确定化学结构族性化处理方法研究

本文提出了一种用确定化学结构检索族性化学结构的方法。利用SMILES线性编码对环原子的识别能力首先将一个确定化学结构拆分成两部分：Ring和Fragment,然后根据Ring和Fragment族性属性描述分别族性化,最后将族性化表示的结构片断重新组装成一个族性化学结构。     

染料专科化合物族性结构的匹配算法研究

根据染料分子结构的特点，在提出紧缩节点码及族性码的基础上，又提出了分层匹配的概念，减少了组合爆炸的可能性，同时通过预生成主干树等方法，将大量的工作在匹配之前完成，提高了匹配速度，该方法简单，快速，具有实用价值。     

基于GSCCT的族性化学结构筛选方案

以处理族性结构信息的计算机表达式一族性结构紧缩关联表(Generic Structure Compact Connection Table,GSCCT)为基础,拟定了一套检索族性结构的筛选策略,即从GSCCT表中提取出主干环节点的预筛选方案。GSCCT表包含主干结构节点和叶结构节点,主干节点又分为环节点和非环节点两部分。叶结构节点中含有环节点时,将其提升为主干环节点。该结构匹配方法与传统的在原子节点层次上的算法不同,是在紧缩节点的层次上提取关键信息,即提取族性结构中的主要信息一环结构信息(或称指纹信息)进行预筛选,先不考虑非环节点和叶节点,以避免大量枚举。文中详细介绍了筛选思路和筛选功能的实现过程。     

染料专利化合物族性结构的匹配算法研究

根据染料分子结构的特点，在提出紧缩节点码及族性码的基础上，又提出了分层匹配的概念，减少了组合爆炸的可能性。同时通过预生成主干树等方法，将大量的工作在匹配之前完成，提高了匹配速度．该方法简单、快速、具有实用价值。     

用于化学专利标引的族性结构模板的设计与实现

对药物专利中族性结构进行标引是将专利文本信息转换成结构信息用于族性结构的匹配检索。本文根据国家知识产权局知识产权出版社数据研发中心提出的新的图形化标引语言GFL对近千余篇药物专利进行了标引。结合GFL的特点,统计分析药物专利中出现频率很高的结构片断,将这些结构片断的标引结果利用面向对象编程技术设计成一系列的族性模板,便于标引人员直接调用,有利于实现标引工作的半自动化。     

族性化学结构的计算机处理：族性结构文字描述部分的分析与存储

报告了一个基于形式语言的语法分析方法，对用ＤＥＬＡＧＥＳ描述语言描棕的族性结构文字描述部分进行分析，分析结果以语法树形式存放，以方便下一步的检索或匹配。由于使用了语法分析，程序可以报告文字描述可能存在的错误并指出错误的位置。     

族性化学结构的计算机处理－族性结构文字描述部分的分析与存储

报告了一个基于形式语言的语法分析方法，对用ＤＥＬＡＧＥＳ描述语言描述的族性结构文字描述部分进行分析。分析结果以语法树形式存放，以方便下一步的检索或匹配。由于使用了语法分析，程序可以报告文字描述可能存在的错误并指出错误的位置。     

药物化学专利中族性结构的数字编码研究

在利用SMILES线性编码首先将化学结构拆分成Ring和Fragment然后根据各自的属性分别族性化表示的基础上,不考虑结构的具体连接关系,对Ring和Fragment按照预定义的优先次序进行数字编码,以数字编码描述的族性结构还可以进一步族性化处理得到二级数字编码,编码过程由程序自动完成,使得提问结构式和数据库存储的专利结构的数字编码保持一致,可应用于由确定结构检索族性结构的系统之中。     

分子骨架在族性结构处理中的应用研究

利用计算机表示、存储和匹配族性结构面临的一个难题是如何将族性结构展开到一个合适的程度,既能避免过度枚举又包含族性结构应有的信息,本文根据族性结构特点,设计了一个程序用来提取族性结构中的环和环之间的连接片段,然后生成族性结构的分子骨架及相应的还原图,利用SMILES线性编码存储族性结构主要信息,避免了大部分的枚举。     

用于化学专利检索算法的非确定性化学结构的表达

在化学化工研究中,Markush结构越来越多地用于申请专利保护和报告新发明成果。随着化学化工专利数目的大量增加,对化学化工专利文献的存储和检索的需求日益殷切。为了建立可检索的化学化工专利数据库,迫切需要有效地解决化学化工专利文献中所涉及的Markush结构和其他非确定结构的计算机表示与检索问题。而检索算法是与结构表达紧密联系的。本文在总结前人工作基础上,提出了广义的非确定性化学结构(包括Markush结构)的计算机表达方法。与之相对应的非确定结构的结构识别算法已经实现并在优化中。     

计算机模拟中可视化的范型实现方法

可视化技术能在计算模拟中提供可观察的直观图像,是分析和研究模拟现象的重要手段。本文运用C 的范型编程思想,将OpenGL的实时3D显示功能集成在一个封闭的类模板中,使其通用化,克服了直接调用OpenGL函数导致的程序结构不清晰和代码可复用性差的缺点,大大简化了计算模拟中实现可视化的方法步骤。     

基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现

设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法。结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索。在此基础上,针对美国NCl(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验。结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合。这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统——TASS(Target Activity Structure System)中。     

VF算法在化学结构检索中的应用

实现了一种基于属性关系图的二维子结构匹配算法 (VF算法),该算法运行时所需的存储空间较小,适合于处 理大批量数据。算法程序用Java语言实现,在NCI开放数据库中经过了3DFS程序的检验,并在已建立的化学结构数 据库中作为子结构检索的工具得到了应用。     

基于遗传算法和遗传模糊聚类的混合聚类算法

为了动态确定聚类数目C和该数目下的最优分类,构造出遗传算法和模糊遗传C均值聚类的混合聚类算法(HGA-FGCM),该方法构造了一个既考虑类与类之间的分散程度,又考虑同一类紧凑程度的目标评价函数;运用遗传算法的全局寻优能力,求得最佳聚类数下的最优聚类。