别筛选出11种具有治疗惊厥作用的成分以及410个潜在靶点,5种具有治疗糖尿病及其并发症作用的成分及698个潜在靶点;GO和KEGG富集分析发现天麻通过IL-17信号通路、cAMP信号通路、神经活性物质受体信号通路、阿尔茨海默病信号通路以及多巴胺能神经突触信号通路治疗惊厥,通过AGE-RAGE信号通路、HIF-1、VEGF以及TNF信号通路治疗糖尿病...     

基于网络药理学和分子对接探讨常见酚酸提高机体免疫力的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究常见酚酸类化合物提高机体免疫力的分子机制。方法：利用TCMSP数据库、STITCH数据库、SwissTargetPrediction在线靶点筛选平台收集常见酚酸类化合物潜在靶点,并利用Cytoscape3.8.0软件构建酚酸类化合物-靶点网络图。在GeneCard数据库、OMIM数据库收集免疫力相关靶点,与常见酚酸类化合物靶点取交集并导入STRING数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）分析,得到酚酸类化合物提高免疫力的核心作用靶点,将核心靶点导入DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路富集。最后,应用AutoDock软件对关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果：共收集到常见酚酸类化合物36个,对应靶点496个,提高免疫力靶点16691个,二者取交集,获得酚酸类化合物增强免疫作用靶点454个,其中关键作用的靶点为SRC、MAPK1、HSP90AA1、AKT1、TP53等,发挥作用的主要成分为迷迭香酸、迷迭香酸甲酯、鞣花酸、阿魏酸乙酯、芥子酸等。GO及KEGG分析结果显示,常见酚酸类化合...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

基于网络药理学和分子对接探讨桑枝改善高尿酸血症的作用机制

目的:探讨桑枝（mulberry twig）治疗高尿酸血症（HUA）的可能作用靶点及机制。方法:于TCMSP、Batman-TCM、PubMed、CNKI等数据库进行检索,获取桑枝组分群,借助SwissTargetPrediction及PharmMapper等平台获取桑枝成分靶点;并利用GeneCards和OMIM在线平台收集整理HUA相关靶点;将HUA靶点与桑枝组分靶点取交集,得到共有靶点;利用STRING官方平台和Cytoscape软件获取蛋白互作网络图,并借助后者获取“化合物-靶点-通路”网络作用图;采取DAVID平台展开GO和KEGG富集分析;借助分子对接（Molecular docking）手段对分析结果加以验证。结果:筛选出桑枝潜在活性组分45个,组分靶点620个,HUA相关靶点1277个,共有靶点128个,经网络拓扑分析,得到VEGFA、SRC、PIK3CA、MAPK1、IL6、TNF等13个核心靶点以及木犀草素、槲皮素、环桑色烯、桑辛素M、桑色素、山奈酚、异鼠李素等10个活性组分。GO富集分析条目共获取295条（P<0.01）,其中,生物过程（BP）共212个,主要包括细胞增殖正相调控、凋亡过程负相调控等;细胞组成（CC）共31个,靶点主要存在于质膜及细胞质等;分子功能（MF）共52个,主要涉及蛋白质结合、ATP结合等;KEGG富集共获取信号通路78条（P<0.01）,主要包括Cancer、TNF、TRP、Toll-like receptor等信号通路。分子对接结果表明潜在活性组分与核心靶点结合优良。结论:本研究初步表明桑枝治疗HUA作用具有多组分、多靶点、多信号通路的特点,为后期深入研究桑枝潜在活性组分治疗HUA的分子机制奠定科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制.方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点.应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点.通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释(GO)及通路富集分析(KEGG...     

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS和网络药理学分析五味子治疗非酒精性脂肪肝的物质基础及作用机制

目的:基于超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)、网络药理学方法及分子对接技术探索五味子治疗非酒精脂肪肝的物质基础与作用机制.方法:利用UPLC-Q-Orbitrap HRMS技术鉴定五味子中的化学成分.利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和SwissT...     

基于网络药理学探讨桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接技术探究桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制研究。方法:通过文献大数据挖掘获取桦褐孔菌主要成分，利用OMIM、DisGeNET和GAD数据库收集降血糖相关基因，Cytoscpe软件构建桦褐孔菌成分-靶点相互关系网络。主要靶点通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集，并对KEGG信号通路进行可视化。最后，采用PyRx软件对成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到25, 26-二羟维生素D、桦褐孔菌酸，栓菌酸和桦褐孔菌醇烷D等19种成分为桦褐孔菌降血糖的功效成分，作用于AKT1、AGTR1、ADRA2B和HSP90AA1等21个关键靶点，参与调控89条信号通路。分子对接结果发现疏水作用和氢键连接是其主要的作用形式。结论:本研究通过桦褐孔菌主要成分降血糖的功效研究筛选出19个核心活性成分，为桦褐孔菌相关产品开发及其质量控制提供科学的依据。