藏鸡THRSP基因的克隆及生物信息学分析

对藏鸡THRSP基因进行克隆、序列测定及生物信息学分析.结果表明:获得的藏鸡THRSP基因核苷酸序列为428 bp(Gen Bank登陆号:KT153607),在50-258 bp处存在1个Cp G岛,ORF长度为390 bp,编码129个氨基酸,其中Leu所占比例为10.9%.THRSP蛋白分子量为14.18 ku,等电点(p I)为4.61,属于不稳定酸性核蛋白,存在8个磷酸化位点和5个O糖基化位点.预测其二级结构中α螺旋占51.2%,β折叠占3.1%,无规则卷曲占45.7%.同源性分析结果表明:藏鸡与原鸡THRSP基因核苷酸及预测的氨基酸序列同源性为100%,两者亲缘关系最近.     

芒果MADS1基因生物信息学分析

选取南逗迈4号芒成花前后的顶芽进行转录组测序,在构建的c DNA文库中获得一条表达量变化明显的c DNA,经分析该c DNA属于MADS-box基因家族,命名为MADS1基因,该基因全长为1377bp,编码459个氨基酸。通过NCBI网站的blast功能分析发现其具有MADS基因家族典型的MADS结构域和K-box结构域、DNA结合位点、磷酸化位点、二聚体接口;氨基酸同源性比较发现其与番木瓜的MADS1基因具有较高的相似性,推测它们可能为同源基因,具有相似的生物学功能。     

新型肠毒素蛋白SElK编码基因的克隆测序、生物信息学分析和表达载体构建

采用微波加热法提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,根据NCBI上登录的肠毒素基因sek设计引物,PCR克隆selk基因,对selk基因测序并进行生物信息学分析,在此基础上构建重组表达质粒p ET-32a(+)-selk.测序结果表明本研究克隆得到具有正确编码序列的新型肠毒素selk基因;Protparam分析表明在一级结构水平上该蛋白具有较高的热稳定性;亲疏水性分析表明SEl K蛋白是一个亲水性较高的蛋白质;同源建模表明SEl K蛋白的domain B结构域缺乏传统肠毒素所具有的胱氨酸环,但SEl K蛋白domain B中β-折叠片数量比传统肠毒素更高.这些结果为进一步研究SEl K蛋白的结构与功能奠定基础.     

藏鸡A-FABP基因和H-FABP基因的克隆及生物学信息分析

以藏鸡为研究对象,根据NCBI上登录的原鸡A-FABP和H-FABP基因序列设计引物,利用RT-PCR方法克隆藏鸡A-FABP和H-FABP基因的CDS区,并进行生物信息学分析.结果表明:藏鸡A-FABP和H-FABP基因的ORF分别为399 bp、402 bp,编码132、133个氨基酸;A-FABP和H-FABP分子量分别为14.91ku、14.84ku,等电点分别为6.34、5.92,均为亲水蛋白,无信号肽和跨膜结构.磷酸化位点分别有9、6个,O糖基化位点分别有10、5个;藏鸡A-FABP和H-FABP的氨基酸序列与原鸡的同源性最高,分别为99%、100%,在鸟类动物中序列比较保守.     

STGC3基因启动子生物信息学分析及载体构建

目的运用生物信息学预测并分析鼻咽癌抑癌基因STGC3启动子,构建双荧光素酶报告基因表达载体。方法采用生物信息学软件预测STGC3基因5'端上游调控区5 000 bp序列进行启动子预测与分析,克隆最有可能的启动子,构建萤火虫荧光素酶双报告基因重组质粒,重组质粒经MluⅠ和BglⅡ限制性内切酶酶切及测序鉴定。结果 STGC3基因5'端上游-3 046 bp至-46 bp区域内有启动子活性,在-2 992 bp至-69 bp间启动子分值达0.8以上,其中-845 bp至-795 bp间分值最高,达到1.0。在-1 140 bp和-774 bp处检测到GC盒信号;在-441 bp处检测到CAAT盒信号。在-1 805 bp至-1 705 bp和-900 bp至-684 bp间各有一个Cp G岛;在-2 348 bp和-948 bp处各有一个转录起始位点。经不同长度的片段缺失比对,取最有可能的283 bp(-1 360 bp至-1 077 bp)、281 bp(-934 bp至-653 bp)和571 bp(-500 bp至+72 bp)启动子片段构建p GL3-en283、p GL3-en281及p GL3-en571三种质粒,质粒经酶切测序,酶切片段大小一致,序列正确。结论根据生物物信息学分析结果,成功构建STGC3基因启动子萤火虫荧光素酶报告基因表达载体,为双荧光素酶报告基因检测系统研究该基因启动子活性提供前期基础。     

藏鸡PPARα基因克隆与生物信息学分析

为阐明藏鸡PPARα基因的结构及功能,利用RT-PCR方法对PPARα基因进行克隆,并进行生物信息学分析.结果表明:克隆获得包括完整开放阅读框的藏鸡PPARα基因序列1430 bp,开放阅读框1404 bp,编码468个氨基酸;藏鸡PPARα蛋白分子量为52.23 ku,等电点为5.85,为不稳定酸性蛋白,存在27个磷酸化位点和4个糖基化位点,无信号肽和跨膜螺旋结构.预测其二级结构中α-螺旋占37.61%,β-折叠占16.67%,无规则卷曲比例占45.73%.该研究结果为揭示PPARα在藏鸡脂代谢中的作用奠定了基础.     

牦牛INHBA基因的克隆及序列分析

根据GenBank检索到的普通牛的INHBA基因序列设计一对特异性引物,以牦牛卵巢组织总RNA为模板,通过RT-PCR技术对牦牛INHBA cDNA进行克隆测序和序列分析.结果表明:扩增片段1360bp,包含1277bp的编码区,编码426个氨基酸.与普通牛相比,牦牛INHBA基因编码区存在2处碱基转化.牦牛与普通牛、绵羊、人、鼠和猪的核苷酸序列同源性分别为99.84%、97.97%、91.41%、87.79%、91.94%,氨基酸序列同源性分别为99.53%、98.82%、95.77%、93.88%、93.88%.蛋白质结构分析显示,INHBA蛋白不易形成α螺旋和跨膜结构,是相对保守的疏水性蛋白.     

转录调控因子Rex的功能及调节机制研究进展

转录因子Rex是一种广泛存在于革兰氏阳性菌,能够与NADH或者NAD~+直接结合响应胞内NADH/NAD~+的氧化还原传感器,与靶基因的结合可调节细胞内的多种生理代谢。NAD(H)是调节细胞能量代谢的必需辅酶,显示微生物细胞内的氧化还原状态。研究发现Rex的调节活性与细胞内NADH/NAD~+比率相关。需氧和厌氧菌属中Rex单体和复合物晶体结构的解析揭示了Rex、NADH/NAD~+和靶基因间的作用关系及调控机制。通过比较分析了不同菌株中Rex单体和复合物的晶体蛋白结构,并揭示了NADH/NAD~+对Rex调控活性的影响,进一步解析了Rex与碳和能量代谢、厌氧代谢、发酵、生物膜等之间的联系,并展望了Rex的研究和应用方向。     

调控脂质代谢的转录因子研究进展

脂质对维持机体的生命活动至关重要.由饮食摄入的脂类以及肝脏、小肠和脂肪组织中储存的脂质在保持能量平衡、控制食物摄入、调节生长、生殖和维持机体健康方面发挥重要作用.脂质代谢分为合成代谢和分解代谢,脂质代谢过程受多种转录因子的调控,综述了过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARs)、CCAAT增强子结合蛋白(C/EBP)、固醇...     

藏绵羊KAP3.2基因的cDNA克隆、序列分析及组织表达的研究

为研究藏绵羊角蛋白相关蛋白(KAP3.2)基因结构与功能,揭示该基因的组织特异性表达规律.以藏绵羊为研究对象,分别提取藏绵羊心、肝、脾、肾及皮肤组织中总RNA,并以此为模板,通过RT-PCR技术对藏绵羊KAP3.2基因的c DNA进行克隆、序列分析;利用Real-time PCR技术进行组织表达研究.结果表明:藏绵羊KAP3.2基因编码区全长297bp,编码98个氨基酸;藏绵羊与普通绵羊、山羊、藏羚羊、草原鼠、家鼠、人的相应核苷酸同源性分别为99%、97%、96%、79%、75%、73%;藏绵羊KAP3.2基因在皮肤中高表达,而在其它组织中相对表达量较低,说明该基因的表达具有组织特异性.     

Impact of Eucalyptus camaldulensis plantation on an alluvial soil in south eastern Botswana

This paper examines the impact of a 33‐year plantation of Eucalyptus camaldulensis on an alluvial soil in Gaborone, south eastern Botswana, by comparing the soil under the plantation with similar soil under an adjoining native savanna woodland dominated by Acacia karoo. Soil clay content was significantly higher in the plantation soil in both the 0–10 cm and 10–20 cm layers. There were no significant differences between soil under the two ecosystems with respect to the levels of organic matter, exchangeable potassium and available phosphorus. Despite the higher clay contents of the plantation soil, exchangeable calcium and magnesium and pH were higher in soil under the native woodland. This suggests that E. camaldulensis immobilizes soil nutrients faster and that plantation nutrient cycles are less efficient than in the native Acacia woodland. Consequently, soil nutrient deficiency will limit plantation productivity after the first few rotations. It is important to adopt tree harvesting techniques that reduce drain on soil nutrients at the end of a plantation rotation.     

rCtUBE的生物信息学分析及其表达优化(英文)

目的:幽门螺旋杆菌(Hp)是慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌的重要致病因子。研发基于Hp尿素酶的表位疫苗是一种很有前景的防治Hp感染的策略。方法:通过生物信息学软件对位于Hp尿素酶酶活性中心的表位肽F8和霍乱毒素B亚基(CTB)的连接顺序和间隔序列加以分析,设计出一种Hp表位疫苗rCtUBE。通过基因克隆技术构建含有融合基因rCtUBE的重组表达载体pETCUB及其重组菌株;重组菌株经蛋白表达和优化后,利用Ni-NTP镍离子亲和层析和DEAE Sepharose FF阴离子交换层析纯化融合蛋白rCtUBE,并进一步通过腹腔注射免疫BALB/c小鼠,鉴定Hp表位疫苗rCtUBE的免疫学活性。结果:经生物信息学软件分析,Hp表位疫苗rCtUBE具有科学合理的结构,并成功构建了重组表达载体pETCUB及其重组菌株BL21(DE3)/pETCUB,经蛋白表达优化及纯化,可获得高纯度(95.3%)的融合蛋白rCtUBE。融合蛋白rCtUBE以氢氧化铝为佐剂注射免疫BALB/c小鼠,经间接ELISA鉴定:小鼠能够产生针对CTB和表位肽F8的高滴度特异性抗体。结论:Hp表位疫苗rCtUBE具有科学合理的结构,能在大肠杆菌表达系统中获得较高水平的表达,且具有较高的免疫学特异性,因此为研发防治Hp感染的表位疫苗奠定了一定的实验基础。     

近50年贵港日照时数变化特征及影响因子分析

利用贵港市1963~2012年的日照、云量、雾、轻雾、降水等观测数据,采用统计学的方法,分析贵港日照时数的年、季、月变化特征,并分析其与云量、雾和轻雾日数、年降水量和降水日数的相关性。结果表明:贵港近50年的年日照时数总体呈减少趋势,其趋势变化率为-27.8h/10年;四季日照时数也均呈现下降特征,夏季的减少趋势最明显;月日照时数7月份最多,3月最少;云量、雾和轻雾日数的增加会导致日照时数的减少,年降水量和降水日数是影响日照时数的因素之一。     

ZL50装载机换挡冲击故障分析与排除

ZL50装载机采用液压与液力机械传动方式，具有作业效率高、变速平稳和无级变速等特点，在实际中应用范围十分广泛。其变速箱采用行星齿轮式动力换挡变速箱，换挡操作系统为液压式。在使用中有时出现换挡冲击故障，即换挡后装载机不能平缓起步，而是出现短暂的动力传递中断，而后动力猛然结合使机械出现起步冲击的现象。由于液力机械传动方式涉及液力传动与机械传动的耦合，故障原因的分析比较困难，因此大多数使用及修理单位对这种故障十分头疼。本文在分析该变速     

鼻咽癌相关新基因NPCEDRG突变型重组表达载体的构建及生物信息学分析

目的构建带His标签的突变型及野生型pcDNATM3.1/myc-HisB/NPCEDRG重组表达载体。方法以pcDNA3.1-NPCEDRG重组质粒为模板,采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增NPCEDRG基因编码区,利用PCR过程中的碱基错配,随机突变产生NPCEDRG的突变体,分别将野生型及突变型NPCEDRG基因编码区cDNA插入pcDNATM3.1/myc-HisB真核表达载体,双酶切鉴定,测序验证,生物信息学方法进行蛋白质结构预测。结果双酶切突变型及野生型pcDNATM3.1/myc-HisB/NPCEDRG重组表达载体,均产生519 bp长度的目的片断。测序结果证实,突变型NPCEDRG基因有两个点发生了突变,分别是T260-C260和T287-C287,但没有移码突变,在线生物信息学分析结果示其相应氨基酸序列改变为V73-A73和M82-T82;野生型NPCEDRG基因序列与Genebank已知序列一致。两个重组载体插入片段大小均为513 bp,插入方向及位置正确,能表达预期所要的融合蛋白。结论成功构建了带His标签的突变型及野生型pcDNATM3.1/myc-HisB/NPCEDRG重组表达载体,为深入研究NPCEDRG基因功能和揭示鼻咽癌发病分子机制提供实验手段。     

50m预制T梁侧弯原因分析与控制

本文简要分析了公路桥梁施工中T梁张拉后产生侧向弯曲形成的原因,并提出了相应的控制措施,有效地保证了预制T梁的质量。     

ZL50装载机车架断裂事故分析

本文概述了一起ＺＬ５０装载机车架断裂解体事故,对车架进行了受力分析,加工制造质量检验,材料力学性能分析及金相组织分析等。在多方面分析研究基础上指出了该车架断裂的原因以及解体的过程,并提出了建议与对策。     

生物信息学分析肾透明细胞癌相关分子标志物及其关键通路

目的生物信息学可以从基因组相关数据库中获取海量数据,从而系统、全面地揭示肿瘤的发生、发展的规律。本研究通过生物信息学分析肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)相关分子标志物及其调控的关键通路。方法从TCGA网站下载ccRCC RNA测序数据,运用生物信息学方法比较ccRCC及其配对癌旁组织两者差异表达基因,接下来通过DAVID分析ccRCC形成的关键通路。另外,通过对一部分代表性基因进行ROC曲线与生存曲线分析探讨其对ccRCC诊断及预后的价值。结果我们筛选到3318个ccRCC高表达基因及2817个ccRCC低表达基因。发现ccRCC高表达基因主要涉及信号通路有signal、Secreted、disulfide bond、acute phase等。ccRCC低表达基因主要涉及信号通路有glycoprotein、ion transport、Sodium transport、signal等。通过ROC曲线分析发现CA9、FABP6、NDUFA4L2、CRP、BIRC7、CCL18对ccRCC均有很好的诊断价值。同时发现FABP6作为一个ccRCC高表达新基因,其表达量的高低与ccRCC患者中位生存时间的长短明显相关(P=0.0048)。结论我们通过生物信息学筛选了一批ccRCC新的肿瘤标志物,这为肾透明细胞癌诊断、预后及后续靶向治疗研究提供了基础。     

为未来领袖而设计——RMJM于教育界的50载耕耘

中国很多建筑师及业界专业人士对RMJM所知．是源自2008年北京奥运会投入使用的国家会议中心荣获多个国际奖项的深圳大学图书馆、饶富创意的苏州依云水岸及星岛仁恒或深圳半山‘兰溪谷等住宅项目或者是困RMJM的名称联想起世界其他地方的标志性建筑物,例如圣彼得堡的俄气城或可望列八吉尼斯世界纪录成为世界最倾斜建筑的阿布扎比首都门大厦。