基于PCR-DGGE技术分析浓香白酒窖泥梭菌多样性

窖泥是浓香型白酒酿制过程中最主要的微生物源,窖泥中微生物的类型、丰度、新陈代谢活动等均对浓香型白酒品质产生很大的影响。为探究窖泥中梭菌微生物的多样性,利用窖泥理化结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术对10个窖泥样品中的梭菌群落及变化规律进行研究。结果表明,所选10个窖泥的理化参数均符合优质窖泥指标要求;在微生物层面,窖泥中检测到的梭菌在属水平上有：嗜碱菌属、丁酸弧菌属、梭菌属、喜热菌属、瘤胃梭菌属、粪球菌属、沉淀杆菌属（Sedimentibacter）、钙原杆菌属（Caldicoprobacter）、温带菌（Tepidimicrobium）、梯氏菌（Tissierella）、孢子菌（Sporanaerobacter）、硫酸盐还原菌属、鲁替孢菌属和梭状芽胞杆菌（Clostridiisalibacter）等,这些菌是优质窖泥的重要指示菌,可知窖泥中含有极其丰富的酿酒功能菌。揭示了可能在白酒酿造中起关键作用的梭菌菌群,在分子水平上为研究浓香型白酒提供了理论依据。     

酱香型郎酒高温大曲、酒醅和窖泥中细菌群落结构分析

该研究利用高通量测序技术对酱香型郎酒大曲、酒醅和窖泥的细菌菌群进行多样性解析和比较分析。结果表明,郎酒窖泥中细菌菌群的丰富度和多样性最高,大曲中细菌菌群的多样性远高于酒醅。窖泥中主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（26.1%）、埃希氏菌-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）（12%）、梭菌属（Clostridium）（7.9%）等,嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）作为主体菌,同时存在多种未培养菌种;大曲中的主要优势菌群包括泛菌属（Pantoea）（21.9%）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）（21.4%）、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）（19.4%）和乳球菌属（Lactococcus）（9.4%）等;酒醅中主要优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）（42.7%）、魏斯氏菌属（Weissella）（32.1%）、芽孢杆菌属（Bacillus）（14.2%）和乳杆菌属（Lactobacillus）（8.3%）,乳酸菌占据优势地位。     

浓香型白酒窖泥变质前后古菌群落差异分析

窖泥是浓香型白酒的生命线,窖泥变质则为酒厂带来巨大损失。采用Illumina Miseq高通量测序DNA技术对窖泥变质前后古菌群落结构进行分析。通过构建古菌16S r DNA基因文库,结果表明,变质后窖泥共扩增出52876条序列,变质前窖泥扩增出11703条序列,古菌丰度有明显提高。对序列进行聚类、测序、分析,窖泥变质前优势古菌为:甲烷短杆菌属(35.66%)、甲烷杆菌属(10.25%)、类芽孢杆菌属(4.27%)、芽孢杆菌属(3.39%)、甲烷八叠球菌属(3.27%)等;窖泥变质后优势菌为:产甲烷袋菌属(38.18%)、甲烷杆菌属(34.21%)、甲烷袋状菌属(6.90%)等。结果揭示了甲烷菌是窖泥变质前后古菌的优势菌,为进一步研究窖泥微生物全貌及窖泥培养、养护提供依据。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序的浓香型窖泥原核微生物群落的窖池空间分布

利用Illumina Miseq高通量测序技术解析河南某酒企6年和12年窖泥微生物群落多样性和组成。结果表明,两类窖龄窖池中窖泥原核微生物群落组成具有相似的空间分布特征,且物种丰度（Chao1指数）和多样性（Shannon指数）均分别在窖壁中层和下层窖泥最高;乳杆菌属（Lactobacillus）、产己酸菌属（Caproiciproducens）、嗜蛋白菌属（Proteiniphilum）及甲烷囊菌属（Methanoculleus）等14个属为窖泥优势属,其中78.6%优势属在两类窖龄窖池下部（下层和窖底）窖泥中含量均高于窖池上部（上层和中层）窖泥,且主要隶属于梭状芽胞杆菌纲（Clostridia）和拟杆菌纲（Bacteroidia）;57.6%（19/33）Top10属的空间分布特征与窖龄无关;随窖龄增加,Top10属产生了132个变化,其中75.6%的变化均较小（＜1%）;冗余分析（RDA）结果推测,铵态氮和有效磷可能是影响供试窖泥原核微生物菌群空间分布的主要环境因子。     

陶融型白酒正常和退化窖泥细菌群落多样性解析及其理化影响因素

利用高通量测序技术解析陶融型白酒正常窖池和退化窖池窖泥细菌群落多样性及其在窖池中的空间异质性,并通过冗余分析（RDA）影响微生物群落的主要理化因素。结果表明,退化窖池窖泥的含水量（36.78%）、pH值（5.50）及铵态氮含量（23.48 mg/100 g）均低于正常窖池窖泥,而总酸含量（13.00 mg/g）和有效磷含量（27.32 mg/100 g）与之相反。窖泥中细菌群落存在明显的空间异质性。与正常窖池窖泥相比,退化窖池窖泥中主要优势细菌门厚壁菌门（Firmicutes）（64.32%）、拟杆菌门（Bacteroidetes）（12.58%）以及主要优势细菌属己酸菌属（Caproiciproducens）（3.03%）、嗜蛋白菌属（Proteiniphilum）（6.60%）、棒状杆菌属（Caldicoprobacter）（1.06%）的平均相对丰度较低。有效磷、总酸和铵态氮含量可能是影响不同质量窖泥细菌菌群空间分布的主要理化因子。     

添加不同生物炭对人工窖泥培养微生物群落影响

基于高通量测序技术，分析添加不同生物炭对人工窖泥微生物群落结构、菌群网络及内部菌属与理化因子相关性的影响。结果表明，添加马弗炉慢速热解丢糟生物炭人工窖泥，微生物群落多样性、丰度及优势菌属(Clostridium＿sensu＿stricto＿12等)相对丰度更高；其不影响微生物网络稳定；窖泥微生物种群以Caproiciproducens等功能微生物为中心，并与Clostridium等功能菌菌属有较强相关性，从而有利于人工窖泥中Clostridium＿sensu＿stricto＿12等的富集，同时抑制Lactobacillus菌属生长，进而促进人工窖泥向优质窖泥转化。该文对不同生物炭添加至人工窖泥培养后微生物群落进行了分析，为揭示添加生物炭以加快人工窖泥向优质老窖泥转化提供了一定的微生物学理论基础。     

基于Biolog ECO技术分离窖泥细菌的研究

根据窖泥微生物的特性和生长特点,模拟窖泥的微生态环境以不同的培养基和培养条件对微生物进行分离、纯化,用Biolog微生物鉴定系统鉴定,确定窖泥微生物各种菌株.结果显示,细菌含有几大类群,表现出高度的细菌多样性.主要为芽孢杆菌属（Bacillus）、芽孢乳杆菌属（Sporolactobacillus）类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、诺卡氏菌属（Nocardia）、梭菌属（Clostridium）、棒状杆菌属（Corynebacterium）.     

窖泥变质前后细菌群落差异分析

通过提取窖泥细菌总DNA,扩增16S r DNA构建基因文库,采用高通量测序的方法,对窖泥变质前后细菌群落进行分析。结果表明,窖泥变质前后细菌群落存在较大差异,共检测出16个门、174个种属。选取优势种属进行比较,窖泥变质前优势菌属为:动球菌属(22.63%)、芽孢杆菌属(12.95%)、紫单胞菌科(12.45%)、芽孢八叠球菌属(10.60%)等;窖泥变质后优势菌属为:芽孢八叠球菌属(61.34%)、嗜冷杆菌属(10.42%)、未分类菌属(5.45%)、子单胞菌属(5.02%)等。本研究初步揭示了窖泥变质前后细菌群落种类和数量的差异,为窖泥变质研究提供理论基础。     

基于高通量测序解析赊店老酒浓香型白酒大曲古菌群落多样性

该研究采用高通量测序技术对赊店老酒制作的浓香型白酒大曲的古菌群落多样性进行分析,并进行蛋白直系同源簇（COG）功能预测。结果表明,大曲的优势古菌门（相对丰度＞1%）为广古菌门（Euryarchaeota）,相对丰度为98.51%;优势古菌属（相对丰度＞1%）为甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）、甲烷囊菌属（Methanoculleus）、甲烷发菌属（Methanothrix）、盐碱球菌属（Halalkalicoccus）、Methanomassiliicoccus、甲烷球形菌属（Methanosphaera）、甲烷杆菌属（Methanobacterium）、甲烷八叠球菌属（Methanosarcina）、Methanospirillum、甲烷嗜热杆菌属（Methanothermobacter）,相对丰度分别为61.92%、10.51%、7.17%、6.30%、3.84%、1.72%、1.61%、1.07%、1.04%、1.00%。此外,首次在大曲中发现盐碱球菌属（Halalkalicoccus）、热球菌属（Thermococcus）、甲烷绳菌属（Methanolinea）、亚硝化侏儒菌属（Nitrosopumilus）。COG功能主要富集在翻译、核糖体结构和生物发生,能源生产与转化,氨基酸转运和代谢,辅酶运输和代谢,复制、重组和修复,转录,反映了大曲中各种酶系的合成活跃。     

红谷黄酒发酵过程中细菌群落结构分析及其对高级醇的影响

为了解南阳红谷黄酒酿造过程中高级醇与细菌群落演替之间的相互关系,该研究采用气相色谱-质谱联用（GC-MS）法测定发酵过程中的高级醇,通过高通量测序技术揭示细菌群落结构特征,并采用Spearman统计学方法对两者之间的相关性进行预测。结果表明,红谷黄酒中共检测到15种高级醇,以异戊醇、异丁醇为主,分别占高级醇总含量的70.88%～74.36%和15.81%～18.76%。黄酒发酵至第6天,细菌群落多样性达到峰值,发酵过程中优势细菌门（平均相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,优势细菌属（平均相对丰度≥1%）为魏斯氏菌属（Weissella）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）、Lentilactobacillus、乳酪杆菌属（Lacticaseibacillus）、克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、克鲁沃菌属（Kluyvera）和肠球菌属（Enterococcus）,其中对高级醇产生主要贡献的细菌群为大洋芽孢杆菌属、克鲁沃菌属和魏斯氏菌属。     

手工雪茄加工过程中细菌群落多样性与游离氨基酸含量的相关性分析

为揭示手工雪茄加工过程中微生物群落多样性与游离氨基酸含量的关系,分别选取外裹茄衣、水分平衡、烟支冷冻、烟支养护、烟支包装等加工环节完成后的手工雪茄样品,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性,同时采用离子色谱-积分脉冲安培法测定18种游离氨基酸含量（质量分数）,并进行Spearman相关性分析。结果表明：手工雪茄加工过程中,(1)细菌群落丰富度及多样性整体呈下降趋势,且水分平衡环节对该趋势的影响较为明显;(2)优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteriota）,平均相对丰度分别为51.75%、35.80%和10.38%;优势菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、芽胞杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和克雷伯氏菌属（Klebsiella）,平均相对丰度分别为12.40%、9.96%、8.48%、8.27%和4.21%;(3)9个细菌属类群相对丰度变化显著,分别为赖氨酸芽胞杆菌属（Lysini...     

不同北方浓香型白酒大曲中微生物组成及理化差异分析

以3种北方浓香型白酒中高温大曲（Q1、Q2和Q3）为研究对象,对其理化指标及微生物多样性进行分析,并采用PICRUSt软件进行基因功能预测。结果表明,3种大曲的糖化酶活力及水分含量差异显著（P<0.05）;优势细菌属的种类及丰度存在差异,其中糖多孢菌属（Saccharopolyspora）和葡萄球菌属（Staphylococcus）相对丰度在样品Q1中较高,芽孢杆菌属（Bacillus）、肠杆菌属（Enterobacter）、魏斯氏菌属（Weisslla）和粘液乳杆菌属（Limosilactobacillus）相对丰度在样品Q2中较高,果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）和广布乳杆菌属（Latilactobacillus）相对丰度在样品Q3中较高;优势真菌属差异较小,且嗜热子囊菌属（Thermoascus）的相对丰度均较高。果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）为样品Q3与样品Q1和Q2的主要差异微生物,且其与糖化酶活力呈显著负相关（P<0.05）。3种大曲中微生物菌群的代谢相关功能簇丰度较高,且样品Q1细菌菌群的最高（P<0.05）...     

梅干菜和腌制雪菜细菌菌群多样性分析

为探讨传统腌制发酵蔬菜制品的菌群多样性,采用Illumina Miseq高通量测序技术,对宁波地区梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品进行分析。结果表明,梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品中相对丰度大于1.0%的菌属分别有8、13、5属,其中乳杆菌属（Lactobacillus）在3种产品中相对丰度均较高,分别为31.70%、9.51%、78.08%;假交替单胞菌（Pseudoalteromonas）仅在梅干菜半成品和腌制雪菜成品中检出,相对丰度为4.60%和1.81%;梅干菜半成品的主要优势菌属还有嗜盐单胞菌属（Halomonas）和梭状芽孢杆菌属（Clostridium IV）;梅干菜成品的主要优势菌属还有慢生芽孢杆菌属（Lentibacillus）、交替芽胞杆菌属（Alteribacillus）、嗜盐球菌属（Halococcus）、海单胞菌属（Oceanimonas）、枝芽孢菌属（Virgibacillus）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、钠白菌属（Natrialba）和代尔夫特菌属（Delftia）等,相对丰度分别为11.85%、11.41%、9.64%、9.46%、8.86%、6.25%、5.21%和5.13%;其余优势菌属相对丰度在1.23%~2.60%之间。乳杆菌属是发酵蔬菜的主要优势菌,腌制方式、腌制阶段的蔬菜产品菌群多样性差异较大,干法腌制比泡制蔬菜产品的菌群结构和多样性更为复杂。本研究结果为传统腌制蔬菜微生物资源的挖掘及其工业化利用提供了理论参考。     

应用PCR-DGGE技术分析不同性状窖泥的细菌群落结构

基于聚合酶链式反应-变性梯度凝胶（PCR-DGGE）技术分析了不同性状窖泥的细菌群落DGGE指纹图谱,结果表明,通过DGGE指纹图谱能够区分新窖泥、窖壁泥和窖底泥,其中以窖壁泥退化前后图谱变化最明显。PCR-DGGE图谱优势条带测序结果显示,窖泥中细菌微生物包括拟杆菌门、放线菌门、厚壁菌门、变形菌门4类,其中新窖泥微生物种类最丰富,涵盖以上门类,特有优势微生物为Enterobacterale科、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）及里氏杆菌属（Riemerella）。紫单孢菌科（Porphyromonadaceae）仅存在于窖底泥中,Tumebacillus属微生物只存在于窑壁泥中。通过窖泥的DGGE图谱对比分析,能够对窖泥类型做出初步判定,并能及时发现窖泥退化现象,为工厂窖泥培养、检测和窖泥优化提供了理论支持。     

山西老陈醋和怀仁醋酒精发酵阶段细菌菌群多样性分析

为了探明山西老陈醋酿造工艺和怀仁醋酿造工艺对细菌菌群的影响,该研究利用高通量测序技术对两种工艺酒精发酵阶段样品（分别编号为S和X）的细菌菌群多样性进行分析。结果表明,S样品的细菌菌群多样性更高。两种工艺酒精发酵阶段样品的细菌菌群组成差别较大,与S样品相比,X样品中相对丰度较高的乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）均增多,片球菌属（Pediococcus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、泛菌属（Pantoea）、链霉菌属（Streptomyces）、短状杆菌属（Brachybacterium）、肠杆菌属（Enterobacter）和非培养细菌（uncultured bacterium）均减少。导致两种工艺酒精发酵阶段样品有显著差异的细菌在S样品中为片球菌属、明串珠菌属、链霉菌属和泛菌属,在X样品中则为乳杆菌属、魏斯氏菌属和乳球菌属。相关性分析结果表明,乳杆菌属、泛菌属、魏斯氏菌属和片球菌属与其他物种联系紧密。     

西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成分析

基于高通量测序技术对西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮细菌和真菌菌群的多样性及群落组成进行分析。结果表明,不同品种葡萄果实表皮微生物群落多样性差异明显,‘夏黑’葡萄果实表皮微生物丰富度和多样性指数最高,‘火焰无核’葡萄果实表皮最低。优势细菌属（相对丰度>1%）主要有伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、SJA-15、劳尔氏菌属（Ralstonia）、异样根瘤菌属（Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）和阿菲波菌属（Afipia）,优势真菌属主要为球腔菌属（Mycosphaerella）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和枝顶孢属（Acremonium）。结果显示,不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成及相对丰度差异明显,说明葡萄品种影响葡萄果实表皮微生物群落结构组成。     

腐乳中细菌群落结构与生物胺的相关性分析

通过高通量测序技术分析不同生物胺含量腐乳样品的细菌群落结构,测定相关环境因子,在此基础上探究菌群结构与生物胺含量之间的相关性。结果表明,腐乳中的优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,四者的相对丰度之和在各样品中均达到91%以上;优势菌属包括芽孢杆菌属（Bacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、四联球菌属（Tetragenococcus）和假单胞菌属（Pseudomonas）;高低生物胺含量腐乳的组间主要差异菌属为芽孢杆菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属和赖氨酸芽孢杆菌属（Lysinibacillus）。相关性研究表明,总生物胺和总酸是影响细菌群落组成的主要因素（P<0.05）;生物胺含量主要与氨基酸态氮和pH等环境因子相关,腐乳样品的氨基酸态氮含量范围为0.62～0.86 g/100 g,pH变化范围在5.62～6.37之间;魏斯氏菌属、芽孢杆菌属和赖氨酸芽孢杆菌属丰度的增加与生物胺具有显著相关性;不动杆菌属（Acinetobacter）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和四联球菌属与生物胺呈现负相关性。研究结果阐明了腐乳微生物群落结构与生物胺的关联性,为了解生物胺形成机制,有效控制生物胺和优化腐乳生产工艺提供了理论依据。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性,并阐明其优势真菌微生物群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）;堆积发酵中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、变形菌纲（Proteobacteria）;在窖内发酵中乳杆菌属（Lactobacillus）占绝对优势;窖泥中主要优势菌有放线菌（Actinomyces）和乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积、窖内发酵、窖泥之间细菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。     

不同窖龄窖泥产酒发酵前后的理化指标、风味物质含量和细菌菌群结构差异分析

利用理化检测技术和高通量测序技术对河套酒业不同窖龄窖泥产酒发酵前后的理化指标、风味物质含量及微生物组成做了差异分析并进行相关性分析研究。结果表明，不同窖龄窖泥的理化指标存在显著差异，同一窖龄窖泥产酒发酵前后的理化指标未发生明显变化。乙缩醛、己酸、乳酸乙酯、丁酸乙酯、己酸乙酯等含量在3年窖龄窖泥中相对较高，正丙醇、正丁醇、仲丁醇和丁酸等含量在1年窖龄窖泥中相对较高。两组窖泥产酒发酵前后的风味物质含量也发生了显著变化。两组窖泥测序共获得1039个OTUs分类，每个组都鉴定得到26个细菌门和439个细菌属。得到了不同窖龄窖泥共同的优势菌门和菌属。1年窖龄窖泥发酵前特有的优势细菌属为芽孢杆菌属，发酵后特有的优势细菌属为棒状杆菌属、固氮螺菌属和uncultured＿bacterium＿f＿Lachnospiraceae属；3年窖龄窖泥发酵前特有的优势细菌属为棒状杆菌属、Garciella属、魏斯氏菌属和uncultured＿bacterium＿c＿Gitt-GS-136属，发酵后特有的优势细菌属为固氮螺菌属和uncultured＿bacterium＿f＿Atopobiaceae属。乳酸杆菌属在两...