核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨辣木叶抗肥胖的作用机制

目的：本研究基于网络药理学和分子对接技术预测和验证辣木叶活性成分抗肥胖的分子靶点和途径,探索辣木叶活性成分的抗肥胖作用及潜在机制。方法：利用PubChem、DisGeNET数据库和SwissADME、Swiss Target Prediction在线预测平台获取辣木叶活性成分靶点和肥胖相关靶点;利用Venny 2.0.1平台对活性成分靶点和肥胖相关靶点取交集,筛选出关键靶点,并利用STRING 11.0数据库进行PPI网络的核心靶点分析;采用Cytoscape3.8.2软件,构建“成分-靶点”相互作用网络,筛选出核心活性成分;基于David数据库进行GO功能富集和KEGG通路分析;最后,运用Auto Dock 4.2软件对通路富集靶点与核心成分进行分子对接。结果：筛选出辣木叶活性成分50个,共确定了126个辣木叶抗肥胖的核心靶点,其中主要活性成分为鼠李黄素、胆甾-5烯-3醇、杨梅素、木犀草素等。GO及KEGG分析结果显示,辣木叶活性成分通过RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、信号传导、基因表达的正调控、蛋白质磷酸化及凋亡表达的负调控等生物过程,通过HIF-1、胰岛素抵抗、二型糖尿病、胰岛...     

基于代谢组学及网络药理学分析天麻熟制过程中生物学活性变化

目的:通过代谢组学、网络药理学及分子对接技术阐述天麻在熟制过程中成分及其药理活性变化。方法:使用LC-QTOF-MS及R语言对天麻成分进行检测和分析;通过PubChem数据库及文献查找筛选出具有生物活性的成分;使用Swiss target prediction数据库及SEA数据库对成分靶点进行预测,GeneCards数据库和OMIM数据库获取疾病靶点;通过STRING 11.5数据库及Cytoscape3.8.2软件绘制药物-化合物-靶点网络及靶点蛋白互作网络,筛选关键成分及靶点;通过DAVID数据库和OmicShare Tools对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析。结果:在熟制天麻和新鲜天麻中找出89种在含量方面具有差异的成分;分别筛选出11种具有治疗惊厥作用的成分以及410个潜在靶点,5种具有治疗糖尿病及其并发症作用的成分及698个潜在靶点;GO和KEGG富集分析发现天麻通过IL-17信号通路、cAMP信号通路、神经活性物质受体信号通路、阿尔茨海默病信号通路以及多巴胺能神经突触信号通路治疗惊厥,通过AGE-RAGE信号通路、HIF-1、VEGF以及TNF信号通路治疗糖尿病...     

网络药理学结合分子对接技术揭示芹菜籽抑制痛风的潜在分子机制

目的:运用网络药理学和分子对接研究芹菜籽抑制或治疗痛风的分子机制。方法:利用TCMSP数据库等在线靶点筛选平台收集芹菜籽主要成分潜在靶点,并利用Cytoscape3.9.0软件构建芹菜籽化合物—靶点网络图。在GeneCard数据库、OMIM数据库收集痛风相关靶点,与芹菜籽主要成分靶点取交集并导入STRING数据库进行蛋白质—蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析,得到核心作用靶点,将核心靶点导入DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路富集。最后,应用AutoDock软件对芹菜籽关键成分与痛风靶点蛋白进行分子对接验证。结果:通过数据库收集到芹菜籽主要成分16个,对应202个活性成分靶点,经过韦恩图取与痛风交集靶点69个,经过拓扑分析表明,芹菜籽通过槲皮素、芹菜素、木犀草素、柯伊利素、芹菜甲素5种核心成分与10个痛风关键靶点TNF、MAPK14、IL4、CXCL8、LYN、PDGFRβ、HCK、VEGFA、ITGA、IL2密切关联发挥抑制或治疗痛风的作用。GO及KEGG分析结果显示,芹菜籽核心成分通过调控细胞凋亡过程、增殖、迁移等生物过...     

基于网络药理学与动物实验探究肉苁蓉总苷对炎症性肠病的作用机制

目的：通过网络药理学及动物实验研究，探讨肉苁蓉总苷对炎症性肠病（IBD）的潜在作用机制。方法：应用Pubchem数据库及文献收集肉苁蓉总苷中7种主要活性成分的三维结构。通过PharmMapper,UniProt,GeneCards等数据库获取活性成分相关靶点与IBD相关的基因靶点信息。再将肉苁蓉活性成分靶点和IBD的靶点绘制韦恩图，得到交集靶点，并将交集靶点上传到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）筛选分析。使用DAVID数据库将肉苁蓉总苷活性成分对IBD发挥保护作用的靶点进行基因本体（GO）功能富集、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，采用Cytoscape3.8.0软件构建“活性成分-靶点-通路网络”，预测肉苁蓉总苷治疗IBD的作用靶点与途径，并构建IBD小鼠模型进一步验证。结果：肉苁蓉总苷活性成分对IBD具有防护作用的靶点有254个，PPI分析筛选出核心靶点30个。GO功能富集和KEGG通路富集发现肉苁蓉总苷可能主要通过调控癌症通路、mTOR通路、TGF-β通路、JAK-STAT通路、AMPK通路等，进而影响细胞信号传导、增殖、分化、凋亡来发挥作用...     

基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

基于LC-MS及网络药理学探讨茗酿养生酒功能成分影响高脂血症的作用机制

基于液相色谱-质谱(LC-MS)法和网络药理学方法选取茗酿养生酒的功能活性成分及其作用靶点，获取其和高脂血症疾病的交集靶点，构建“活性成分-交集靶点-疾病”网络图，使用STRING数据库进行蛋白互作(PPI)网络分析，并使用Metascape数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析，研究茗酿养生酒中功能活性成分影响高脂血症的作用机制。结果表明，从茗酿养生酒中筛选得到21种活性成分，其与高脂血症有92个交集靶点，关键靶点包括肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)和血管内皮生长因子(VEGFA)等，其涉及对细菌的响应过程等1 100个GO条目和糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路等120条KEGG信号通路，说明茗酿养生酒中的功能成分影响高脂血症具有多成分-多靶点-多途径的作用特点。     

运用网络药理学和分子对接技术探析乌药在菜肴中的功效

利用TCMSP数据库检索乌药有效作用成分与分子靶点,采用Genecards数据库筛选抗氧化和抑菌相关靶点与交集靶点,将STRING数据库构建的交集靶点PPI网络导入Cytoscape 3.8.0中,筛选出乌药抗氧化和抗菌作用的核心靶点,利用Auto Dock Vina对共同核心靶点与乌药活性成分中重要物质进行分子对接。结果筛选出乌药中9个有效作用成分、179个相关作用靶点,得到抗氧化相关靶点551个、抗菌相关靶点441个;通过交集筛选并得到乌药与抗氧化的交集靶点为99个、与抑菌的交集靶点为40个;以Betweenness、Degree和Closeness算法依次取前50%筛选出乌药抑菌和抗氧化作用的核心靶点,取交集得到共同核心靶点4个,分别为TNF、CASP3、IL6和AKT1。分子对接结果显示乌药功能性成分与核心靶点均可形成具有较高亲和力的复合物。同时结合乌药蜜饮体外抗氧化与抑菌能力实验结果表明,乌药的活性成分具备联合抗氧化和抑菌能力,本研究为乌药在药膳食疗联合抗氧化与抑菌方面的作用机制探讨提供了新思路。     

基于网络药理学与分子对接研究马氏珍珠贝降糖活性肽

基于网络药理学及分子对接方法筛选马氏珍珠贝软体来源的具有潜在降糖活性的肽类成分。采用纳升液相串联质谱鉴定马氏珍珠贝软体中的主要蛋白质类成分;通过Peptide Cutter在线工具模拟酶切获得马氏珍珠贝软体来源的肽类成分;进一步借助SYBYL-X 2.0软件进行分子对接筛选潜在活性肽段;通过Swiss Target数据库收集活性肽段潜在靶点,采用GeneCards数据库和OMIM-GENE-MAP数据库收集2型糖尿病相关的疾病靶点;借助Cytoscape软件和STRING平台构建“肽段-成分-靶点”网络和蛋白质相互作用网络,进行可视化分析,筛选酶解肽的核心成分和关键靶点;利用Omicshare云平台对共同靶点进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析;体外二肽基肽酶-IV(dipeptidylpeptidase-IV,DPP-IV)抑制率实验验证马氏珍珠贝软体肽段的活性。结果表明,肌动蛋白、肌球蛋白和微管蛋白为马氏珍珠贝软体主要蛋白质类成分,从模拟酶切肽段中筛选获得潜在降糖活性肽段28条及其...     

药食资源山楂果防治2型糖尿病成分与作用靶点分析研究

目的 探究山楂果降血糖作用靶点及潜在的分子机制。方法 利用中药综合数据库(traditional Chinese medicines integrated database, TCMID)及中医药百科全书数据库(the encyclopedia of traditional Chinese medicine, ETCM)并结合文献报道获得山楂果活性成分, 通过Swiss Target Prediction数据库预测其作用靶点。使用GeneCards及在线孟德尔人类遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)获取2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)相关靶点, 与山楂果预测靶点取交集即为山楂果防治T2DM的治疗靶点。将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2进行蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)、药物-靶点-疾病网络可视化, 并通过DAVID数据库平台进行基因本体(gene ontology, GO)功能分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。结果 山楂果有效活性成分为12种, 其中槲皮素、熊果酸等作用较为重要, 对应157个靶基因与T2DM相关。PPI及文献检索结果显示磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1 (phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, PIK3R1)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase, AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3、8、14 (mitogen-activated protein kinase 3、8、14, MAPK3、MAPK8、MAPK14)等可能是山楂果防治T2DM的重要作用靶点。KEGG通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B (PI3K/Akt)信号通路、叉头状转录因子O亚家族蛋白(FoxO)信号通路、催乳素(prolactin)信号通路等。结论 山楂果能多成分、多靶点、多途径的防治T2DM, 对其引起的胰岛素水平失调、炎症反应、免疫功能及糖脂代谢紊乱发挥关键的调节作用。     

基于网络药理学与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用的分子机制

目的:本文基于网络药理学技术与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用机制。方法:利用TCMSP、HERB等数据库,以口服生物利用度≥30%为筛选条件,得到费菜药效成分及其潜在靶点。利用GeneCards、OMIM等数据库查找炎症相关靶点,通过STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件绘制PPI蛋白互作图,分析费菜中抗炎的关键药效成分和潜在作用靶点。利用David数据库对潜在作用靶点进行GO富集和KEGG信号通路富集,并进行可视化分析。应用AutoDock软件将药效成分与核心靶点进行分子对接,并进行可视化分析。利用高效液相色谱法分析药效成分。采用LPS诱导的RAW264.7细胞炎症模型,验证药效成分的抗炎作用。结果:筛选得到5个药效成分及相关靶点130个,抗炎靶点421个,两者取交集后获得费菜潜在抗炎靶点22个,其中关键靶点有PPARG、EGFR、TP53等,发挥关键作用的主要成分为β-谷甾醇和没食子酸。GO及KEGG富集分析结果表明,β-谷甾醇和没食子酸主要通过调控聚合酶II启动子的转录正调控、神经元凋亡过程的正调控和脂多糖反应等生物过程,通过癌症通路、乙型肝炎、TNF信号通路、MAPK信号通路等信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示抗炎药效成分均与靶点蛋白分子对接结果良好。高效液相色谱法证明费菜中含有药效成分β-谷甾醇和没食子酸。实验验证结果表明,β-谷甾醇和没食子酸可显著降低促炎因子NO含量,提高抗炎因子IL-10含量（P<0.05）,发挥抗炎作用。结论:本研究揭示了费菜通过调控多靶点、多途径发挥抗炎作用,为费菜的研究和应用奠定了基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖症的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病的作用机制。方法首先利用(中药系统药理学数据库与分析平台)TCMSP数据库,对黄芪、黄连的活性成分进行挖掘。利用UniProt数据库对靶点进行校正。再以儿童肥胖病(childhood obesity)为查找条件,通过Gene Cards、OMIO数据库筛选儿童肥胖病的相关靶点,并与“黄芪-黄连”药对的作用靶点进行选取交集处理,得到该药对治疗儿童肥胖病的有效靶点。利用String数据库对上述靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测,之后利用Bioconductor数据库进行GO和KEGG富集分析,最后利用AutoDock软件对度值较高的药物成分和核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出“黄芪-黄连”药对67个药物活性成分及95个治疗儿童肥胖病的靶点。通过PPI网络分析,“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病可能与MAPK8、EGFR、IL6、ESR1、VEGFA、CCND1、AR、MYC、CASP3、PPARG等蛋白靶点有关。GO功能富集分析显示“黄芪-黄连”药对的主要功能为蛋白质异源二聚化、近端启动子序列特异性DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、染色质结合、泛素样蛋白连接酶结合等;KEGG通路分析涉及的主要通路为PI3K/Akt、MAPK信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒、人巨细胞病毒感染等。分子对接表明“黄芪-黄连”药对的主要活性成分与疾病的核心靶点有较稳定的结合活性。结论“黄芪-黄连”药对可直接或间接作用于PI3K/Akt通路,主要通过调节细胞分裂、抑制炎症等治疗儿童肥胖症。     

基于网络药理学和分子对接技术预测山楂治疗冠心病潜在分子机制

通过网络药理学和分子对接技术探究山楂治疗冠心病的活性成分及作用机制,借助TCMSP、Gene Cards、OMIM等数据库搜集靶点信息,通过STRING数据库构建PPI网络图,对共同靶点进行GO、KEGG通路富集分析,最后将活性成分与核心靶点进行分子对接,初步验证网络药理学结果。共筛选出6个山楂活性成分（谷甾醇、山萘酚、豆甾醇、槲皮素、表儿茶素、异鼠李素）,10个山楂治疗冠心病核心靶点（JUN、AKT1、TNF、MAPK1、TP53、RELA、IL6、MAPK8、MAPK14、EGFR）。KEGG通路富集结果显示,山楂防治冠心病通路涉及癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙肝、MAPK信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、异鼠李素和山萘酚均与核心靶点的结合性较好,推测这些成分可能为治疗冠心病的主要活性成分。山楂可能通过多成分（异鼠李素、山萘酚、槲皮素）作用于MAPK8、MAPK1、RELA等关键靶点,调节MAPK等多条信号通路来治疗冠心病,初步揭示山楂治疗冠心病的潜在作用机制。     

基于网络药理学探讨山楂叶抗高脂血症的作用机制及初步验证

目的:利用网络药理学预测山楂叶中治疗高脂血症的潜在化合物、靶点及作用通路,采用靶酶和细胞实验对网络药理学的预测结果进行初步验证,为深入探讨山楂叶抗高脂血症的物质基础及其作用机制提供了依据。方法:通过中药系统药理学数据库分析平台和文献挖掘获得山楂叶的化学成分,利用相关数据库获得潜在靶点,对其进行GO和KEGG分析,构建“成分-靶点-通路”网络。通过ERK2激酶、油红O染色以及甘油三酯实验,对网络药理学预测的有效成分及潜在靶点进行了验证。结果:基于网络药理学方法,得到山楂叶的活性成分93个,相互作用的靶点蛋白40个,山楂叶化学成分对高脂血症的治疗作用主要是通过如下信号通路:代谢通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路、胰岛素抵抗、甲状腺激素信号通路;根据网络药理学预测结果,结合课题组分离得到的山楂叶代表性化合物,对牡荆素等6个化合物进行ERK2激酶活性测试,结果显示牡荆素对ERK2激酶的抑制率最高达到84%;通过构建高脂HepG2细胞模型,进行了油红O染色及定量实验,测定了TG含量,发现经牡荆素干预后,细胞内脂滴数量随牡荆素浓度增加而逐渐减少,且TG含量有所下降,说明牡荆素能降低细胞中的脂质积累及TG含量,进而验证了网络药理学预测山楂叶中化合物牡荆素抗高脂血症的结果。结论:本文运用网络药理学预测了山楂叶中化合物抗高血脂症的物质基础和作用机制,靶酶、油红O染色和TG定量实验初步证实了网络药理学的预测结果,同时提示牡荆素有望作为一种降低细胞内血脂含量的潜在治疗化合物。     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制.方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点.应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点.通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释(GO)及通路富集分析(KEGG...     

基于网络药理学与分子对接技术探究逍遥丸治疗乳腺增生的作用机制（网络首发、推荐阅读）

用网络药理学方法进行逍遥丸治疗乳腺增生过程的机制研究.通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)进行逍遥丸活性成分的搜集和筛选,将纳入的化合物成分通过TCMSP数据库进行成分的靶点预测;在GeneCards数据库,NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行乳腺增生疾病靶点筛选;取药物靶点和疾病靶点作韦恩图,并利用共有靶点在String数据库中作PPI网络图,利用拓扑分析和MCODE聚类分析筛选核心靶点和核心基因;在cytoscape 3.8.0软件中进行关键活性成分的筛选;关键靶点使用String数据库进行GO分析和KEGG分析,将相关结果导入Cytoscape3.8.0绘制成分—疾病—通路—靶点网络图.结果表明,筛选得到逍遥丸各药活性成分及靶点,其中与乳腺增生相关的有169个靶点.STAT3、AKT1、MAPK1、JUN、MAPK3等20个靶点为该药治疗乳腺增生的关键靶点,HTR2A、IL2、TOP2A、PCNA、MMP1为该药治疗乳腺增生的核心基因.槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、叶黄素(luteolin)、柚皮素(naringenin)、甘草酮a(licochalcone a)、7-甲氧基-2-甲基异黄酮(7-Methoxy-2-methyl isoflavone)、芒柄花素(formononetin)、醋栗素(acacetin)等可能是逍遥丸治疗乳腺增生发挥作用的主要活性成分.GO富集分析总共富集到2328条生物过程,160项分子功能相关,47项细胞组成相关.通路富集分析显示与166条通路相关,涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、TH17细胞分化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路.分子对接验证结果说明关键活性成分与核心靶点均对接良好.