韶关和衡阳地区自然发酵辣椒微生物群落多样性及功能差异

利用高通量测序技术对衡阳和韶关地区的自然发酵辣椒微生物多样性进行解析,并结合基于标记基因序列来预测功能丰度（phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states 2,PICRUSt2）软件预测菌群功能差异。结果表明,相比韶关地区,衡阳地区自然发酵辣椒具有更多的OTUs数目和更高的多样性。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）是衡阳和韶关地区自然发酵辣椒的优势菌门,其两者相对丰度之和大于94%。在属水平上,Rosenbergiella(42.59%～48.77%)、假单胞菌属（Pseudomonas,7.36%～10.24%）和泛菌属（Pantoea,4.94%～6.99%）是衡阳地区自然发酵辣椒的优势菌属;韶关地区自然发酵辣椒中葡萄球菌属的相对丰度最高,可达76.15%～81.67%。PICRUSt2预测结果表明,衡阳和韶关地区自然发酵辣椒在20条二级代谢通路上存在显著差异（P <0.05）,包括碳水化合物代谢、脂质代谢、核苷...     

红腌菜发酵过程中细菌多样性动态分析

为探究红腌菜自然发酵过程中细菌的组成及演替规律,以工厂发酵和农户发酵红腌菜为研究对象,利用Illumina Miseq高通量测序技术对红腌菜发酵过程中的细菌多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,工厂发酵和农户发酵红腌菜共获得有效序列分别为332195和1391172条,聚类后分别得到494和388个OUT;整个发酵过程以变形菌门和厚壁菌门为优势菌门,两者相对丰度之和大于70%;乳酸杆菌目为发酵中后期的优势菌目,工厂发酵和农户发酵样品的相对丰度分别为76.74%～98.05%和53.13%～60.32%;属水平上,工厂发酵样品发酵后期以乳酸杆菌属绝对优势菌属;农户发酵样品以乳球菌属、不动杆菌属、乳酸杆菌属、明串珠菌属为优势菌属。工厂发酵和农户发酵红腌菜样品中细菌群落的主要功能均包含碳水化合物代谢、氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢、其他氨基酸代谢四条KEGG 途径。本研究增强了对红腌菜发酵过程中细菌群落动态演替情况的了解,可为传统红腌菜生产工艺的改进及优良菌种的筛选提供参考。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

南宁地区酸柠檬细菌多样性及潜在功能分析

为解析广西南宁市家庭自制酸柠檬中的细菌群落结构及潜在功能,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对酸柠檬样品细菌群落多样性进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能和表型进行预测。结果表明,酸柠檬中微生物多样性较高,不同样品间优势细菌含量差异较小。优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,累计平均相对含量达98.23%;优势细菌属为劳尔氏菌属（Ralstonia）、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、诺卡氏菌属（Nocardia）、假单胞菌属（Pelomonas）和别样杆菌属（Alistipes）,平均相对含量分别为66.13%、8.18%、2.87%、1.27%、1.01%。酸柠檬中具有氨基酸转运与代谢、能量生产和转换功能的细菌序列占总序列的比例较高,均＞7%,可促进酸柠檬独特风味的形成。     

基于高通量测序技术比较不同来源原料乳中的细菌特征

本文采用二代高通量测序技术研究北京、河北、内蒙古、天津四地区不同季节原料乳样品中的细菌多样性并对其进行功能预测。收集四地区不同季节原料乳样品23份,提取基因组DNA后使用Illumina Mi Seq测序平台对细菌16S rRNA的V3-V4"可变区"进行测序,结合数据库对原料乳中微生物群落分布、相对丰度和细菌功能基因代谢途径进行分析。原料乳中的细菌可分为33门732属,其中变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)为主要菌门,平均相对丰度占微生物总数的99.37%。优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),平均相对丰度之和为60.55%。不同地区、不同季节原料乳微生物群落的结构组成和相对丰度存在差异,且假单胞菌属和气单胞菌属的相对丰度在不同季节原料乳中存在显著性差异(p0.05)。氨基酸代谢、碳水化合物代谢和膜运输为原料乳细菌主要的代谢途径。     

镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

红谷黄酒发酵过程中细菌群落结构分析及其对高级醇的影响

为了解南阳红谷黄酒酿造过程中高级醇与细菌群落演替之间的相互关系,该研究采用气相色谱-质谱联用（GC-MS）法测定发酵过程中的高级醇,通过高通量测序技术揭示细菌群落结构特征,并采用Spearman统计学方法对两者之间的相关性进行预测。结果表明,红谷黄酒中共检测到15种高级醇,以异戊醇、异丁醇为主,分别占高级醇总含量的70.88%～74.36%和15.81%～18.76%。黄酒发酵至第6天,细菌群落多样性达到峰值,发酵过程中优势细菌门（平均相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,优势细菌属（平均相对丰度≥1%）为魏斯氏菌属（Weissella）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）、Lentilactobacillus、乳酪杆菌属（Lacticaseibacillus）、克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、克鲁沃菌属（Kluyvera）和肠球菌属（Enterococcus）,其中对高级醇产生主要贡献的细菌群为大洋芽孢杆菌属、克鲁沃菌属和魏斯氏菌属。     

暗纹东方鲀冷藏期间细菌群落结构与功能变化

目的：探究暗纹东方鲀（Takifugu obscurus）冷藏期间的微生物群落结构与功能变化规律，明确贮藏过程的优势菌属。方法：通过高通量测序技术研究冷藏期间（4℃，8 d）暗纹东方鲀细菌群落结构组成与变化规律，利用Tax4Fun2软件进行细菌群落功能预测，并测定其挥发性盐基氮（Total Volatile Basic-N,TVB-N）、pH、感官评分等指标变化。结果：高通量测序表明贮藏期间样品细菌群落发生显著变化，初期的主要菌属有不动杆菌属（Acinetobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、气单胞菌属（Aeromonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）等，贮藏后期假单胞菌属（Pseudomonas）的相对丰度增至91.7%以上，成为优势菌属。贮藏初期α多样性指数较高，贮藏后期明显降低。细菌群落功能预测结果显示贮藏后期的氨基酸代谢、细胞交流、膜运输等功能通路丰度升高。贮藏后期样品pH、挥发性盐基氮值、菌落总数呈上升趋势，感官评分呈下降趋势。结论：样品贮藏过程中，微生物群落结构与功能发生明显演替，假单胞菌属（Pseudomonas）是贮藏过程中的优势菌属；该结...     

酸菜发酵过程中细菌群落结构变化及驱动机制

酸菜质量的标准化依赖于其发酵过程中的微生物群落结构的动态演替。本研究利用高通量测序技术研究酸菜发酵过程细菌群落结构组成的动态变化,以及理化因子的动态变化规律,揭示发酵环境与微生物群落结构之间的相关性,并进行功能预测和代谢通路分析。结果表明:酸菜发酵初期、中期和末期三阶段中初期S1阶段的Simpson指数显著高于S2、S3阶段(P<0.05),Shannon指数显著低于S2、S3阶段(P<0.05),表明发酵初期细菌群落的多样性较低。从9个酸菜样品中检测到的细菌种类隶属于6门、9纲、29目、47科、59属、83种。酸菜发酵中主要的优势菌门是厚壁菌门和变形菌门,假单胞菌、乳杆菌、肠杆菌、乳球菌为优势属。细菌群落结构在不同阶段具有明显差异,在发酵初期、中期和末期,厚壁菌门的相对丰度分别是10.61%,64.83%,77.51%,而变形菌门由84.18%降至33.19%,最终降到17.91%。假单胞菌属相对丰度由发酵初期65.36%,发酵中期21.21%降到发酵后期的7.10%,乳杆菌属由相对丰度小于1%,到发酵中期迅速增至58.06%,再到发酵后期增至67.65%。曲度乳杆菌是发...     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

【目的】为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。【方法】以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。【结果】发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%～98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）...     

陇西腊肉传统制作过程中细菌群落演替对脂肪水解及氧化的影响

为探究陇西腊肉传统制作过程中细菌群落演替对脂肪水解及氧化的影响,采用Illumina MiSeq测序技术解析陇西腊肉制作过程中微生物群落结构及演替规律,并结合气相色谱-质谱联用技术检测制作过程中脂肪酸组成及含量变化,以及肉样中酸价、过氧化值的变化。结果表明：测序深度有效地覆盖了样品中绝大部分细菌种类,测序结果进行整理、过滤后共得到186 866 条有效序列,聚类后有580 个可操作分类单元,注释到15 个门,414 个属。整个制作过程中,Proteobacteria和Firmicutes为优势细菌门,而Brochothrix、Carnobacterium、Lactobacillus、Pseudoalteromonas、Psychrobacter和Cupriavidus为优势细菌属。通过PICRUSt软件分析,菌群中与脂肪酸代谢相关基因的丰度较高;脂肪酸组成分析揭示棕榈酸（C16:0）、硬脂酸（C18:0）、棕榈油酸（C16:1）、油酸（C18:1）、亚油酸（C18:2n6c）是主要的成分,占比达到83.84%～92.43%。通过相关分析得到：Streptococcus、Staphylococcus、Lactobacillus、Cupriavidus、Carnobacterium、Brochothrix是陇西腊肉制作过程中参与脂肪代谢的相关菌群,其中,Streptococcus、Lactobacillus与饱和脂肪酸、多不饱和脂肪酸变化相关;而Carnobacterium、Staphylococcus、Brochothrix、Cupriavidus主要参与不饱和脂肪酸代谢,并与棕榈油酸、油酸、亚油酸含量的变化密切相关。     

海南H382雪茄烟叶不同发酵周期细菌群落多样性表征及演替分析

[目的]探索海南H382雪茄烟叶发酵中细菌群落组成和演替规律,为揭示发酵机制提供依据,为筛选功能细菌提供参考.[方法]通过16SrRNA测序技术对海南H382雪茄烟叶不同发酵时期的细菌群落多样性及群落演替规律进行表征,并利用PICRUSt预测了不同发酵时期细菌群落的功能.[结果](1)雪茄烟叶发酵中细菌群落多样性较丰富...     

生长环境对克氏原螯虾细菌群落多样性的影响

为探索生长环境对克氏原螯虾（Procambarus clarkii）细菌群落多样性的影响,本实验利用Illumina MiSeq测序技术,对克氏原螯虾尾肉、养殖水体及周围土壤进行基因序列测序,分析小龙虾虾肉与其生长环境之间的相关性。多样性分析结果表明,土壤的微生物多样性高于小龙虾和水体多样性,分析三组样品在不同分类水平的相对丰度发现,小龙虾、土壤和水体中有相对固定的优势菌群,在门类为变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）和δ-变形菌纲（Deltaproteobacteria）等在小龙虾尾肉、土壤及水体中的平均相对丰度较高,而在科和属水平上无共有优势菌群。PICRUSt2代谢功能预测结果表明,3组样品在有氧呼吸（aerobic respiration I）、脂肪酸合成（fatty acid elongation）、氨基酸生物合成（amino acid synthesis）和核糖核苷酸代谢途径（nucleotide sugar metabolism）中代谢通路丰度最高。研究结果进一步解释了生长环境和克氏原螯虾微生物群落结构间的相关性和差异性。     

榨菜发酵过程中原核微生物群落结构及其理化因子的动态演替

利用16S rRNA高通量测序技术探究榨菜发酵过程中原核微生物群落的演替,同时利用物理化学方法追踪发酵过程中理化因子的变化,并进行冗余分析。结果表明,随着榨菜发酵的不断进行,乳杆菌属的相对丰度从0. 92%增加至74. 77%,是发酵过程中的绝对优势属。明串珠菌属在发酵初始时的相对丰度可达3. 61%,在整个发酵过程中呈先增加后降低的变化趋势,可起到启动剂的作用。冗余分析表明:发酵初期的群落与p H及还原糖含量呈正相关;发酵中期的群落与亚硝酸盐、丙酮酸和琥珀酸含量呈正相关;而发酵后期的群落与总酸和其他有机酸含量呈正相关。该研究较系统地揭示了榨菜发酵过程中原核微生物群落的演替规律及其影响因素,可为进一步精确人工调控提供理论依据和筛选特性菌种提供数据参考。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

蛋白酶制剂对虾酱发酵过程中理化性质和微生物区系的影响

为改善虾酱的生产工艺，系统研究商品化蛋白酶制剂对虾酱发酵期间理化性质和微生物区系的影响。测定虾酱的pH值、氨基酸态氮、丙二醛、挥发性盐基氮和生物胺；运用高通量测序技术，分析虾酱中的细菌群落组成；通过Spearman分析虾酱发酵期间细菌群落与主要理化性质之间的相关性。结果显示，加入蛋白酶制剂的虾酱在发酵期间氨基酸态氮和挥发性盐基氮含量均有所提高，在缩短发酵时间同时可能也会导致虾酱品质的下降。加入酶制剂后对生物胺并无明显影响。虾酱样品共获得313 864 条有效序列，1 279 个可操作分类单元。加入酶制剂后显著影响虾酱细菌群落组成，降低了虾酱的细菌丰富度。在属水平上，对照组中黄杆菌属为优势菌属，而加酶组中芽孢杆菌属为优势菌属。加入蛋白酶制剂后，芽孢杆菌属增加，乳球菌属减少；主要优势菌群包括芽孢杆菌属、黄杆菌属和乳球菌属，影响虾酱质量和理化性质。因此，外加蛋白酶制剂对虾酱发酵期间的细菌群落组成、丙二醛、挥发性盐基氮和氨基酸态氮有重要影响，为改善虾酱的生产工艺提供理论依据。     

沙棘酵素自然发酵过程中品质特征和细菌群落动态变化

为揭示沙棘酵素发酵过程中细菌菌群结构演变规律及自然发酵本质,利用Illumina Miseq高通量测序技术分析发酵过程中细菌群落结构的变化,同时对其各项理化指标和活性成分的变化规律进行分析。结果表明,经过60 d自然发酵,pH由4.42下降至3.47,总酸由2.6 g/L增加至10.54 g/L,总糖由80.69 g/L下降至32.59 g/L,可溶性性蛋白由0.87 g/L下降至0.28 g/L,而总黄酮和总多酚分别由0.11 g/L和1.24 g/L增加至0.47 g/L和4.55 g/L。沙棘酵素发酵过程中细菌群落的物种多样性整体呈逐渐下降的变化趋势。在整个发酵过程中,厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）是主要优势菌门,其相对丰度之和大于97%。乳杆菌属（Lactobacillus）是发酵后期的绝对优势属,其发酵60 d的相对丰度可达82.16%。此外,冗余分析结果表明pH和总酸是沙棘酵素发酵过程中细菌群落演替的主要驱动力。该研究加深对自然沙棘酵素发酵机制的认识,为筛选潜在价值的益生菌和实现精准人工调控提供科学依据。     

来凤地区泡凤头姜盐水细菌群落结构及功能解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北来凤地区泡凤头姜盐水样品的细菌菌群结构进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能进行预测。结果表明,泡凤头姜盐水样品中的细菌菌群归属于19个门、46个纲、96个目、163个科和393个属;优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、气单胞菌属（Aeromonas）、乳球菌属（Lactococcus）、拉恩氏菌属（Rahnella）、弧菌属（Vibrio）、肠杆菌属（Enterobacter）、克吕沃氏菌属（Kluyvera）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、黄杆菌属（Flavobacterium）和欧文氏菌属（Erwinia）,其中Lactobacillus为主要的核心细菌类群（累计相对含量16.97%）;泡凤头姜盐水样品中细菌的基因主要富集在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及能量生产和转换功能上。