冷藏期间鲜切莲藕的微生物多样性变化规律分析

为探究鲜切莲藕在冷藏期间微生物多样性的变化规律，明确鲜切莲藕冷藏期间的主要微生物种类及其生长规律，以4℃贮藏的鲜切莲藕为研究对象，分别对贮藏0、3、6、9、12 d的鲜切莲藕中真菌ITS和细菌16S rDNA序列进行高通量测序分析。结果表明，冷藏期间鲜切莲藕中微生物，共鉴定出真菌2个门、19个属，细菌2个门、5个属。在不同冷藏阶段，鲜切莲藕中的微生物存在差异。在属水平上，冷藏0 d时优势真菌为陶氏菌属，3～12 d冷藏阶段的优势真菌为长垣菌属，且长垣菌属在冷藏12 d时极显著富集；冷藏0～9 d优势细菌为不动杆菌属，而冷藏12 d时优势细菌为假单胞菌属，且假单胞菌属在冷藏12 d时极显著富集。通过研究初步明确了冷藏期间鲜切莲藕的微生物菌群结构和变化规律，为鲜切莲藕保鲜技术和质量控制研究提供参考。     

基于高通量测序技术的蓝莓果实中细菌和真菌菌群多样性分析研究

目的 分析蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,探究不同蓝莓样品中微生物的暴露水平。方法 构建了蓝莓中微生物菌群的基因组文库,利用高通量测序技术分析了5种蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,借助微生物属水平和种水平分析比较了蓝莓中细菌和真菌菌群组成和丰度信息。结果 5种蓝莓中微生物菌群的多样性较高,但其细菌和真菌菌群组成仍存在共有特征,细菌和真菌中共有的操作分类单元数量分别为76和42。蓝莓中优势细菌主要归属于放线菌门、拟杆菌门、蓝藻菌门、厚壁菌门和变形菌门,优势真菌主要归属于子囊菌门、担子菌门和被孢霉门。结论 不同蓝莓样品中微生物菌群的组成变化较大,真菌菌群的多样性比细菌更丰富,这对蓝莓的腐烂变质、贮藏保鲜和生物防控研究具有重要意义。     

包装方式和贮藏温度对羊肉微生物数量、细菌多样性和代谢途径的影响

为探究包装方式和贮藏温度对羊肉微生物数量、细菌多样性和代谢途径的影响,将宰后羊肉分别经空气包装（air packaging,AP）、真空包装（vacuum packaging,VP）和贴体包装（skin packaging,SP）后置于冷藏（4±1）℃和冰温（－1.7±0.2）℃下贮藏30 d,采用平板计数和高通量测序相结合的方法对贮藏过程中的微生物群落进行分析。结果表明,贮藏过程中SP组的菌落总数（total viable count,TVC）、乳酸菌、假单胞菌等6 种菌群数量均低于AP组和VP组,冰温组6 种菌群数量均明显低于冷藏组。随贮藏时间延长羊肉菌群多样性均呈下降趋势,冷藏组较冰温组多样性更复杂。采用高通量测序技术对羊肉菌群16S rDNA的V3～V4区域测序,共获得10 个菌门和30 个菌属,所有样品中丰度最高的菌门均为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）;假单胞菌属（Pseudomonas）在AP组中为优势菌属,而在SP组和VP组中丰度较低,肉食杆菌属（Carnobacterium）、环丝菌属（Brochothrix）和乳杆菌属（Lactobacillus）均为AP、VP和SP组贮藏末期的优势菌属。基于京都基因与基因组百科全书富集分析发现碳水化合物代谢、氨基酸代谢和核苷酸代谢为羊肉贮藏过程中主要代谢途径,其中贮藏前期以氨基酸代谢为主,贮藏后期主要为碳水化合物代谢和核苷酸代谢,包装方式和贮藏温度导致的菌群结构差异主导了代谢丰度的不同。结论：SP协同冰温贮藏能够降低羊肉贮藏过程中微生物的数量和细菌群落多样性,有利于保持羊肉品质。     

基于Illumina MiSeq测序技术分析大鲵肉冷藏过程中微生物菌群演替规律

为探究大鲵肉冷藏过程中菌相组成及特定腐败微生物,对托盘包装大鲵肉不同冷藏时间（4 ℃,0、2、4、6、8 d）的挥发性盐基氮和菌落总数进行评价,在此基础上采用Illumina MiSeq测序技术探究其微生物菌群变化与多样性。结果表明,大鲵肉在冷藏过程中菌落总数和挥发性盐基氮呈上升趋势,分别在第6天和第8天超标。高通量测序结果显示,大鲵肉中微生物丰度随着冷藏时间的延长呈降低趋势。在门水平上进行群落组成分析,细菌的优势菌门从冷藏前期（0、2 d）的拟杆菌门、厚壁菌门逐渐转变为中（4 d）、后期（6、8 d）的变形菌门。在属水平上细菌的优势菌属从冷藏前期主要的拟杆菌属、Faecalibacterium逐渐转变为中、后期的假单胞菌属、气单胞菌属、Hafnia-Obesumbacterium、沙雷氏菌属。主坐标分析显示0-2、4、6、8 d之间微生物菌群差异较大,2 个主坐标叠加解释度达80.92%;LEfSe分析表明,引起大鲵肉各冷藏期差异显著的菌门主要为变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、纤维杆菌门、厚壁菌门,菌属主要为假黄单胞菌属、Bauldia、沙雷氏菌属、不动杆菌属、气单胞菌属、假单胞菌属、ambiguous_taxa、Hafnia-Obesumbacterium、Rikenellaceae_RC9_gut_group、Prevotella_9、拟杆菌属、纤维杆菌属、毛螺菌属、Faecalibacterium、Clostridium_sensu_stricto_1。进化分析表明大鲵肉冷藏过程中微生物菌群演替与冷藏时间具有较强相关性。综合分析,引起冷藏期间大鲵肉腐败变质的微生物主要为假单胞菌属、气单胞菌属、Hafnia-Obesumbacterium和沙雷氏菌属。该研究为今后大鲵肉冷藏过程中靶向抑菌及货架期延长提供了参考。     

基于高通量测序分析加工处理与贮藏时间对生鲜鸭肉中菌群结构及多样性的影响

目的:应用Illumina Miseq基因测序技术分析生鲜鸭肉的加工工艺和贮藏时间对其菌群结构和多样性的影响。方法:对鸭肉酮体、分割后的鸭胸肉、二氧化氯处理后、曲酸保鲜处理及贮藏阶段的样品进行采样,提取检测样品的DNA并进行PCR扩增,利用Illumina Miseq平台进行DNA测序鉴定。结果:生鲜鸭肉酮体的优势菌群为不动杆菌属、水栖菌属及金黄杆菌属,经加工后不动杆菌属、假单胞菌属及环丝菌属成为鸭肉产品中的优势菌群。冷藏前期未减菌组中厚壁菌门和变形菌门占据优势,主要为不动杆菌属和乳酸球菌属;减菌组中厚壁菌门为优势菌门,以乳杆菌目的魏斯氏菌属为主;冷藏后期减菌组及未减菌组的鸭肉中优势菌群均为肉食杆菌属和乳球菌属。结论:加工阶段的分割操作增加了鸭肉中的物种丰富度及物种多样性,二氧化氯及曲酸的处理则使其物种丰富度及物种多样性降低,加工前后鸭肉的物种组成差异性显著,冷藏期间的减菌手段对鸭肉的物种丰富度及多样性变化趋势存在影响。该研究对生鲜鸭肉微生物控制技术的开发及产品保鲜技术的研究提供理论依据。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析。结果表明，样品中共检测出35 个门、378 个属的细菌和4 个门、38 个属的真菌。优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉菌门（Mucoromycota）。小曲白酒发酵过程中菌群结构不断发生变化，发酵前2 d细菌优势菌属为不明立克次体菌属（unidentified Rickettsiales），发酵3 d后的绝对优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）直至发酵结束。真菌优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）、根霉属（Rhizopus）、酵母菌属（Saccharomyces）和曲霉属（Aspergilus）。随着发酵时间延长，根霉属和曲霉属相对丰度都在降低，而酵母菌属在发酵第2天后其相对丰度在不断提高并成为优势菌。本研究揭示了复配小曲白酒酿造发酵过程中微生物群落多样性及变化规律，为复配小曲白酒的生产提供理论支持。     

基于高通量测序的湘派卤牛肉细菌多样性分析

目的:为湘派卤牛肉保鲜保味,延长货架期。方法:对不同贮藏时间(0,4,8,12,16 d)的湘派卤牛肉样品中细菌进行多样性测序。结果:高通量测序共获得有效基因序列1 116 813条,平均每个样品74 454条。Alpha多样性分析表明,LNR8d中细菌丰度最高,LNR4d中细菌丰度最低;细菌门水平结果表明,在贮藏期间,15个卤牛肉样品中的优势菌门主要有：厚壁菌门、变形菌门和蓝细菌门。细菌属水平结果表明,LNR0d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;LNR4d的样品中优势菌属为巨大球菌属;LNR8d的样品中优势菌属为肠杆菌属;在LNR12d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;在LNR16d的样品中优势菌属为unidentified＿Chloroplast。PCoA分析显示15个样品的组内样本之间距离较大,表明其菌群差异性较大。LEfSe分析表明,LNR4d～LNR16d样品中属水平下贡献最大的细菌菌群分别为巨大球菌属、微小杆菌属、乳杆菌属。结论:研究揭示了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌多样性,探索了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌变化情况及其优势菌属。     

暗纹东方鲀冷藏期间细菌群落结构与功能变化

目的：探究暗纹东方鲀（Takifugu obscurus）冷藏期间的微生物群落结构与功能变化规律，明确贮藏过程的优势菌属。方法：通过高通量测序技术研究冷藏期间（4℃，8 d）暗纹东方鲀细菌群落结构组成与变化规律，利用Tax4Fun2软件进行细菌群落功能预测，并测定其挥发性盐基氮（Total Volatile Basic-N,TVB-N）、pH、感官评分等指标变化。结果：高通量测序表明贮藏期间样品细菌群落发生显著变化，初期的主要菌属有不动杆菌属（Acinetobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、气单胞菌属（Aeromonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）等，贮藏后期假单胞菌属（Pseudomonas）的相对丰度增至91.7%以上，成为优势菌属。贮藏初期α多样性指数较高，贮藏后期明显降低。细菌群落功能预测结果显示贮藏后期的氨基酸代谢、细胞交流、膜运输等功能通路丰度升高。贮藏后期样品pH、挥发性盐基氮值、菌落总数呈上升趋势，感官评分呈下降趋势。结论：样品贮藏过程中，微生物群落结构与功能发生明显演替，假单胞菌属（Pseudomonas）是贮藏过程中的优势菌属；该结...     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性

研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响。选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序。结果表明,在细菌门水平上,变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）是4?个腐乳样品的主要菌门。真菌门水平主要是子囊菌门（Ascomycota）、unclassified_k__Fungi、担子菌门（Basidiomycota）和毛霉亚门（Mucoromycota）。在细菌种水平上,草莓假单胞菌（Pseudomonas fragi）在A、B、C、D 4 种样品中相对丰度都很高,分别为2.30%、20.95%、12.51%、48.75%,且在自然发酵腐乳中的含量高于纯种发酵腐乳。真菌主要菌种是酵母菌,样品A主要包括unclassified_k__Fungi（63.20%）和粉状米勒酵母（Millerozyma farinosa）（25.80%）。在B、C、D三个样品中以Debaryomyces prosopidis为主,相对丰度分别为37.60%、51.70%、85.90%。     

基于MiSeq高通量测序技术内蒙古地区酸粥细菌多样性研究

从内蒙古地区采集了3个酸粥样品,使用MiSeq高通量测序技术,对其细菌多样性进行了评价。结果表明,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为酸粥样品中的优势细菌门,其平均相对含量分别为87.45%和11.84%。相对含量大于1.0%的属为乳酸杆菌(Lactobacillus)和醋酸杆菌(Acetobacter),其平均相对含量分别为87.23%和11.67%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现13个核心OTUs,其中8个隶属于乳酸杆菌(Lactobacillus),5个隶属于醋酸杆菌(Acetobacter)。通过传统微生物学手段从3个样品中共分离到9株乳酸菌,经鉴定为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和卷曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus)。由此可见,该地区酸粥中的细菌主要为乳酸杆菌(Lactobacillus)和醋酸杆菌(Acetobacter)。     

茅台镇酱香型白酒不同生产轮次酿造环境的细菌菌群结构特征

基于高通量测序技术并结合数理统计分析,系统地对2018年度茅台镇主酿区酱香白酒1～7生产轮次的酿造环境中细菌菌群结构组成及多样性、差异性进行研究。结果表明,在1～7生产轮次酿造环境中的细菌菌群多样性丰富度高,且各轮次间存在差异,但优势菌门、优势菌属的菌群结构在组成上具有相似性,其主要优势菌群结构较稳定;从酿造环境样品中共检出19 个细菌门,396 个细菌属。优势细菌门为Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes和Actinobacteria。Sphingobacterium、Enterobacter、Pantoea、Pseudomonas、Escherichia-Shigella和Staphylococcus等14 个属为优势细菌属。结合偏最小二乘法判别分析（partial least squares discriminant analysis,PLS-DA）和Adonis、PERMANOVA等分析,1～7轮次酿造环境的细菌菌群结构在门水平上无显著性差异,但在属水平上存在差异。各轮次间细菌菌群结构的差异菌属主要是Lentibacillus、Enterobacter、Escherichia-Shigella、Cronobacter、Stenotrophomonas等。本研究进一步揭示了茅台镇酱香白酒不同轮次酿造环境中的细菌菌群结构多样性及特征,为解析茅台镇酿造环境中的细菌菌群结构及酱香型白酒高品质酿造机制提供了一定科学依据。     

基于高通量测序技术分析恩施州淡豆豉的细菌多样性

以恩施州不同产地5 种细菌型淡豆豉作为实验对象,利用Illumina PE250高通量测序技术,对5 种淡豆豉的细菌群落结构及多样性进行研究。结果表明：5 种恩施州豆豉的微生物组成多样,共鉴定出17 门、24 纲、43 目、78 科、152 属以及93 种。其中核心优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,其次为变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）的嗜热淀粉芽孢杆菌（Bacillus thermoamylovorans）和史密斯芽孢杆菌（Bacillus smithii）。各样品间,优势菌属相同,但相对丰度差异较大,其余次要菌属的种类和相对丰度均存在较大差异,显示出恩施淡豆豉菌群结构的多样性。