基于信息量的DNA序列相似性分析

针对传统方法在分析DNA序列相似性方面的不足, 提出了一种新的基于信息量的DNA序列相似性分析算法, 该方法将DNA序列视为基于符号集{A, C, G, T}的信号序列, 全部待比较的DNA序列组合成一个以字符A、C、G、T为属性值的信息系统。在所得数据库系统中引进DNA序列的信息量、联合信息量、条件信息量、交互信息量等概念, 讨论这些信息量的性质并给出它们之间的一些关系式, 然后在此基础上构建DNA序列相似性分析模型。仿真实验结果表明, 该方法不但能快速、有效地分析DNA序列相似性, 而且较好地克服了DNA碱基数量很大且不同物种的DNA序列长短不同的不足。     

基于信息离散度的DNA序列相似性分析

信息离散性度量方法在生物信息处理领域中获得成功的应用,其基本思想是利用子序列分布差异来表示序列之间的差异,但是子序列长度的变化对结果的影响较大。文中提出了一种新的基于信息离散度的DNA序列相似性分析方法,利用不同距离的碱基对的联合概率分布差异来表示DNA序列之间的差异,并分析了信息集变化对结果的影响。实验结果表明,该方法是分析DNA序列相似性的简单且有效的工具。当信息集变化时,相似度较高的序列间的距离值变化很小。     

基于SDTW算法的DNA序列相似性分析

DNA序列相似性分析是生物信息学中最主要的内容之一,它的研究对于发现物种间的进化关系、判断血缘关系、治疗疾病等有着至关重要的作用。利用图形表示方式来分析DNA序列相似性时,局部差异是反映相似性的重要内容,但某些局部差异累积会导致本来十分相似的DNA序列在全局上呈现出较大的差异,从而导致误判。根据这一思想,本文提出基于SDTW算法的DNA序列相似性分析,该算法通过合理的分段既保持了局部差异的作用又在一定程度上控制了局部差异对全局差异的影响范围。文中以9个物种β-球蛋白第一个外显子的编码序列作为分析对象,将该算法与已有算法的分析结果进行比较。结果表明本文提出的算法相似性分析更加准确,分析结果的敏感性较高,有助于提高进化距离较近的分析对象间的区别度,可将其进一步应用于生物序列的信息分析。     

基于整体和局部相似性的序列聚类算法

现有的很多序列聚类算法是基于“局部特征可以表征整个序列”的假设来进行的,即不区分实际应用中序列的整体相似性和局部相似性.这对存在保守子模式的序列,如DNA和蛋白质序列是适用的,但对一些注重整体序列相似性的应用领域,如:在交易数据库中用户购买行为的比较,时间序列数据中全局模式的匹配等,由于难以产生频繁子模式,用基于全局相似性的度量方法进行聚类显得更为合理.此外,在基于局部相似性的序列聚类算法中,选取的局部子模式表征序列的能力也有待进一步提高.由此,针对不同应用领域,分别提出基于整体相似性的序列聚类算法GSClu和基于局部相似性的序列聚类算法LSClu.GSClu和LSClu分别利用带剪枝策略的二分k均值算法和基于有gap约束的强区分度子模式方法对各自领域的序列数据进行聚类.实验采用交易序列数据和蛋白质序列数据,实验结果表明,GSClu和LSClu对各自领域的序列数据具有较快的处理速度和良好的聚类质量.     

一种新的D NA序列图形表达的方法

针对当前DNA序列图形表达模式中存在简并现象的相关问题,提出了一种新的二元符号图形表达方式。将四类碱基的编码过程看成是构成DNA序列的元素在直角坐标平面上的移动过程,以两种不同的标志符号来解决可能出现的元素重叠情况。此方案所标志的图形不存在自交现象,从而在DNA序列和图形表达之间建立了一一对应的关系。通过实例说明该方法在对无向图和有向图表达中均能有效地降低图形简并度,并引入人工代谢系统中的编码模式作为分析工具对DNA序列进行比较分析;以代谢中间物值作为参数,研究不同物种的DNA序列之间的相似性。实例分析表明,该参数能较好地表征不同物种之间的相似性程度高低,是一种简便可行的DNA序列特征的比较方法。     

基于FSA的DNA重复体频率统计算法

针对现有DNA重复体频率统计算法效率低、灵活性差等不足,基于字符串多模式匹配的有限状态自动机,构造DNA子序列比对自动机,利用KMP算法对自动机进行状态转移优化,由此提出一种高效的重复体频率统计算法。该算法通过对DNA数据库的线性扫描,得到每个DNA子序列在全局数据库中重叠与非重叠的重复体频率统计信息以及指定DNA序列集合的最长公共子序列信息。实验结果表明,该算法具有效率高、匹配精确、信息获取方式灵活、支持在线操作等优势。     

基于数字签名的DNA篡改提示方法研究

为有效发现DNA数据是否被恶意篡改,保证研究者所使用的DNA数据是真实可靠的,即未经过篡改的,本文提出一种基于数字签名的DNA数据篡改提示方法,用向原有信息中加入数字签名的方法来解决该问题.设计了一整套加入、检测以及滤除签名的方法.该方法将数字签名嵌入DNA序列,在使用前通过校验数字签名来发现DNA是否篡改,以便给出篡改提示.实验表明,该方法可以有效发现篡改者对序列的恶意篡改,而且经添加签名后的序列与原始序列有一定的相似性,不易引起篡改者的注意.     

基于工艺相似性的产品模块构建方法及其应用

为有效地提高企业的快速响应能力、加工设备利用率与生产效率,降低企业产品设计与制造成本,提出产品零部件工艺相似性分析与产品模块构建方法.首先对产品零部件工序制定规则进行分析,采用模糊设计结构矩阵建立工艺约束关系,并在此基础上通过目标优化验证工艺序列的可行性;其次分析了产品零部件加工工艺序列模型,采用最大子相似序列集评价工艺序列的相似性,避免了因局部加工内容的不同导致的全局相似性误差;最后利用传递闭包法生成工艺序列相似零部件动态聚类过程.该方法已在机床制造行业中得到了实际应用,在满足客户需求的前提下有效地提高了产品设计与加工效率.     

一种基于多阶畸变子模式相似性学习的序列识别方法

序列识别研究对于诸多应用研究领域有重要的意义。在序列识别中,由于多种因素的影响,同一类别标记的序列往往不具有严格的相似性。变化序列相似性描述的尺度对序列的相似性进行描述有利于获得更准确的序列相似性描述结果,为此提出了基于多阶畸变序列子模式的序列识别方法。通过定义序列多阶畸变子模式特征空间及其核变换函数,设计线性开销算法有效实现了序列畸变子模式高维特征向量的计算,进而利用半定规划对多阶畸变序列子模式的核变换矩阵进行优化。基于多阶畸变子模式相似性描述优化结果,支持向量机生成的识别方法比较好地适应了序列之间的不同程度的相似性畸变,而且具有柔性边界特征。本方法在蛋白质基准数据SCOP 1.37 PDB90上进行了实验,普遍提高了该数据集上33个不同家族蛋白质序列的识别结果。     

基于形态特征的测井曲线相似性搜索研究

针对测井曲线以深度为轴反映地质信息的性质,结合时间序列相似性分析,提出基于形态特征的测井曲线相似性搜索方法。采用综合活度分析法在子序列划分的基础上对测井曲线进行对比,综合序列的趋势、深度跨度以及波动幅度三种形态特征,将对比序列的斜率差进行加权来度量子序列的相似性。该度量方法强调曲线形态变化程度,有效描述曲线形态差异,物理意义明确。实验表明该方法能够有效用于测井曲线相似性搜索。     

设计知识产权的归责与请求

知识产权侵权归责原则是知识产权侵权法理论的核心问题,也是司法实践中处理知识产权案件的重要准则,因而很值得探讨。我国学术界和实务界对这一问题的认识存在分歧,其中一种突出的观点是主张无过错责任原则。但在设计知识产权问题上,该原则显得非常不符合行业现状和需要。作者主张设计知识产权侵权归责应实行过错责任原则,并在考察侵权行为法、知识产权法相关原理的基础上对无过错责任论提出质疑。     

现代图学教学中的图感因素探析

为探索工程图学的有效教学方法,论文从心理学的角度在对图感因素进行 深层分析和认知的基础上,研究丰富了图感的概念及其本质特性;结合教学工作实际探索了 图感培养的方法,以期创造更加符合认知规律的教学模式,更好地提高学生的图学文化水平 和图学思维能力。     

Quantitative Estimation of the Presence of Cause-and-Effect Relations in a Sequence of Observation Results

A measure is proposed that makes it possible to quantitatively characterize the ordering of a dynamic series of statistical observations. It is shown that a scale can be constructed that is based on this measure and allows one to interpret the behavior of a sequence of observations in terms of levels of cause-and-effect relations between an attribute-argument (parameter) and an attribute-function (response).     

点式超声波流速仪设计

点式超声波流速仪根据超声相位偏移测量原理设计而成。其核心是装在壳体内的单片机测控系统，能实时、连续、自动测量及显示特定测点的流速和流向。由于采用了声速补偿方法，保证了测量精度。     

校园网QoS的实现分析

QoS是在计算机网络上实现多种不同应用或综合业务的关键。从OSI第二层与第三层出发,对在以千兆位以太网为主干的IP校园网络中实现QoS功能进行了深入的探讨,并给出了3种不同QoS解决方案及其比较。     

防御DDoS攻击算法

目前,对商业服务器攻击方式主要有两种,包括拒绝服务（DoS）攻击和分布式拒绝服务（DDoS）攻击。这种攻击类型属于命中一运行类型。DoS／DDoS攻击因为不够灵敏而不能绕过防火墙等防御．即DoS／DDoS攻击向受害主机发送大量看似合法的网络包．从而造成网络阻塞或服务器资源耗尽而导致拒绝服务。虽然数据没有被损坏。但是服务器最终被摧毁．并且还会引发一系列其他的问题．对于一个电子商务服务器．其最重要的为服务器的停机时间。研究对分布式拒绝服务（DDoS）防御原则。     

关于超图自同构群的若干结论

利用超图在新的公理体系下同构的定义,给出超图自同构群的定义,这与特殊的情形——图的自同构群的定义是相容的,并将图的自同构群的一些结论在超图中进行推广。     

Generalized Statistical Equivalence of Automata

The notion of generalized statistical equivalence of automata is introduced, and this equivalence is demonstrated to be weaker than the usual equivalence but stronger than the statistical equivalence of automata.     

Localization of edges in graph models of two-level algorithms

Multidimensional computational models of two-level algorithms are introduced and investigated. Transformations of graph models of the algorithms are developed, which allow one to obtain modified models without global edges. The modified graph models can be transformed by the well-known transformation and mapping procedures into one-, two-, and three-dimensional array processors without global interconnections. Translated from Kibernetika i Sistemnyi Analiz, No. 6, pp. 63–71, November–December, 1999.