基于网络药理学及分子对接研究盐酸小檗碱治疗特异性皮炎的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索盐酸小檗碱活性化合物证明其对抗特异性皮炎的机制。方法：使用SwissTargetPrediction和GeneCards数据库检索对应目标的基因，由Cytoscape软件构建化合物-靶标网络，筛选出药物-疾病的共同基因靶点作为研究靶点，将共同基因靶点导入STRING网络平台，获得蛋白质-蛋白质相互作用关系。盐酸小檗碱的核心靶点通过Metascape基因功能分析网站进行基因本体（GO）和KEGG信号通路生物富集分析。最后，采用Autodock、Pymol软件对筛选出来起到关键作用的靶点与盐酸小檗碱成分进行分子对接。结果：化合物-靶点网络主要包含99个对应靶点。GO生物富集分析得到1512个生物学过程、138个细胞组成、174个分子功能，KEGG中有5个主要信号通路。分子对接结果表明，盐酸小檗碱与ICAM1抗体具有较高的亲和力。结论：盐酸小檗碱中的可能通过与ICAM1抗体等多种靶点调控多种信号通路，可能对特异性皮炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肝颗粒治疗慢性肝炎的作用机制

目的：利用网络药理学分子对接技术探讨清肝颗粒治疗慢性肝炎的作用机制。方法：首先利用TCMSP数据库收集清肝颗粒的中的化学成分以及靶点，利用OB、DL筛选候选活性化合物成分，然后通过CTD数据库、TTD数据库筛选出慢性肝炎相关的靶点；通过DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。运用Cytoscape3.6.1构建化合物-靶点、靶点-通路网络图；慢性肝炎通路整合与分析，最后通过AutoDock软件对主要活性成分及核心作用靶点进行分子对接验证。结果：检索得到清肝颗粒的化合物成分487个、靶点466个；筛选得到候选活性成分101个、慢性肝炎相关靶点115个，GO富集分析得到GOCC、GOMF、GOBP条目(p≤0.05)分别46、49、207个；KEGG通路富集筛选得到相关的通路23条，涉及钙信号通路、非酒精性脂肪肝、T细胞受体信号通路等。构建“慢性肝炎通路”,揭示了清肝颗粒在通路水平上协同发挥治疗慢性肝炎的效果，分子对接结果显示潜在的活性成分与核心靶点PTGS2、PPARG和NOS2均有较好的结合。结论：该研究通过运用网络药理学的研究方法发现清肝颗粒治疗慢性肝炎具有多成分、...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨保元汤治疗冠心病和心力衰竭的作用机制

目的：利用网络药理学及分子对接技术，探索保元汤治疗冠心病和心力衰竭的作用机制。方法:通过数据库并结合文献检索汇总保元汤的成分信息；在数据库查询冠心病和心力衰竭相关靶点，利用String找出关键靶点；在Metascapehe进行KEGG通路和GO通路富集分析；用Autodock进行分子对接。结果:筛选出保元汤、冠心病、心力衰竭的作用靶点数分别为773、927、829，保元汤和冠心病共同基因、心力衰竭、冠心病与心衰的共同基因分别为161、111、99。GO分析结果，保元汤和冠心病涉及生物过程的基因群主要集中在激酶和细胞凋亡的正调控等；保元汤和心力衰竭涉及生物过程的基因群主要集中在腺体发育、血液循环等；保元汤和冠心病、心力衰竭涉及生物过程的基因群主要集中在血液循环、上皮细胞增殖等。KEGG通路富集分析，主要集中于HIF-1信号通路、Rap1信号通路等；保元汤和心力衰竭共同靶点主要集中于PI3K-AKT信号通路、Rap1信号通路等；保元汤和心力衰竭共同靶点主要集中于Ras信号通路、cGMP-PKG信号通路等；分子对接结果显示，异鼠李素与EGFR靶点具有较好的结合活性；山萘酚、菜豆异黄酮与ESR...     

基于网络药理学及分子对接探讨决明子对干眼的治疗机制

目的：采用网络药理学方法和分子对接技术探讨分析中药决明子治疗干眼的作用机制。方法：通过TCMSP、UniProt获得决明子有效成分、靶点，通过疾病数据库DrugBank、OMIM、GeneCards、Disgenet获得干眼的作用靶点。利用Venny 2.1.0将决明子-干眼靶点交集并绘制Venn图。使用String、Cytoscape构建蛋白互作网络图及“药物-成分-疾病-靶点”拓扑图。利用Metascape、KEGG数据库、Pathview对靶点进行GO功能、KEGG通路分析及信号通路注释、可视化处理。通过分子对接验证中药核心成分与关键作用靶点结合的可能性。结果：决明子通过14种有效成分，对TNF、TP53、ESR1、IL1B等17个干眼靶点发挥治疗作用，通过MAPK、p53等多个信号通路发挥抗炎、抗凋亡、抗氧化、激素调节等作用，进而起到治疗干眼的效果。分子对接显示成分与靶点结合性较好、构象稳定。结论：此研究体现了中药决明子治疗干眼“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，为进一步开展决明子在眼科方面的研究提供了新的思路和依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨莳萝子油脂抗肿瘤的生物活性

中药莳萝子油脂含有多种脂肪酸，本文旨基于网络药理学揭示抗肿瘤的关键基因，并基于分子对接技术识别并探讨莳萝子油脂中脂肪酸成分对肿瘤的作用机制，为其药效物质基础研究提供参考。本研究通过定性分析和筛选获得15个活性成分，结合SwissTargetPrediction数据库和TCMSP数据库预测靶点获得相关基因，疾病基因和成分靶点基因交集得到164个基因，用Cytoscope筛选出10个关键基因，通过David数据库导入微生信得到KEGG通路15条，GO分析条目45条。运用autodock分子对接技术发现莳萝子油脂中的4种活性成分与关键基因的结合能力较好。本实验揭示了肿瘤的关键基因，初步揭示莳萝子脂肪酸抗肿瘤的有效成分及潜在靶点。     

基于网络药理学和分子对接的高根二醇抗溃疡性结肠炎的作用机制研究

运用网络药理学研究方法,对高根二醇作用潜在靶点与机制进行整合与分析,探究高根二醇抗溃疡性结肠炎(UC)作用机制.利用PharmMapper、uniprot对筛选出高根二醇的224个作用靶点,利用OMlM、Genecards数据库检索并筛选出608个疾病作用靶点,整合筛选出高根二醇和溃疡性结肠炎的共同靶点48个.使用Cy...     

基于网络药理学和分子对接探讨"半枝莲-白花蛇舌草"抗肺癌的作用机制

目的:借助网络药理学和分子对接方法探讨"半枝莲-白花蛇舌草"抗肺癌的作用机制.方法:借助TCMSP数据库检索筛选半枝莲和白花蛇舌草的成分及靶点,Genecards检索肺癌的作用靶点,利用Venn软件获取交集靶点.运用Cytoscape3.8.0建立"化合物-靶点-疾病"网络图,运用String绘制PPI网络图.通过DA...     

基于网络药理学的车前子治疗高脂血症作用机制研究

借助TCMSP、GeneCards和Drugbank等数据库筛选车前子活性化合物及相应靶点,与高脂血症靶点取交集,确定核心基因,利用核心基因构建PPI并进行GO和KEGG富集分析。结果显示,车前子与高脂血症相关的7个潜在活性成分和134个潜在有效靶点及脂多糖应答、对细菌来源分子的反应、对类固醇激素的反应等生物学过程。初步探讨车前子治疗高血脂症的作用机制,为其进一步实验探究和临床应用提供参考。     

基于网络药理学探究“葫芦巴-迷迭香”提取物治疗Ⅱ型糖尿病的潜在作用机制及实验验证

(目的)利用网络药理学相关技术,分析中药“葫芦巴-迷迭香”提取物治疗Ⅱ型糖尿病的潜在作用机制。(方法)构建活性物质、活性靶点和疾病相关靶点的网络药理图,通过网络分析阐释其作用机制。选取50只SD大鼠,随机分为空白组、Ⅱ型糖尿病模型组及“葫芦巴-迷迭香”提取物高、中、低剂量治疗组,每组10只。试剂盒检测大鼠血清中总甘油三脂、总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇的含量,ELISA法检测各组大鼠血清中白细胞介素IL-6、IL-2、肿瘤坏死因子(TNF)-α、血管内皮生长因子(VEGF)和表皮细胞生长因子(EGF)表达情况。(结果)“葫芦巴-迷迭香”筛选得到56个活性成分及764个治疗Ⅱ型糖尿病潜在相关靶点。蛋白相互作用分析提示FGFR1、TNF、INSR、IL-6、MAPK14、JUN、PPARA、VEGFA、PTPN1、PTPN2、IGF1R、PTPN11为关键靶点。动物实验表明“葫芦巴-迷迭香”提取物给药中、高剂量组可显著降低血清中的甘油三酯和胆固醇,上调高密度脂蛋白胆固醇的含量,下调低密度脂蛋白胆固醇的含量,调节炎性因子TNF-α、IL-6、IL-2的含量,提高VEGF和E...     

基于网络药理学的苦地丁治疗肠炎的作用机制研究

目的：基于网络药理学分析苦地丁作用于肠炎的活性成分、靶点和信号通路,探讨苦地丁治疗肠炎的作用机制。方法：使用TCMSP平台获取苦地丁的主要化学成分及对应的基因靶点,再用Uniprot数据库将靶点信息标准化。通过Gene Cards数据库搜索筛选肠炎靶点。使用Venny2.1取药物-疾病靶基因的交集,用Cytoscape3.7.2软件构建苦地丁治疗肠炎的活性成分-靶点网络,通过String数据库分析共同基因的蛋白质间相互作用程度,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Metascape数据库对共同基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果：筛选得到苦地丁22个活性成分,71个相应靶点,得到2539个肠炎相关靶点,其中有34个苦地丁治疗肠炎的潜在靶点。富集分析显示苦地丁治疗肠炎主要作用的信号通路有癌症途径、cAMP信号通路、VEGF信号通路、cGMP-PKG信号通路等47个。结论：苦地丁可以通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗肠炎的作用。     

基于网络药理学研究追风伞治疗骨关节炎物质基础及作用机制

目的:探讨追风伞(Lysimachia paridiformis Franch)治疗骨关节炎(OA)的物质基础和作用机制.方法:通过液相色谱-质谱(LC-MS)预测追风伞的主要有效成分,用Pubchem下载成分的2D结构随后使用SwissTargetPrediction数据库预测成分的靶点.使用TTD、GeneCard...     

基于网络药理学探讨川牛膝治疗高血压的作用机制

目的：利用网络药理学分析川牛膝治疗高血压的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选出川牛膝的活性成分及其作用靶点,采用OMIM数据库,Drugbank数据库,TTD数据库,CTD数据库和DISGENT数据库检索与高血压相关的靶点基因。将川牛膝及高血压的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPI);利用METASCAPE数据库进行核心靶点GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果：川牛膝主要化学成分为槲皮素、杯苋甾酮、红苋甾酮、β-谷甾醇、齐墩果酸等;共筛选出关键共同靶点170个,包括AKT1、IL6、VEGFA、TP53、CASP3、TNF、JUN、EGF、MAPK1、EGFR、PTGS2、STAT3等;GO富集分析得到生物学进程主要涉及炎症反应、对伤害的反应、对脂多糖的反应、活性氧代谢过程、凋亡信号通路等;KEGG富集信号通路主要包含糖尿病并发症AGE-RAGE信号路径、肿瘤的途径、乙型肝炎、TNF信号通路、肿瘤中的蛋白质多糖等。结论：川牛膝治疗高血压存在多通路、多靶点的可能,揭示了川牛膝治疗高血压的潜在分子机制。     

基于网络药理学的黄芪多组分协同治疗 乳腺癌的作用机制研究

运用网络药理学方法,通过TCMSP数据库检索获得黄芪活性化合物,使用OMIM和TTD数据库筛选乳腺癌疾病靶点,利用Cytoscape 3.2.1软件构建化合物-疾病靶点网络图,筛选出核心靶点,运用Metascape在线分析平台进行通路富集分析。通过筛选得到与疾病靶点有关的黄芪活性化合物共20个,其主要通过调控AR、ESR1、ESR2、PIK3CG、BCL2等靶蛋白及内分泌阻力、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、凋亡信号通路、PI3K/Akt信号通路等来发挥治疗乳腺癌作用。本研究通过网络药理学初步揭示了黄芪治疗乳腺癌的潜在调控机制,体现了中药多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,为黄芪药理研究及临床应用提供理论依据。     

基于网络药理学探讨黄连治疗痤疮的主要化学成分及作用机制

目的：运用网络药理学探讨黄连的主要化学活性成分，分析总结黄连在治疗痤疮疾病方面的作用机制。方法：利用TCMSP检索“黄连”(CoptidisRhizoma)的活性成分，并筛选出其活性成分所对应的作用靶点。运用GeneCards数据库平台检索与痤疮(Acne)相关作用靶点，构建“药物—疾病”共同靶点Venn图。利用Cytoscape3.9.1软件，绘制“药物活性成分-靶点-疾病”的网络调控图，借助String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络，获得PPI网络核心基因的邻接节点数目，再运用Cytoscape3.9.1对PPI网络进行拓扑分析，最终获取核心基因。通过R语言包clusterProfiler进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，预测黄连对痤疮的作用机制。结果：分析预测得到黄连有效成分17个，涉及350个作用靶点。确定痤疮靶点1649个，得到共同靶点基因76个，运用PPI分析确定TNF、IL6、PTGS2、NF-κB/P65、MAPK1、EGF等是治疗痤疮的核心靶点。富集分析GO条目535项(P<0.05),KEGG信号通路233条(P<0.05)，主要富集通路有AGE...     

基于系统药理学和分子对接探讨葛根抗肿瘤作用机制

基于TCMSP数据库筛选葛根活性成分及相关靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库筛选肿瘤靶点,将葛根活性成分与肿瘤靶点映射;采用Cytoscape构建药物-成分-靶点-疾病关系图;应用STRING数据库筛选排名前5的靶点蛋白,与葛根活性成分进行分子对接;运用Bioconductor进行GO富集和KEGG通路富集分析。通过筛选得到16个葛根活性成分及104个相关靶点、8 352个肿瘤靶点,通过韦恩映射得到97个交集基因;靶点蛋白为EGFR、ESR1、IL6、NCOA1、VEGFA;通过前列腺癌、人巨细胞病毒感染、p53信号通路发挥抗肿瘤作用。初步揭示了葛根是以多成分、多靶点、多通路的复杂形式发挥其抗肿瘤作用,为新型抗肿瘤药物的开发提供了理论依据。     

基于网络药理学研究川芎防治偏头痛的物质基础及作用机制

目的:运用网络药理学技术探讨川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)治疗偏头痛的药效物质基础及作用机制.方法:通过TCMSP获得川芎化学成分,其中OB≥30％,DL≥0.18.用Chemicalbook和Pubchem下载各成分的2D结构,随后使用Wiss Target Prediction数据库...     

逍遥散治疗盗汗的网络药理学作用机制探讨

目前关于药物对盗汗等传统中医疾病的作用机制研究较少,本文基于网络药理学探讨逍遥散治疗盗汗的分子机制。通过TCMSP、Drug Bank和Swiss Target Prediction数据库得到活性成分及对应靶点,利用Gene Carts和OMIM平台收集盗汗相关基因,分析化合物靶点与盗汗靶点交集,使用STRING分析蛋白互作网络,采用Cytoscape软件构建核心蛋白互作网络,最后对核心基因分别进行GO富集和KEGG通路分析。可得知逍遥散可能通过多成分、多靶点的作用方式干预了多条信号通路,从而达到治疗盗汗的疗效。     

基于网络药理学探究泽泻的治疗潜能和作用机制

目的:基于网络药理学探究泽泻的治疗潜能和作用机制.方法:查找大量泽泻的相关文献,从中筛选并整理出了泽泻的化学成分.利用Pubchem数据库下载有效成分的2D结构,通过Swiss Target Prediction数据库预测其成分的相关靶点,在Probability＞0.5条件下筛选有效成分及靶点,随后去重.去重后的靶点...     

基于网络药理学分析金英黄归汤治疗乳腺炎的作用机制

构建金英黄归汤干预乳腺炎的"中药-活性成分-靶点-炎症通路"网络关系,预测其治疗乳腺炎的靶点及机制.采用网络药理学方法,通过数据库收集金英黄归汤中化合物,以口服利用度(OB)和类药性(DL)作为限定条件筛选活性成分,收集其作用靶点,并应用Cytoscape软件拓补分析主要靶点,利用GeneCards等数据库获取乳腺炎疾...