基于机器学习的蛋白质亚细胞定位预测

基因的表达使得蛋白质在核糖体内的合成成为可能,也使得遗传信息进行传递。蛋白质合成后必须被转运到特定的亚细胞器中,才能正常发挥其生物学功能,使整个生命机体正常运转。如果合成的蛋白质定位与其天然定位发生偏差,细胞的各种功能及其构成的生命机体将遭受重大影响。     

新型光敏剂BF01光动力治疗人肝癌的实验研究

探讨光敏剂BF01光动力对人肝癌细胞株bel- 7402体外杀伤效应和体内抑瘤效 应及其作用机制。CCK-8法检测同一激光强度不同给药浓度的(0、0.8、3.2 μmol·L－1)BF01光动力(激光剂量2.4 J/cm²,光照时间 :1min/well,激光波长652 nm)处 理下对bel-7402细胞的抑制率和IC50,流式 细 胞术检测bel-7402细胞死亡方式,DAPI染色 观察细胞凋亡特征,光动力后检测bel-7402活性氧、共聚焦显微镜 观察亚细胞定位,建立 裸鼠人肝癌细胞模型,绘制肿瘤生长曲线,观察治疗效果。BF01-PDT治疗组能明显 抑制bel-7402肿瘤细胞增殖,BF01的浓度为6.4 μmol·L－1时,其杀伤率到86%,半数杀伤 浓度IC50 μmol·L－1,检测细 胞死亡方式主要是以晚期凋亡为主,BF01-PDT作用 bel-7402细胞后,经DAPI染色细胞核的形态呈现出凋亡的特征,活 性氧水平随给药浓度 增加而增加,亚细胞定位在线粒体,体内实验表明BF01-PDT可以明显抑制人肝癌肿瘤生长 。光敏剂BF01介导的光动力疗法对人肝癌细胞及小鼠体内肿瘤生长抑制作用明显,光 动力疗法以细胞凋亡为主,其机制可能与光敏剂BF01定位在肿瘤细胞的线粒体,增加 bel-7402细胞中ROS含量有关。     

电镜-能谱仪在离子亚细胞定位中的作用

由于电镜 - X射线能谱仪能提供离子亚细胞定位信息而颇受关注 [1]。本文报告了近年来我室利用在 JEM- 1 2 0 0 EX透射电镜上装备的 Link公司 AN1 0 0 0 0能谱仪在这方面的一些主要研究成果。1 .软骨钙化机制研究　软骨钙化过程实质上是钙盐在软骨内沉积的累积过程 ,但目前尚未完全清楚。我们利用电镜和 X射线能谱仪对钙盐在软骨内沉积的部位、形态、成分和含量进行了研究 ,结果显示 :1在软骨细胞内 ,钙盐以颗粒形式只沉积在线粒体内 (图 1 ) ,其 Ca- P的摩尔数比值为 0 .9～ 1 .1 ,类似于无定形钙盐 ;2在软骨细胞外非钙化基质内 ,钙盐…     

植物水通道蛋白PIPs亚细胞定位转运的研究进展

水通道蛋白是一种水分选择性跨膜运输的特异性孔道,介导水分子和小的不带电荷的溶质进行快速的跨膜运输。植物细胞可以调节水通道蛋白基因的表达、蛋白的翻译后修饰以及蛋白的亚细胞定位,通过多种方式调节细胞的水分运输能力从而响应逆境信号。定位在细胞质膜的水通道蛋白亚家族PIPs是植物水通道蛋白最大的亚家族成员,对维持植物水分状态起着重要作用。本文重点介绍了PIPs蛋白的亚细胞定位、胞吞和胞吐循环以及蛋白质降解的调控机制。     

光子+光敏剂修饰TFO净化白血病细胞的新设想

本文依据化学效应和反基因治疗的原理，提出利用光子照射联合光敏剂修饰的三螺旋结构寡核苷酸净化白血病细胞的新策略，以期为临床净化白病细胞提供新的手段。     

二种光敏剂加激光照射对不同时相Hela细胞杀伤效应的比较

对人宫颈癌细胞Hela进行同步化处理,收集并接触到Rose小室中。同含有叶绿素衍生物或竹红菌甲素的培养基分别处理处于G_1,S和G_2时期的细胞,然后用632.8nm波长的激光进行微束照射。结果表明竹红菌甲素对细胞的杀伤力明显高于叶绿素衍生物。不同时相Hela细胞对竹红菌甲素加激光的可见损伤反应顺序为:S期>G_1期>G_2期,而对叶绿素衍生物的反应顺序为S期>G_2期>G_1期。     

基于多标记学习的蛋白质亚细胞定位预测研究综述

确定蛋白质的亚细胞位置对了解胞内蛋白质功能以及药物设计具有重要作用.利用机器学习手段进行蛋白质亚细胞定位预测可以有效弥补传统实验手段耗时费力的不足.有些蛋白质同时存在于多个亚细胞位置中,或者游走于不同亚细胞之间,以实现其生物学功能,因此,蛋白质亚细胞定位预测实际上是一种多标记学习问题.本文主要从蛋白质序列的特征提取方法...     

基于特征融合与平衡数据集的蛋白质亚细胞定位预测研究

确定蛋白质的亚细胞位置对于了解蛋白质的功能以及药物设计具有重要作用.在后基因时代,测序序列呈现爆发式增长,而传统实验手段无法满足海量蛋白质的亚细胞定位需求.将蛋白质亚细胞定位问题引入到机器学习领域可有效解决该难题.本文提出基于PSSM-MLSMOTE方法的革兰氏阴性菌蛋白质亚细胞定位预测.首先使用AAO和PSSM-AA...     

共焦荧光显微定量研究血卟啉单甲醚亚细胞定位

目的 :研究血卟啉单甲醚 (HMME)在鼠肺毛细血管内皮细胞内的亚细胞定位 ;方法 :孵育时间分别为 2小时、2 4小时 ,四种荧光探针标记四种细胞器。激光扫描共聚焦显微镜 (LSCM)探测HMME和探针荧光图像。定性比较两种荧光分布模式 ,并定量计算高探针荧光区域与细胞内HMME荧光均量比I2 /I1 ;结果 :两种孵育时间下 ,HMME荧光均呈胞浆弥散分布 ,且在核周附近的高尔基体灰度较高 ,细胞核几乎无荧光分布。I2 /I1 高低顺序 2小时组 :高尔基体 >内质网 >溶酶体 线粒体 ;2 4小时组 :高尔基体 >线粒体 内质网 >溶酶体 ,且高尔基体组显著下降伴随线粒体组大幅上升 ;结论 :此定量分析方法能有效用于光敏剂亚细胞定位研究 ,对弥散分布光敏剂尤其适合 ;两种孵育时间下 ,高尔基体为HMME主要定位点 ,内质网有一定分布 ,溶酶体分布很少 ,细胞核几乎无分布 ;短孵育时间线粒体分布很少 ,长孵育时间由高尔基体到线粒体有一定再分布     

血卟啉单甲醚在鼠肺毛细血管内皮细胞内的亚细胞定位

目的 :研究血卟啉单甲醚 (HMME)在鼠肺毛细血管内皮细胞内的亚细胞定位 ;方法 :孵育时间分别为 2小时、12小时、2 4小时 ,四种荧光探针标记四种细胞器。倒置荧光显微镜和致冷CCD探测HMME和探针荧光图像。定性比较两种荧光分布模式 ,并定量计算高探针荧光区域与细胞内HMME荧光均量比I2 /I1;结果 :三种孵育时间下 ,HMME荧光均呈胞浆弥散分布 ,且在核周附近的高尔基体灰度较高 ,细胞核几乎无荧光分布。I2 /I1高低顺序 2小时组 :高尔基体 >内质网 >线粒体 /溶酶体 ;12小时组 :高尔基体 >溶酶体 >内质网 /线粒体 ,且内质网组显著下降与高尔基体组略有下降伴随溶酶体组显著上升 ;2 4小时组 :高尔基体 >线粒体 /内质网 >溶酶体 ,且溶酶体组显著下降与高尔基体组一定下降伴随线粒体组与内质网组显著上升 ;结论 :倒置荧光显微镜和致冷CCD能有效应用于光敏剂亚细胞定位研究 ,定量分析方法对弥散分布光敏剂尤其适合 ;三种孵育时间下 ,高尔基体为HMME主要定位点 ,细胞核几乎无分布。短孵育时间 ,内质网有一定分布 ;中孵育时间 ,由内质网(主要 )和高尔基体到溶酶体再分布 ;长孵育时间 ,由溶酶体和高尔基体到线粒体和内质网再分布。     

油菜雌蕊的亚细胞钙离子分布

自六十年代发现钙调素(Calmodulin,CaM)之后,与此有关的Ca~(++)的研究受到很大的注意。近十年来的研究表明,Ca~(++)在植物体内并不是一个简单的大量元素,而是参与调节植物体内许多生理过程的代埘和发育的主要调节物。有报道认为花粉管的生长被Ca~(++)所促进,花粉管到达胚珠的向性生长可能是从柱头到胚珠钙含量徒度的反应。本实验用甘蓝油菜为材料,用焦锑酸钾沉淀技术,对花粉管生长途径的细胞进行钙离子定位,并结合细胞结构研究花粉管在雌蕊中的生长与Ca~(++)的关系。     

大豆细胞表面糖蛋白的定位研究

大豆(Glycine Max)细胞表面的糖蛋白,经钌红(Ruthenium red)染色处理,在电镜下可见到高电子密度反差的糖蛋白层,明显的定位于游离的细胞表面上。紧贴细胞壁的部分比较致密,外部边缘比较松散,有些呈现为丝状,厚度一般在50～80μm之间(图1)。在细胞壁内及紧密相连的细胞之间没有见到明显的钌红染色反应(图2)。未加钌红处理的大豆叶片组织细胞间隙游离细胞表面上,没有显示出如上所述的电子致密物质(图3)。经过低温煅炼和感染大豆花叶病毒的细胞表面糖蛋白层表现出不同的情况。经2—3℃低温煅炼20天后,大豆幼苗叶片组织细胞表面的糖蛋白层明显减少变薄,并有向细胞间隙中脱落     

实用型亚像元定位方法的研究

针对重复曝光离线对准系统,提出一种实用型亚像元定位方法--自适应加权拟合细分算法(AWS),详细分析了算法的理论基础和基本原理,利用投影平均来提高信噪比,一维尺寸对比度滤波器单调分区,自动加权突龉丶?重建拟合曲线.仿真和硬件平台实验均表明:该算法具有较高的重复定位精度和实时处理能力.     

基于像素分解的圆形标志点亚像素定位研究

影像中圆形标志点的定位对于数字摄影测量具有重要作用.通过对圆形标志点边缘处的混合像素进行亚像素定位,提取出标志点的亚像素级边缘,再基于最小二乘原理进行椭圆拟合得到圆形标志的中心坐标.运用三种实验表明,与直接采用像素级边缘进行拟合定位相比,该方法的精度明显提高.     

铜蒸气激光与光敏剂联合治疗鲜红斑痣的临床研究

铜蒸气激光与光敏剂ＰＳＤ—００７进行ＰＤＴ治疗鲜红斑痣３４０例，总有效率达９８．８％其中优良率７６．６％，无遗留任何疤痕。与单纯铜激光或氩激光光源相比，其优率Ｐ＜０．０１     

对标准记处理的改进亚象素细分定位算法

提出一种的适合对准标记图像处理的改进亚象素细分定位算法，并提供了完善这种定位算法的缩小检测窗口的方法。     

基于相关系数拟合的亚像素定位方法

亚像素技术是一种用软件方法来提高数字图像测量精度的方法,而基于相关系数拟合的方法又是亚像素方法中精度较高的方法之一,将其用在相关模板匹配中,将相关模板匹配的整数像素的定位精度进一步提高到亚像素.实验结果表明,基于相关系数拟合的亚像素定位方法可以很好的提高数字图像中相关匹配的定位精度到0.1～0.2个像素.     

中药光敏剂介导的光动力疗法

光动力疗法是现代肿瘤治疗中的一种新方法。光敏剂的选择是肿瘤光动力治疗中的关键和核心问题。近年来研究发现 ,某些中草药如姜黄素、黄柏、补骨脂素等具有一定的光敏活性作用。基于中草药提取物中研制的高效、低毒的新型理想光敏剂介导的光动力治疗正倍受人们的普遍青睐     

亚像素及模板匹配在十字形标记定位中的应用

首先介绍了亚像素和模板匹配的知识,在此基础上介绍了十字形标记的模板匹配以及亚像素定位算法过程,并且通过实验验证了本算法的定位效果以及定位速度,本文算法的识别率能够达到97％,识别速度能够达到40ms.     

圆弧状边缘的亚像素定位方法研究

精确确定图像边缘的位置对于图像测量非常重要。因此,用于边缘精确定位的亚像素算法已被广泛研究。利用理想光条法,比较了几种有代表性的亚像素算法对于圆弧状边缘的定位能力。通过实验得出,定位对称的圆弧边缘,重心法效果最好。