基于高通量测序技术的广西咸梅细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq 高通量测序技术对广西地区9 份咸梅样品的细菌多样性和群落结构进行解析。结果表明：咸梅样品中特有细菌种类较多但含量少,不同样品中细菌丰富度和多样性存在差异。优势细菌门分别为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,平均相对含量分别为66.97%、21.50%、5.30%和4.20%,优势细菌属及其相对含量分别是雷尔氏菌属（Ralstonia）53.28%、乳杆菌属（Lactobacillus）10.36%、伯克氏菌属（Burkholderia）6.16%、诺卡氏菌属（Nocardia）2.74%、芽孢杆菌属（Bacillus）1.75%、假单胞菌属（Pelomonas）1.35%和另枝菌属（Alistipes）1.00%。在对优势细菌属进行相关性分析后发现,雷尔氏菌属（Ralstonia）与伯克氏菌属（Burkholderia）和假单胞菌属（Pelomonas）均呈显著正相关（P<0.05）,芽孢杆菌属（Bacillus）与另枝菌属（Alistipes）之间存在显著正相关（P<0.05）,还有部分优势菌属间存在拮抗或竞争关系,乳杆菌属（Lactobacillus）与雷尔氏菌属（Ralstonia）和伯克氏菌属（Burkholderia）均呈显著负相关（P<0.05）。     

建始地区酸豇豆盐水细菌多样性及乳酸菌分离鉴定

该研究采用MiSeq高通量测序技术对酸豇豆盐水的细菌多样性进行了解析,并通过纯培养方式分离了其中的乳酸菌。结果发现,细菌以硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为主,平均相对含量分别为84.41%和10.52%;细菌属以乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和片球菌属（Pediococcus）为主,平均相对含量分别为57.02%、9.33%、7.07%、4.73%和3.40%;发现44个操作分类单元（OTU）存在于所有样品中,所包括序列占总序列数的25.06%,其中有6个、11个和13个分别被鉴定为假单胞菌属（Pseudomonas）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）,所含序列平均含量分别为4.61%、4.97%和14.46%;通过纯培养共分离出了13株乳酸菌,其中12株被鉴定为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。由此可见,乳酸杆菌为建始地区酸豇豆盐水中的优势细菌,且乳酸杆菌主要为植物乳杆菌。     

手工雪茄加工过程中细菌群落多样性与游离氨基酸含量的相关性分析

为揭示手工雪茄加工过程中微生物群落多样性与游离氨基酸含量的关系,分别选取外裹茄衣、水分平衡、烟支冷冻、烟支养护、烟支包装等加工环节完成后的手工雪茄样品,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性,同时采用离子色谱-积分脉冲安培法测定18种游离氨基酸含量（质量分数）,并进行Spearman相关性分析。结果表明：手工雪茄加工过程中,(1)细菌群落丰富度及多样性整体呈下降趋势,且水分平衡环节对该趋势的影响较为明显;(2)优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteriota）,平均相对丰度分别为51.75%、35.80%和10.38%;优势菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、芽胞杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和克雷伯氏菌属（Klebsiella）,平均相对丰度分别为12.40%、9.96%、8.48%、8.27%和4.21%;(3)9个细菌属类群相对丰度变化显著,分别为赖氨酸芽胞杆菌属（Lysini...     

分子生物技术在果汁鉴伪中应用的研究现状

为探究传统发酵牦牛酸奶及奶酪中细菌群落结构的多样性,采用Illumina Miseq高通量测序对西藏林芝传统自然发酵牦牛酸奶（sn）和酪乳（nl）样品进行细菌群落结构分析。结果表明,酪乳和酸奶样品总计测得有效序列条数分别为（58 455±1 145）条和（57 068±1 263）条,共产生（63±2）个和（25±3）个操作分类单元（OTUs）。酪乳样品的α多样性指较高,具有较高的细菌群落多样性;酸奶和酪乳样品细菌的优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）,其相对丰度分别为（99.80±3.47）%和（50.76±2.13）%;酸奶样品的优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（相对丰度为（74.32±1.23）%）,酪乳样品的优势属为乳球菌属（Lactococcus）（相对丰度为（48.44±2.13）%）;酸奶和酪乳样品在属水平的热图分析表明两个样品的细菌群落结构具有差异性和相似性。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

酸黄皮细菌群落研究及基因功能预测

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合多元统计分析解析广西地区酸黄皮样品中的细菌群落结构组成,并对其细菌序列的潜在基因功能进行分析。结果表明,酸黄皮样品中的细菌隶属于22个细菌门的593个属,4个核心优势细菌门分别为变形菌门（Proteobacteria）（49.75%）、硬壁菌门（Firmicutes）（41.15%）、放线菌门（Actinobacteria）（3.61%）和拟杆菌门（Bacteroidetes）（2.58%）;10个核心优势细菌属分别为罗尔斯通氏菌属（Ralstonia）（38.77%）、芽孢杆菌属（Bacillus）（8.36%）、伯克氏菌属（Burkholderia）（4.44%）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）（4.13%）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）（4.00%）、梭菌属（Clostridium）（3.15%）、纤细芽孢杆菌属（Gracilibacillus）（3.05%）、枝芽孢菌属（Virgibacillus）（2.25%）、乳杆菌属（Lactobacillus）（1.40%）和诺卡氏菌属（Nocardia）（1.03%）,多数优势菌属间呈正向相互调节机制。广西酸黄皮样品中的细菌序列除具有较强的维持细胞生命活动的基本功能外,在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及脂质转运与代谢方面的潜在功能较强。     

红谷黄酒发酵过程中细菌群落结构分析及其对高级醇的影响

为了解南阳红谷黄酒酿造过程中高级醇与细菌群落演替之间的相互关系,该研究采用气相色谱-质谱联用（GC-MS）法测定发酵过程中的高级醇,通过高通量测序技术揭示细菌群落结构特征,并采用Spearman统计学方法对两者之间的相关性进行预测。结果表明,红谷黄酒中共检测到15种高级醇,以异戊醇、异丁醇为主,分别占高级醇总含量的70.88%～74.36%和15.81%～18.76%。黄酒发酵至第6天,细菌群落多样性达到峰值,发酵过程中优势细菌门（平均相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,优势细菌属（平均相对丰度≥1%）为魏斯氏菌属（Weissella）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）、Lentilactobacillus、乳酪杆菌属（Lacticaseibacillus）、克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、克鲁沃菌属（Kluyvera）和肠球菌属（Enterococcus）,其中对高级醇产生主要贡献的细菌群为大洋芽孢杆菌属、克鲁沃菌属和魏斯氏菌属。     

武陵酱香型白酒七轮次高温堆积细菌群落多样性分析

本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品细菌群落多样性进行了分析。结果表明，武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中共检出39个门和756个属；门水平下，各轮次共有的优势菌门（相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes），属水平下细菌的相对丰度平均大于1%，且出现在1个样品以上的核心细菌属有5个，分别为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属(Bacillus)、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）和unclassified f＿＿Bacteria，各轮次共有的优势菌属（相对丰度≥1%）为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌（Acetobacter）。说明武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构具有多样性特点，同时菌群群落结构具有一致性和差异性。本研究结果揭示了武陵酱香型白酒7个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构与特征，为酱香型白酒高温堆积酿造过程中细菌群落结构变化规律解析提供了理论支持，为实现酱香型白酒高...     

武宣地区红曲米对红曲柿酒品质影响及其细菌组成分析

使用武宣地区3种红曲米作为发酵剂酿造红曲柿酒,分析其理化指标和挥发性风味成分差异,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术检测3种红曲米的细菌多样性,以解析不同细菌群落在红曲柿酒发酵过程中的作用。结果表明,不同红曲柿酒总酸和挥发酸含量差异显著（P＜0.05）;挥发性酸类物质组成存在较大差异,其中红曲米样品WX-2制成的红曲柿酒挥发性酸类物质含量最高（10.0%）。从3种红曲米样品共检测出19个细菌门,239个细菌属,共有优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）;共有优势菌属为伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）,WX-2样品中优势菌属还有醋菌属（Acetobacter）、小球菌属（Pediococcus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）,均为产酸菌株。表明红曲米细菌群落结构与红曲柿酒酸类物质的形成紧密相关。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。     

基于高通量测序分析不同品种柠檬NFC果汁的微生物多样性

目的:探索柠檬非浓缩还原汁(Not From Concentrate,NFC)中微生物多样性,为柠檬NFC灭菌工艺优化提供理论数据.方法:采集不同品种柠檬NFC,利用HiSeq高通量测序技术,比较不同柠檬NFC样品中细菌和真菌多样性差异.结果:通过高通量测序共获得147231条有效16S rDNA序列和113238条有...     

张家界市酸鱼细菌类群解析及其功能预测

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自张家界市的7个酸鱼样品进行了细菌类群分析,结果发现厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门,其平均相对含量为95.49%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、四联球菌属（Tetragenococcus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）,其平均相对含量分别为66.53%、11.77%和8.10%。发现8个核心分类操作单元中有6个注释为Lactobacillus,各有1个注释为Tetragenococcus和Staphylococcus,其中乳酸菌的累计平均相对含量达60.27%。PICRUSt技术预测酸鱼菌群功能结果表明,酸鱼中的细菌菌群在“氨基酸转运与代谢”和“碳水化合物运输和代谢”功能上表达较高,说明菌群在代谢方面的功能比较突出。由此可见,张家界地区酸鱼中蕴含了丰富的乳酸菌资源,且以Lactobacillus、Tetragenococcus和Lactococcus为主。     

基于高通量测序技术分析汉中地区泡菜水细菌多样性

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对陕西省汉中地区泡菜水中的细菌构成进行解析,并采用生物信息学方法对其多样性进行分析,同时结合多元统计学等手段探讨汉中泡菜水中微生物结构的差异。结果表明,泡菜水样品中的细菌菌群主要隶属于24个门的553属,优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,其平均相对含量分别为89.12%和7.89%;优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其平均相对含量分别为52.06%、31.40%、4.89%和1.83%。汉中地区的泡菜水样品可以划分为两个聚类,隶属于不同聚类泡菜水样品的α多样性指数无显著性差异（P＞0.05）,但细菌菌群结构存在较大差异（P＜0.05）,且片球菌属和乳杆菌属的相对含量存在显著性差异（P＜0.05）。同时,不同聚类的泡菜水中均存在一些低丰度物种,且均为一些较为独特的细菌类群。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

高通量测序技术对西藏林芝传统发酵酸奶及酪乳细菌多样性研究

随着我国各方面重大活动的日益增多,重大活动中餐饮安全日益得到重视,食品相关产品是食品安全非常重要的一环。其中密胺类食品相关产品风险、肉制品及加工设备风险、餐具洗消风险和油烟风险等四方面应该着重注意。重大活动中,监管部门应加大对密胺餐具的管控,加强密胺类餐饮厨具管理。重大活动中肉制品生产加工过程中应关注加工设备清洁,避免食源性食品中毒事件发生。重大活动餐饮具洗消过程中,除常规消毒外,还应注意水资源检测与洗涤剂残留。重大活动的厨房油烟机应规范清洗标准、使用寿命标准,规范操作人员着装,油烟无法有效吸收时应立即更换或停止使用。     

龙山豆豉细菌多样性分析及其与当阳豆豉差异性比较

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对湘西土家族苗族自治州龙山县传统发酵豆豉细菌多样性进行研究,并使用多元统计学手段将其与当阳豆豉进行比较。结果表明,龙山豆豉细菌多样性较高,优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其中,Firmicutes为核心菌门,平均相对含量为77.43%;样本中优势细菌属为芽孢杆菌（Bacillus）、魏斯氏菌（Weissella）、片球菌（Pediococcus）、葡萄球菌（Staphylococcus）、棒状杆菌（Corynebacterium）、肠球菌（Enterococcus）、假单胞菌（Pseudomonas）、明串珠菌（Leuconostoc）、解硫胺素芽孢杆菌（Aneurinibacillus）和Bavariicoccus,其平均相对含量分别为21.46%、15.83%、8.69%、8.38%、7.62%、7.14%、6.69%、4.65%、1.19%和1.10%。龙山豆豉细菌多样性及组内差异性均高于当阳豆豉,且二者差异极显著（P＜0.01）,分析表明造成两个地区豆豉细菌群落结构差异的细菌主要隶属于Bacillus、Pediococcus和Bavariicoccus。     

高通量测序分析比较不同保存温度下牦牛酸奶细菌多样性

为了比较甘南牧区不同保存温度下牦牛酸奶细菌群落结构和多样性,采用Illumina NovaSeq高通量测序技术,对4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌的16S rRNA V3-V4区基因序列进行测序,并对测序结果进行操作分类单元（OTU）聚类、α多样性和β多样性等分析。结果表明,4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌多样性无显著差异（P＞0.05）,各分类水平细菌群落组成基本相同,仅组成比例存在一定差异。优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其平均相对丰度分别＞75.87%、7.20%和3.52%,优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）,其平均相对丰度分别＞61.82%和11.88%。     

藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

恩施地区腊肠的细菌多样性

为解析恩施地区腊肠中细菌的多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE）和MiSeq高通量测序技术相结合的方法对采集自该地区的5 个腊肠样品中的细菌进行测定。结果表明：恩施腊肠样品中含有大量的共有细菌类群,其优势细菌主要隶属于硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,二者的平均相对含量分别为57.01%和30.43%;优势细菌属中平均相对含量最高的为环丝菌属（Brochothrix）。