基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

蒙古族奶酪成熟过程中微生物群落多样性分析

以自然发酵蒙古族奶酪为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析蒙古族奶酪成熟过程中微生物群落的多样性及动态变化。结果表明,奶酪成熟10 d时微生物群落丰度和多样性最高,之后多样性先减少后增大。凝乳、奶酪成熟0 d和30 d时微生物群落结构差异较小,凝乳、奶酪成熟10 d和20 d时微生物群落结构差异较大。发酵凝乳及奶酪样品中细菌属以乳球菌属（Lactococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）和明串珠菌属（Leuconostoc）为主,其中乳球菌属（Lactococcus）是主要优势细菌,参与整个成熟过程;真菌属以地霉菌属（Geotrichum）、孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母菌（Issatchenkia）、毕赤酵母菌属（Pichia）和克鲁维酵母属（Kluyveromyces）为主。此外,在奶酪成熟过程中首次发现拉恩氏菌属（Rahnella）和拉乌尔菌属（Raoultella）,其可能会引起奶酪风味的变化,并对奶酪安全性产生影响。     

渝黔地区传统酸肉发酵过程中微生物区系研究

目的:对渝黔地区传统酸肉微生物种群进行研究。方法:采用不同的选择培养基对微生物进行分离鉴定和计数。结果:从中分离出乳酸菌、酵母菌、葡萄球菌和微球菌,未发现霉菌。乳酸菌优势菌群主要是片球菌属和乳杆菌属,鉴定12株乳酸菌分别为乳酸链球菌、肠膜明串珠菌、类肠膜明串珠菌、植物乳杆菌、米酒乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、约氏乳杆菌、嗜盐片球菌和啤酒片球菌;优势菌株戊糖片球菌、植物乳杆菌贯穿整个发酵过程。葡萄球菌主要是表皮葡萄球菌、腐生葡萄球菌、木糖葡萄球菌和肉葡萄球菌,其中木糖葡萄球菌为主要发酵菌株。酵母菌主要为汉逊酵母属、接合酵母属、毕赤氏酵母和德巴利酵母属等,鲁氏接合酵母为优势发酵菌株。结论:优势微生物是酸肉风味品质形成的基础,本研究可为高效天然肉制品发酵剂的研究提供生物资源。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

晴隆酸菜发酵过程中微生物菌群多样性动态分析

利用高通量测序的方法,对晴隆酸菜四个发酵时期（T1、T2、T3、T4）微生物多样性、群落结构进行动态分析。结果表明,参与发酵的细菌有24门262属,真菌有7门131属;微生物群落多样性随着发酵的进行呈下降趋势,发酵末期的微生物群落多样性最低、微生物种属数量最少;发酵前中期微生物群落结构不稳定相似性较低,而发酵末期微生物群落结构稳定相似性较高;四个发酵时期的酸菜中存在着优势菌属的消长变化,总发酵过程中微生物优势菌属为5个细菌属：魏斯氏菌（Weissella）、乳酸杆菌（Lactobacillus）、明串珠菌（Leuconostoc）、鞘脂单胞菌（Sphingomonas）、根瘤菌（Rhizobium）,9个真菌属：Sampaiozyma、枝孢菌（Cladosporium）、掷孢酵母（Sporobolomyces）、Vishniacozyma、附球菌（Epicoccum）、Plectosphaerella、Filobasidium、红酵母（Rhodotorula）、枝顶孢（Acremonium）。     

盐浓度对自制香肠理化因子及原核微生物群落多样性的影响

为研究盐浓度对香肠发酵的影响，采用16S rRNA测序和理化分析技术，对不同盐度下发酵的自制香肠中微生物多样性和物理化学特性进行研究。结果表明，盐浓度可以显著影响pH、水分含量及过氧化值，并且也会显著影响微生物的多样性和组成。乳杆菌属（Lactobacillus）在香肠发酵中占优势，其相对丰度在30.29%～58.15%范围之间，明串珠菌属（Leuconostoc）、弧菌属（Vibrio）、不动杆菌属（Acinetobacter）、魏斯氏菌属（Weissella）、盐单胞菌属（Halomonas）、片球菌属（Pediococcus）、盐弧菌属（Salinivibrio）和四联球菌属（Tetragenococcus）受盐度的影响显著。冗余分析（RDA）结果表明，盐度对菌群的影响最大。综上所述，添加4%食盐的香肠具有更高的乳酸菌相对丰度（58.15%）。该结果有助于了解加盐对香肠发酵微生态的影响，为香肠的质量控制提供依据。     

山西陈醋发酵过程微生物群落动态分析及差异菌属筛选

本研究利用高通量测序对山西陈醋发酵过程中的微生物群落组成进行了探讨,并分析了酒精发酵和醋酸发酵这两大发酵阶段的菌群变化。结果表明,对于细菌群落结构,醋曲（R1）、酒精发酵阶段（R2）和醋酸发酵阶段（R3）中的主要菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,R1中的主要优势菌属为魏斯氏菌属（Weissella）,R2中主要优势菌属起初为魏斯氏菌属（Weissella）,发酵后期逐渐乳杆菌属（Lactobacillus）占优势,R3中占绝对优势的菌属由最初的乳杆菌属（Lactobacillus）转变为醋杆菌属（Acetobacter）,对于真菌群落结构,R1、R2和R3中的主要菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,R1中的主要优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,曲霉属（Aspergilus）和米勒酵母属（Millerozyma）,R2中处于绝对优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,且在此阶段呈上升趋势,R3中伊萨酵母属（Issatchenkia）仍然是主要菌属,在此阶段呈现出先上升后下降的趋势,相对丰度最高达到81.3%。R2与R3有6个显著差异菌属,分别为葡萄球菌属（Staphylococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、土芽孢杆菌属（Geobacillus）和曲霉属（Aspergillus）。综上,山西陈醋不同发酵阶段的微生物群落结构具有差异性,并随着发酵进行不断变化。     

西藏灵菇发酵乳中优势菌群的分离鉴定

通过对西藏灵菇菌块的电镜扫描观察和发酵乳液中微生物的分离、纯化及生理生化鉴定,确定了西藏灵菇发酵乳中的优势菌群为乳酸球菌、乳酸杆菌、酵母菌和醋酸菌。其中乳球菌归为5个种属,分别为粪肠球菌、坚强肠球菌、乳酸乳球菌乳脂亚种、假肠膜明串珠菌、类肠膜明串珠菌;乳杆菌归为3个种属,分别为短乳杆菌、干酪乳杆菌、嗜酸乳杆菌;酵母菌归为4个属,分别为酵母属、酒香酵母属、假丝酵母属、类酵母属;醋酸菌鉴定为恶臭醋杆菌。     

传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构分析

以采集不同原料制备的黑龙江省传统自然发酵黏豆包面团为研究对象,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术研究黏豆包中微生物群落结构及其多样性,结果表明：收集到的6?份黏豆包发酵面团样品中细菌组成主要为食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）、融合魏斯氏菌（W. confuse）、肠系膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）和罗氏乳杆菌（Lactobacillus reuteri）,此外还有一些不能培养的细菌。黏豆包发酵面团中含有酵母菌主要为：诞沫假丝酵母（Candida zeylanoides）、卡利比克毕赤酵母（Pichia caribbica）、普兰久浩酵母（Guehomyces pullulans）和一些不能培养的酵母。传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构与面团原料组成有一定相关,本研究可为改良黏豆包品质,开发专属发酵剂,实现黏豆包工业化、规模化、自动化生产提供理论支持。     

青菜泡菜工业发酵过程中微生物群落结构变化分析

采用PCR-DGGE和qPCR技术检测四川工业青菜泡菜发酵过程中微生物群落组成。细菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜中含有2个门,分别是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);共有12个细菌属,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)和假单胞菌属(Pseudomonas)等,其中乳杆菌属的相对丰度最高,qPCR检测其含量为10~7～10~(11) copies/mL。真菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜的真菌属有5个,分别是德巴利氏酵母属(Debaryomyces)、假丝酵母属(Candida)、酵母属(Saccharomyces)、柯达酵母属(Kodamaea)、Cystofilobasidium,其中德巴利氏酵母属的相对丰度最高。     

PCR-DGGE分析东北自然发酵酸菜中的微生物多样性

为了探明传统的自然发酵酸菜中微生物的多样性和优势菌群,通过聚合酶链式反应–变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析酸菜发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:东北自然发酵酸菜中的细菌种类比较丰富,真菌在酸菜中存在相对较少。东北自然发酵酸菜在发酵早期的活跃菌为明串珠菌(Leuconostoc sp.),而后是发酵产酸的嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、发酵乳杆菌(L.fermentum)和植物乳杆菌(L.plantarum),最后是由植物乳杆菌完成发酵过程。其中明串菌株为酸菜发酵前期优势细菌,植物乳杆菌为发酵中后期优势细菌,东北自然发酵酸菜发酵过程中主要真菌为汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、热带假丝酵母(Candida tropicalis)、扩展青霉(Penicillium expansum),真菌数量随发酵时间的增加而减少,且种类也随时间的变化而不断变化。     

Bacterial community succession and metabolite changes during the fermentation of koumiss,a traditional Mongolian fermented beverage

The microbial population in koumiss, a traditional Mongolian fermented beverage, plays a vital role in its nutritional value, beneficial functions, and flavour. We used the Illumina MiSeq platform to investigate the successive bacterial communities produced during koumiss fermentation; dynamic changes in chemical composition of koumiss were also analysed. The correlation between bacterial species and major metabolites was then evaluated. The dominant bacterial species identified during the process of koumiss fermentation were Lactobacillus helveticus, Streptococcus parauberis (phylum Firmicutes), and Acetobacter pasteurianus (phylum Proteobacteria). Lactose content decreased during fermentation, whereas lactic acid, acetic acid, and butyric acid content increased, resulting in decreased pH. The changes in lactose, lactic acid, butyric acid, and pH were mainly correlated with the presence of the bacterial genera Acetobacter, Leuconostoc, Pediococcus, and Bacteroides. Information from these results could advance our understanding of koumiss fermentation, and also help improve the safety, flavour, and therapeutic applications of koumiss.     

不同菌种组合对发酵广式香肠品质的影响

广式腊肠为我国传统特色肉制品,深受广大消费者的喜爱。随着对我国传统肉制品品质、安全性和现代加工技术的重视,对广式腊肠的研究逐渐增多,但对发酵剂用于广式香肠的研究相对较少。本文以植物乳杆菌、戊糖片球菌、汉逊德巴利酵母为发酵剂制作发酵广式香肠,研究了不同发酵剂组合对发酵广式香肠理化性质的影响,结果表明不同比例组合发酵剂对发酵广式香肠品质影响不同,当菌种的接种量为106 cfu/g肉时,由植物乳杆菌和戊糖片球菌组合的发酵剂(2:1,V/V)时,发酵的香肠品质最佳,其水分含量为19.93%,pH值为5.95,总酸含量为35.6 g/kg,酸价为3.38 mg/g,过氧化值为0.059 g/100 g,亚硝酸盐残留量为4.46 mg/kg,弹性为0.93,硬度为9498.86 N,粘聚性为0.79,咀嚼性为6917.93 N,L*值为50.86,a*值为6.66,b*为3.87。采用复合菌剂生产的肉制品的理化特性明显优于自然发酵的肉制品。     

人工发酵剂对湘西腊肠微生物菌群和理化特性的影响

本文从动态角度探讨自然发酵、戊糖片球菌发酵、木糖葡萄球菌发酵和混合菌发酵腊肠在发酵过程中五种菌相(细菌总数、乳酸菌、葡萄球菌、酵母菌和肠细菌)和理化特性的阶段性变化。微生物数据显示,四组腊肠初始肠细菌数量约5.30 logCFU/g,而发酵结束,添加了戊糖片球菌腊肠组的肠细菌数量约1.00 logCFU/g,没有添加该菌腊肠组的肠细菌数量约3.30 logCFU/g,说明戊糖片球菌能有效抑制肠细菌的生长,保证了产品的安全性和稳定性;发酵初期,腊肠p H值迅速降5.30以下,到发酵中期,腊肠p H开始回升;在发酵过程中,戊糖片球菌腊肠组的TBARS(硫代巴比妥酸)值显著(p0.05)高于其他三组腊肠,而其它理化特性无显著差异。从数据分析可知,腊肠的发酵剂能有效改善其卫生质量,而对腊肠的p H值、AW和亚硝酸盐残留量没有显著影响。     

酱块发酵过程中真菌和细菌群落的演替

豆酱是中国传统的发酵豆制品。酱块制作是豆酱发酵的前期阶段,为后期发酵提供丰富的微生物和酶制剂,对豆酱的品质至关重要。为了探究自然发酵豆酱酱块发酵过程中微生物多样性,采用第二代测序Illumina MiSeq方法对采集自开原的4个不同发酵阶段的酱块样品进行微生物多样性分析。结果表明:在属级水平上,共鉴定出21个真菌分类群,其中毛霉菌(Mucor)、青霉菌(Penicillium)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)和根霉菌(Rhizopus)为优势类群;细菌共鉴定出40个细菌分类群,其中乳杆菌(Lactobacillus)、魏斯氏菌(Weissella)和肠球菌(Enterococcus)为优势类群。豆酱酱块中多样性的真菌和丰富的细菌在发酵过程中可能共同发挥特定的作用。本研究阐明了传统发酵豆酱酱块的微生物群落特征,揭示了传统酱块发酵过程中真菌和细菌的群落演替,为豆酱发酵过程控制奠定了理论基础。     

发酵剂对发酵香肠挥发性风味物质形成的作用及影响机制研究进展

发酵香肠是指将搅碎的猪肉（或牛、羊肉等）、动物脂肪、盐、糖、发酵剂和香辛料等混合后灌进肠衣,经过微生物发酵而成的香肠制品。因其具有独特的风味和较高的营养价值,深受国内外消费者的青睐。风味作为发酵香肠的重要品质属性之一,其形成与发展与发酵过程中微生物群落的代谢活动密切相关。本文对发酵香肠发酵、成熟过程中风味物质的形成和发展以及与微生物代谢相关的反应进行了概述,总结了几种主要微生物对发酵香肠风味品质形成的作用及影响机制,并对其未来研究进行展望,以期为发酵香肠风味品质的研究提供参考。     

酱香型白酒二轮次堆积酒醅微生物群落与理化指标相关性研究

采用高通量测序技术分析酱香型白酒二轮次堆积发酵过程中堆积酒醅微生物群落结构及演替规律。结果表明,酱香型白酒二轮次堆积发酵酒醅中共检测出171个属微生物,其中细菌125个属,真菌46个属。堆积酒醅中优势真菌包括曲霉属（Aspergillus）、假丝酵母属（Candida）、裸胞壳属（Emericella）、毕赤酵母属（Pichia）、红曲霉属（Monascus）、毛孢子菌属（Trichosporon）、节担菌属（Wallemia）、威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）;优势细菌包括芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、海洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）、枝芽孢菌属（Virgibacillus）、片球菌属（Pediococcus）、光冈菌属（Mitsuokella）等。相关性分析结果表明,淀粉、总酸含量与曲霉属、裸胞壳属等微生物的丰度呈极显著正相关（P＜0.01）,有利于微生物的生长繁殖;温度、粗蛋白和还原糖的含量与裸胞壳属的丰度呈极显著负相关（P＜0.01）,对裸胞壳属的生长有抑制作用;水分含量与微生物多样性之间的相关性不显著（P≥0.05）。     

酱香型白酒第二轮次酒发酵过程微生物多样性研究

为探究酱香型白酒二轮次发酵过程中微生物群落结构的变化、微生物多样性以及物种与样品之间的关系,应用高通量测序技术对酱香型白酒第二轮次酒生产堆积及窖池发酵过程酒醅中微生物的多样性及其主要功能菌群进行研究。结果表明,在堆积过程中共检测到细菌138个属,真菌54个属;窖池发酵过程中共检测到细菌262个属,真菌267个属。酒醅中主要细菌类群为Firmicutes和Proteobacteria,主要真菌类群为Ascomycota和Basidiomycota。堆积过程中绝对优势细菌属有Bacillus、Enterococcus、Lactococcus、Lactobacillus;绝对优势真菌属有Thermoascus、Thermomyces、Candida、Aspergillus。在窖池发酵酒醅中其绝对优势细菌属为Lactobacillus;绝对优势真菌属为Saccharomyces、Candida、Penicillium、Fusarium。由于堆积、窖池发酵酒醅所处发酵环境、发酵物料物态及其工艺参数差异较大原因,使得两者之间生物物种存在较大差异。