基于传统培养和宏基因组测序分析泗洪小龙虾不同部位的菌群多样性

通过传统培养和宏基因组测序方法分析泗洪地区小龙虾整体、表面、尾肉等不同部位的菌群多样性,确定不同部位的特定污染菌组成。结果表明:小龙虾整体的初始菌数达8.4 (lg(CFU/g)),且不同部位的微生物群落有明显差异;通过宏基因组测序发现,在科水平上,黄杆菌科(Flavobacteriaceaea)是泗洪小龙虾不同部位的优势菌科,丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)和气单胞菌科(Aeromonadaceae)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌科;在属水平上,金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)和气单胞菌属(Aeromonas)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌属,黄杆菌属(Flavobacterium)在3个部位中相对丰度均较高。     

基于高通量测序与培养基鉴定法分析不同省份不同养殖模式下小龙虾菌群的多样性

本研究以安徽霍邱、江苏盱眙、湖北荆州三地的小龙虾作为研究对象,在荆州另取稻虾互作和养殖塘两种模式的环境样本。利用高通量技术做菌相分析,利用培养基鉴定法进行分离纯化鉴定,验证优势菌种类和数量。结果表明:荆州两组小龙虾初始菌数略低于盱眙和霍邱小龙虾,选择培养基上差别较小。高通量测序结果表明,科水平上三地小龙虾的优势菌主要为气单胞菌科和肠杆菌科;稻虾塘土壤菌群丰度远高于养殖塘,水体菌群较相似。属水平上,荆州稻虾塘、养殖塘、盱眙和霍邱四组小龙虾样本菌群丰度存在差异,但气单胞菌属和不动杆菌属都占较高比例,依次为41.8%、1.8%,12.4%、11.4%,24.5%、27.5%,40.1%,13.0%。荆州稻虾塘小龙虾优势菌还包括乳球菌属和柠檬酸杆菌属,养殖塘样本存在哈夫尼亚菌属和乳球菌属,盱眙与霍邱小龙虾样本优势菌均有微小杆菌属和柠檬酸杆菌属。培养基结果表明三地小龙虾优势菌均主要为气单胞菌属、哈夫尼亚菌属和柠檬酸杆菌属,与高通量结果相符。     

宏基因组方法分析燕窝的菌群多样性

为了解燕窝样品中细菌的菌群多样性,利用Illumina测序平台,采用16s rDNA扩增子测序方法对加工和未加工的燕窝样品进行宏基因组测序分析,比较不同类型样品中的微生物多样性及差异,并采用国标方法对其中的菌落总数、霉菌和酵母进行了计数及致病菌的分离鉴定。实验结果表明,燕窝样品呈现出较高的菌群多样性,在属水平上,加工后的燕窝样品共有的优势菌属为微小杆菌属、节杆菌属、不动杆菌属、葡萄球菌属；未加工的燕窝样品共有的优势菌属为葡萄球菌属。菌落总数、霉菌酵母计数并未见显著差异,4种样品中均分离出金黄色葡萄球菌。研究结果为制定燕窝相关的微生物限量标准提供了参考依据。     

基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

为揭示虾夷扇贝柱的菌群结构及腐败优势菌,通过对宏基因组DNA进行高通量测序,分析虾夷扇贝柱新鲜和腐败样品的菌群结构,同时对可培养细菌菌群基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜和腐败样品可培养细菌菌群的结构特征。结果表明,对宏基因组测序后获得的新鲜虾夷扇贝柱中细菌菌群多样性丰富,其中相对丰度较高的有Candidatus kuenenia（10.73%）、弧菌属（Vibrio,8.15%）、别弧菌属（Aliivibrio,7.38%）、芽孢杆菌属（Bacillus,7.20%）和未分类菌（unclassified,16.08%）;4?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（Photobacterium,46.91%）、别弧菌属（36.82%）和假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas,11.01%）,15?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（46.97%）和别弧菌属（43.33%）,25?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（41.94%）、别弧菌属（23.10%）、梭杆菌属（Fusobacterium,18.61%）和乳酸菌属（Lactobacillus,10.60%）。对可培养细菌菌群基因组测序后发现,新鲜样品可培养细菌菌群多样性大大降低,大部分为假交替单胞菌属（89.46%）,在25?℃腐败后,可培养的腐败优势菌为弧菌属（50.98%）、希瓦氏菌属（Shewanella,17.43%）和乳酸菌属（10.68%）。本研究揭示了虾夷扇贝柱新鲜及腐败样品的菌群结构特征及腐败优势菌,为进一步研究微生物对虾夷扇贝柱品质劣化的作用机制提供一定参考。     

超声波协同流水净化对克氏原螯虾中菌落总数及菌相构成的影响

目的:研究超声波协同流水净化对活体克氏原螯虾携带的细菌数量及菌相构成的影响。方法:测定了净化过程中克氏原螯虾壳+肉、腮部和肠道部位菌落总数变化,并应用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)指纹图谱结合16S rDNA测序鉴定分析龙虾在净化处理前后不同部位的菌相构成。结果:超声波协同流水处理能够显著减少虾壳+肉、腮和肠道部位的细菌载量,降低量分别达到2.18、2.23、1.01(lg(CFU/g))。挑取的218个单菌落中存在21种不同的RAPD谱型,不同谱型的细菌属于9个属18个种,其中气单胞菌属、黄杆菌属、嗜冷杆菌属、希瓦氏菌属和肠杆菌属细菌为虾壳肉和腮中的优势菌群,净化处理后虾中分布的细菌种群数降低为6个属9个种,其中温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、黄杆菌(Flavobacterium granuli)和腐败希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)是残留的优势细菌种群。结论:超声波协同流水净化对活体克氏原螯虾具有良好的减菌效果。     

黄羽肉鸡屠宰过程中胴体表面腐败菌的变化

为了分析黄羽肉鸡屠宰加工环节的肉鸡胴体污染菌的菌群组成,本试验利用平板倾注法及Illumina MiSeq高通量测序高效地测定黄羽肉鸡屠宰过程中加工环境和胴体表面腐败菌的多样性。结果表明,净膛、预冷及分级是黄羽肉鸡菌落总数增长的主要污染来源工序,分级秤、分级车间工人手套、预冷槽及净膛工人手套为以上三个工序中污染来源接触面,且分级秤及分级车间工人手套所污染菌群是黄羽鸡胴体菌群的主要来源,使黄羽鸡胴体表面菌落总数及假单胞菌增长率高达24.13%、41.27%,经过分级秤及分级车间工人手后黄羽鸡菌落总数显著（P<0.05）增加至4.63 lg(CFU/g)。打毛后（DM）、净膛后（JH）、净膛消毒后（CH）黄羽鸡胴体优势菌主要为链球菌属（Streptococcus）,大肠杆菌属（Escherichia）和气单胞菌属（Aeromonas）。黄羽鸡经预冷槽预冷后气单胞菌属丰度大幅增加,链球菌属次之。经过分级秤分级后黄羽鸡胴体菌群中不动杆菌属（Acinetobacter）为主要优势菌,巨球菌属（Macrococcus）次之。添加次氯酸电解水减菌后,黄羽肉鸡胴体表明气单胞菌属和链球菌属丰度大幅...     

基于培养基法和高通量测序法分析冷藏小龙虾优势腐败菌

为揭示4 ℃冷藏小龙虾贮藏期间微生物菌群多样性及优势腐败菌种类,以传统培养基法作为对照,采用高通量测序技术分别鉴定小龙虾样品在鲜样期、腐败中期、腐败末期的腐败菌属,探究贮藏期间微生物菌群变化趋势。2 种测序方法对比发现,高通量法检测到的菌属更具多样性,培养基法提取的腐败菌均包含在高通量测序菌属内。结果表明,培养基法提取优势腐败菌共11 株,其中气单胞菌（Aeromonas jandaei）致腐能力最强,弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）致腐能力最弱;此外,高通量测序法显示希瓦氏菌（Shewanella sp.）、肉杆菌属（Carnobacterium sp.）、环丝菌属（Brochothrix sp.）、嗜冷菌属（Psychrobacter sp.）、漫游球菌属（Vagococcus sp.）、不动杆菌属（Acinetobacter sp.）等在腐败末期时的物种丰度为90.57%。2 种方法比对可以确定,小龙虾的优势腐败菌有希瓦氏菌、肉食杆菌、环丝菌属、嗜冷菌属、漫游球菌属、不动杆菌属、气单胞菌、束毛球菌属（Trichococcus sp.）等。     

冰鲜鸡预冷过程中微生物菌群多样性动态分析

为了对肉鸡屠宰预冷过程中预冷水、鸡胴体的微生物群落结构进行动态分析,研究二者优势菌群的消长规律。本文对第一批屠宰鸡通过预冷水0、2、4、6、8 h时预冷池中一阶、二阶预冷水以及鸡胴体进行菌落总数(TVC)检测,然后采用高通量测序的方法对二者的群落结构进行动态分析。菌落总数测定结果表明:在预冷过程中,一阶预冷水菌落总数由103 CFU/mL增长到105 CFU/mL,二阶预冷水菌落总数由102 CFU/mL增长到104 CFU/mL,在预冷前,鸡胴体的菌落总数为4.53 lg CFU/g,经预冷后在6~8 h内,鸡胴体表面菌落总数高于预冷前,说明预冷水已经失去了清洗减菌的作用,还可能会对鸡胴体造成交叉污染。高通量测序发现:在预冷过程中,一阶预冷水中气单胞菌属减少,假单胞菌属、链球菌属增加;二阶预冷水的不动杆菌属减少,假单胞菌属增加;与预冷前相比,预冷过程中鸡胴体的魏斯氏菌和漫球菌属减少,金黄杆菌属和假单胞菌属增加。本研究表明预冷后期预冷水失去减菌作用,对鸡胴体造成污染,预冷工艺主要对气单胞菌属、魏斯氏菌和漫球菌属有较好的减菌效果,对金黄杆菌和假单胞菌属减菌效果不佳。这为宰后胴体预冷工艺的优化提供参考依据,同时为冰鲜鸡产品的质量安全提供保障。     

屠宰过程中猪胴体表面及环境的细菌菌相分析

应用传统培养方法结合高通量测序技术分析屠宰分割过程中猪胴体表面微生物污染情况，并对屠宰车间刀具和分割车间接触面进行细菌菌落计数，以确定屠宰分割过程中的关键污染环节。结果表明：测序共得到881 458 个有效序列，864 个可操作分类单元，样品共注释到了22 门、33 纲、79 目、162 科、382 属和613 种的微生物信息。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）和厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门，不动杆菌属（Acinetobacter）和气单胞菌属（Aeromonas）为主要的优势菌属。屠宰分割过程中群落多样性的排序为放血＞脱毛＞分割＞开膛＞冲淋＞冷却，冷却环节胴体表面的微生物多样性最低，分割后有所增加，表明分割是关键污染环节。传统微生物计数与测序的结果一致，从脱毛到冷却环节，猪胴体表面各类微生物数量呈下降趋势，分割后显著上升；分割车间各接触面菌落总数平均为6.11（lg（CFU/cm2）），高于屠宰车间刀具（平均为4.86（lg（CFU/cm2））），表明分割车间各接触面是关键污染源，进一步证明猪胴体分割环节为关键污染环节。     

传统酸面团菌群结构及其酵制馒头风味物质分析

为探究传统酸面团的菌群结构及其对制成馒头风味物质组分的影响,分别对采自山西（SX）、河北（HB）、青海（QH）、甘肃（GS）和河南（HN）酸面团样品进行pH值、可滴定酸度（titratable acidity,TTA）和菌落总数的测定,运用高通量测序技术对5 个样品进行菌群结构解析,并采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术对其酵制馒头的风味物质进行检测与分析。结果表明：酸面团的pH值处于3.69～3.83之间,TTA范围为3.73～4.30 mL（0.1 mol/L NaOH溶液）,乳酸菌菌落数范围为4.89～8.31（lg（CFU/g））,酵母菌菌落数范围为4.75～6.08（lg（CFU/g））;酸面团中细菌的优势菌群为乳杆菌属、乳球菌属和魏斯氏菌属,真菌的优势菌群为酵母属、毕赤酵母属和假丝酵母属,且不同样品的优势菌属和相对丰度有所差异。酸面团样品酵制馒头风味物质的检测结果显示,共有42 种挥发性成分被检出,包括醇类、醛类、酯类、芳香类、烃类等;其中,HB样品检出成分最多,为30 种,SX、QH和GS样品为26 种,HN样品为25 种。不同馒头样品风味物质总含量排序为SX＞HN＞GS＞QH＞HB。     

生长环境对克氏原螯虾细菌群落多样性的影响

为探索生长环境对克氏原螯虾（Procambarus clarkii）细菌群落多样性的影响,本实验利用Illumina MiSeq测序技术,对克氏原螯虾尾肉、养殖水体及周围土壤进行基因序列测序,分析小龙虾虾肉与其生长环境之间的相关性。多样性分析结果表明,土壤的微生物多样性高于小龙虾和水体多样性,分析三组样品在不同分类水平的相对丰度发现,小龙虾、土壤和水体中有相对固定的优势菌群,在门类为变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）和δ-变形菌纲（Deltaproteobacteria）等在小龙虾尾肉、土壤及水体中的平均相对丰度较高,而在科和属水平上无共有优势菌群。PICRUSt2代谢功能预测结果表明,3组样品在有氧呼吸（aerobic respiration I）、脂肪酸合成（fatty acid elongation）、氨基酸生物合成（amino acid synthesis）和核糖核苷酸代谢途径（nucleotide sugar metabolism）中代谢通路丰度最高。研究结果进一步解释了生长环境和克氏原螯虾微生物群落结构间的相关性和差异性。     

不同清洗方式下克氏原螯虾肉细菌群落及理化性质的变化

该研究探讨了克氏原螯虾的三种清洗预处理方式（清洗剂清洗,CA;超声波清洗,UL;清洗剂结合超声清洗,CA+UL;对照组,CK）对克氏原螯虾虾肉的细菌群落以及理化性质的影响。测定了清洗前后小龙虾虾肉菌落总数、假单胞菌、霉菌酵母、嗜温菌、嗜冷菌、pH、质构特性和风味物质的变化。结果表明,CA+UL处理组减菌效果最好,清洗后菌落总数减少1.12 lg CFU/g,对霉菌酵母,产硫化菌,嗜冷菌也有较好的抑制效果,分别减少了0.66、0.9、0.82 lg CFU/g。而CA组与UL组对于霉菌、嗜温菌等细菌减少的效果不太明显,且清洗后虾肉pH有所上升;而CA+UL组pH变化不大;经过清洗后的虾肉品质整体有略微下降。不同清洗方式对挥发性物质也有较大的影响,产生了N-甲基异丙基胺等不良气味风味物质。因此,结合虾肉细菌群落结果与理化性质来看,超声波与清洗剂结合清洗的效果更优。     

过氧乙酸和二氧化氯清洗剂对熟制小龙虾贮藏品质的影响

目的 研究过氧乙酸和二氧化氯清洗剂对熟制小龙虾贮藏品质的影响。方法 将小龙虾分别置于自来水(对照)、0.3 % 的过氧乙酸(Peroxyacetic acid,PA)、100 mg/L的二氧化氯(Chlorine Dioxide ,ClO2)中鼓泡清洗,清洗后的小龙虾熟制后在4℃贮藏,以菌落总数、挥发性盐基氮(TVB-N)、硫代巴比妥酸(TBA)、质构、色度、羰基含量、巯基含量为指标,分析清洗剂对熟制小龙虾贮藏品质和蛋白质氧化的影响。结果 贮藏24 d,对照组、 PA组和ClO2组 TVB-N值分别是35.03、29.39和30.74 mg/100g,TBA值分别是0.15、0.16、0.17 mg/kg;在贮藏过程中,结合水占比下降,不易流动水和自由水上升,羰基含量上升,总巯基含量下降,肌肉内部硬度上升;菌落总数结果表明PA和ClO2清洗能使小龙虾货架期延长6 d;与ClO2组相比,PA组的小龙虾尾肉硬度值偏大,蛋白羰基含量上升速率快。结论 综合菌落总数和理化指标结果考虑,推荐使用100 mg/L的ClO2进行小龙虾加工前清洗为宜。     

稻田养殖克氏原螯虾中甲基汞的污染特征与食用安全风险评估

目的 探讨我国主产区的稻田养殖克氏原螯虾(Procambarus clarkii)甲基汞(methylmercury,MeHg)累积情况与食用安全风险。方法 利用高效液相色谱-原子荧光光谱法(high performance liquid chromatography-atomic fluorescence spectrometry,HPLC-AFS)分析了湖北、湖南和安徽3省9个地市生产的127份稻田养殖克氏原螯虾肌肉样品的MeHg含量。采用单因子污染指数(single-element pollution indices,Pi)和每周可耐受摄入量(provisional tolerable weekly intake,PTWI)、目标危害商值(target hazard quotient,THQ)法分别评价了其污染程度和食用安全性。结果 MeHg的检出率达93.7%,含量范围为0～0.313 mg/kg,所有样品的MeHg含量均未超出国家标准限量值;不同地区稻田养殖克氏原螯虾的MeHg污染程度排序为:湖南>安徽>湖北。膳食暴露评估结果表明成人每周摄入量(estimated...     

小龙虾(克氏原螯虾)中铜含量富集现状及其环境来源分析

摘 要: 目的 调查小龙虾及其养殖环境中铜的含量, 探讨小龙虾中铜元素的富集现状及其可能的环境来源。方法 在我国主要的小龙虾养殖产地采集小龙虾及其养殖环境样本(养殖用水、池塘底泥), 采用微波消解法进行消解, 电感耦合等离子体质谱法进行样品中铜含量的测定。结果 小龙虾中铜含量均值为10.22 mg/kg, 积累量按照头壳、背壳、肝胰腺、虾肉依次递减, 其占完整小龙虾中铜积累量比例分别为17.74%、15.97%、8.75%、5.11%。小龙虾中铜含量与其养殖池塘底泥中的铜含量具有正相关性, 相关系数为0.39。A省小龙虾中铜含量显著高于其他地区(P<0.05)。结论 我国小龙虾及其养殖水体中铜含量均在国家规定的标准限量以内, 但部分地区小龙虾养殖池塘底泥中的铜含量超出国家标准, 池塘底泥是小龙虾中铜重要的环境来源, 可能造成潜在风险, 因此, 仍需要加强对小龙虾及其养殖环境中铜含量的监管。     

克氏螯虾虾头Protamex蛋白酶水解产物的抗氧化活性和功能性质研究

使用Protamex蛋白酶对克氏螯虾虾头蛋白进行水解,以制备抗氧化活性肽。结果表明:虾头蛋白肽的还原力、Fe2+螯合力和DPPH自由基清除能力与蛋白肽的浓度之间存在量效关系,均随着肽浓度的增大而增大。通过对蛋白肽的分子量分布进行研究发现,95.14%的多肽的分子量小于1000Da。同时测定了酶解产物的功能特性,结果表明pH对虾头蛋白水解物的溶解性、起泡性和乳化性具有显著影响。     

Metal Residues in Farm-Raised Channel Catfish, Rainbow Trout, and Red Swamp Crayfish from the Southern U.S.

ABSTRACT: Farm-raised channel catfish (Ictalurus punctatus), rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), and red swamp crayfish (Procambarus clarkii) were collected from production and processing sites across the southern U.S. and analyzed for barium, cadmium, copper, chromium, silver, lead, arsenic, selenium, and mercury. Average metal residues were much lower than recommended safety limits. Residues of barium, copper, and mercury were slightly higher in crayfish than catfish or trout. Selenium was higher in crayfish and trout than catfish, and lead was higher in catfish and trout than crayfish. Residues of mercury in all samples were much lower than the FDA's Action Limit (1 ppm) for mercury in the edible tissue of fish.     

冷藏小龙虾优势腐败菌的筛选鉴定及细菌群落结构和多样性分析

以4℃贮藏小龙虾货架期终点筛选武汉孝感小龙虾中优势腐败菌,同时结合高通量测序方法,进一步确定小龙虾中优势腐败菌,并对小龙虾贮藏过程中菌相变化、微生物结构及其多样性进行分析。结果表明：传统培养法从腐败小龙虾中共筛选出10 株腐败菌,包括波罗的海希瓦氏菌（Shewanella baltica）、维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）、普通变形杆菌（Proteus vulgaris）等;在属水平上,高通量测序法最终确定气单胞菌属（Aeromonas sp.）及希瓦氏菌属（Shewanella sp.）是小龙虾腐败末期相对丰度最大的2 种优势腐败菌;同时,高通量测序结果表明,随着贮藏时间的延长,小龙虾微生物群落丰富度、多样性及均匀度不断下降,这与腐败末期优势腐败菌的大量增长及生长繁殖过程中抑制其他种类微生物有关。