脑卒中疾病电子病历实体及实体关系标注语料库构建

该文探讨了在脑卒中疾病中文电子病历文本中实体及实体间关系的标注问题,提出了适用于脑卒中疾病电子病历文本的实体及实体关系标注体系和规范。在标注体系和规范的指导下,进行了多轮的人工标注及校正工作,完成了158万余字的脑卒中电子病历文本实体及实体关系的标注工作。构建了脑卒中电子病历实体及实体关系标注语料库(Stroke Electronic Medical Record entity and entity related Corpus, SEMRC)。该文所构建的语料库共包含命名实体10 594个,实体关系14 457个。实体名标注一致率达到85.16%,实体关系标注一致率达到94.16%。     

电子病历命名实体识别和实体关系抽取研究综述

电子病历（Electronic medical records,EMR）产生于临床治疗过程,其中命名实体和实体关系反映了患者健康状况,包含了大量与患者健康状况密切相关的医疗知识,因而对它们的识别和抽取是信息抽取研究在医疗领域的重要扩展. 本文首先讨论了电子病历文本的语言特点和结构特点,然后在梳理了命名实体识别和实体关系抽取研究一般思路的基础上,分析了电子病历命名实体识别、实体修饰识别和实体关系抽取研究的具体任务和对应任务的主要研究方法. 本文还介绍了相关的共享评测任务和标注语料库以及医疗领域几个重要的词典和知识库等资源. 最后对这一研究领域仍需解决的问题和未来的发展方向作了展望.     

中文嵌套命名实体识别语料库的构建

嵌套命名实体含有丰富的实体和实体间语义关系,有助于提高信息抽取的效率。由于缺少统一的标准中文嵌套命名实体语料库,目前中文嵌套命名实体的研究工作难于比较。该文在已有命名实体语料的基础上采用半自动化方法构建了两个中文嵌套命名实体语料库。首先利用已有中文命名实体语料库中的标注信息自动地构造出尽可能多的嵌套命名实体,然后再进行手工调整以满足对中文嵌套实体的标注要求,从而构建高质量的中文嵌套命名实体识别语料库。语料内和跨语料嵌套实体识别的初步实验表明,中文嵌套命名实体识别仍是一个比较困难的问题,需要进一步研究。     

电子病历命名实体识别研究进展

电子病历命名实体识别（named entity recognition,NER）旨在识别电子病历文本中的医疗实体,并将其归为预定义的医疗实体类别,为进一步的医疗关系抽取、医疗信息检索、医疗智能问答等自然语言处理任务提供支持。系统梳理了电子病历命名实体识别的定义、标注方法、评价指标及难点;从电子病历命名实体识别难点及技术发展历程两个角度,综述了每类电子病历命名实体识别方法的优势与不足;详细梳理了国内医疗领域命名实体识别的评测任务及数据集;详细讨论和总结电子病历命名实体识别每一类难点的解决方案;总结全文并展望了医疗领域命名实体识别的发展方向。     

面向儿科疾病的命名实体及实体关系标注语料库构建及应用

当前医学语料库实体及实体关系的分类体系难以满足精准医学发展需求的问题,该文针对儿科疾病开展研究。在医学领域专家的指导下制定了适合儿科学的命名实体和实体关系的标注体系及详细标注规范;融合国内外相关医学标准资源,利用标注工具对298余万字儿科医学文本中实体及实体关系进行机器预标注、人工标注及人工校对,构建了面向儿科疾病的医学实体及关系语料库。所构建的语料库包含504种儿科常见疾病,共标注命名实体23 603个,实体关系36 513个,多轮标注一致性分别为0.85和0.82。基于该语料库构建了儿科医学知识图谱,并开发了基于知识图谱的儿科医学知识问答系统。     

面向医疗文本的实体及关系标注平台的构建及应用

医疗文本数据是推行智慧医疗的重要数据基础,而医疗文本为半结构或非结构化数据,难以对其直接进行应用。对医疗文本中所包含的实体及实体关系进行标注是文本结构化的重要手段,也是命名实体识别、关系自动抽取研究的基础。传统的人工标注方法费力费时,已难以适应大数据发展的需求。该文以构建中文医学知识图谱的任务为驱动,构建了半自动化实体及关系标注平台。该平台融合多种算法,能够实现文本预标注、进度控制、质量把控和数据分析等多种功能。利用该平台,进行了医学知识图谱中实体和关系标注,结果表明该平台能够在文本资源建设中控制标注过程,保证标注质量,提高标注效率。同时该平台也被应用于其他文本标注任务,表明该平台具有较好的任务移植性。     

基于电子病历的实体识别和知识图谱构建的研究

针对中文电子病历中命名实体识别和实体关系抽取研究方法中存在的问题,提出了一种基于双向长短时记忆网络（bidirectional long short term memory）与CRF（conditional random field）结合的实体识别和实体关系抽取方法。该方法首先使用词嵌入技术将文本转换为数值向量,作为神经网络BiLSTM的输入,再结合CRF链式结构进行序列标注,输出最大概率序列,并对识别结果知识图谱化。实验证明,该方法对中文电子病历进行实体识别和实体关系抽取时的准确率、召回率、◢F◣值有明显的提升。实验结果满足临床中系统应用需求,对帮助研究构建临床决策支持系统、个性化医疗推荐服务有引导作用。     

基于条件随机场的中医临床病历命名实体抽取

中医临床病历是中医重要的科研数据资源,但目前临床病历仍以文本为主要表达形式,对病历数据深入分析的前提是进行结构化信息抽取,而命名实体抽取是其基础性步骤。针对中医临床病历的命名实体,如症状、疾病和诱因等的抽取问题,通过手工标注的413份病历数据(以中文字为特征)与4类特征模版,将条件随机场(CRF)、隐马尔科夫模型(HMM)和最大熵马尔科夫模型(MEMM)用于中医病历命名实体抽取的实验,并进行比较分析。结果表明,结合合适的特征模版,CRF命名实体抽取方法取得了较好的性能,F1值的症状达到0.80,疾病名称达到0.74,诱因0.74。与HMM和MEMM相比,CRF有最高的准确率和召回率,是一种较为适用的中医临床病历命名实体抽取方法。     

基于深度学习的中文生物医学实体关系抽取系统

在生物医学文本挖掘领域,生物医学的命名实体和关系抽取具有重要意义.然而目前中文生物医学实体关系标注语料十分稀缺,这给中文生物医学领域的信息抽取任务带来许多挑战.该文基于深度学习技术搭建了中文生物医学实体关系抽取系统.首先利用公开的英文生物医学标注语料,结合翻译技术和人工标注方法构建了中文生物医学实体关系语料.然后在结合...     

基于多神经网络协作的电子病历命名实体识别方法

随着电子病历在医疗领域的推广应用,越来越多的研究者关注如何高效地从电子病历中抽取高价值科研信息。CHIP2018将中文电子病历临床医疗命名实体识别作为评测任务,即从中文电子病历中抽取三种恶性肿瘤相关的实体。结合三种实体的特点和实体间的依赖关系,提出基于多神经网络协作的复杂医疗命名实体识别方法,并实现了句子级别的模型迁移,解决了训练数据集数量和质量问题,最终获得了该评测任务的第二名。此外,该方法的改进方法取得了CCKS2019评测任务一的第一名,印证了其有效性和泛化能力。     

A French clinical corpus with comprehensive semantic annotations: development of the Medical Entity and Relation LIMSI annOtated Text corpus (MERLOT)

Quality annotated resources are essential for Natural Language Processing. The objective of this work is to present a corpus of clinical narratives in French annotated for linguistic, semantic and structural information, aimed at clinical information extraction. Six annotators contributed to the corpus annotation, using a comprehensive annotation scheme covering 21 entities, 11 attributes and 37 relations. All annotators trained on a small, common portion of the corpus before proceeding independently. An automatic tool was used to produce entity and attribute pre-annotations. About a tenth of the corpus was doubly annotated and annotation differences were resolved in consensus meetings. To ensure annotation consistency throughout the corpus, we devised harmonization tools to automatically identify annotation differences to be addressed to improve the overall corpus quality. The annotation project spanned over 24 months and resulted in a corpus comprising 500 documents (148,476 tokens) annotated with 44,740 entities and 26,478 relations. The average inter-annotator agreement is 0.793 F-measure for entities and 0.789 for relations. The performance of the pre-annotation tool for entities reached 0.814 F-measure when sufficient training data was available. The performance of our entity pre-annotation tool shows the value of the corpus to build and evaluate information extraction methods. In addition, we introduced harmonization methods that further improved the quality of annotations in the corpus.     

电子病历命名实体识别技术研究综述

电子病历（EMR）是医疗信息快速发展的产物,目前以非结构化文本形式存储。通过使用自然语言处理（NLP）技术,在非结构化文本中提取出大量医学实体,将有助于提升医务人员查阅病历效率,同时识别的成果也将辅助于接下来的关系提取和知识图谱构建等研究。介绍常用的若干个数据集、语料标注标准和评价指标。从早期传统方法、深度学习方法、预训练模型、小样本问题处理四个方面详细阐述电子病历命名实体识别方法,对比分析各模型自身的优势及局限性。探讨了目前研究的不足,并对未来发展方向提出展望。     

面向中文电子病历的多粒度医疗实体识别

在现有的面向中文临床电子病历的命名实体识别任务中,实体标注粒度通常过细或过粗,过细的标注结果难以找到实际应用场景,而过粗的标注结果通常需要在进行复杂的处理后,才能明确实体的规范形式和语义类型,以便于后续的数据挖掘应用。为简化处理步骤,根据常见的7类粗粒度临床实体的特点,定义了用以解释粗粒度实体的9类细粒度解析实体。同时,针对多粒度实体的特点,提出了基于多任务学习和自注意力机制的多粒度临床实体识别模型,并在真实的医院电子病历库中标注了5000条包含多粒度实体的文本以验证模型的效果。实验结果表明,该模型优于主流的序列标注模型,在粗、细粒度实体识别任务中,两者的F 1值分别达到了92.88和85.48。     

自由文本电子病历信息抽取综述

电子病历信息抽取技术能够从自由文本电子病历中获取到有用的关键信息,从而为医院的信息管理和后续的信息分析处理工作提供帮助。简要介绍了现阶段自由文本电子病历信息抽取的主要流程,分析了近十几年来关于自由文本电子病历中命名实体、实体修饰与实体间关系三类关键信息的单独抽取以及联合抽取方法的研究成果,对这些成果所采用的主要方法、使用的数据集、最终的实验效果等进行了对比总结。除此之外,还对最新的几种流行方法的特点以及优缺点进行了分析,对目前电子病历信息抽取领域常用数据集进行了总结,分析了目前国内相关领域的现状和发展趋势。