黄酒麦曲微生物总DNA提取方法比较

为得到高质量提取麦曲总DNA的方法,采用SDS法、氯化苄法、CTAB法、超声波法、Soil DNA kit法、SDS高盐法及SDS-CTAB法对黄酒麦曲中总DNA的提取效果进行了比较,通过凝胶电泳、PCR、紫外分光光度计及Real-time PCR对不同方法提取产物进行分析得出7种方法中SDS-CTAB法对于提取麦曲总DNA效果最好,蛋白、多糖及小分子等污染较少,DNA提取的质量浓度达到149.6 ng/μL,相对于SDS法,细菌和真菌模板数分别达到其2.343倍和1.753倍。     

从颗粒污泥中提取DNA的几种不同方法比较

为了从颗粒污泥中提取出DNA,分别采用CTAB法、TENPC法、Takara试剂盒三种方法提取总DNA,通过提取的核酸总量、纯度、片段分布情况指标来评价不同的提取方法对颗粒污泥总DNA质量的影响,并考察了三种不同的溶液洗涤样品以及三种不同的细胞破壁方法对提取的DNA质量的影响.结果表明:采用脱腐缓冲液、PBSbuffer、EDTA buffer洗涤,液氮研磨破壁后TENPC法提取DNA的效果最好,提取的总量最多,大片段提取效果好,这种方法较适合从颗粒污泥中提取DNA.     

燕窝DNA提取方法比较

为建立不同燕窝样品有效DNA提取方法,分别用试剂盒法、改良CTAB裂解法以及改良试剂盒法提取燕窝总DNA,进行浓度纯度检测,并以此为模版,进行PCR扩增及凝胶电泳。结果表明,改良试剂盒法扩增结果条带明亮,信号较强,较改良CTAB裂解液法与试剂盒法,更适于燕窝样品DNA提取,可用于PCR模版DNA制备,为进一步鉴定燕窝真伪提供参考。     

食用菌总DNA提取方法的研究

采用SDS法、SDS-CTAB法、氯化苄法等3种方法,同时对多种食用菌的总DNA进行提取,提取到的总DNA经琼脂糖凝胶电泳分析,表明采用SDS法提取的几种食用菌的总DNA质量最好,基本无DNA碎带;酶切试验结果进一步证明采用SDS法提取的总DNA已可直接用于限制性内切酶酶切试验,乃至PCR扩增和RAPD分析等.     

浓香型白酒黄水、窖泥中微生物总DNA提取方法比较

为高效地获得浓香型白酒窖池中窖泥和黄水中的微生物总DNA以更好地分析其过程中微生物区系,该文设计了4种不同的总DNA提取方法,分别提取了泸州某知名浓香型白酒企业黄水和窖泥的DNA,并用紫外吸收和PCR-DGGE方法比较了不同提取方法所获得总DNA的纯度及其所代表的原核微生物多样性状况。结果显示,4种提取方法均能从2种样品中提取到纯度较高的DNA;以这些DNA为模板均能扩增出细菌和古菌16S rDNA的部分片段的特异性条带;其DGGE电泳图谱均呈现出较为丰富的条带多样性,但条带存在明显差异。综合评价DNA纯度、扩增效果以及DGGE谱图,对于黄水和窖泥,“酶+SDS+液氮法”提取样品中原核微生物DNA的效果最优。     

生鲜牛乳总微生物基因组DNA的提取

目的 建立高效快速提取生鲜牛乳中总微生物基因组DNA的方法。方法 以生鲜牛乳为原料, 采用SDS-蛋白酶K法裂解细胞, 酚氯仿有机抽提去除蛋白和醋酸钾溶液沉淀蛋白, 制备样品中总微生物基因组DNA。结果 以NET(Tris?HCl, EDTA, NaCl)作为裂解缓冲液, 蛋白酶K消化得到的基因组DNA纯度和产量较高, 耗时较短; 缓冲液选择NCT(NaCl, CaCl2, Tris?HCl)时, PCR产物特异性低于前者且产量较低。RNA酶消化对产品纯度影响不大且会降低产量。用醋酸钾(KAc)沉淀去除蛋白, 操作快速简单, 耗时最短, 但DNA产量最低。结论 SDS-蛋白酶K法提取的生鲜乳微生物总DNA可以作为牛乳样品进一步检测的分子基础。     

微生物基因组DNA氯化苄提取方法优化的研究

Picbiapastoris GS115为例，通过正交设计对氯化苄提取基因组DNA条件进行优化，并获得最优水平组合提取条件：提取液pH9、氯化苄加量300μL、保温时间60min。Piclda pastoris GS115的基因组DNA为模板，PCR扩增泛素基因（Ubi）在琼脂糖凝胶电泳228bp处出现DNA亮带。利用该法提取其他微生物基因组DNA也能够获得很好的结果。     

PCR 检测牛乳中大肠杆菌基因组DNA 的提取方法

为获得一种适于牛乳样品大肠杆菌PCR 检测的基因组DNA 提取方法,对饱和酚法、CTAB 法、试剂盒法及溶剂裂解法等4 种提取方法加以比较,通过考察DNA 的纯度、定量分析以及PCR 分析,确定一套有效、快速、适合牛乳中提取大肠杆菌的基因组DNA 方法--溶剂热裂解法。结果显示该方法提取的DNA 模板,适于PCR扩增大肠杆菌DNA,可以用于牛乳中的大肠杆菌检测。     

苹果汁中DNA提取方法的比较及RAPD扩增研究

目的获得一种提取苹果汁饮料中高质量DNA的高效方法.方法以不同加工工制备的澄清苹果汁和果肉型苹果汁为试材,采用简易法、试剂盒法和改良试剂盒法提取苹果汁DNA,分别对所提取DNA的浓度、纯度及DNA扩增效率进行了比较.结果3种方法提取的澄清苹果汁DNA经PCR扩增后的条带均比果肉型苹果汁的清晰,其中,改良试剂盒法提取的澄清苹果汁DNA OD260/OD280的比值均在1.8左右,纯度最好.可用于RAPD扩增.结论试剂盒法和改良试剂盒法均适用于苹果汁饮料DNA的提取.其中试剂盒法对果肉型果汁的扩增效率较好,该方法为采用分子生物技术对果汁进行真伪鉴别提供技术参考.     

快速提取肉类基因组DNA的裂解液的研究

目的配制一种快速提取肉类DNA且满足重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)要求的裂解液。方法分别配制3种裂解液:Na OH裂解液、Chelex裂解液与PBS裂解液,取200μL裂解液与20 mg肉类样品进行混合,振荡5 s,取上清液稀释10倍直接作为扩增模板。结果 3种裂解液中Na OH裂解液提取DNA在稀释与未稀释条件下均有较好的扩增,Chelex裂解液提取DNA在稀释与未稀释下均无扩增,PBS裂解液提取DNA在稀释作用下有较好的扩增,在未稀释作用下无扩增。裂解液提取法和试剂盒方法提取的纯度、产物的大小几乎一致,所扩增的为同一产物,裂解液所需成本与试剂盒方法相比较低。结论 Na OH裂解液可以在5 min内提取肉类中的DNA,浓度与纯度均较高,所需时间短,成本低,且满足分子检测要求。     

一种适用于乳制品基因组DNA快速提取方法的研究

目的对比NaOH裂解法、PBS裂解法以及直接煮沸法3种方法提取乳制品中核酸的提取效果,优化提取条件,确定一种更适用于现场检测、简便快速的的乳制品DNA快速提取技术。方法以牛奶、水牛奶、牦牛奶、羊奶、骆驼奶、以及驴奶6种常见的乳制品为材料,分别用NaOH裂解法、PBS裂解法以及直接煮沸法3种提取方法提取乳制品中的DNA,并根据裂解液用量和裂解时间进行优化,通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳分析,检测DNA提取的质量和灵敏度。结果 NaOH裂解法能够提取所有物种的乳制品DNA,而且可以在最佳裂解条件下提取模拟掺假混合乳的DNA进行检测,发现其检测限能达到1%的牛奶含量。结论该方法取样量小,成本低,在15 min内即可完成快速提取,为实验室乳制品DNA定性或定量鉴别,以及乳制品的现场掺假鉴别提供了一种快速灵敏低成本的样品前处理技术。     

Evaluation of DNA extraction methods for Bacillus anthracis spores spiked to food and feed matrices at biosafety level 3 conditions

The DNA extraction efficiency from milk, whey, soy, corn gluten meal, wheat powders and heat-treated corn grain that were spiked with Bacillus anthracis and Bacillus thuringiensis spores was determined. Two steps were critical: lysis of the spores and binding of the free DNA to the DNA binding magnetic beads in the presence of the interfering powders. For the guanidine-thiocyanate based Nuclisens lysis buffer from Biomerieux we found that between 15 and 30% of the spores survived the lysis step. As most lysis buffers in DNA/RNA extraction kits are guanidine based it is likely that other lysis buffers will show a similar partial lysis of the Bacillus spores. Our results show that soybean flour and wheat flour inhibited the DNA extraction process strongest, leading to unreliable DNA extractions when using too much of the matrix. For corn gluten meal, heat-treated corn grain and milk powders, DNA extraction efficiencies in the presence of 100mg and 10mg of powder resulted in 70%-95% reduced DNA recoveries. The inhibition was, however, reliable and intermediate compared to the inhibition by soy and wheat. Whey powder had the lowest inhibitory effect on DNA-extraction efficiency and recoveries of 70-100% could be reached when using 10mg of powder. The results show that reducing the amount of matrix leads to better DNA-extraction efficiencies, particularly for strongly inhibiting powders such as soy and wheat. Based on these results, a standard protocol to directly isolate DNA from micro-organisms present in complex matrixes such as food and feed powders was designed.     

普洱茶发酵过程中微生物总DNA提取方法的比较

为了快速提取普洱茶发酵过程中微生物总DNA,便于分析微生物群落的多样性及演替情况,对比研究了总DNA提取的四种方法-酶法、试剂盒法、超声波法和变性剂法,以16S rRNA区域通用引物(27F和1492R)和18S rRNA区域通用引物(NS1和NS8)对四种方法提取的总DNA分别进行扩增,根据总DNA提取的大小、产量、纯度和PCR扩增产物进行评估。综合各项指标来看,总DNA提取方法以变性剂法为优,其次是试剂盒法、超声波法和酶法。     

动物明胶中3种DNA提取方法的比较研究

基于DNA水平的分子生物学检测方法,因其高特异性、高灵敏度且简便快速等优点,成为明胶动物来源鉴别检测的有效方法。但明胶的特殊加工工艺给DNA的提取带来了一定的困难。研究中选取了牛皮明胶、牛骨明胶和猪皮明胶等不同动物品种和不同动物组织来源的明胶产品,采用了试剂盒法、蛋白沉淀法和裂解抽提法等3种DNA提取方法,从DNA提取质量、提取效率及明胶动物种类来源PCR扩增等方面对3种方法进行了比较。研究结果表明,裂解抽提法所提取的明胶中的DNA质量优于前2种方法,且适合于进一步的PCR扩增检测,是适合于明胶DNA提取的有效方法。     

发酵肉制品总微生物RAPD扩增条件的优化

以改进的氯化苄法抽提发酵肉制品总微生物DNA,进行随机扩增多态DNA(random amplifiedpolymorphicDNA,RAPD)分析.采用单因子梯度试验法对影响发酵肉制品微生物RAPD反应的反应体系、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶的用量及DNA模板浓度进行了筛选.结果表明,发酵肉制品微生物RAPD扩增条件为25μLPCR反应体积中,2.5mmol/LMgCl2,0.15mmol/LdNTPs,15pmol引物,50ng模板DNA,1.0U Taq DNA聚合酶.     

鲜榨果汁基因组DNA快速提取方法的建立及优化

目的 建立及优化鲜榨果汁基因组DNA快速提取方法。方法 本研究比较了植物 DNA 快速提取试剂盒法、棉签法、纤维素膜片法和滤纸片法 4 种方法提取 15 种鲜榨果汁基因组 DNA 的效果，并筛选不同的提取液和裂解液、优化裂解液中的盐酸胍浓度和果汁基因组提取时间。结果 滤纸片法采用DNA裂解液（6 mol/L盐酸胍、1%聚乙烯吡咯烷酮、50 mmol/L三羟甲基氨基甲烷盐酸盐、20 mmol/L乙二胺四乙酸、21.3 mmol/L曲拉通-X-100；pH 6.4）、DNA漂洗液1（8 mol/L盐酸胍、50 mmol/L三羟甲基氨基甲烷盐酸盐；pH 6.4）和DNA漂洗液2（10 mmol/L 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐、100 mmol/L氯化钠；pH 8）即可在 5 min 内从鲜榨果汁中提取得到适用于聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCR）的基因组 DNA。结论 本研究建立的滤纸片法不需要离心机等昂贵的仪器设备、操作简单、无刺激性气味、无环境条件限制，具有快速、价廉、环保等优点，为果汁基因组 DNA 快速提取与现场鉴定研究提供了参考。     

肉制品中志贺氏菌DNA的快速提取方法

肉制品中致病菌DNA的提取对PCR检测具有重要意义。以污染志贺氏菌的猪肉为材料,比较了沸水浴法、裂解液煮沸法、CTAB/SDS法、改良的碱性异硫氰酸胍法4种提取方法对志贺氏菌DNA的提取效果,并以提取的DNA为模板进行PCR检测。结果表明:改良的碱性异硫氰酸胍法提取志贺氏菌DNA的效果较好,猪肉中志贺氏菌的PCR最低检出限为5×100CFU/g,整个检测时间<8h。经改良的碱性异硫氰酸胍法操作简便、经济省时,可用于肉类的PCR检测。     

Characterization of D-galacturonate reductase purified from the psychrophilic yeast species Cryptococcus diffluens

An efficient method for the direct extraction of yeast genomic DNA from agave must was developed. The optimized protocol, which was based on silica-adsorption of DNA on microcolumns, included an enzymatic cell wall degradation step followed by prolonged lysis with hot detergent. The resulting extracts were suitable templates for subsequent qPCR assays that quantified mixed yeast populations in artisan Mexican mezcal fermentations.     

Optimization of DNA extraction and molecular detection of Cryptosporidium oocysts in natural mineral water sources

The numerous published methods for extracting DNA from Cryptosporidium oocysts for PCR identify the lack of an optimized standard method for clinical, environmental, and public health investigations of cryptosporidiosis. A method that maximizes DNA extraction reliably, particularly from small numbers of partially purified or purified oocysts present in mineral waters and environmental samples, is required. We describe a maximized method for liberating DNA from Cryptosporidium parvum oocysts by 15 cycles of freezing (liquid nitrogen) and thawing (65 degrees C) in lysis buffer containing sodium dodecyl sulfate. The inhibitory effects of sodium dodecyl sulfate are abrogated by the addition of Tween 20 to the PCR reaction. We tested seven different C. parvum oocyst isolates, consistently detecting fewer than five oocysts following direct PCR amplification of a segment of the 18S rRNA gene. Older oocysts, which were more refractory to freeze-thawing, were disrupted effectively. A single oocyst in each of two mineral water concentrates was detected by both microscopy and PCR/Southern blotting. We recommend 15 cycles of freeze-thawing, with thawing at 65 degrees C in lysis buffer, to maximize oocyst disruption and DNA extraction, particularly when isolate history and oocyst age are unknown. Both the DNA extraction method and the PCR described can be used for clinical, environmental, and public health investigations of cryptosporidiosis.     

白酒生产中高效降解糠醛微生物的筛选与鉴定

从酱香型白酒酒醅中筛选出一株高效降解糠醛的微生物,利用GC-MS对降解过程中样品所含的糠醛及糠醇进行检测并全定量。同时,经过氯化苄抽提基因组方法后,再进行测序与序列比对,菌株鉴定结果为宛氏拟青霉。