确定化学结构族性化处理方法研究

本文提出了一种用确定化学结构检索族性化学结构的方法。利用SMILES线性编码对环原子的识别能力首先将一个确定化学结构拆分成两部分：Ring和Fragment,然后根据Ring和Fragment族性属性描述分别族性化,最后将族性化表示的结构片断重新组装成一个族性化学结构。     

分子骨架在族性结构处理中的应用研究

利用计算机表示、存储和匹配族性结构面临的一个难题是如何将族性结构展开到一个合适的程度,既能避免过度枚举又包含族性结构应有的信息,本文根据族性结构特点,设计了一个程序用来提取族性结构中的环和环之间的连接片段,然后生成族性结构的分子骨架及相应的还原图,利用SMILES线性编码存储族性结构主要信息,避免了大部分的枚举。     

用于化学专利标引的族性结构模板的设计与实现

对药物专利中族性结构进行标引是将专利文本信息转换成结构信息用于族性结构的匹配检索。本文根据国家知识产权局知识产权出版社数据研发中心提出的新的图形化标引语言GFL对近千余篇药物专利进行了标引。结合GFL的特点,统计分析药物专利中出现频率很高的结构片断,将这些结构片断的标引结果利用面向对象编程技术设计成一系列的族性模板,便于标引人员直接调用,有利于实现标引工作的半自动化。     

族性化学结构的计算机处理：族性结构文字描述部分的分析与存储

报告了一个基于形式语言的语法分析方法,对用ＤＥＬＡＧＥＳ描述语言描棕的族性结构文字描述部分进行分析,分析结果以语法树形式存放,以方便下一步的检索或匹配。由于使用了语法分析,程序可以报告文字描述可能存在的错误并指出错误的位置。     

染料专利化合物族性结构的匹配算法研究

根据染料分子结构的特点，在提出紧缩节点码及族性码的基础上，又提出了分层匹配的概念，减少了组合爆炸的可能性。同时通过预生成主干树等方法，将大量的工作在匹配之前完成，提高了匹配速度．该方法简单、快速、具有实用价值。     

族性化学结构的计算机处理－族性结构文字描述部分的分析与存储

报告了一个基于形式语言的语法分析方法，对用ＤＥＬＡＧＥＳ描述语言描述的族性结构文字描述部分进行分析。分析结果以语法树形式存放，以方便下一步的检索或匹配。由于使用了语法分析，程序可以报告文字描述可能存在的错误并指出错误的位置。     

基于GSCCT的族性化学结构筛选方案

以处理族性结构信息的计算机表达式一族性结构紧缩关联表(Generic Structure Compact Connection Table,GSCCT)为基础,拟定了一套检索族性结构的筛选策略,即从GSCCT表中提取出主干环节点的预筛选方案。GSCCT表包含主干结构节点和叶结构节点,主干节点又分为环节点和非环节点两部分。叶结构节点中含有环节点时,将其提升为主干环节点。该结构匹配方法与传统的在原子节点层次上的算法不同,是在紧缩节点的层次上提取关键信息,即提取族性结构中的主要信息一环结构信息(或称指纹信息)进行预筛选,先不考虑非环节点和叶节点,以避免大量枚举。文中详细介绍了筛选思路和筛选功能的实现过程。     

族性结构匹配检索研究

概述了计算机化学中族性结构信息处理的发展情况,从理论上分析了族性结构匹配检索的策略,提出了族性结构数据库系统一致性和效率两原则,指出提高匹配效率需要找出原始族性结构的最佳展开点,对于建立高效率的族性结构匹配检索系统具有指导意义。     

染料专科化合物族性结构的匹配算法研究

根据染料分子结构的特点，在提出紧缩节点码及族性码的基础上，又提出了分层匹配的概念，减少了组合爆炸的可能性，同时通过预生成主干树等方法，将大量的工作在匹配之前完成，提高了匹配速度，该方法简单，快速，具有实用价值。     

自然语言处理技术在药物专利检索中的应用研究

本文研究了自然语言处理技术在药物专利检索中的应用,开发出一套翻译软件,能够将药物专利中对族性变量的文本描述半自动化地转化为符合规则的GSCCT格式,为准确、高效地建立药物专利检索数据库打下了基础。     

一种用SMILES码构建虚拟组合化学库的新方法

提出了一种利用SMILES码构建虚拟组合化学库的新方法。该方法用SMILES码代表骨架和侧链,通过对其进行排列组合生成虚拟组合化学库。用户可设定ADME筛选条件对生成的库进行初筛,以舍弃在理论上药代动力学行为不好的分子。该法通过构建一个抗2型糖尿病药物虚拟组合化学库(A2DDVCL)而得到了验证。A2DDVCL建立在过氧化物酶增殖体活化受体(PPAR)配体的基础上,拟从其中发现治疗慢性代谢疾病特别是2型糖尿病的药物。     

一种新的XML编码方案

提出了配比查询的概念,分析了现有XML编码方案在应用于配比查询时的不足,提出了一种新的XML编码方案,并给出了相应的查询算法。     

计算机存储化学结构的格式及其相互转化

在计算机中存储化学结构是化学信息学首先要解决的问题,由于历史的原因,现在化学结构存储的文件格式多不胜数,给相关研究工作带来了诸多不便。本文首先综述分子结构在计算机中常见的编码方式,介绍化学结构存储的常用文件格式,讨论分子模拟工作中文件格式的选择。然后,总结常用分子模拟软件对这些分子结构文件格式的支持,介绍几种化学结构文件格式转化软件(babel,convert,consystant,vega等),并讨论不同文件类型之间的转换方法。最后,指出应从速制定化学结构文件格式的标准,因为它是化学软件标准的重要内容之一。     

基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现

设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法。结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索。在此基础上,针对美国NCl(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验。结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合。这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统——TASS(Target Activity Structure System)中。     

支持通用反汇编的处理器结构库设计与实现

为了实现对多种不同型号的MCU、MPU和DSP的通用反汇编,通过分析汇编指令一般表达式与机器指令一般格式之间的关系,提出了一个能以统一格式表示多种不同型号处理器指令系统的通用指令模板。以此模板为基础,实现了一套可以全面管理处理器结构库的管理软件,为通用反汇编提供了可靠的依据和基础,而且大大缩短了处理器结构信息的录入时间。     

基于化学位移的结构编码及其应用

采用系统编码以一原子为中心逐层扩展的思想,在形式上加以改进,同时用核磁共振中最重要的参数一化学位移值表征碳原子所处的状态,实现了结构的数值化,使化学结构更易被计算机存储和处理,也使判断两结构是否全同(两图同构)的难题简化为比较两者化学位移值之和CSS(Chemical Shift Sum)是否相等的简单问题。进而针对两类子结构检索各自的特点提出了新的基于广度优先的匹配算法,此算法以特征原子作为初始匹配点能大大减少匹配的盲目性。C^13-NMR是一个已积累了大量知识和规律的领域,碳化学位移值又是碳原子核周围电子云分布情况的直接反映,从这些已有的知识和规律出发正确地获取所需信息将会对计算机辅助有机合成路线设计和分子设计等诸多方面起到积极的推进作用。     

SVD lossy adaptive encoding of 3D digital images for ROI progressive transmission

In this paper, we propose an algorithm for lossy adaptive encoding of digital three-dimensional (3D) images based on singular value decomposition (SVD). This encoding allows us to design algorithms for progressive transmission and reconstruction of the 3D image, for one or several selected regions of interest (ROI) avoiding redundancy in data transmission. The main characteristic of the proposed algorithms is that the ROIs can be selected during the transmission process and it is not necessary to re-encode the image again to transmit the data corresponding to the selected ROI. An example with a data set of a CT scan consisting of 93 parallel slices where we added an implanted tumor (the ROI in this example) and a comparative with JPEG2000 are given.