代谢网络结构与功能的Petri网分析

发展基因组尺度代谢网络模型的模拟和分析方法有助于学习这些网络的结构与功能关系,是当前计算系统生物学领域的一个重要研究主题。由于具备严格的数学描述,直观的图形表达,外加存在众多的算法和工具,Petri网可能成为代谢网络模拟和分析的有力工具。应用位置/变迁网来分析代谢网络的结构与功能特征,首先建立了巴斯德毕赤酵母代谢的Petri网模型,随后计算了该模型中的P、T不变量,并讨论了它们的生物学意义。     

基于信息论方法的代谢网络模块化分析

预测代谢网络中的功能模块对于理解这些网络的结构与功能关系具有重要的意义。但是,当前的模块化分析方法大多将代谢网络考虑为普通的复杂网络,所得模块的生物学意义较低.本文简单介绍了一种基于信息论的分析技术,该方法通过描述图中信息的扩散过程,考察随机行走轨迹描述长度的变化来识别网络的模块化结构。随后,构建了苏云金杆菌的代谢网络模型,并提取了模型中的核心成分.该部分包含了118个节点和158条连线。最后,使用上述方法对苏云金杆菌代谢网络的核心成分进行了模块化分析,得到了11个功能模块,这些模块均对应于1-2个独特的KEGG途径,结果表明识别的模块均具备较好的生物学意义,该方法可用于识别代谢网络中的功能模块。     

Petri网在通信网络仿真建模中的应用

计算机仿真是通信网络技术研究中的一种非常有效的分析工具,而Petri网是一种应用非常广泛的建模工具,为了设计和开发通用的通信网络仿真系统,该文将Petri网技术应用于仿真建模过程中,所建模型简洁,直观且含义准确。     

一种基于Petri网的代谢流分析方法

基于Petri网理论构建生物代谢网络模型,提出一种新的采用不等式的代谢流分析方法。以克鲁斯假丝酵母分批发酵,生产甘油的代谢网络为例,验证这种分析方法。结果表明,新分析方法,在前提假设和分析性能两方面均比采用方程式的传统方法明显优越。首先,方法允许实验数据有一定误差,使模型更加接近真实的实验系统。其次,新方法还可以做代谢模型更详细的分析:代谢流分裂比分析、敏感性分析。实际上,分析结果还可直接用于校正代谢物浓度、酶活力的边界值,为进一步研究代谢途径优化提供约束条件。     

随机Petri网在性能分析中的应用

本文介绍一种随机Ｐｅｔｒｉ网及其在性能分析中的应用，这种网的可达图同构于马尔柯夫链，从而可依据马氏理论求解一些性能指标。     

Petri网在IDS中的应用研究

传统的基于Petri网的入侵检测方法只能实现误用检测,而且构造入侵模式的效率太低,不适合如今网络大规模化和入侵复杂化的趋势。针对这两个问题,该文将传统入侵检测过程中的数据分析过程分解为事件产生过程和事件分析过程两个子过程,不仅保留了基于Petri网入侵检测方法原有的优势,而且缓解了入侵模式构造效率低的问题,并且实现了异常检测。实验分析表明,该改进方案对于入侵检测是很有效的。     

Petri网在生物信息学中的应用

生物信息学是一门正在快速发展的使用数学和计算机技术来构造和分析生物学模型的学科.Petri网是近来被用于生物信息学的有效工具,但是应用的深度和广度还有待深入研究.文中综述了Petri网在生物信息学领域应用的最新研究进展,主要包括三个方面:应用位置/变迁网定性分析生物学对象的结构性质;应用随机Petri网将随机性加入到生物学建模和分析中;应用混合Petri网描述和分析同时具有离散特性和连续特性的生物系统.最后对Petri网在生物信息学领域的应用情况进行总结并展望了未来的研究方向.     

流体随机Petri网与混合Petri网的比较分析

流体随机Petri网和混合Petri网作为传统Petri网的拓展,可以建模离散成分和连续成分并存的混合系统,也可用于解决离散模型的状态空间爆炸问题.由于这两种建模机制远未发展成熟,分析比较它们的异同点有助于机制本身的进一步发展完善,有助于为特定的应用选择合适的建模方法.本文讨论了流体随机Petri网和混合Petri网的定义、连续标识、分析方法、以及相互转换的可能性.结论是这两种建模机制是互补的,各自适合于特定的应用场合.     

生化网络的随机Petri网建模与分析

细胞的行为是随机性的,学习细胞中的随机性有助于理解细胞的组织,设计和进化。建立、确认和分析随机的生化网络模型是当前计算系统生物学领域的一个重要研究主题。当前,标准的Petri网模型已经成为生化网络模拟和定性分析的有力工具。尝试使用随机Petri网对生化网络进行建模与分析,简单描述了随机Petri网理论对标准Petri网的扩充,通过对二聚作用和肌动蛋白这两个典型例子的建模与演化模拟,介绍、论证了随机Petri网理论的新应用。     

Petri网在工作流建模中的应用

Petri网是一种图形化、数学化的建模方法,尤其在办公自动化领域的系统建模,在描述和分析实现上有一定的优势。本文分析了工作流的运行模式,Petri网的工作流描述,并以印刷企业订单为例,实现基于Petri网的工作流建模方法。     

基于Petri网的哲学思考

近年来,Petri网以其优秀的描述异步并发的能力以及简单、清晰的图形表示方法获得了长足的发展.同时,Petri网技术和其它技术的完美结合使其在应用领域如鱼得水.哲学高度深刻分析了Petri网之所以获得成功的思想渊源,通过诠释Petri网思想与哲学思想的诸多相通之处,帮助大家以一种全新的视角重新认识和理解Petri网.     

微分Petri网的稳定性分析

针对混合系统的特点,建立其微分Petri网（DPN）的模型．首先,给出一类DPN的稳定性概念和稳定性引理;然后通过引入两类函数,利用关联矩阵的信息对DPN的稳定性进行具体分析,进而构造新的复合能量函数,得到DPN的稳定性定理;最后通过仿真例子说明定理的有效性．     

借助Petri网进行流程审计

信息的使用者往往关注保存在介质上的信息而忽视处理信息的程序。由于保存在介质上的信息有多个操作入口,即使处理信息的程序真实地反映了组织的业务流程,也难保证信息使用者所获得的信息是正确的,也就是说对于访问数据的程序,存在外部干扰。引入数据库中的审计表功能,协助信息系统审计人员识别信息系统中数据的形成是否遵循了既定的业务流程。由于Petri网是描述流程的有力工具,对于复杂的业务流程,引入Petri网对流程进行审计是必要的。     

含过程和控制库所的层次化Petri网模型及应用

引入一种含过程和控制库所的Petri网模型,增强了Petri网的表述能力,扩展了Petri网的应用范围,并以铁路车站信号联锁逻辑中的进路控制为背景,较详细地给出了该类Petri网模型的实际应用。     

基于约束优化的Petri网可达性分析

Petri网的可达性判定问题是进行Petri网分析的基础。通过分析目前求解Petri网可达问题的判定方法和基于约束程序的Petri网可达问题判定方法,提出一种基于约束优化的Petri网可达问题判定方法,该方法是在状态方程法的基础上,利用约束程序寻求可行解,再利用优化求最优解,从而减少问题搜索的分支,达到减少状态方程的解空间的目的。最后通过实例的求解验证算法能够提高判定效率。     

基于Petri网的工作流模型的研究

介绍了一般Petri网及工作流网的基本定义,在基本的工作流网系统定义的基础上,引入面向对象技术及分层技术,提出了一种面向对象的工作流网的模型,以提高模型的可读性和重用性,实现流程的分层建模,降低建模复杂度.通过一个具体实例阐述了如何建立扩展工作流网模型,并通过简化技术和可达树分析方法,验证了模型的活性.     

基于Petri网的PIM-SM协议建模与分析

随着组播技术的飞速发展和广泛应用,对其路由协议进行数学建模和分析已经成为计算机网络领域一个重要的研究问题。其中PIM—SM协议是目前Intemet上最广泛应用的城内组播路由协议。针对PIM—SM协议的复杂、异步的特点．在对PIM-SM协议机制详细分析的基础上,利用Petri网对其进行形式化描述和建模,为协议进行性能分析、系统仿真和具体实现提供理论基础。