陕西关中地区羊乳中细菌多样性的分析

为全面了解羊乳中细菌多样性,对陕西关中地区杨凌、宝鸡和渭南3个牧场羊乳样品中微生物宏基因组DNA的16S r RNA基因V3-V4区进行扩增、高通量测序。研究共获得225 424条高质量序列,平均每个样品聚成673个OTUs。对不同地区羊乳中细菌群落构成分析显示,所有羊乳样品中细菌门有27种,Proteobacteria为陕西关中地区羊乳中的优势菌群门,在渭南地区所占比例最高,为91.15%,在杨凌和宝鸡地区分别占62.44%和60.33%;细菌属有354种,Enterobacter是关中地区羊乳中的优势细菌属,3个地区所占比例分别为37.41%、33.82%和2.87%;细菌种有826种,P.aeruginosa为陕西关中地区的优势菌株,在3个地区分别占1.17%、0.81%和21.8%,且渭南地区的P.aeruginosa含量显著高于其他两个地区。不同地区羊乳样品细菌群体间的多样性分析表明,杨凌和宝鸡这两个地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较高,渭南地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较低。3个地区间羊乳中细菌分布有一定的差别,但样品之间微生物群落结构差距不大,有一定的相似性。     

酱香型白酒不同轮次细菌资源结构多样性的研究

为深入研究酱香型白酒酿造过程细菌资源结构变化,本研究基于高通量测序技术和数理统计分析,系统地对酱香型白酒制酒一轮次、四轮次及五轮次的生产晾堂和大曲进行细菌资源结构多样性研究。结果表明,一轮次共分离出10个细菌门及所含的122个属,四轮次共分离出15个细菌门及所含的145个属,五轮次共分离出19个细菌门及所含的227个属;芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）等23种细菌属的相对丰度>1%且至少出现在2个样品中。通过对制酒各轮次晾堂地面和生产用大曲中细菌多样性分析、优势细菌差异性分析,深入剖析了酱香型白酒制酒一轮、四轮、五轮次优势细菌属的功能特性及演替规律,在微生物角度为指导生产提供了理论支撑。     

基于高通量测序分析不同品种水牛生乳中细菌多样性

目的 利用16S rRNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂内摩拉、尼里-拉菲及三品杂3品种水牛生鲜乳中的细菌多样。方法 提取当天采集的生水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增细菌的16S rDNA,纯化PCR扩增目的片断,将PCR产物与pMD18-T载体连接,构建其菌群的16S rDNA文库。用Miseq对其16S rRNA基因的V3-V4可变区进行测序以及BLAST比对。结果 3品种27个样本共获得1223个OUTs, M、N、S独有的OTU分别为295、41和42,共有OTU为511。物种组成与丰度差异显示：3品种优势菌门为：变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。优势菌属为：金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus)、假单胞菌属(Pseusomonas)。样本层级聚类显示：3品种样本间菌落组成相似度较高。PCA与PLS-DA分析表明：3品种样本组内菌群多样性差异不显著,但组间菌群丰度差异明显。结论 摩拉、尼里-拉菲及三品杂水牛生鲜乳中细菌菌群均呈现较丰富的多样性,其共有的优势菌群为金黄杆菌(Chryseobacterium)、不动杆菌(Acinetobacter)、乳球菌(Lactococcus)、假单胞菌(Pseusomonas)。各品种间菌群组成种类整体相似,但其主要菌落丰富度差异明显。     

基于高通量测序分析不同年份闽南腌制萝卜干中细菌多样性

为了解闽南地区不同腌制发酵年份萝卜干中微生物结构组成变化,采用Illumina MiSeq高通量测序分析比较不同腌制发酵年份（3年,5年,10年,15年,20年）萝卜干中细菌的群落结构组成及多样性差异。结果表明,5个样本分别获得69 716、38 952、40 412、57 292、39 406条有效序列,9 762、12 657、6 269、11 251、13 051个OTUs数目;在门分类水平上,腌制发酵3年的萝卜干变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）所占比率均高于40%。发酵5年、10年、15年、20年的萝卜干中只有变形菌门（Proteobacteria）所占比率高于40%;在属分类水平上,腌制发酵3年的萝卜干主要优势菌属为鞘氨醇杆菌（Sphingobacterium）、藤黄单胞菌（Luteimonas）;发酵5年、10年、15年、20年的萝卜干主要优势菌属为不动菌属（Acinetobacter）。聚类分析（CA）和主成分分析（PCA）结果表明,发酵3年与5年以上萝卜干细菌菌群差异显著。     

自然发酵的岭南桑葚果酒的细菌多样性分析

目的:基于高通量测序分析不同自然发酵周期的岭南桑葚果酒的细菌分布特征。方法:采集广州永和镇创鲜果桑采摘园的6个月短时发酵桑葚新酒(STF)和18个月长时发酵桑葚陈酒(LTF),提取其发酵全液总的生物DNA,进行16S rRNA细菌保守区域扩增、纯化和测序。下机后通过专业的生物学分析软件对测序数据进一步加工,包括物种注释、聚类分析、潜在生物功能预测分析、多样性分析等。结果:高通量测序获得新酒和陈酒的平均细菌Tag 数目分别为126 126个和127 401个,平均OTUs 数目分别为746个和789个,经物种注释,主要为变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、放线菌门、Epsilonbacteraeota、酸杆菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门和绿弯菌门10个菌门,以拟杆菌门分枝杆菌属、变形菌门雷拉内拉菌属、变形菌门弯曲菌属、厚壁菌门链球菌属、变形菌门不动杆菌属、变形菌门慢生根瘤菌、变形菌门拉尔斯顿尼亚菌属、变形菌门帕拉伯克霍尔德菌属、拟杆菌门拟杆菌属和放线菌门的分枝杆菌属为主,其中新酒中的拟杆菌门分枝杆菌属显著高于陈酒(P<0.05),变形菌门不动杆菌属显著低于陈酒(P<0.05)。结论: 不同发酵周期的桑葚果酒细菌具有不同丰富度的微生物群落多样性和差异化的菌群组成结构,功能预测分析显示LTF样本菌群中与免疫疾病、心血管疾病、发育、信号分子及相互作用等相关基因功能序列增加,提示桑葚果酒发酵时间过长,增加了产品的食用安全风险。     

基于Illumina MiSeq测序技术不同地区辣椒酱细菌多样性分析

在采用MiSeq高通量测序技术对咸丰地区10个辣椒酱细菌群落多样性进行系统分析的基础上,进一步从MG-RAST数据中下载当阳地区辣椒酱测序数据,进而对不同地区辣椒酱核心细菌类群进行比较分析。结果表明,咸丰地区辣椒酱中核心细菌类群主要由Lactobacillus,Bacillus,Leuconostoc,Pediococcus,Weissella,Pseudomonas,Halomonas和Corynebacterium构成。基于UniFrac距离的主坐标分析和聚类分析均表明,咸丰和当阳地区辣椒酱细菌群落结构存在较大差异,咸丰地区辣椒酱细菌群落结构种类多样性及丰度要显著偏高(p<0.05)。该研究对揭示辣椒酱细菌多样性和不同地区间差异的关联性可能具有一定积极意义。     

基于高通量测序不同生产工艺晴隆酸菜细菌多样性分析

该研究通过高通量测序技术分析工厂化和家庭作坊式两种工艺生产的晴隆酸菜中细菌的多样性,并采用热图分析和主成分分析（PCA）对不同晴隆酸菜样品间细菌群落结构的相似性进行研究,最后分析其优势细菌属。结果表明,5个晴隆酸菜样品中共鉴定出19门、416属。家庭作坊式生产的晴隆酸菜细菌多样性高于工厂化生产;工厂化生产的晴隆酸菜细菌群落结构较相近且优势细菌属相同,分别为乳酸球菌属（Lactococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）、大洋杆菌属（Oceanobacillus）。3种家庭作坊生产的酸菜样品中优势细菌属各有差异,但均含有乳酸杆菌（Lactobacillus）。     

基于细菌多样性对草菇发酵制品分析评价

为解决草菇储存周期短的现实问题,进一步增加草菇产业的经济价值。参考东北酸菜的制备方法研发了一种草菇发酵制品,采用高通量测序技术,通过生物信息分析、OTU分析、多样性分析等,以白菜发酵液为参考,对草菇发酵液中微生物群落与潜在功能进行分析。结果显示,草菇发酵液的物种丰度和物种多样性均高于白菜发酵液;草菇发酵液中的优势菌属和白菜发酵液一样,为乳杆菌属（Lactobacillus）,丰度占比高达70%;草菇发酵液的安全性比白菜发酵液的安全性更高。本文还进一步分析讨论了草菇发酵液的安全性高于白菜发酵液的具体的原因。     

不同区域酱香型白酒人工窖底泥细菌多样性及其影响因子

为探讨酱香型白酒人工窖底泥中细菌的多样性及其影响因子,应用高通量测序技术,比较4种不同区域人工窖底泥的细菌多样性,并结合理化指标进行了相关性分析。结果表明,不同区域的窖底泥理化性质及细菌群落结构都存在一定差异,且距离越远细菌群落结构差异越大。聚类结果显示区域相近的二郎镇、习酒镇和茅台镇的窖底泥细菌群落结构类似,其主要菌群包括Aminicenantes、绿弯菌门和变形菌门;而泸州市的窖底泥与这3个区域的有明显差异,其主要菌群是厚壁菌门。影响窖底泥细菌群落结构与多样性的主要理化因子有pH值、速效钾和水分,受这3种理化因子影响较为显著的菌群有Aminicenantes、厚壁菌门、放线菌门、装甲菌门。     

不同陈化时间广陈皮表面细菌和真菌多样性变化分析

传统理论认为陈皮陈久者良,陈化过程中微生物会引起药效物质基础的改变.通过高通量测序技术系统地研究了不同陈化时间广陈皮表面细菌、真菌菌群结构及特征,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序.结果表明不同陈化时间广陈皮样本表面细菌、真菌组成结构基本一致,但相对丰度差异明显,优势菌属不同.细菌属水平上,主要...     

高通量测序技术分析鸭皮中耐热菌群

鸭皮作为肉制品中常用的添加原料,其在不同热杀菌处理状态下的微生物多样性研究非常重要。将鸭皮分别在60、70、80、90、100、110、120℃条件下热处理后25℃恒温放置1周,通过高通量测序分析鸭皮的微生物多样性。结果表明:60℃热处理的鸭皮中主要菌属为假单胞菌属(33.52%)和不动杆菌属(18.55%),70℃热处理的鸭皮中主要菌属为不动杆菌属(18.46%)、狭义厌氧梭菌属18(12.41%)、变形杆菌属(11.04%)、假单胞菌属(10.17%)、狭义厌氧梭菌属7(8.62%),80、90℃热处理的鸭皮中优势菌属为狭义厌氧梭菌属18,相对丰度分别为63.04%和84.11%,100℃热处理组优势菌属为芽孢杆菌属(49.50%)、狭义厌氧梭菌属18(29.19%)和厌氧杆菌属(17.20%),110℃热处理组优势菌属为芽孢杆菌属(99.23%),120℃热处理组优势菌属为狭义厌氧梭菌属18(52.41%)、芽孢杆菌属(33.07%)和狭义厌氧梭菌属7(12.23%);样品聚类和β-多样性分析表明,温度对鸭皮中的细菌群落组成和丰度差异影响较大。     

鸡蛋壳表面细菌数量及种群多样性分析

采用GB 4789.2-2010菌落总数计数及Miseq测序分析物种多样性及群落结构的方法,对蛋鸡场鸡蛋壳表面细菌数量及种群结构进行研究。结果检测8组样品的菌落总数为3.79±0.67~5.06±0.75 Log CFU/eggshell±SD;获得的163214条优化序列分属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)及蓝菌门(Cyanobacteria)。8组样品普遍存在假单胞菌属(Pseudomonas)、埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、泛菌属(Pantoea)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)细菌;而各样品分别以假单胞菌属(Pseudomonas)、埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)以及肠球菌属(Enterococcus)的相对丰度最大,依次为67.89%、36.15%、68.08%、40.12%、21.59%和26.98%。试验结果表明鸡蛋壳表面细菌数量大、种群多,不同样品间存在相似性差异。鸡蛋腐败变质可能与鸡蛋壳表面细菌种群有关,有待进一步研究。     

气调包装对烤鸭腿货架期及微生物多样性的影响

为延长烤鸭腿货架期、保持其食用品质并阐明烤鸭腿冷藏过程中的菌群演替规律,本实验以托盘包装为对照组,研究了0～4 ℃条件下两种气调包装（100%（体积分数,下同）N2、50% CO2＋50% N2）对烤鸭腿贮藏过程中微生物（菌落总数、乳酸菌数、肠杆菌科数）、硫代巴比妥酸反应产物值及感官特性的影响,并通过高通量测序分析了贮藏过程中烤鸭腿的微生物多样性。结果表明：与托盘包装和100% N2包装相比,50% CO2＋50% N2包装显著抑制了烤鸭腿微生物的生长（P＜0.05）,使其货架期接近21 d,并抑制了其脂肪氧化（P＜0.05）,较好地维持了烤鸭腿的品质和感官特性。贮藏时间和包装方式对贮藏后期烤鸭腿的菌群结构有明显影响,泛菌属、类香味菌属、假单胞菌属和不动杆菌属为50% CO2＋50% N2包装烤鸭腿中的优势菌群,索丝菌属、泛菌属、假单胞菌属、肉食杆菌属和明串珠菌属为100% N2包装烤鸭腿中的优势菌群,优势菌群的不同是导致不同包装方式烤鸭腿间货架期产生差异的主要原因。     

甘南地区牦牛曲拉中细菌群落结构

基于Illumina MiSeq高通量测序平台,对甘南牦牛曲拉样品中细菌16S rRNA V3-V4区进行测序,通过α多样性、物种分类组成及β多样性分析对曲拉中细菌多样性及群落结构进行分析。结果表明：曲拉样品中优势门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势属为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）,不同来源的样品中群落组成存在差异;细菌的功能基因预测表明,不同来源样品的细菌群落之间存在差异。研究结果可为曲拉的利用和食用安全性提供理论依据。     

基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性

研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响.选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序.结果 表明,在细菌门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bactero...     

南宁地区酸柠檬细菌多样性及潜在功能分析

为解析广西南宁市家庭自制酸柠檬中的细菌群落结构及潜在功能,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对酸柠檬样品细菌群落多样性进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能和表型进行预测。结果表明,酸柠檬中微生物多样性较高,不同样品间优势细菌含量差异较小。优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,累计平均相对含量达98.23%;优势细菌属为劳尔氏菌属（Ralstonia）、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、诺卡氏菌属（Nocardia）、假单胞菌属（Pelomonas）和别样杆菌属（Alistipes）,平均相对含量分别为66.13%、8.18%、2.87%、1.27%、1.01%。酸柠檬中具有氨基酸转运与代谢、能量生产和转换功能的细菌序列占总序列的比例较高,均＞7%,可促进酸柠檬独特风味的形成。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析玉米内生细菌多样性

为了调查玉米内生细菌种类多样性。应用高通量测序技术测定玉米内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为96334/156;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。玉米(样品名YM)的Chao1指数为156.0,Shanno多样性指数为1.211。玉米内生细菌分布于以下6个属:鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78%)、盐单胞菌属(Halomonas,33.33%)、假单胞菌属(Pseudomonas,13.33%)、希瓦氏菌属(Shewanella,6.67%)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.44%)、土地杆菌属(Pedobacter,4.44%);玉米内生细菌优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78%)、盐单胞菌属(Halomonas,33.33%)。Illumina Mi Seq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。     

肉类调理食品中细菌多样性的分析

肉类调理食品方便快捷,营养美味,深受消费者青睐,但其丰富的营养物质容易造成微生物的滋生,影响食品品质和消费者健康。高通量测序技术可以全面、准确的研究肉类调理食品中微生物群落结构,为微生物防控和标准化生产提供理论基础。本文通过均质提取法对肉类调理食品中微生物基因组进行提取,并以16S rRNA可变区V3-V4作为测序片段,分析细菌多样性。实验表明,4种肉类调理食品细菌多样性均较高,菌群结构具有一定的相似性,炸鸡块、骨肉相连和冷冻牛排的优势菌群是Anderseniella属,而羊肉串优势菌群是不动杆菌属,此外肉类调理食品中还存在芽胞杆菌属、梭菌属、泛菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属和乳球菌属等。本论文明确了使用均质提取法对肉类调理食品中微生物进行16S rRNA V3-V4区测序分析,为后续大规模菌群研究提供思路和方法。