2007—2016年四川省德尔卑沙门菌耐药与分子分型分析

目的 研究2007—2016年四川省德尔卑沙门菌分子分型和耐药趋势,掌握四川省德尔卑沙门菌污染状况,为暴发预警、溯源调查及抗生素使用策略提供参考数据。方法 运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和微量肉汤稀释法对2007—2016年四川省自临床病例、食品从业人员、食物中毒样品、养殖动物及零售食品中分离的106株德尔卑沙门菌进行分子分型及14种抗生素的敏感性测试。结果 106株德尔卑沙门菌对8类14种抗生素均有不同程度耐药,人源性和动物源性菌株对四环素、萘啶酸、氯霉素、复方磺胺的耐药率均大于20%。其中人源性菌株对头孢噻肟、环丙沙星、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑啉的耐药率均明显高于动物源性菌株;动物源性菌株对四环素、萘啶酸、氯霉素耐药率均明显高于人源性菌株。经Xba I酶切后106株菌共分为67个PFGE带型,不同年份的临床病例、食品从业人员及零售食品生猪肉分离株具有相同PFGE带型。结论 四川省德尔卑沙门菌分离株耐药率较高,并有逐年上升趋势。PFGE型别呈多样性,部分临床病例、食品从业人员分离株与生猪肉分离株PFGE具有相同带型。     

2011—2016年石家庄市40株食物中毒沙门菌的耐药特征及分子分型结果分析

目的 研究食物中毒沙门菌分离株的分子生物学特征,结合耐药表型,分析菌株间的同源性及耐药关系,为预防控制食源性疾病发生和临床治疗提供科学依据。方法 对分离自2011—2016年石家庄市食物中毒食品或标本的40株沙门菌进行药敏检测,并采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型,运用BioNumeries软件分析菌株之间的流行病学关系。结果 40株食源性沙门菌经Xba I酶切可分为11种带型,药敏结果呈现多重耐药趋势。结论 石家庄市食源性沙门菌呈高度散发、多重耐药的特点,特别是优势血清型肠炎沙门菌耐药性较明显,提示应加强沙门菌耐药性监测。     

2014~2018年北京市人源性肠产毒性大肠埃希菌耐药性与PFGE分子分型研究

目的 分析北京市门诊腹泻病例肠产毒性大肠埃希菌(enterotoxigenic Escherichia coli, ETEC)分离株抗生素敏感性及分子分型特征。方法 采用微量肉汤稀释法对2014~2018年北京市门诊腹泻病例ETEC分离株进行8大类14种抗生素敏感性检测。参照PulseNet中非O157大肠埃希菌脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)分型方法, 对不同区县不同采样时间分离的菌株采用随机抽样原则, 对178株菌基因组经限制性内切酶Xba I酶切后进行分子分型和聚类分析。结果 578株2014~2018年北京市门诊腹泻病例ETEC菌株总耐药率为94.29%, 对萘啶酸、氨苄西林、头孢唑林耐药率较高, 分别为61.58%、60.38%、36.19%。578株菌分为152个耐药谱, 耐3种及3种以上抗生素的菌株数达340株(59.00%), 有1株菌对12种抗生素耐药。常见耐药谱为耐喹诺酮类的萘啶酸, 占20.18%, 其次为耐β-内酰胺类的氨苄西林-头孢唑林-头孢噻肟, 占12.29%, 再次为耐β-内酰胺类的氨苄西林-喹诺酮类的萘啶酸-大环内酯类的阿奇霉素, 占6.79%, 且耐药谱种类逐年缓慢上升。其中178株菌共产生153种PFGE带型, 带型分布较为分散, 无优势带型, 菌株之间的相似系数为31.60%~100.0%。结论 2014~2018年北京市腹泻病例肠产毒性大肠埃希菌耐药情况严重, 耐药谱复杂广泛, 多重耐药菌株占比呈逐年缓慢上升趋势。PFGE带型呈多态性分布。     

云南省食源性金黄色葡萄球菌脉冲场凝胶电泳分型分析

目的采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)方法分析云南省2013～2015年食源性金黄色葡萄球菌分子分型带型,初步建立金黄色葡萄球菌PFGE分型的数据库。方法用限制性内切酶Smal I酶切113株金黄色葡萄球菌染色体DNA以进行PFGE分析,并利用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析。结果 113株食源性金黄色葡萄球菌的PFGE图谱的相似性系数在56.67%～100%之间,经聚类分析得到89个PFGE型别。结论建立云南省食源性金黄色葡萄球菌PFGE分型数据库,PFGE带型呈现多样性,对今后云南省金黄色葡萄球菌引起食物中毒的诊断和溯源工作有重要意义。     

2014—2018年北京市人源性肠致病性大肠埃希菌耐药特征及分子特征研究

目的 了解北京市门诊腹泻病例肠致病性大肠埃希菌(enteropathogenic Escherichia coli,EPEC)分离株抗生素敏感性情况及分子分型特征。方法 采用微量肉汤稀释法对2014—2018年北京市门诊腹泻病例EPEC分离株进行8类14种抗生素敏感性检测。参照PulseNet中非O157大肠埃希菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法,对不同区县不同采样时间分离的菌株采用随机抽样原则,对140株菌基因组经限制性内切酶Xba Ⅰ酶切后进行分子分型和聚类分析。结果 2014—2018年北京市门诊腹泻病例EPEC分离株总耐药率为84.8%(391/461),氨苄西林、四环素、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑耐药率较高,分别为66.4%(294/443)、54.0%(249/461)、45.6%(210/461)。461株菌分为200种耐药谱,耐3类及3类以上抗生素的菌株数达249株(54.0%),有1株菌对7类12种抗生素耐药。常见耐药谱为萘啶酸耐药,占4.3%(20/461)。环丙沙星、萘啶酸、四环素、亚胺培南耐药率和耐药谱种类呈逐年缓慢上升趋势。其中140株菌共产生136种PFGE带型,带型分布较为分散,无优势带型,菌株之间的相似系数为53.3%～100.0%。结论 2014—2018年北京市腹泻病例EPEC 耐药情况严重,耐药谱复杂广泛,多重耐药菌株及耐药谱种类呈逐年增多趋势。菌株的基因型呈多态性分布。     

一起纽波特沙门菌引起的食物中毒检测及菌株同源性分析

目的运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对一起食物中毒事件中分离的菌株进行同源性分析,为查明事件原因提供依据。方法采集患者、食品加工人员和剩余食物样本进行病原分离及鉴定,对分离到的菌株进行PFGE及耐药性分析。结果从采集的13份样本中检出4株纽波特沙门菌,其中1株来自病人样本,1株来自食品加工人员(厨师)样本,剩余牛肉、鸭肉各1株。4株菌株经PFGE分析,同源性为100%。4株分离菌株耐药谱相同。结论此次食物中毒由纽波特沙门菌引起,PFGE分型揭示菌株之间的流行病学联系,为事件的分析和溯源提供分子流行病学证据。     

中国部分食品中肠炎沙门菌分离株的PFGE分子型别分析研究

目的 研究中国食品中肠炎沙门菌分离株的分子谱别.方法 用脉冲场凝胶电泳分型技术对从中国11个省市食品中分离的51株肠炎沙门菌进行分子分型.结果 肠炎沙门菌经2种内切酶Xba I、Spe I处理后,均分为11个不同的带型.两种内切酶的分型结果不相同,但其中有部分交叉.2种内切酶的PFGE分型都有2个主要的带型,分别涵盖了分离株的70%,并在两型之间有部分兼容性.通过双酶系统的双重分型,还可以将其中的型别进一步区分为亚型.在各地区之间菌株的型别分布无明显规律,在各种食品之间菌株的型别分布,SpeI酶切后的结果更有规律.分离自羊肉中的4株菌经XbaI、Spe I酶切表现为同-PFGE型别,在Xba I分型结果中为XF型,在Spe I分型结果中为SE型,揭示了一定的亲缘关系.结论 脉冲场凝胶电泳分型技术是肠炎沙门菌分子分型的有效手段.     

北京市人源性单核细胞增生李斯特菌耐药特征及分子分型研究

目的研究北京市人源性单核细胞增生李斯特菌的血清学分型、耐药及分子特征。方法对2013—2015年北京市李斯特菌病专项监测中分离的32株单核细胞增生李斯特菌进行PCR法血清学分型和PFGE分型,并采用CLSI和EUCAST推荐的微量肉汤稀释法检测菌株对12种抗生素的敏感性。结果 32株单核细胞增生李斯特菌共分为4种血清型,其中位居前2位的血清型是1/2b和1/2a,分别为17株和12株,4b血清型2株,1/2c血清型1株。32株菌经Asc I酶切共分为23种PFGE带型,分为4个簇,相同血清型李斯特菌的PFGE带型聚集成簇,两种分型方法一致性为93.75%(30/32)。32株单核细胞增生李斯特菌均对青霉素、氨苄西林、复方新诺明及红霉素敏感,大部分菌株对其他8种抗生素的MIC值较小,但有少数菌株对苯唑西林和四环素的MIC值较大,高达32、64μg/ml。结论北京市人源性单核细胞增生李斯特菌血清型以1/2b和1/2a为主,PFGE图谱与血清学分型存在一定相关性,耐药率普遍较低,但需加强耐药趋势监测。     

两起肠炎沙门菌所致食物中毒的病原学研究及溯源分析

目的探讨两起同地区连续发生的肠炎沙门菌食物中毒分离株之间的分子流行病学关系。方法参照GB 4789.4—2010《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》方法进行病原分离培养,对检出菌株进行表型鉴定;用VITEK-ⅡCompact全自动微生物分析系统检测菌株抗生素敏感性;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对检出菌株进行分子分型和流行病学特征分析。结果共检出23株肠炎沙门菌,其中从25份患者肛拭样本中检出17株,8份从业人员肛拭样本中检出2株,8份留样食物中检出3株,厨具涂抹样本中检出1株。23株肠炎沙门菌血清抗原式均相同(9∶g,m∶-);生物学性状和药敏试验结果基本一致;PFGE图谱带型完全一致(相似度为100%),且与当地散发病例PFGE图谱带型相似。结论综合流行病学调查、病原学检测和分子分型结果,证实这两起食物中毒是由同一来源的肠炎沙门菌污染所引起。     

进出境食品中单核增生李斯特菌的血清分型与脉冲场凝胶电泳分型分析

目的研究进出境食品中的单核增生李斯特菌(LMO)的血清分型与脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型的特性及其关系。方法采用标准方法对39株分离的LMO进行PFGE分型,分别用ApaI和Asc I酶切,电泳图谱进行聚类分析,以上菌株同时进行血清分型检测。结果 39株LMO分成6个血清型;经ApaI酶切后,分成29种带型,相似度在57.4%～100%;Asc I酶切后,分成34种带型,相似度在48.6%～100%。讨论 AscI酶切的PFGE分离效果优于ApaI酶切,与血清分型的一致性低于ApaI酶切;PFGE分型效果优于血清分型。     

北京市食源性非伤寒沙门菌的分子分型和耐药性研究

目的了解北京市食源性非伤寒沙门菌的分子特征及耐药情况。方法对2004—2010年北京市食源性致病菌监测网收集的100株沙门菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和抗生素敏感性检测。结果 100株非伤寒沙门菌通过PFGE分型分为62个不同的带型,每个带型包含1~11株菌。抗生素敏感性结果显示,100株菌中有55株菌表现为对至少1种抗生素耐药,其中多重耐药菌株15株。菌株对各抗生素的耐药率为萘啶酸40%、四环素30%、氯霉素15%、庆大霉素10%、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑10%、环丙沙星9%、头孢西丁1%、头孢噻肟0%。结论沙门菌PFGE带型和耐药谱均与血清型存在很高的一致性。提示北京市食源性非伤寒沙门菌的耐药情况比较严重,开展对该菌分子分型与耐药特征分析的联合监测意义重大。     

北京市食源性金黄色葡萄球菌耐药及分子分型研究

分析北京市食源性金黄色葡萄球菌对常用抗生素的耐药情况及其分子分型特征,预防和控制由该菌引起的食源性疾病,为临床合理用药提供依据。方法 收集2010—2012年北京地区食源性致病菌监测网分离到的金黄色葡萄球菌187株,采用微量肉汤稀释法检测金黄色葡萄球菌对8种常用抗生素的敏感性。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型。结果 116株金黄色葡萄球菌表现出对抗生素耐药,耐药率为62.03%,对抗生素的耐药率为红霉素(ERY)45.45%、苯唑西林(OXA)27.81%、克林霉素(CLI)20.86%、四环素(TET)13.90%、氯霉素(CHL)11.76%、环丙沙星(CIP)6.42%、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑(TPM/SMZ)5.88%。其中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)52株、对甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌(MSSA)135株。分离到的MRSA中34株菌表现出多重耐药。全部菌株共分为129种PFGE带型,优势带型不明显。结论 食源性金黄色葡萄球菌的耐药和多重耐药普遍存在,PFGE带型分布分散与耐药谱的关联性较差。     

2008—2018年四川省阿贡纳沙门菌分子分型及耐药分析

目的 了解2008—2018年四川省阿贡纳沙门菌(Salmonella agona)脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别分布和耐药状况,为阿贡纳沙门菌引起的暴发预警、溯源调查及临床治疗提供依据。方法 对经过生化和血清学鉴定的61株阿贡纳沙门菌进行PFGE分子分型分析,采用微量肉汤稀释法测定14种抗生素对菌株的最小抑菌浓度。结果 61株阿贡纳沙门菌分离株共分为41个PFGE型,从不同年份、不同地区临床病例中分离到的部分菌株具有相同的PFGE型别,1株猪肉分离株与部分临床分离株具有相同的PFGE型别。28株阿贡纳沙门菌对14种抗生素均敏感,其余33株菌存在不同程度的耐药,其中四环素耐药率最高,为47.54%(29/61);多重耐药株共16株,占比为26.23%(16/61)。全部分离株均对亚胺培南敏感。结论 2008—2018年四川省阿贡纳沙门菌分离株PFGE型别呈多样性,在四川省为散发流行状态。耐药情况较严重,耐药性存在上升趋势。     

广州地区海产品中创伤弧菌病原学特征分型

目的研究广州地区海产品中分离的创伤弧菌的毒力相关基因与脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型状况,初步建立区域PFGE溯源数据库,为该菌的分子流行病学研究和食源性疾病溯源提供支持。方法对68株创伤弧菌进行毒力相关基因鉴定和PFGE分型,采用Bio Numerics软件分析聚类关系。结果海产品中分离的创伤弧菌均为溶血素A基因(vvh A)核酸阳性,vcg C/E和16S rRNA A/B分型结果显示,共有5种基因型别,分别有CB型、EA型、CAB型、CA型和EB型。共检测出42株为BT1型。PFGE分型结果显示68株创伤弧菌有52种PFGE型别。结论广州地区海产品中分离的创伤弧菌PFGE型别多,且相互之间关系分散;毒力相关基因型以CB型为主。     

Possible horizontal transmission of Salmonella via reusable egg trays in Thailand

Salmonella contamination of eggshells, egg contents, reusable egg trays, and various environmental samples was assessed. Although the overall Salmonella contamination rate from egg farms was low (3.2%), over a quarter (26.7%) of egg trays from farms and more than one third (36.7%) of trays from the market were contaminated. Salmonella strains isolated from reusable egg trays were analyzed by serotyping, antimicrobial susceptibility test and XbaI pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) typing. Five serovars (S. Braenderup, S. Emek, S. Weltevreden, S. Stanley, and S. Derby) were isolated, and half of the strains assessed were found to be resistant to one or more of the six antimicrobial agents examined. The overall resistance rates to nalidixic acid, trimethoprim-sulfamethoxazole, tetracycline, and ampicillin were 40.7%, 36.0%, 26.7% and 3.5%, respectively. The PFGE types were matched against sample location and drug resistance. S. Braenderup PFGE type A2 (susceptible to all tested drugs) was isolated from all sample sites; PFGE type A2 (resistant to nalidixic acid) was isolated from Farm C and the market. S. Braenderup PFGE type A1 (resistant to four drugs) was isolated from Farms A and C. S. Weltevreden PFGE type C3 (susceptible to all tested drugs) was isolated from Farms A and B and type C4 (susceptible to all tested drugs) was isolated from Farm A and the market. The distribution of the related genotypes and resistance patterns of Salmonella in egg farms and the market indicate drug-resistant strains of Salmonella may be spread on reusable egg trays.     

江西省食源性沙门菌血清分型及脉冲场凝胶电泳指纹图谱研究

研究江西省食源性沙门菌的血清型,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对优势血清型进行分子分型,建立江西省食源性沙门菌PFGE指纹图谱资料库,为食源性疾病溯源提供数据。方法 对136株食源性沙门菌进行血清分型,对其中优势血清型德尔卑沙门菌菌株进行PFGE分型,获得分子分型指纹图谱,运用Bionumerics v6.6软件进行聚类分析。结果 136株沙门菌分离株血清群以B群为主,优势血清型主要是德尔卑沙门菌(49.26%),67株德尔卑沙门菌可分为41个型别的PFGE指纹图谱(相似值100%的为同一PFGE型别),主要集中在3个型别中。结论 江西省食源性沙门菌血清型分布呈多样性,优势血清型是德尔卑沙门菌,生肉制品是其主要的来源,同种血清型别的PFGE指纹图谱无相关性。     

2016年河南省市售生禽肉中沙门菌血清分型和分子分型研究

目的 了解河南省市售生禽肉中沙门菌污染状况,并对分离株进行血清型和分子分型研究,为河南省食源性疾病溯源数据库提供基础数据。方法 沙门菌检测及血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型分析参照国家食品及食源性疾病监测网工作手册。结果 165份生禽肉样品中检出41株沙门菌,分属13个血清型,优势血清型是科瓦利斯沙门菌、肯塔基沙门菌、鼠伤寒沙门菌及达布沙门菌。经Xba I酶切,获得30种带型,每种带型包括1～5株菌株,相似度为47.5%～100%。部分不同血清型沙门菌PFGE型相似。结论 河南省市售生禽肉沙门菌污染严重,沙门菌血清型和基因型呈现多样化,基因型有一定的地区聚集性。     

Phenotypic and genotypic characterization of salmonella Enteritidis isolated from two consecutive Food-Poisoning outbreaks in Sichuan,China

Salmonella enterica serotype Enteritidis (SE) is a primary pathogen that causes foodborne diseases in humans. Although whole-genome sequencing (WGS) -based typing analyses have been increasingly used to investigate food-poisoning outbreaks, they are rarely applied to the epidemiology of multiple Salmonella outbreaks in Sichuan, China. This study therefore isolated SE from patients and food of two consecutive food-poisoning outbreaks during 2020 in Sichuan, China. We tracked outbreak origin using epidemiological investigation, serotyping, antimicrobial susceptibility testing (AST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and WGS. We also determined phylogenetic relationships using PFGE, whole and core genome multilocus sequence typing (wg/cgMLST), and whole-genome single nucleotide polymorphism (wgSNP) analyses. Epidemiological investigations identified a correlation between cake consumption and food poisoning. Thirteen strains isolated from patients and one strain isolated from the cake were confirmed as SE. Among the 14 strains, only six shared the same AST pattern (AMP-AMS-Sul-STR). Isolates from patients and cakes were indistinguishable in PFGE results. All four methods, namely PFGE, wgMLST, cgMLST, and wgSNP were appropriate for bacterial typing in SE-related outbreak investigation. However, wgSNP can assign 12 SE strains from the first outbreak to one cluster and assign two SE strains from the second outbreak to another cluster, while PFGE, wgMLST, cgMLST did not successfully distinguish the SE strains from different outbreaks. Thus, we conclude that SNP-based phylogenetic analysis might be a viable method for differentiating SE strains at the outbreak level.     

Comparison of antibiotic susceptibility profiles and molecular typing patterns of clinical and environmental Salmonella enterica serotype Newport

The genus Salmonella is composed of more than 2,400 serotypes, many of which cause enteric diseases in humans and animals. Several Salmonella serotypes are multidrug resistant, and there is evidence of the clonal spread of these strains from animals to humans. Salmonella enterica serotype Newport is one of the serotypes that increasingly present a multidrug-resistant phenotype. Source tracking and antibiotic resistance testing are important considerations for identifying the outbreak strain. The first goal of this study was to examine the antibiotic susceptibility patterns of clinical and environmental Salmonella Newport isolates from various geographic locations and to compare the discriminatory ability of two DNA fingerprinting techniques. The second goal was to determine whether the antibiotic resistance profiles and typing patterns correlated. Thirty Salmonella Newport isolates, including environmental and human clinical strains, were subjected to pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), ribotyping, and antibiotic susceptibility testing. Eighty percent of the isolates showed total or intermediate resistance to one or more drugs; 75% of the isolates were multidrug resistant. Ribotyping with the EcoRI enzyme and PFGE with the XbaI enzyme each divided the isolates into 14 groups. Cluster analysis based on antibiotic susceptibility patterns generated 23 profiles. The susceptible and resistant isolates were not differentiated on the basis of either of the molecular typing techniques. Hence, no correlation was observed between the antibiotic resistance profiles and the DNA subtyping patterns. In conclusion, ribotyping is as discriminatory as PFGE and, when used in combination with antibiotic resistance profiles, provides a powerful tool for the source tracking of Salmonella Newport.     

杨凌及周边地区零售分割鸡肉中沙门菌污染状况及耐药和分型特征研究

目的研究陕西杨凌及周边地区零售分割鸡肉中沙门菌的污染状况及其药敏性、血清型和基于脉冲场凝胶电泳(PFGE)的基因型,为预警食源性沙门菌疾病暴发提供数据基础。方法采用GB 4789.4—2010《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》对陕西杨凌及周边地区采集的188份零售分割鸡肉中沙门菌进行分离和鉴定,并进行血清学分型。采用PFGE方法确定沙门菌DNA酶切电泳图谱,使用BioNumerics软件聚类分析电泳结果,确定沙门菌基因型。结果 188份零售分割鸡肉中共有34份(18.1%)样品检出沙门菌,农贸市场样品沙门菌检出率(24.6%,29/118)高于超市(7.1%,5/70)。鸡腿、鸡爪、鸡脖和鸡肝样品中沙门菌检出率高于鸡肠和鸡胗。34株沙门菌中共检出10种血清型,其中科瓦利斯沙门菌最为流行,高于德尔卑沙门菌和鼠伤寒沙门菌等,差异有统计学意义(P0.05)。分离株均对磺胺异噁唑、氯霉素、头孢噻呋和环丙沙星耐药,对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、萘啶酮酸、四环素、链霉素、氨苄西林和阿莫西林/克拉维酸的耐药率均在50%以上。34株沙门菌PFGE分型后可被分为11个簇,同一血清型菌株基本聚于同一大簇,同一时间、从相同市场采集的不同样品,其分离株PFGE型相似度均较高,表明分割鸡肉在加工或销售过程可能存在交叉污染。农贸市场分离菌株基因型多样性比较丰富。结论杨凌及周边地区零售分割鸡肉存在沙门菌污染,沙门菌血清型和基因型多样化,耐药菌株比例较高。